关于作战问题，叶剑英主要讲丫八路军的战略指导思想以及如何按照统帅部的抗战命令，艰苦奋战并获得伟大战果的情况，他首先说明，华北战场是整个抗战的重心，十八集团军坚持华北抗战，必须同敌人进行全面的斗争。华北敌后是一盘棋，各个地区，包括山地、平原、湖、海和城市、乡村，包括党、政、军、民、学，野战军，地方军、民兵自卫队等等，必须互相配合，必须军民结成一体，才能坚持抗战，争取胜利。为此，十八集团军进出敌后各区，发动群众，建立政权，积极配合作战，乃是抗日战略的需要。其次，他讲到，抗战两年半来，十八集团军在敌后作战，克服了缺衣少食，缺乏武器弹药和敌人残酷“扫荡”等种种困难，付出了巨大代价，获得了辉煌的战绩，计大小战斗2689次，歼敌8万余人，十八集团军将士阵亡1．5万余人，负伤4万余人。十八集团军的战绩不仅为全国人民和全世界进步人士所称道，为蒋介石和统帅部所嘉奖，也为敌人所承认。第三，叶剑英说明，八路军接到统帅部举行冬季攻势作战的命令时，华北敌军正在对晋察冀等根据地进行大“扫荡”。尽管十八集团军许多部队正在进行紧张的反“扫荡”作战，但仍然抽调了15．5万余人的兵力，周密部署，努力作战。他列举大量事实详细说明了十八集团军冬季攻势战役的具体部署、作战经过和所获战绩，特别引用国民党军委会印发的敌伪广播材料，说明十八集团军不仅圆满地完成了冬季作战任务，而且完全是按照最高统帅部的抗战命令办事的。十八集团军坚决、积极、英勇的作战行动，同国民党军队在正面战场上消极抗战，望风而逃的情况，形成了鲜明的对照。
叶剑英以这些从战略到战役战斗方面的具体事实，有力地驳斥了所谓十八集团军“游而不击”的论调，粉碎了蒋介石想借检查冬季攻势作战失败为名，加罪于十八集团军的阴谋。
叶剑英紧接着谈磨擦问题：
他首先承认，各有关战区和集团军所提磨擦事件，是抗战中的一个严重问题。接着，他提出了从政治上、战略上正确解决这一问题的4个原则。第一，我们提出磨擦问题的目的是要把磨擦事实加以研究，找出磨擦的原因，求得正确解决的方法以消除磨擦，决不应是扩大磨擦。第二，许多磨擦都是由于政治意见、战略思想的分歧和奸人的挑拨离间所造成的，如果把磨擦的现象当成原因来看待，抹杀了产生这种现象的政治、战略原因，仅仅从武装冲突的本身来解决，这个问题不仅不能解决，反而会产生更严重的后果。第三，有人把十八集团军当作异军看待，这是完全错误的，这是许多磨擦发生的根源。抗战中各友军由于各种历史、地理等原因，确实存在着不同的特点，但只要团结抗战就都是友军，不应看作“异军”。政府的政策应该一视同仁，发挥各自的长处，求大同存小异。第四，十八集团军和友军之间的磨擦不是不能解决的敌我矛盾，而是在大敌当前全民抗战的前提下，所存在的局部的、一时的现象，换句话说，抗战中民族矛盾是第一位的大问题，磨擦则是从属的。决不能搞颠倒了，更不应有意把局部磨擦扩大为全面内战，干那种亲者痛仇者快的蠢事。
叶剑英对各地磨擦的具体情况，实事求是地说明了真相。如对发生在黄河以东、以北的华北敌后磨擦问题，黄河以西，以南的陕甘宁边区的磨擦问题，他抓住何应钦当时说过的一句话为根据，说明这两个地区的磨擦属于政治问题，应该由国共两党谈判解决，不是参谋长会议讨论的范围。这样高屋建瓴地提出问题和认识问题，就从气势：上压倒了对方。对于在河北等地区发生的磨擦问题，叶剑英列举事实，澄清事实真相，说明错误完全在国民党军队方面，十八集团军则是处处以国家民族利益为重，只是在忍无可忍的情况下，才被迫自卫还击的。叶剑英指出，有些国民党军队，为了反共反人民，不惜和日伪军勾结，围攻十八集团军，惨杀抗日的人民群众和干部，这是无耻的卖国行为。
