一“大闹京西”
斗争并未止息。林彪、江青一伙为了反军乱军，篡军夺权，伺机挑起新的更大的争端。
1967年1月19日下午，军委在京西宾馆召开扩大会议。参加会议的有中央军委领导人，各总部、各大军区、各军兵种的主要负责人，以及中央文革成员共40余人。主要议论军队搞不搞“四大”的问题。会上，江青，陈伯达、康生等蓄意制造混乱，起劲地叫嚷，要军队支持革命群众开展“四大”，要和地方一样搞“文化大革命”，不能搞特殊。叶剑英和军委其他领导人则不同意在军队开展“四大”，坚持维护军队的稳定。有人采取折衷的态度，主张军队要搞“四大”，但又要保持稳定。针对这种情况，叶剑英态度非常鲜明，坚决反对搞“四大”。他说，军队是无产阶级专政的柱石，战备任务很重，负有保卫党中央、保卫毛主席、保卫社会主义祖国的重大责任，军队稳不住，一旦敌人入侵，就无法应付。坚持党对军队的绝对领导，是毛泽东军事思想和建军路线的一个根本原则。纪律是执行路线的根本保证。如果开展“四大”，必然发生无政府主义，什么个人服从组织，下级服从上级，都将变成一句空话。这样搞下去，怎么能执行党的路线？怎么能打仗？怎么能担负起保卫社会主义祖国的重任？军队没有铁的纪律，松松垮垮，命令不服从，打起仗来“放羊”，军队就不成其为军队了。
会上，两种意见针锋相对，争论十分激烈。叶群突然向总政治部主任萧华发起攻击。她捏造种种罪名，强加在萧华头上，要他当晚向军队院校师生作检查。接着，陈伯达摆出中央文革组长的架势，指责萧华是“绅士”，不是“战士”，“要把人民解放军变成资产阶级军队”。江青旁敲侧击，竭力帮腔，对萧华进行辱骂攻击。她指着萧华的鼻子问：今晚在工人体育馆召开10万人大会，你敢不敢去？逼迫他到会上说清问题。萧华以沉默表示对抗。江青一伙转而向会议提出，由徐向前主管总政工作。会上没有人表态。很明显，“项庄舞剑，意在沛公”，江青、陈伯达一伙围攻萧华的险恶用心是妄图从总政打开缺口，搞乱军队，以便他们进而打倒叶剑英等元帅，夺取军权。叶剑英、聂荣臻对此看得非常明白，极为愤慨，未等会议结束，就退出会场，以示抗议。叶剑英回去后，立即将会议情况报告毛泽东、周恩来，要求制止批斗萧华。周恩来回电话说：“没有我的命令，萧华不能去大会检查。”但，风波并未平息。
这一天，军委扩大的碰头会散会时，徐向前特意宣布：“会议的内容要严格保密，不准外传，这是条纪律。”但是，会后北京军区一位领导人在传达会议精神时不慎失密，走漏了消息，总政一位副主任的笔记本也被“造反派”劫走。北京军区战友文工团等单位的“造反派”连夜向萧华发起“突然袭击”，跑到景山东街抓他。萧华听到风声，立即从后门跑出，到傅钟家，然后坐上车子飞驰到西山叶剑英住所，躲了起来。
第二天上午，军委扩大的碰头会在京西宾馆继续进行，发生了“大闹京西”事件。会议开始，主持人徐向前知道了昨天夜里发生的情况即向秘书查问，昨天会议谁作的记录？谁走漏了会议消息？这时，会场上，江青、陈伯达、叶群、王力等人坐在前排，江青坐在叶剑英的左侧。她看到萧华没有来，阴阳怪气地故意发问：“总政治部主任失踪，到哪里去了？”叶剑英正气凛然，不予理睬。过了一会儿，萧华来了，徐向前问他，昨晚到哪里去了。萧华躲躲闪闪。徐向前生气地对萧华说：“你是胆小鬼！你怕什么？他们能把你吃掉吗？”他盛怒之下，拍了桌子，把茶杯盖子和碟子都摔了。这时，一直冷静沉默的叶剑英，面对江青的查问，也大声地说：“他昨天半夜里跑到我那里去了，是我把他收留下来的，如果有窝藏之罪，我来担当！”