11月29日，在工人体育场再次召开了军队院校师生大会（即第二次“10万人大会”）。据曾经参加这两次大会的杨德中、曹清、董守福等回忆，这次大会比上次大会气氛更为紧张。“造反派”在林彪、江青一伙指使下，决定利用这次大会，进行“反击”。他们在会场贴满了大字标语，声言陈、叶上次讲话有“严重错误”，必须“彻底批判”。周恩来得知这一情况后，对大会非常关心，亲到会场看望大家，绕场一周随即离去。陈毅第一个讲话。他在讲话中，满腔热忱地鼓励和教育青年军人，要他们学会正确对待路线斗争，“应该弄清思想，团结同志，共同对敌”。
在陈毅讲话之后，叶剑英再次作长篇发言。他首先念了几张台下递来的条子，回答了所提的问题。对有人提出要为上次递条子的学生恢复名誉问题，叶剑英耐心地讲明道理，明确表示了否定的态度。
接着，叶剑英着重阐述了毛泽东对青年一代的亲切关怀和殷切希望，以及军队院校培养学生的重要意义。他肯定绝大多数师生是革命的，是好的，同时对少数人不守纪律，“住大房子”、“坐小汽车”，讲排场、摆阔气等破坏解放军优良传统等不良倾向提出了严厉批评。他说，一小撮人煽动一部分群众到毛主席办公的地方猛冲、猛打，这行吗？这些人如果不改，就是废品，将来不能用的。有人说我又挑动群众斗群众，不是！我不敢挑动群众斗群众。这样的人不是群众，是废品，要洗刷！有人冲我们的国防部：是个大错误，严格讲是反革命！最后，他苦口婆心地劝说同学们回校闹革命，搞好本单位的斗、批、改。
也就在这次大会的同一天，叶剑英针对一些“造反派”出怀疑中共中央某些领导人的问题，明确指示军事博物馆要保留刘少奇和邓小平在各个革命历史时期的照片。
叶剑英和军委其他领导人两次参加“10万人大会”并发表讲话，是对“文化大革命”的第一次公开对抗，也是对解放军院校师生进行的一次深刻教育。叶剑英和其他几位元帅理直气壮的讲话，使党内外的广大干部和群众受到了鼓舞，也促使一些狂热的青年学生听到了不同的声音，开始重新思考问题。有相当一部分院校师生接受了劝说，离京返校，甚至宣布退出“造反”队伍。这对林彪、江青一伙是一次“反冲击”，正因为这样，他们掀起了疯狂的反扑狂潮，诬蔑叶剑英是挑动群众斗群众的“罪魁祸首”，是“军内资反路线的代表”，为刘少奇、邓小平“树碑立传”等等，挑拨不明真相的学生和群众对叶剑英进行“火烧”、“炮轰”。江青和康生等秘密策划，煽动“造反派”再开一个“10万人大会”，批斗叶剑英和陈毅。
三“串连炮打何时了”
叶剑英无所畏惧，泰然处之。他稳坐在自己的西山住所，面对满墙遍地“大字报”的包围和“造反派”指责他“老机”、“老右”的一片叫嚣声浪，始终保持着冷静的头脑，继续坚持不屈不挠的斗争。他说：“大字报尽管贴，该讲的我还是要讲。”他排除一切纠缠和干扰，埋头攻读马列经典著作，希望从“老祖宗”那里得到新的启示。针对当时社会上无政府主义思潮泛滥，他特意从书架上取下列宁的《共产主义运动中的“左派”幼稚病》重新研读，并要秘书帮助摘编有关论述，“温故知新”。他联想俄国当年的情形，越来越感到当前这场运动确像列宁说的那样：“否认党性、否认党的纪律”，“无政府主义往往是对工人运动中机会主义罪过的一种惩罚”，“无产阶级政党的内部需要实行极严格的集中制和极严格的纪律，才能抵制这种恶劣影响……。”他从马列著作中吸取了力量，增加了斗争的勇气和智慧。陈毅元帅来到西山叶剑英住处，看到他和办公室人员认真研读列宁《共产主义运动中的“左派”幼稚病》的情景，连声叫好，表示了极大的兴趣和钦佩。
12月8日，叶剑英冒着挨批斗的风险，照常出席军委召开的13所军队院校师生代表座谈会。他针对有人攻击他和陈毅在“10万人大会”上的讲话，严正地提出“反批评”说：“有人不是要搞大民主吗？他们有讲话的自由，我也有讲话的自由！”他驳斥一些别有用心的人攻击军事首脑机关的流言蜚语，斩钉截铁地说：“军委、总政没有反动路线问题”，“军队自上而下不存在一条黑线，不但没有反动路线，而且始终是同错误路线作斗争的。”