叶剑英在发言过程中，全场座无虚席，鸦雀无声，当讲到30分钟时，军委会参谋次长刘斐遵照蒋介石的命令，警告说时间到了。这时叶剑英向蒋介石说：“委座，我还没有讲完！”蒋只好让他讲下去。当讲到张荫梧勾结日伪军进攻十八集团军的罪行时，蒋介石沉不住气了，大声质问：“有这回事吗？”叶剑英响亮地回答：“有！”，立即把缴获的张荫梧和日伪军勾结的有关材料拿出来，一件一件宣读，并交给蒋介石看。蒋介石做梦也没有想到叶剑英的皮包里藏着这些法宝，而且又当场示众，弄得唉声叹气，直摸脑袋。叶剑英越讲越有劲，一直讲了一个半小时。由于他的发言大义凛然，有理有据，使许多人心悦诚服。
会议结束后，陪同叶剑英赴会的新四军参谋处长萧正岗，一跨进八路军办事处的大门，就高兴得跳了起来，绘声绘色地向大家讲起了叶参谋长发言的前前后后，会场上人们情绪的急剧变化，与会人员的热烈表情及蒋介石、何应钦等的狼狈窘态。大家听了都非常高兴，办事处里一片欢腾。
正当大家说得热闹的时候，电话铃响了。军事委员会委员长侍从室来电话说，蒋委员长要请叶剑英参谋长去吃晚饭。大家不明白这是怎么一回事，正在分析的时候，侍从室又打来电话，说蒋委员长今晚有事，改日再请叶参谋长吃饭。半个钟头以内蒋介石侍从室连着打来两个完全不同的电话，说明内中必有缘故，很可能是蒋介石进退两难，政策上有什么变化。叶剑英回忆说，这件事，没有蒋介石批准，下边不敢打电话。但究竟是怎么一回事，当时弄不大清楚。后来，才知道其中奥秘。据日本出版的《蒋介石秘录》中记载，蒋介石1940年3月7日曾拟定了一个对十八集团军参谋长叶剑英的“训示”，要点是：（一）不应以防地为私有，不应掩护叛军，袭击友军。（二）应言行一致，协力互助，建立共信。（三）不应擅委官吏，更不应残杀政府官吏。（四）不应尽征民粮，断绝民食。（五）不应擅发私钞。蒋介石原以为叶剑英在会上遭到围攻是无法招架的，顶多申辩几句。这样蒋介石就可以在晚宴上用“训示”的办法，宣布十八集团军的五大“罪状”，然后发动更大规模的军事进攻就师出有名了。万没有想到叶剑英一篇讲演，把蒋介石的预谋打乱了，使其处于十分被动的地位。侍从室按预先的布置通知了叶剑英赴宴，蒋介石在散会后，神情沮丧，下令赶快取消晚宴，取消“训示”。这就是蒋介石那天既通知叶剑英去参加晚宴，马上又取消了晚宴的真正原因。
1940年底到1941年初，第二次反共高潮爆发。从第一次反共高潮到第二次反共高潮，能够争取到10多个月的时间，原因是多方面的，有政治的、军事的、国内的、国际的各种因素，叶剑英在参谋长会议上的有力反击，也是其中的一个重要原因。这次会议之后，叶剑英给党中央写了一个报告，连同发言稿一起送上。毛泽东把叶剑英的这篇著名讲演交给中央领导同志和其他同志传阅，并在讲演稿上作了批示：“叶剑英同志1940年3月初在全国参谋长会议上的报告，此报告得到了广大的同情。”董必武赞誉这次讲演是“叶剑公舌战群儒”。秦邦宪高兴地说：“参座，老将出马，大败蒋家，打了一个大胜仗！”后来，毛泽东在中国共产党“七大”期间的一次发言中说，叶剑英在长征中获取张国焘的密电，立了一功，挽救了中央，避免了损失。在重庆与国民党斗争，“舌战群儒”又立了一功，有这两条是完全可以信赖的。