说话间按捺不住满腔怒火，猛拍桌子，伤及右掌。散会回家以后，端茶杯觉得右手无力，秘书陪他到军事科学院门诊部拍了片子，才发现右手掌骨远端骨折。可见当时气恼之极，用力之猛！一向和蔼可亲的叶剑英发了这么大的脾气，江青等人一下子被震住了，不再质问了，也不提抓萧华了。陈伯达相当狡猾。他曾对人说“经过三座门（军委办公地点）就头疼”。他这天感到事情不大对头，当晚便写了一张纸条，通过军委办公厅电话传给叶剑英，解释说，19号下午开会，因为安眠药吃多了，讲萧华是绅士不是战士，这个话他否定，要收回来。
二下达军委八条命令和七项规定
1月22日，毛泽东在人民大会堂接见参加军委扩大的碰头会的高级领导同志。周恩来和毛泽东坐在一起。毛泽东特意招呼叶剑英等坐在他的身边，并询问碰头会上的情况。叶剑英扼要地谈了自己的意见。军队一些高级领导同志此时此刻见到毛泽东主席，心情非常激动，纷纷向他汇报部队在“文化大革命”中遇到的问题，诉说领导干部在运动中受到残酷斗争的情形。毛泽东说军队要抓紧战备，要稳定，要团结，不要你搞我，我搞你，不要闹分裂。
根据毛泽东的指示，叶剑英主持军委碰头会议，同其他几位军委领导同志反复商量，一致认为无论如何要稳住军队。叶剑英说：“我们军队要搞个法，搞个命令，搞个章程，不能把军队搞乱了。”聂荣臻说：“不能再乱下去了，军队要有个限制才行。”1月24日晚，徐向前、叶剑英和聂荣臻先后到毛家湾林彪住地，向林彪提出军队要有个限制，要尽快搞个条令和规定。林彪同意，拟定了一个军委命令初稿，送中央文革讨论，又报请毛泽东批示。毛泽东、周恩来找几位元帅研究，最后审定批示“很好，照发”。《军委八条命令》于1月28日由中央军委颁布执行。2月21日，中共中央又正式通知全国各地执行。
“八条命令”规定，全军指战员必须坚守岗位，不得擅离职守；不允许自由抓人、抄家、封门、体罚和变相体罚；一切外出串连的军人和职工等，应迅速返回本地区、本单位，不要逗留在北京和其他地方；今后一律不许冲击军事机关；军队内战备系统和保密系统，不准冲击和串连；军、师、团，营、连等单位，坚持采取正面教育的方针；各级干部、特别是高级干部，要用毛泽东思想严格教育予女。
这“八条命令”的主旨在于稳定军队。由于它经过毛泽东批准，颁布后对稳定军队局势确实起到了很大作用。
各大军区广大指战员热烈拥护，坚决执行这一项命令。有些军区派飞机广为散发。许多地区根据命令制止了一些反革命分子的活动。福州军区请示军委，要求把一些经常冲击军事机关的打砸抢分子集中管制，叶剑英考虑到福州地处前线，从战备需要出发，批准了他们的请示。但是，江青一伙对“八条命令”是一直反对的。“命令”下达没有多久，他们就四处活动，煽动各地“造反派”到处冲击军事机关，夺取武器弹药。
为了进一步解决稳定军队局势问题，1967年2月6日，军委碰头会议转移到西山，在叶剑英主持下继续开会。叶剑英分析一些地区军队混乱的局势，感到“八条命令”还不够，也未完全落到实处，还要再规定几条加以限制。他说：“军委命令本来是九条，拿到中央文革讨论，他们把党委领导，不成立战斗组织的一条内容删掉了。这些问题同他们就是讲不通，免不了还有一场争论！军队机关如果允许成立战斗组织，不就是允许夺权吗？这个问题要进行辩论！”他和几位老帅商量后，于2月8日以军委名义发出通知：明令外出串连的人员，限期返回本单位，设在各地的联络站一律撤销。