这一年冬季，叶剑英和聂荣臻住在西山，常和陈毅、刘志坚（中央文革小组副组长，全军文革小组组长）等在山上会晤，有时徐向前、刘伯承也来。几个人谈论形势，商议稳定军队的大计。一天，陈毅气愤地说，把老干部都打倒了，军队和国家能保住吗？叶剑英深有同感，说：“这样搞，把我们的老传统都搞乱了！”“军队无论如何不能乱”，并谈了继续稳定军队的办法。陈毅听了，举起双手说：“我到阴曹地府也举双手赞成你！”
有一次，几位元帅在西山聚会。年高体弱，双目失明的刘伯承元帅，激动地问大家：“我的眼睛看不见，现在是什么样了？”他边说边走到其他的元帅身边，伸出双手，一个一个地从上到下抚摸着老战友。大家握着他的手，热泪盈眶，舍不得放开。陈毅沉痛地说：“现在看不见最幸福，看见了更是糟心！”
形势日趋恶化。叶剑英和几位元帅以及军委各总部的负责人遭到越来越猛烈的围攻。但叶剑英一直保持坚定乐观的情绪，天天爬山不已，锻炼体魄。在陈毅遭到“造反派”连日批斗、处境最困难的时刻，叶剑英特书《虞美人》词相赠：
串连炮轰何时了，官罢知多少？赫赫沙场旧威风，顶住青年小将几回冲！
严关过尽艰难在，思想幡然改。全心全意一为公，共产宏图大道正朝东。
这首词深刻表达了处在逆境中的两位老战友肝胆相照、热情关注的真挚友谊，是对“文化大革命”的一篇檄文，也是对共产主义的一曲赞歌。正当“炮轰”风暴席卷全国之时，它却不胫而走，流传各地。陈毅读后，提笔写道：“绝妙好词，陈毅拜读”。
林彪、江青一伙对几位元帅的迫害，有增无已。他们指使“造反派”纠缠陈、叶在两次“10万人大会”上的讲话，没完没了，硬逼他们继续检查。此事上告到毛泽东那里。毛泽东想为陈、叶开脱，说：“检讨一下，了此一案。”12月31日，年末岁尾，叶剑英根据毛泽东的指示，被迫到军队院校革命师生大会，即所谓“师生代表”会议上违心地进行“检讨”，算是“送旧迎新”。但是此事并未了结。军内造反派在“中央文革”一些野心家的策动下，成立“批判资产阶级反动路线筹备处”，确定1967年1月5日联合召开“批判资产阶级反动路线大会”，指名要陈毅、叶剑英到会检讨。开会的“通知”有两种颜色、两种写法，发给陈毅、叶剑英的是“到会接受再教育”，给其他人写的是“到会指导”。叶剑英接到通知后，向周恩来作了汇报。周恩来听后，当即质问：是谁同意他们开这个大会的？为什么不报告？果断地说，不能叫他们开这个批判大会，即使开，老帅也不能参加。然后，他亲自出面在人民大会堂连续两个晚上接见群众组织代表说：陈毅、叶剑英几位元帅都是拥护毛主席的，你们把他们作为全军资产阶级反动路线的代表，是“不符合实际的”，“明天的会，我们不赞成”！经过耐心说服，制止了这次批判大会的召开，又一次保护了陈、叶等元帅。
四保护老干部和知识分子
1967年元旦一过，从上海开始向全国各地卷起的“一月风暴”猛烈地冲击着人民解放军的机关和部队。为了配合“造反派”的夺权斗争，林彪等人抛出了“揪军内一小撮”的口号。1月4日，总政治部副主任、全军文革小组组长刘志坚被打倒。1月10日，江青授意中央文革小组成员关锋、王力等人起草了一个《关于〈解放军报〉宣传方针问题的建议》，进一步抛出“彻底揭穿军内一小撮走资本主义道路的当权派”的具体纲领和措施。经过林彪批准“完全同意”。于是林彪、江青一伙明目张胆地把斗争锋芒直接指向叶剑英等儿位元帅和军队各级领导干部。1月11日，经毛泽东批准，中央军委发出改组全军文化革命小组的通知。由徐向前任组长，萧华、杨成武、王新亭、徐立清，关锋、谢镗忠、李曼村等任副组长（3月30日又增补谢富治），江青任小组顾问，组员有叶群、王宏坤等10人。新的全军文化革命小组由中央军委和中央文化革命小组直接领导，不再隶属于总政治部。江青、叶群等凭借自己攫取的干预军队“文化大革命”的权力，在全国煽风点火，刮起了一股反军乱军风。