四新四军北移的谈判
叶剑英在与国民党顽固派斗争的同时，继续协助周恩来等与国内外友好人士会晤，促进抗日民族统一战线工作的发展。
1940年3月26日，南洋华侨回国慰劳团发起人、华侨筹赈总会主席陈嘉庚、副主席庄西言等一行5人，自仰光飞抵重庆，代表南洋近800万华侨，回国慰劳和考察，准备将广大民众和各党派团结抗战等材料，带回南洋，增加侨众的爱国热心，更好地以财力援助祖国抗战。4月初，叶剑英同林伯渠、董必武至嘉陵宾馆访晤陈嘉庚，又在八路军办事处举行茶话会，欢迎陈嘉庚一行。叶剑英等相继在会上致词。5月，陈嘉庚率领慰劳团第一组到达延安，受到毛泽东、朱德等中共领导人及广大军民的热烈欢迎。7月24日，叶剑英会见从延安等地返重庆的陈嘉庚，就国共两党关系和谈判情况再一次进行了交谈，促进了团结抗战大：业。叶剑英在重庆期间，在周恩来领导下，与董必武、徐冰等建立南至香港、东至上海、西至西康，包括江西、两湖、两广、云贵川各省的秘密交通线。他通过中共在香港的地下组织，与港澳以及海外侨胞取得联系，进行团结抗战。
1939年和1940年夏，越南胡志明（胡光）曾来重庆，与叶剑英等会晤，就国际形势以及印度支那共产党的活动、越南国内建立根据地、开展武装斗争等问题交换了意见。胡志明在红岩八路军办事处住了一个多月，叶剑英和办事处同志给以热情帮助。叶剑英和秦邦宪在重庆还热情接待来访的印度国大党领导人尼赫鲁，洽谈抗日救国和维护世界和平问题。
国民党顽固派发动第一次反共高潮被打退后，尽管中共方面一再表示出改善国共两党关系，继续团结抗战的诚意，然而蒋介石并没有停止制造反共磨擦。他继续在国共双方已经达成协议的问题上无理纠缠，在华北、山东、华中等地连续制造了一系列袭击八路军、新四军部队，杀害共产党员及其家属的严重事件。
为了克服国民党顽固派的反共逆流，挽救时局危机，1940年6月上旬，刚刚从苏联疗伤回国经延安返渝的周恩来偕同叶剑英，与国民政府军委会正副参谋总长何应钦、白崇禧，就共产党的合法地位、陕甘宁边区的承认、十八集团军和新四军的扩编以及作战地区的划分等问题进行了多次谈判，并向他们递交了中共关于解决目前危局，加强团结抗战的提案。提案要求国民党政府保障各抗日党派之合法存在；释放一切在狱之共产党员；停上查禁各地之书报杂志，给《新华日报》的出版发行以法律保障，允许其登载中共之文件及领导人之言论文章：承认陕甘宁边区（22县）隶属行政院，以林祖涵为边区政府主席；准许十八集团军（八路军）扩编为三个军九个师，新四军增编为七个支队；军械粮饷及医药卫生、交通器材供给应与中央军同等待遇，并划分国共军队的作战区域。7月2日。国民党方面将一复案交与周恩来、叶剑英。接着，双方代表围绕两案中所涉及的各项问题，反反复复地展开了一场拉锯式的谈判。
6月以后：国民党驻苏北的韩德勤部、江南冷欣部及皖南的五十二师迭次包围袭击新四军，并切断交通，事态日益严重。7月7日，周恩来、叶剑英两次致函何应钦，要求国民党最高军事当局立即制止韩德勤等部袭击新四军，制止石友三集团军对第十八集团军的进攻。同一天，国民党战时新闻检查扁无理扣压了叶剑英撰写的《第十八集团军抗战三年的几种统计数字》及新四军政治部主任袁国平所写的《三年来坚持大江南北敌后抗战之新四军》两文，《新华日报》即日发表启事，声明两文“奉命免登”，揭露了国民党当局进行新闻封锁的丑行。
