山西票商真正发达是在太平天国运动以后，起义军切断了清政府的运银官道，清政府被迫在1862年12月允许票号汇兑京饷。战争让清政府增加了对票商的信任，并在事实上形成了这样一个结果：票商先于外资银行成为官方最大的金融及理财合作伙伴，官僚们也会将自己的钱放到票号生息，这拓宽了票号的吸储范围。票商从原来的草根起家时代进入到了政商结合时代。
1853年，一场突如其来的物价上涨
1851年，太平天国运动（1851~1864）爆发，两年后，一次因银根紧缩而造成的物价上涨，在北京悄悄爆发。
1853年1月太平军攻克武昌，人数增加到50万。3月，太平军攻占南京，将南京改名为“天京”。同年，另一支农民军──捻军也揭竿起义（1853~1868）。一时，风声鹤唳，舟楫不通，南北商船，闻风裹足。
日升昌票号较早对战争做出反应，时任日升昌大掌柜的程清泮，首先收撤了中南部成都、重庆、广州、汉口等地分号。1853~1856年，山西票号第一次出现大规模的撤庄行为，各号收撤了长江流域汉口、芜湖、扬州、南京等地的分号，并在太平军北征逼近京津地区时，暂时从京津地区撤庄或收缩业务。
1853年3月，繁华的北京城几乎在一夜之间陷入萧条，一半以上的商铺歇业，几万名百姓失去生计。之所以会出现这种局面，是因为北京的账局、票号收紧了银根。当时清政府并没有自己的金融中枢可资调控，市场的金融信息主要通过民间的反应得以体现。
1853年，北京共有账局268家，其中山西商人开设的有210家，其次为顺天府商人。在清朝宗室惠亲王绵愉看来，“伏思天下之广，不乏富庶之人，而富庶之省，莫过广东、山西为最”。他估计，在京贸易的山西商民因战争歇业回家，让京城一下子少了数千万两资金。
由于山西人开的票号、钱铺、账局，只收不放，或索性收业返乡，商户周转资金发生困难，大部分陷入停业状态，而太平天国起义以来，清政府的大量财政被挪用到了战事上，仅到1853年就已经支出了2700多万两白银，而户部银库到这一年的6月中旬，存银仅剩下22.7万多两。
于是，民间捐输提上日程。1853年，程清泮捐给清政府750两银子。这场全民捐款活动，从1852年2月开始持续了多年。到1853年正月底，各省督抚将军及所属文武官员捐银129万两，绅商士民捐银424万余两。最为抢眼的还是山西各界的表现，捐银159.93万余两，居各行省之首，占捐款总额的37.65％。为此，山西还与陕西、四川在乡试、生员招生上获得了增加名额的奖励。
这次捐输持续到1855年11月，山西绅商共捐银303万两，实际交银287万余两。平遥日升昌李氏家族这一年内捐了1万两，从财东李箴视到其弟弟、三个本家兄弟，每人捐输都得了一个官衔。
不仅如此，李箴视还为故去的父亲、祖父、曾祖父都捐了官衔，兄弟72人及家族同辈男子12人均捐了文武头衔，而李家的女性也都请封“宜人”、“夫人”头衔。毛鸿翙家里从父亲到玄孙上下五代31名男子，也都捐得“将军”、“大夫”官衔。
因赔款所需，第一次鸦片战争时山西绅商派捐200多万两白银，但民间的捐输并不能从根本上解决问题。另一方面，鸦片贸易使白银大量外流，导致银贵钱贱，以铜钱计算的物价不断上升。
为解决皇室和财政危机，从1853年起，清政府开始在北京集中滥铸滥发大面额的铜铁大钱，加剧了由于票号、账局等撤离京城所导致的混乱。铜钱面额价值划分为15个等级，咸丰元宝甚至当百上千，物价猛涨。
作为一个庞大的消费城市，北京的粮食、杂货均靠外地运入，农户运农产品进城，换回的大钱回到本地便不能使用，自然不愿再进京贩运。外地商人运货到京，销售而得的铜铁大钱，七八千文才能换银一两，而京城外面不过4000文即可换银一两，商人利益明显亏折，由是货物不能源源运入，京城货价自然昂贵。1斤麦面京城外乡镇售价不过十六七文，城内则需三十七八文。到1853年年底，1两银与京票的兑付比例已经从1∶2000飙升到1∶4000。
