诟病者则认为，叶淇变法是一种与民争利的行为，它虽然在短时期内增加了政府的财政收入，但到正德元年（1506年）时，屯田纳粮也开始折银，山陕富民都迁往淮浙，使商屯完全退出了边粮供应体系，边防粮食生产量下降，导致银贱米贵。其结果是，政府因叶淇变法增加的财政收入，仍远远不能满足后来因粮价上涨形成的亏空，结果粮食不能就边而仍要从其他地方转运，边粮运输问题又回到了开中制实行之初的情形。
延绥、甘肃、宁夏、宣府、大同五镇原来饷额中屯粮154万石，民运粮114万石。到嘉靖（1521~1566）初年屯粮已下降到57万石，下降53%，民运粮上升到207万石，增长近一倍。
资料来源：张正明著，《明清晋商及民风》，人民出版社，2003年版。
当朝及后世对叶淇变法以负面评价居多，“自叶淇变法，边储多缺”，“赴边开中之法废，商屯撤业，菠粟翔贵，边储日虚矣”，“诸淮商悉撤业归，西北商亦多徙家于淮，边地为墟，米石值银五两，而边储枵然矣”。
叶淇变法的弊病，让为数不少的历史记载迁怒于叶淇和身居首辅大臣之位的徐溥徇私乡情、偏袒同乡。被引用较多的文献是《续文献通考》，其在《盐铁》一节中这样记载了叶淇变法的来源：“盐商皆其视识，与淇言：‘商人赴边纳粮，价少而有远涉之劳；在运司纳银，价多而得易办之利。’淇然之。”叶淇又将商人的这一建议请示了首辅大臣徐溥，因溥与淇“交最厚”，故亦同意。“淇遂请台商纳银公司，类解太仓，分给各边”。
安徽师范大学历史系张海鹏认为，虽然该书未能明确指出建议叶淇变盐法的是何地商人，但可以肯定，那是徽商无疑。因为在两淮经营盐业的主要是山陕商人和徽商。原来的开中纳粮政策于山陕商人方便，于徽商不便。山陕商人在边储纳粮，地近而费力少，只有徽商才有“远涉之劳”。纳银于两淮之后，徽商地近两淮，才能“得易办之利”。
《明史考证》中记载：部臣叶淇，见贾人输薄而获利厚，遂奏令纳银运司解部，部分输各边，于是商各归散。淇淮人，盐商多淇婚媾，故为奏改输银运司，司以解部，部以饷边，以为年例云。
关于徽商参与变更盐法的事情也多有记载：嘉靖年间，徽商黄崇德是一位通经研史的商人，他先“商于齐东”，后转徙两淮经营盐业。他博览古今，从《春秋》、《管子》之书到东汉盐铁之论，从唐宋食货之志到明朝的《大明会典》均有涉猎。因为熟谙历代盐法，所以黄崇德才能参与盐法的修订，盐运司才愿意采纳他的意见，而山陕商人好夸夸其谈（“唾奇画策”），言法不及徽商。
与黄崇德同时代的盐商程正奎，也在两淮经营盐业。他不仅参与盐法的改革，而且还能从理论上讲述其独到的见解。以往的盐法对灶户逃亡、盐课大减这种情况没有兼顾，他就提出通融变法，但因与成法不合，有人以高皇帝法胆敢变理为由称“祖宗之法”不可变。
程正奎应对说：“高皇帝法迄今数十百年，法穷矣。穷则变，变则通，庶可为长久计。故变则法在，不变则法亡。”结果，“有司以便宜请，诏从之”，他变更成法的建议，既有利于国家，也有利于灶户，所以得到了皇帝的认可。
有中国近代清史学科杰出奠基人之称的孟森（1869~1937），也在他的《明开国以后之制度》中直言不讳：“当时近淮之豪民，怂恿变法，不任饷边之劳，而欲占行盐之利，以增课之说动叶淇，淇以乡情而中其说。”
在南京大学历史系教授范金民看来，徽州盐商之所以能够称雄淮扬，基本原因并不能归之于实行并不久长的弘治叶淇变法，也很难归之于之后突然实行的纲盐法，很可能应该归之于明朝中后期两淮盐业的运作实态和徽商的所作所为。由边商到内商，到内商之有力者，到囤户，到纲商，徽商是在盐商的不断分化过程中占了先机而逐渐称雄的。
暂且不说徽商雄起是不是因为盐商分化所致，从明皇帝、叶淇、徐溥与徽商之间的微妙关系来看，要完全撇清徽商兴起与乡情执掌下的盐业新政之间的关系，并不现实，但如果一味拿叶淇变法与开中制相比，无视折色制实施前开中制业已存在的问题，无视发生在明朝的顺应世界潮流的，从西部、沿海再到北部边区的白银货币化现实，任何对叶淇变法的评价都失之偏颇。
徽商第一次成批来到两淮就是在弘治到万历年间。最早到达两淮业盐的徽商是歙县人，大约在朱元璋、朱棣年间。朱元璋入皖缺饷时，歙人江元就一次助饷银10万两。
