在“和字”第二号命令修正案发布前后，叶剑英向各执行小组中共方面代表发电指出，坚持恢复1月13日位置是实施停战的基本原则，必须切实监督执行，反对强调隔离部队而取消原来目的，对各地蒋军拒不执行者必须严肃处理。与此同时，叶剑英同饶伯森单独进行多次谈话，说明中共方面对恢复1月13日位置有最大诚意，只要蒋军肯撤出非法占领地区，解放区军队1月13日以后占领的地方均可全部退出。中共方面并拟出解决这一问题的草案事先交美方考虑。美方这时正为战斗序列问题未达成协议而焦虑，便借机提出，在此命令草案中加入战斗序列的内容，要双方指挥官召开会议，在小组监督协助之下，提出双方战斗序列，以便具体商讨1月13日位置问题。这显然是一种交换条件。叶剑英权衡利弊，认为利大于弊，于是表示同意。随后经反复讨论，于3月22日签订了“和字”第六号命令。这一命令的主要内容是：为彻底停止冲突起见，政府及中共军队必须停驻于1946年1月13日下午12时整所在之位置，任何部队曾越过上述位置者，应立即退回。任何指挥官如不遵令撤退至1月13日下午12时之位置或双方同意之改正位置，将以违反停战令论罪。
自此以后，在停战问题的谈判上，中共方面便完全转入主动，国民党方面在政治上完全处于被动。
后来，叶剑英曾就“和字”第二号命令发布前后的情况回忆说：
“军调部刚刚开始工作时，我们没有经验。美国人起草了个协议条文，送给三方委员，说是已经讨论过的东西，各方的意见都吸收了，要求签字。那时黄华做我的翻译。当时我想，刚一开始就闹僵了不好。于是我采取灵活的办法，在协议上签了字。协议公布以后，很快发现问题比较大。我立即给我方各战略区部队打电报，告诉他们，在执行中要坚持有理有利的原则。我一连发了几个电报给部队。后来中央领导对这个事情也有批评。六号命令发布以后，中央领导又来电报，给予了表扬。那时，我们同美国人和国民党代表一起谈判，一开始确实缺乏经验啊。”
四执行小组的使命
调处各地军事冲突，主要是通过向冲突地区派遣执行小组的方式来进行。执行小组是军调部领导下的基层组织。1946年1月15日军调部三委员经过协商，确定其任务是执行军调部的协议，对国共双方军队执行停战令和军调部协议的情况实行监督。
既然派遣执行小组是履行停战的主要手段，那么，往哪些地区派出执行小组，就成为国共双方争论的突出问题。国民党方面拼命要求向对他们有利的地区派小组，以便谋取军事上的好处。面对这种情况，叶剑英根据中共中央和周恩来的指示，同中共方面人员一起，商定了对付国民党和美国人的基本办法：在解放区军队力量薄弱的地区，要争取派遣执行小组，防止敌人进攻；在蒋军集结重兵的地区，要配置执行小组，以监视敌军的调动；在敌人可能利用的港口，应争取派小组，以防对方通过港口运兵；在敌人准备进攻的重点地区，必须派出小组，以便制止敌人的进攻和揭露他们的阴谋。
同时，叶剑英还提出，要充分利用建立军调部协议中“三委员各有否决权，一切事宜均须经三人一致通过”的规定，来对付国、美方面的勾结，遇到国、美双方联合对付我们的时候，我们即可使用否决权，使他们的阴谋无法得逞。
在半年多的会谈斗争中，军调部先后向各地派出29个执行小组，7个交通小组。这些小组，是由三方协议派遣的。尽管国民党方面有美国代表的帮助和支持，但是，由于叶剑英和中共方面人员针锋相对的斗争，结果，双方提议派遣成功的停战小组的数目大体相等。
军调部的第一个执行小组，是派往绥远（今属内蒙古）集宁地区的。停战令发布时，集宁县城在解放区军队手中。国民党方面为了抢夺战略据点，于停战令生效后的1月14日凌晨2时，向解放区军队驻守的集宁县城发动进攻，并于上午11时占领了该城。解放区军队调整部署，包围了该城，同国民党军展开了争夺战。郑介民得知这一消息，立即提议军调部派一执行小组去集宁，监督停战。叶剑英根据集宁前线发来的情报，严正指出，集宁在1月13日前，为解放区军队驻守，国民党军队进占，违犯了停战令，必须立即退出。郑介民狡辩说，1月13日24时停战令生效时，国民党军队就在集宁城内。他反诬共产党军队挑起冲突，向集宁城的国民党军队进攻。
美方委员饶伯森见双方争执不休，遂以“中间人”的身份予以调解。他判定，1月13日24时国共双方军队均在集宁城内。因此，要实现集宁的停战，双方军队均撤出集宁一日行程（60华里），划集宁为中立县城。但是，郑介民仍坚持要解放区军队单方面撤退。叶剑英则严词拒绝。事情就这样僵持着。到了1月17日，叶剑英得到解放区军队在18日前有把握夺回集宁的情报，于是，表示同意国，美方面关于派执行小组去集宁的提议。1月18日上午11时，当由国民党、美国和中共代表组成的执行小组乘飞机在集宁降落时，集宁已无战事。小组代表们看到的情景是：共产党军队驻防在这座县城，社会平静，秩序良好。小组的美方代表耸了耸肩，摊开双手，无话可说。国民党代表虽然窝着一肚子火，但也无可奈何。