鉴于国民党顽固派在皖南及其他地区制造反共磨擦呈有增无减之势，叶剑英在周恩来领导下，同国民党政府展开了一连串的谈判和斗争，并将所了解的顽军动态及时报告中央。7月8日，周恩来、叶挺、叶剑英、袁国平联名致电毛泽东、朱德、王稼祥、项英并转刘少奇等：鉴于顾祝同正趁重庆国共谈判的机会，企图切断江北、江南新四军的交通，制造磨擦；李品仙也在压迫李先念部退过平汉路西，建议此时宜专打顾祝同和李品仙，以分散中央军和广西军联合逼我的阵势。7月17日，周恩来和叶剑英就国民党军陈长捷部2个团在日军掩护下，分两路由晋西东渡汾河，向晋冀豫边区所辖之安泽县晋家山一带进犯事，再次致电何应钦，要求予以制止。
9月6日，周恩来、叶剑英电告中共中央、中央军委：国民党军令部已向第三战区司令长官顾祝同发出扫荡长江南北新四军的命令。当天，中央军委即将周、叶所报情况转告中原局、新四军，正式发出《关于新四军应准备自卫行动的指示》，指示强调：“请叶（挺）、项（英）、胡服准备自卫行动。皖南尤须防备。”
此时，国内的政治局势由于受到国际形势影响而急剧恶化。9月27日，德、意、日在柏林签订协定，正式结成三国同盟。与此相应，英、美也签订了协定。这两大集团势力，此刻都在重新衡量中国这个砝码，极力拉拢蒋介石。一方要蒋放弃抗日，加入德、意、日同盟，德国出面劝和，日本加紧诱降；另一方则许以厚利要蒋加入英美同盟。同时，蒋介石还在继续得到苏联的援助。如此一来，蒋介石身处国际上的三大势力之间，自感左右逢源，举足轻重，便有恃无恐，为所欲为，急欲在国内再度掀起反共高潮。
对于这种乌云滚滚、风雨欲来的险恶形势，中共中央和南方局都作了充分的估计和准备。根据中央的部署，南方局决定把重庆整个党的组织由公开、半公开状态转入地下，彻底改变领导方式。10月4日，南方局讨论了内部组织分工，根据周恩来的提议，南方局设立统一战线工作委员会，董必武任书记，叶剑英任副书记，下分军政，党派、社会、青年、妇女5个小组，分别由叶剑英、秦邦宪、董必武、蒋南翔、邓颖超负责，并专设“叶剑英工作处”。10月16日，南方局致电中央，就此作了专题报告。
局势果然急转直下。10月19日，在蒋介石操纵下，何应钦、白崇禧向朱德总司令、彭德怀副总司令、叶挺军长发出“皓电”，诬蔑八路军、新四军，自抗战以来“不守战区范围，自由行动”，“不遵编制数量，自由扩充”，“不服从中央命令，破坏行政系统”，“不打敌人。专事并吞友军”等，并迫令八路军、新四军之各部队，“限于电到一个月内全部开到中央提示案第三问题所规定之作战地境内，并对本问题所示其它各项规定切实遵守，静候中央颁发对于执行提示案其它各问题之命令”。（所谓“中央提示案”，即将活动在江南和整个华中的八路军、新四军全部赶到黄河以北）。这个“皓电”成为第二次反共高潮的信号和起点。
中共中央严正驳斥了“皓电”的反共诬蔑，在揭露国民党反共投降的阴谋的同时，为了顾全大局，缓和同蒋介石的关系，制止或延缓国民党反共内战的爆发，决定将新四军军部和皖南部队北移。同时，通知全党在思想上准备应付最黑暗局面的到来，对可能出现的某种形式的内战要有高度精神准备，对国民党掀起的反共高潮，将实行“政治进攻、军事防御”的斗争策略。11月中旬，毛泽东速电致周恩来、叶剑英对付国民党掀起反共高潮的具体斗争部署。