北京、沈阳、昆明、福州、广州、南京、兰州、成都、新疆等军区和各总部、各军兵种的许多负责人遭到揪斗，被逼得东躲西藏，奔赴异地。告急的电报、电话纷至沓来，要求叶老帅给以保护。有些无路可走的，如刘志坚、刘震、成钧、苏振华、赵永大、王恩茂、赵尔陆、许世友、李达、杜义德、王诤等，直接找到叶剑英住地求救。躲进大别山的许世友打电话呼救，叶剑英设法把他接到北京，住进京西宾馆保护起来。后来，许亲自打鸟，设家宴，请叶剑英和西哈努克，以报答“救命之恩”。受叶剑英保护的同志中，也有过去伤害过他和整过他的人，他不计旧恶，对身边工作人员说：“革命者要学会容忍。一个人能够容忍别人所不能容忍的事，就是英雄。”
据周家鼎、张佐良等回忆，主管军委日常工作的叶剑英经过请示周恩来，开列出要保护的老干部名单，竭尽最大努力，采取紧急措施加以保护。凡来者不拒，既来之则保之。叶剑英在军事科学院内的二号楼和西山驻地，一时成了老干部的“庇护所”。床上、地板都住满了，轮番睡觉，分批开饭。这里住不下就送到京西宾馆。在极端困难的条件下，叶剑英还特意关照要做好他们的医疗保健工作，护理好每一个老同志。与此同时，他还同地方有关部门打招呼，想方设法保护钟惠澜、薛愚、柯麟、谢铁骊、华君武、袁世海、谢芳、李维康等知名人士。尽管如此，仍然不能从根本上解决问题，揪斗之风越刮越烈。
五“内忧必然引起外患”
面对这种严峻的形势，中央军委从1月8日起连续召开军委碰头会，军委扩大会议。会议期间，叶剑英和陈毅、徐向前、聂荣臻等继续同林彪、江青一伙进行激烈的斗争。在一次军委扩大会议上，叶剑英针对全国、全军混乱不堪的局势，气愤地说：“他们主张越乱越好，什么党、政府、军队，他们一概否定，都要推倒重来，说这是无产阶级向资产阶级夺权。我们的各级干部，他们给扣上走资派、黑帮、反动权威或其他什么罪名，企图一律加以打倒，说这才是毛主席的无产阶级革命路线。这怎么行呢？这怎么会是毛主席的思想和路线呢？”叶剑英讲到这里，有人当场高喊：“他们有野心！”“我们要和他们辩论！”会场上对江青等人的愤怒情绪达到了顶点。但是，作为会议的主持者叶剑英，还是开导大家冷静下来，要加强团结，加强组织纪律性，搞好战备。
这一期间，叶剑英在参加和主持军委的一系列会议的同时，还经常出席周恩来主持召开的中央政治局会议。在会议上，只要有机会，就同江青等进行面对面的交锋。在一次政治局会议上，叶剑英针对搞乱军队问题，再次强调指出：“地方越乱，军队越要稳。不然，敌人乘虚而入怎么办？”他列举大量事实说明，全国13个军区，有7个军区在搞运动。全军157所院校都在搞运动。到处抓反动路线的代表人物。目标就是抓各个军区、军种兵种的领导人。三个总部，总后瘫痪了，总政几乎瘫痪，总参部分瘫痪。海军瘫痪了，空军瘫痪了。凡瘫痪了的单位，所有的办事机构、会议室、招待所全部被占领。领导人来一个抓一个。他激动地说：“现在空军指挥部只好转移到战备工事中去。如果全国空中有什么事，指挥中断了，事情谁去办！”叶剑英据理力争，手里拿着全国军分区以上单位受冲击的统计表指给江青看，严肃地说：内忧必然引起外患，稳定军队是党和国家的根本利益！
经过叶剑英等力争，在周恩来支持下，1月14日，中共中央发出了《关于不得把斗争锋芒指向军队的通知》。通知强调军队担负备战和保卫国防的任务，不许任何人、任何组织冲击人民解放军的机关。这个通知对稳定军队发挥了重大作用。1月18日，叶剑英又主持制定了《关于各军区开展文化大革命步骤问题的决定》，继续强调一定要保持军队的稳定；各大军区、省军区机关运动必须分期分批进行，不要与地方同时展开；规定济南、南京、福州、武汉、广州、新疆、昆明七个军区推迟或暂停“文化大革命”。
据总参作战部王宪志等部分同志回忆，“文化大革命”开始以来，叶剑英经常听取军委总参谋部作战、情报等部门汇报，掌握部队动态，加强战备，保证部队的稳定。他还抽空视察部队，主持军委常委会听取导弹、核武器的试验、军工生产等情况的汇报，并作了大量的指示。