在徽商中，盐商主要来自歙县。从朱元璋时代到成化年间，徽商子弟的登科比例中，出自歙县商人家庭的就高达90%以上。其他徽商如典当商主要来自休宁，祁门商人以茶商为主，婺源商人以从事茶叶和木材生意而著称。
一条鞭法
北京大学教授韩毓海认为，1530年以后，自葡萄牙和西班牙在美洲大规模开采白银，并通过菲律宾马尼拉出口中国以来，中国的对外贸易方式为之一变：出口和贸易造成货币流失的担忧不再是主要威胁了，且物物交换也不必再是中国对外贸易的主要方式，代替这一切的，是以商品和物资的大规模出口来换取美洲白银货币的时代潮流。
也是在1530年，福建延平县令徐阶（1503~1583）因为成功处理了一件当地盗窃国家银矿的案件而名声大噪，由此开始了他光辉的前程，最终一路升到了首辅。而另一位权臣、户部尚书梁材（1470~1540）却因拒绝增派修建工程的人数，在1540年被解职。当时为政府修建工程的人数多达4万以上，用于修建宫殿、祭坛和庙宇的全部费用已经超过600万两白银，应付未付的物料、劳务金额达27万两白银，但梁材仅有6万两白银可供支配。
明朝财政的白银化包括田赋、课、役三个方面。课的白银化，首先是盐，其次是茶、矿等。役的主体是遍布乡镇的里甲、均徭、杂泛。城市之役，主要是铺行和火甲。因支付特殊的修建工程，国库的银锭储备往往被耗费一空。由于政府没有更多银两去购买货物和支付劳务，1540年以后将实物税和徭役折银的现象变得普遍，以致续任的户部尚书先后在1544年和1550年建议，每年运往北京的漕粮30%折银缴纳，部分徭役折成白银。这项建议被批准，但由此得到的白银补充量仍不能满足皇帝对银锭的需求。
明朝海外走私贸易也是在这前后达到了一个高潮。16世纪初日本在德川幕府统治以前，中日关系紧张，1542年，居住在澳门的葡萄牙人开始与日本开展贸易，中国澳门—长崎—中国航线迅速发展成为澳葡获利最巨的黄金海道。从1557年葡萄牙租借澳门，游刃于中日，到1567年明政府开放福建月港作为贸易口岸，葡萄牙商人通过垄断的中国澳门—长崎—中国月港贸易，以及将马尼拉设为据点的西班牙商人通过秘鲁—马尼拉—中国月港等多条渠道的航线贸易，使得白银源源不断地流入大明帝国。
也是在这前后，美洲和日本都发现了大量银矿。16世纪40年代，西属美洲发现了蕴藏量丰富的银矿，1554年，一种便宜、简单使用水银和盐以提炼低含银量矿石的炼银法——汞齐化法诞生，自此，西属美洲的白银产量大量增加。
因白银提纯技术的提高，在此前后，秘鲁波托西银矿的白银产量猛增到原来的3倍，随后又增至5倍；1560年以后，日本成为一个重要的白银乃至铜的出产国，并向中国与东南亚出口白银和铜，至16世纪末，日本发现大量银矿，“灰吹法”的白银冶炼方法也由中国传入日本。
到嘉靖年间，江南行省以法令的形式规定田赋用白银缴纳，而广东自1450年起，就已采用了部分徭役折成白银的形式。16世纪初，大臣桂萼提出了赋役新构想：将杂役、正役和两税（即夏粮和秋粮）合而为一，通计一省丁粮，均派一省徭役，这一设想被后人概括为“一条鞭法”。嘉靖后期至隆庆年间，明朝名臣南海人庞尚鹏在广东、福建、浙江等地，琼山人海瑞在南直隶地区先后推行“一条鞭法”，东南沿海遂成为全国较早实施新赋役法的地区。
隆庆元年（1567年），明穆宗朱载垕颁令：凡买卖货物，值银一钱以上者，银钱兼使；一钱以下只许用钱，铜钱在与白银的较量中已经完全处于下风。货币税收的份额越来越大，最终导致税制从1465年的户口、食盐等钱钞各半兼收的局面，进而演变成1581年完全用白银交纳的张居正“一条鞭法”。
一条鞭法能得到推行，就是因为经过多年经营，晋北边疆防区各类屯田——军屯、民屯、商屯皆有增长。首辅大臣张居正将大部分田赋、徭役和其他杂税折成银两缴纳，取代陈旧而复杂的赋税制度，并向全国推广，最终使得白银成为明朝的税收和贮备货币。一条鞭法标志着，我国税法由税人向税物、由实物税向货币税的转化。白银，最终不以统治者意志为转移而逐渐占据了合法主币的地位。
万明在《白银货币化的趋势：并非国家法令的结果》一文中指出，明朝白银的货币化，充分显示出社会过渡和转型的特征。整个推进过程，是由自下而上的趋势转为自上而下再全面铺开，是成化弘治以后民间促动的结果，而不是国家法令推行的结果。