为了贯彻军委“八条命令”，叶剑英又和聂荣臻研究主持制定了《中共中央军委关于军以上领导机关文化大革命的几项规定》（即七项规定），进一步规定了稳定军队的具体措施，下发部队。叶剑英在军委碰头会上说：“本来八条一个文件就可以解决问题了，现在又搞了个七条，这些都是我们斗争米的！”
七条明确规定，陆、空军的军以下单位，海军基地以下单位一律不搞“四大”，坚持进行正面教育。绝对不准任何人，到这些单位进行串连；各级军事领导机关一律不允许自下而上的夺权；军以上机关的文化大革命必须由党委领导，取消各种文化大革命战斗组织；对干部一概打倒是完全错误的；要反对无政府主义、极端民主化、小团体主义、个人主义和主观主义等不良倾向。
“八条命令”和“七条规定”相继颁布后，逐步消除了一些地区的混乱现象，保证了部队的正常秩序，在一定程度上挫败了江青、陈伯达，康生等人乱军夺权的阴谋。叶剑英根据“命令”和“规定”，先后解决了成都、青海、新疆、南京、内蒙、甘肃、广州等地军事机关和领导干部被“造反派”围困之灾。
三“大闹怀仁堂”
林彪、江青一伙蓄意伺机报复，双方斗争日趋尖锐、白热化。
1967年2月11日和16日，周恩来在中南海怀仁堂主持召开中央碰头会（即怀仁堂会议）。桌子两旁一边有七位军委副主席、国务院副总理和余秋里、谷牧，一边有陈伯达、康生等“中央文革”成员，对阵分明。在这两次会上，围绕着“文化大革命”要不要党的领导，应不应将老干部统统打倒，要不要稳定军队等重大原则问题，展开了针锋相对的斗争。
在2月14日下午的碰头会上，叶剑英站起来指着康生、陈伯达、张春桥一伙，拍着桌子，气愤地说：“你们把党搞乱了，把政府搞乱了，把工厂、农村搞乱了！你们还嫌不够，还一定要把军队搞乱！这样搞，你们想干什么？上海夺权，改名为上海公社，这样大的问题，涉及国家体制，不经政治局讨论，就擅自改变名称，又是想干什么？”徐向前、聂荣臻也相继指责他们的错误。叶剑英嘲讽地质问陈伯达说：“我们不看书，不看报，也不懂什么是巴黎公社的原则。请你解释一下，什么是巴黎公社的原则？革命，能没有党的领导吗？能不要军队吗？”会后，陈毅对叶剑英说：“剑公，你真勇敢！”
2月16日下午，继续开碰头会。这次会议，斗争更加激烈。会上谭震林、陈毅、李先念、余秋里等继续对“文化大革命”错误做法提出批评。谭震林慷慨激昂，越说越气，大声指责张春桥等打倒老干部是“党的历史上斗争最残酷的一次”，说“砍脑袋，坐监牢，开除党籍，也要斗争到底”！他站起来，夹起皮包要退出会场。周恩来连忙劝阻。陈毅说：不要走，要留在这里斗争！散会后，张春桥、王力、姚文元立即向江青汇报，并于当晚拼凑了一份歪曲事实真相的所谓《二月十六口怀仁堂会议》材料，捏造罪名，诬陷老同志。江青定调说：“这是一场新的大的路线斗争”，当即亲自安排，由张春桥、姚文元等向毛泽东告状。毛泽东听了他们的汇报后，对这些老同志否定“文化大革命”很不满意。
2月19日凌晨，毛泽东召集部分政治局委员开会，严厉批评了在怀仁堂会议上提意见的一些老同志，责令他们检讨。周恩来也作了检讨。从2月25日起至3月18日，在怀仁堂召开了7次“政治局生活会”进行批判。林彪、江青、康生、张春桥等人把“三老”、“四帅”在不同会议上对“文化大革命”的批评诬陷为“二月逆流”，借机掀起所谓“反击全国自上而下的复辟逆流”的浪潮，更大规模地打击迫害党和国家的各级领导干部。此后，中央政治局便在实际上停止了活动，由中央文革小组取代其职能，批判斗争一直没有停止。1968年10月，在八届十二中全会上，又一次女肆批判“二月逆流”。谭震林被剥夺了参加中央全会的权利。参加全会的陈毅、叶剑英、李富春、李先念、徐向前、聂荣臻等在会上遭到围攻。康生说：“二月逆流首先打第一炮的是叶剑英。”林彪说：“二月逆流是一次严重的反党事件”，“资本主义复辟的预演。”这次全会公报说：“全会严肃批判了那个反对八届十一中全会决定、反对无产阶级文化大革命、反对以毛主席为首、林副主席为副的无产阶级司令部的一九六七年的‘二月逆流’。”
