19世纪前上海行政军事权力的基本结构是官绅结合，商人被排斥在政治领域之外，也不敢奢望有参政要求。中外贸易的迅速崛起和士绅阶层对城市变化反应的迟钝，将熟悉洋务的商人推上了政治舞台。
上海需要的就是带有重商主义色彩的务实派官僚。当上道台之前，吴健彰已经是咸龄的助手。更为重要的是，还有两件事情促成了他的脱颖而出。一是在旗昌洋行进入上海的第二年，他就成为该行的首位中国股东。旗昌洋行是美国洋行中向中国走私鸦片历史最久、规模最大的一家洋行。二是1848年，在英美的支持下，野心勃勃的吴健彰以大手笔捐资50万两白银，出任上海候补道台兼江海关（上海海关）监督之职。
咸龄被调离后，吴健彰如愿以偿地当上上海道台，成为中国近代最早涉足政治舞台的买办。从此，吴健彰完成了由单纯的买办商人向政界要员的华丽转身，成为上海乃至中国政经两界的风云人物，但与宫慕久相比，他远谈不上廉洁。他利用职权，肆无忌惮地从事投机活动，走私鸦片，贪污索贿，无所不为。
吴健彰被活捉后，就处置问题，小刀会内部产生了分歧。福建帮主张一杀了事，广东帮主张劝降。刘丽川念同乡之谊，下令勿杀。作为美国洋行的股东，美国驻华公使马沙利在吴健彰被俘的当天，就致函刘丽川，表示愿负保护之责。
刘丽川接信后，当晚就会见了马沙利，表示吴健彰的安全没有问题。之后，旗昌洋行派人到吴健彰被关押的地方，让他脱去官服，扮成商店伙计模样，着便服，戴墨镜，持破伞，由两名身强力壮的广东人充当侍从，溜到城墙根，用事先准备好的长布条缒城逃脱。
吴健彰就这样神不知鬼不觉地被放走了，出来后的吴健彰与小刀会势不两立，大肆屠杀起义军。小刀会起义宣布豁免3年赋税钱粮，并铸造货币，发展商业，保证粮食供应，打击高利贷，受到民众欢迎。吴健彰攻城不下，就通过放火的方式，对闽广人清算自己补捕之辱，在小东门外羊毛弄、福建街一带放火焚烧店铺民房，大火连烧4天，大片民居化为灰烬。1853年12月，连最为繁盛的小东门至大小南门，也没有幸免，涉及店铺民房2000多间，“百年富庶精华”于一夕之间皆被抹去。
由宁波人创建的四明公所、徽州人所建的徽宁会馆、泉漳会馆、广东会馆、潮州会馆、嘉应会馆等，都被彻底烧毁，上海的商业中心也迅速向城外以北的租界转移。起义被镇压后，闽广人被逐出县城，不准在城内居住，这让秘密会社难以在上海立足。
对这种行径，《北华捷报》也指斥吴健彰道，“祸首却是一个理应保障而不应破坏同胞财产的人”，认为吴健彰是一个“完全失掉民心的道台”。
英、美、法当局曾声称对局势保持“中立”，但为维护在华利益和趁火打劫，旗昌洋行带头拒缴海关关税，以此想获得在华特权。1854年4月，英美驻军借机袭击了上海城内的清军营盘。7月，清政府任命吉尔杭阿为江苏巡抚，吴健彰受命与英、美、法当局谈判。
吴健彰以出卖上海海关和租界主权，换取了英、美、法当局的支持。从此，上海海关由英、美、法三国委派的“税务司”共管，上海租界建立了独立于中国行政系统和法律制度以外的统治机构，所以，可以说小刀会起义在不经意间促成了上海租界的真正独立，加快了上海国际化的步伐。
1854年8月，吴健彰以通夷养贼、贪赃枉法，而被革职抄家。他使出浑身解数，大肆贿赂查案官员，并捐助军需，以求自保。当时太平军正以排山倒海之势进攻清军，清政府也意识到“非和夷不能灭贼”，就策略性地起用吴健彰，以取得列强的支持。
1855年2月，吴健彰及英、美、法等驻军将小刀会起义镇压了下去。1856年春，经大将向荣保荐，吴健彰留在向荣的江南大营效力，同时，咸丰帝还让广东督抚发还其原籍被查抄的家产。1859年，已近古稀之年的吴健彰，趁奉令赴粤之际，“以病返籍作终老计”，回乡广置田地，安享晚年。
小刀会起义之后，闽广人在沪的生存环境遭到破坏，福建籍人口急剧下降，此后也未出现大规模的回升，福建人在上海的势力逐渐淡出。后世有人观察到，今日上海街道名称少有来自福建县市的名称。上海闽商的整体退却，从上海小刀会起义被镇压后开始，到民国时形成定局。苏浙移民则大量流入，形成了近代上海移民的新格局。
上海的商业由商埠间贸易、中外贸易和城市零售贸易三大块组成。在19世纪60年代之前，埠际贸易地位最为突出，这让以食糖、棉、棉布、纸、木等沿海埠际贸易为主的闽商还有立足之地。19世纪60年代之后，中外贸易占据了大头，加之小刀会起义的影响，闽商地位一落千丈。
一个耐人寻味的现象是，粤商保持了其在上海的地位。其实，这个现象与以下三方面有关：一是上海的贸易及税收结构；二是粤商对洋务的熟悉程度；三是政商界背景。