1862年，进入政商时代
清政府对各省的财政收支，历来用京饷和协饷的办法来进行宏观调控。上解朝廷的称京饷，它是对各地承担的清政府的官吏俸禄、八旗军费、皇室费用等支出的总称；而由户部指定有盈余的省份将财政收入的一部分，调拨给那些需要但入不敷出的省份，叫协饷。
但是，无论是京饷还是协饷，历来奉行的都是各地官府的解饷委员会装鞘运解，但1828年，浙江省盈余饷项的解京发生了一点小变化，沿途还是由解饷委员会押解，但到部投文领批、银鞘交库都由票号商人办理，结果浙江省受到惩处。道光帝为此重颁上谕，凡解押京饷，每个环节都不得假借商人之手。
那时，山西票号诞生的时间不长，根基尚浅，由票商办理银鞘交库，还难以赢得清政府的信任。1854年，第二批官银钱号，即“五宇官号”（宇升、宇恒、宇谦、宇泰、宇丰）设立。清政府仿效民间票号、钱庄用银票来兑付会票或期票的做法，用发行的“京钱票”来收兑宝钞。这种办法被都察院左都御史和淳称做“不必抑勒驱迫，而财源已裕于不觉”，但由此引发了京城的金融混乱和物价上涨。1861年，银票兑付比高达1∶30000。
随着票钞日益贬值，清政府不得不下令京钱票“一概停发”，并限令在1867年前收回。1853~1861年期间，大钱和票钞的发行量共合银6024.9万两，占这一时期清政府国库收入8667.3万两的69.5%。
因太平天国农民军起义和上海的崛起，广东省财政陷入了非常窘迫的境地，拨解京饷的资金多向票号借垫。到1864年太平天国起义被镇压，粤海关因关税征收无几，不够凑拨，就向山西协成乾、志成信票号各借银5万两汇兑，由税收项下提拨归偿。
1857年，英法联军在第二次鸦片战争中占领广州，1859年6月占领天津，1860年10月攻入北京。此前后太平军占领苏州，石达开转战四川，北至京师，南至广州，东至苏州，西至成都，山西票号出现了更大范围的撤庄。开设票号最多的平遥帮，损失严重，日升昌开设的日新中及聚发源、义兴永、隆盛长、万成和、万盛成、光泰永、隆和永等票号，无法维持，相继关闭，程清泮被迫辞退员工19人，收撤京师、张家口、开封、长沙等5个分号。
1861年，各省应解京饷700万两白银，直到当年农历8月时，北京户部仅收到100多万两白银。这时，太平军与清政府进入决战阶段，战争阻塞了交通，使清政府爆发了严重的财政危机，清政府被迫在1862年12月允许殷实票号汇兑京饷。从此，在官方主动的情况下，票号与清政府扯上了千丝万缕的联系。
在解禁令到达各省之前，江西巡抚沈葆祯在1863年4月首次交给新泰厚票号汇兑10万两京饷进京。江西的先行和清政府的解禁，让广东、湖南、湖北等地纷纷效仿。
但好景不长，1863年9月，户部认为，部库多收一批汇兑，京城就少一批实银，以此奏请同治帝批准禁止用票号汇兑京饷的命令。同年，在杭州经商的徽州商人胡雪岩在上海开设阜康银号，从此票号业有了所谓西帮（山西帮）和南帮两大派系。
此后户部又先后三次禁止商人汇兑官饷，但从来没有被真正禁止过。也就是从1863年开始，山西票号进入了一个快速发展的时期。在此后的10年时间里，票号数量从14家发展到28家，票号的主要业务逐渐由汇总经营民间银两转向巨额公款。
这些存放在山西商人手中的公款是不计利息的，通过汇兑和经营这种没有成本的资金，山西商人获得了巨大的收益。直到1903年10月，因为库款见绌，甚至连户部尚书鹿传霖也从银库中提取白银100万两，放在京师票号里生息。就这样，政府库银交给商人生息的做法应运而生。到1904年4月16日，上海关税收入和赔偿款，也被清政府准许拿出70%，外放生息。
从武汉到上海：票号业务中心的转移