郑介民对这次失败很不甘心，耿耿于怀。3月，马歇尔、周恩来、张治中三人小组视察集宁时，军调部三委员和晋绥军区司令员贺龙陪同。郑介民和张治中又提出了集宁调处的是非问题。周恩来、叶剑英当然毫不让步。后来，马歇尔只好说：“过去的事情就让它过去了，更重要的是今后的事情。”
围绕集宁调处问题的斗争，是中共代表团在叶剑英领导下坚持停战原则的，一个成功范例，它对于后来中共方面处理其他地区的军事冲突问题，提供了经验。
五东江纵队撤退与中原军区突围
广东东江纵队的处境，是叶剑英一开始就十分关注的一个重要问题。东江纵队在8年抗战中，积极打击日伪军，先后建立了总面积达6万余平方公里、人口约450万以上的解放区。香港沦陷后，他们救护港九同胞脱险，援助香港文化界人士，支援英美军事当局工作，受到中外人士赞扬。然而，国民党当局竟将这样一支抗日有功的人民军队诬蔑为“土匪”，在停战令颁布以后，公然以“剿匪”为名，疯狂地向东江纵队进攻。
为了制止国民党军队的进攻，叶剑英在军调部三委员会议上，多次提出，应迅速派执行小组到广东调处。国民党代表极力反对，声称广东没有中共部队，没有必要往那里派出执行小组。叶剑英则摆出事实，据理力争。后来，郑介民、饶伯森被迫同意派出广东执行小组。1月25日，该小组代表抵达广州。
执行小组到达广州的次日，广东国民党军方就发表谈话，拒绝承认中共领导的华南抗日游击队，污蔑游击队为“土匪”。对于国民党当局颠倒黑白的谎言，小组中共代表方方理直气壮地进行了驳斥。在北平军调部，叶剑英一次次地揭露广东军事当局进攻东江解放区的罪行，要求军调部立即发电制止，并令广东执行小组到现场监督停战。
在国内外进步舆论的压力下，经过军调部的督促，广州行营于2月18日“奉命同意”广东执行小组前往惠州地区“视察”。
2月25日，叶剑英致函郑介民和饶伯森，指出张发奎让广东小组赴惠州，是精心策划的骗局。因为，他们事先已派出军队进攻并占领了惠州我东江纵队驻地。他们让小组到达该地“视察”，无非是为其“东江无共军”的谎言进一步找借口。叶剑英再次呼吁广东军事当局停止对东江纵队的进攻，并允许小组对真实情况进行调查。
然而，广东军事当局一意孤行，继续阻挠调处。在此情况下，叶剑英致电在重庆的周恩来，请三人小组讨论广东调处问题。三人小组研究了叶剑英的电报，经过磋商，国民党和美国方面的代表不得不承认以曾生为司令员的东江纵队的存在，并同意将东江纵队撤离广东，由美方协助运送山东烟台。
东江纵队撤退的协议达成以后，广东小组就实现这些协议的具体内容，继续进行商谈。至4月下旬，大多数问题都已得到解决，但有两个问题在广东小组和军调部本部又进行了反复磋商，才达成协议。
其一，关于东江纵队撤退途中的安全问题。中共代表主张，为保证东江纵队由内地撤到海岸港口的安全，驻淡水的国民党部队应撤到平山，驻龙岗的部队撤至平湖或深圳。国民党代表坚持原来驻军的位置不动。在三委员会议上，郑介民说，如果驻龙岗和淡水的国民党部队撤出，到时地方民团发动进攻，他们不能负责。鉴于这种情况，叶剑英提出三点建议：由军调部三委员致电张发奎，令其保障东江纵队撤退安全及考虑走廊区问题；在东江纵队撤退途中，除派小组随行监视外，并令该地国民党部队派联络参谋随军行动；由叶剑英与郑介民分别致电张发奎，请他重新考虑东江纵队撤出的安全。郑介民对此表示没有意见。饶伯森见此情景，开玩笑说：我非常同意这个办法。两位委员都是广东人，我想一定能得到一致协议。
其二，关于东江纵队撤退费用借款问题。中共代表计算需要法币9．8亿元，国民党代表提出为2．73亿元，因数目相差较大，无法取得协议。在三委员会上，美方代表提出一个3．326亿元的折衷方案，征求双方代表意见。双方代表对此仍存在分歧。后经军事三人小组商定，由广东当局垫付粮款3．7亿余元。与此同时，叶剑英经请示中共中央同意，在军调部又设法筹集了一部分经费，派人送给东江纵队。此后，东江纵队按指定地点集中，除复员1700名战士外，留下2500人，由曾生司令员率领，于6月29日开赴大鹏湾。傍晚，北撤部队登上军调部派来的美军的五八五号、五八九号、一○二六号三艘军舰，30日8时启航，7月5日，安全抵达山东解放区烟台市。至此，叶剑英心中的一块石头才落了地。
中原地区的军事冲突，是叶剑英通过军调部迫切需要解决的又一突出问题。停战令公布后，中原军区部队为执行停战协议，从桐柏山区转移到了鄂豫交界的罗山、光山等地区。然而，国民党方面一再违反停战协议，先后调集11个军26个师共30余万人的兵力，将中原军区部队重重包围，妄图予以“围歼”。