四主持召开军以上干部会议
叶剑英逆流而上，继续坚持斗争。就在怀仁堂会议的第二天，1967年2月17日，他亲自修改批发中央军委致“成都革命造反兵团”等造反派组织的公开信。信中说：“你们不要把斗争锋芒指向人民解放军。严重后果由你们完全负责。”这封信先在成都地区后在全国用飞机散发开来。同一天，叶剑英还批准发出了《关于文艺团体无产阶级文化大革命的规定》的电报，严格制止一些“造反派”到各大军区打砸抢、扰乱部队正常秩序的错误行为，要求各单位限期把他们押回北京。
1967年2月23日，叶剑英亲自打电话向青海省军区副司令员赵永夫询问“青海事件”发生过程，并向毛泽东作了报告。但林彪、江青却继续追查，把攻击矛头对准叶剑英。此后，叶剑英又以中央军委名义给南京军区下达了关于军事院校恢复党委领导、停止搞“四大”等四点指示。他还受中央委托继续帮助解决新疆、内蒙、甘肃等地的问题。所有这些，都受到各军区的拥护和支持，保证了部队的稳定，但却招来了林彪、江青的更大怨恨，一条条罪状和种种迫害接踵而至。
叶剑英并没有被压倒，在极其困难的条件下，继续想尽办法，稳定军队，坚持党对军队的绝对领导权。经过酝酿，2月26日他就召开军级干部会议一事向党中央、毛泽东作了专题报告。从2月下旬到3月下旬，他和几位元帅一起主持召开了军以上干部会议。这次会议虽然名义上着重讨论军队支援地方春耕生产以及军队对全国大中学校师生进行军训等问题，但真正的目的在于统一军队高级干部对“文化大革命”的认识，解决军队在“三支两军”（毛泽东要求军队介入地方“文化大革命”，“支左，支工、支农”，“军管”、“军训”）中遇到的困难，维护部队的团结稳定。参加会议的有各大军区、各军兵种、各总部军以上干部100余人。叶剑英在预备会议上动员说，希望大家打消顾虑，反映部队的真实情况，包括正面教育、军事训练、“三支两军”、与地方的关系问题，以及机关被冲击和反冲击等各方面的问题，都可以谈谈，有些典型事例可以在会上讲。也可以写成书面材料。叶剑英了解了部队各方面的情况以后，在大小会议上，有针对性地作了数次发言，就“文化大革命”应当怎样看，部队如何搞法，怎样处理军队与地方（包括“革委会”和“造反派”）的关系等一系列复杂棘手的问题谈了自己的看法，作了明确指示。他还利用机会，同少数人座谈或个别交谈，使与会的多数同志心里有了底。
但这次会议进展并不顺利。林彪、江青等发觉这次会议“风向不对”，诬蔑叶剑英“抓军队反对中央文革”，“搜集黑材料反对文化大革命”。康生气势汹汹地到会上讲话，手里摇晃着叶剑英批准的军委致成都“造反派”的公开信，当众指责它充满了“国民党语言”，是“镇压群众”的文件。3月20日，林彪突然来到会上讲话，大放厥词，说什么“文化大革命”的“损失是最小最小最小，成绩是最大最大最大”，“要采取主动的进攻”，“要抓带枪的刘邓路线”！这次会议尽管遭到林彪、江青一伙的干扰破坏，还是取得了很大成果。有人反映这次会议对稳定军队起到了积极的潜在的作用。