上海港在近代的兴起，很重要的一点是与鸦片贸易有关。鸦片贸易在广州是非法的贸易，在上海却成为畅通无阻的商品。鸦片主要来自印度，它在1890年前一直是外国输入中国最主要的进项，其次才是丝与茶。迫于国际社会的关注和压力，鸦片贸易慢慢势弱，并被棉布超越。
当时的英商宝顺洋行、美商旗昌洋行和英商怡和洋行都靠鸦片走私起家。怡和洋行是英商四大集团中规模最大者，在沪的全部资产占英商在华全部资产的20%以上，初进上海时，其有12艘鸦片走私船。宝顺洋行和旗昌洋行的规模、装备与此大致相仿。这些鸦片走私船来往于香港、印度、上海之间。到1851年，怡和洋行进上海港的船只共25艘，有18艘是全副武装的鸦片走私船，其余的运销棉织品和杂货。这一年，怡和洋行输入的鸦片，占上海走私输入鸦片的32%。
鸦片生意中走来的粤商
尽管福建人是早期到上海最多的人，但他们在上海商界的力量也仅限于糖、海味、棉布、纸、茶等的帆船贩运和批发代理业务，不如广潮帮与洋行存在千丝万缕的联系所引发的影响，也不具有与外国贸易的长期经验。这一点让粤商在上海商界一时无以取代，从而免于被完全清洗。
1857年，浙江人吴煦被派往上海主持捐厘总局。为筹集军饷，清政府在太平天国运动中推出厘金制。吴煦所要解决的就是保证对抗太平军的清军的粮饷问题。在他看来，只有得到广潮帮的协助，才能化危为安，他就奏准清政府设立广潮义捐，让上海广潮商人承办鸦片捐税：每贩出一箱鸦片，向清政府捐税10两银子，并从中提出2两作为局外经费，也就是回扣由广潮土商巨户分享。因为他知道，如果没有商人团体介入征收程序，将无法控制走私和逃税。
1857年全年广潮商人义捐为53万两白银，1858年和1859年为140余万两白银，占同时期上海捐饷总量的25%，这是上海地方政府不得不畀予潮阳土商以垄断权的原因所在。
1858年，清政府与英国代表在上海签订了《通商章程善后条约》，无奈同意将鸦片以洋药名义进口，此举标志着清政府承认鸦片贸易的合法化。对此，苏智良在《中国毒品史》中称，潮帮烟商占据上海这个中国最大的鸦片贸易城市，垄断鸦片零售及烟膏的制造与贩卖达60年之久。
这样一来，广东商民在上海的地位并没有因小刀会起义而受到太大影响，反而获得了承办鸦片捐税的垄断权。之后，广东人在上海的人数上升到20万以上，并称雄上海30年。
之后，另一位在镇压太平天国起义中骁勇善战的香山人叶廷眷，深得清政府的赏识，1864年，他受李鸿章委派，主持上海会捕局，制订《中外会捕章程》，使上海治安有所改善。也是这一年夏天，广东人丁日昌成为上海道台，在李鸿章领导下，创办江南制造局，之后一路升任福建巡抚，并架起中国第一条自建电报线。后因贪污被劾，丁日昌行疾辞职。
1867年，叶廷眷被委任为上海知县。在1853年以前，广肇帮就已在上海建立同乡组织广肇会馆，小刀会起义失败后，会馆被清政府焚毁。1872年，在叶廷眷、买办商人徐润等倡议下，广肇帮重建广肇公所。广东会馆买办商人唐景星、徐润、郑观应在1870~1880年间因受李鸿章的赞赏，特别活跃。
老天是公平的，当它拿走了福建商人在上海的立足之地时，又给他们及他们的后裔打开了另一扇大门。在明清私人海上贸易中，福建商人向来是一马当先。当福建人在上海待不下去时，他们再次拾起漂泊海外的传统，放眼东南亚，并以此为活动半径，形成了一个庞大的移民群体。1864年厦门海关税务局报告说，在爪哇、西贡、海峡殖民地（新加坡、马来亚等）的中国人大部分来自福建。
了不起的是，福建商人在山重水复疑无路之时，历时一个多世纪的隐忍，在最近三四十年绝地而起，给了现代中国人一个无比惊人的发现。一个不容置疑的事实是，福建产生了全球最多的世界级华人。仅以其中的泉州商人来说，如今在中国台湾地区（以蔡万霖、王永庆、辜振甫、施崇棠、施振荣为代表）、新加坡（以黄廷芳、李成伟为代表）、马来西亚（以林梧桐、林国泰、骆清燕、刘耀全、陈志远、林木荣、邱继炳为代表）、菲律宾（以陈永栽、郑周敏、吴奕辉、郑少坚、施至成、陈永成、杨应琳为代表）、印度尼西亚（以黄奕聪、林天宝为代表）的世界级富豪大多来自这里。而广东产生的世界级富豪主要集中在香港、泰国，其中以潮汕商人较多。宁波商人在海外的活动，除香港外，主要集中在日本，次则马来西亚。这两个商帮产生的世界级富豪，远难与福建商帮相比。
从这个角度来说，福建商人是中国商帮史上最悲壮的商人群体，但也正是这种悲壮，让其与晋商陆路长途贸易的土气，具有了某种异曲同工之妙，而这两个商帮所演绎的波澜壮阔的财富故事，也让他们成为中国商帮史上最大的两个商人群体。
如果说山西商帮在清朝时产生了中国商帮史上最早的一批跨越百年的商人家族，那么另一批跨越百年的华商家族就产生于这批以福建籍华侨商人为代表的商人群体中，并一直延续至今。