顾宪成擢升吏部考功主事，又历官员外郎。恰逢明神宗下诏将皇长子（朱常洛，恭妃所出）、皇三子（朱常询，皇贵妃郑氏所出）、皇五子（朱常浩）一并封王。顾宪成遂和同僚一道上疏进谏说：
皇上沿袭《祖训》立嫡的条例，准备暂时令三位皇子一并封王，借以待日后有嫡子则立嫡子为太子，若无嫡子，则立长子为太子。我们作巨子的考虑，‘待’这个字，有大不可的地方。太子是国家根本。之所以预立太子，正是要稳定国本。因此有嫡子则立嫡子，无嫡子就应立长子。就目下情形而论，皇后无嗣，就应‘无嫡立长，’如果还要‘待’将来，就不对了。我大明朝建立皇储，家法世承，就是太子不必待有嫡子，而皇长子与其他皇子不并封王爵。这些廷臣已经详加论议，无奈皇上一概不加审察，难道皇上的创见比圣明的列祖列宗还高一筹吗？抚有天下的人称天子，天子的长子称太子。天子承继于天，故与天为一体；太子承继于父，故与父为一体。主持祭天，承继帝位，于是为太子，而不得封王爵。如今要同时封三王，皇长子的封号究竟如何确定才好呢？不确定吧，就难以称其名；确定吧，就会名不副实。
皇上以为并封三王不过是权宜之计而已。所谓权宜，乃是不得已而实行之。皇长子定为太子，其他皇子列为藩王，如此，在道理上讲得通，在名分上也相称，在人情上还可以相安，有什么不得已而必定要并封三王呢？如果皇长子与其他皇子比肩而立，势力均等，势必导致皇子侍宠相逼。皇上若以《祖训》为法，坚持不变，后世子孙也会以皇上为法，坚持不变。皇上今天若轻易改变祖训，自创新例，难道后世不以此为由任意变更祖训吗？自今以后，如果都有嫡子固然清事顺利，一旦没有嫡子，恐怕也就不会有太子了。如果后世皇帝都象皇上这样英明固然诸事顺利，否则，凡为皇子都有定为太子的可能。这样一来，不是开了万世祸乱的先例吗？皇后与皇上共同承继宗嗣，自然期望从嗣子中得到承桃之人。皇上的长子及其他儿子，就是皇后的长子及其他儿子，恭妃虽诞育皇长子、皇贵妃虽诞育皇三子，但都不得据为己有，而统通应归于尊为国母的皇后。难道一定如大学士王锡爵所建议的那样，必须拜皇后为母，然后才能取得嫡子资格吗？
况且，开始奉旨，不过说少待二、三年，不久改在万历二十年（公元1592年），又改在万历二十一年，即使这样，还是能够积以时日等待的。今天手诏则说‘待嫡’，如此，则遥遥无期了。皇命刚刚宣布就突然改变，旨意一改再改而所待之期越来越长。自并封三王诏谕公布，赴京上书的人数不胜数，甚至市井百姓也聚众私议，究竟是谁造成了这种局面呢？很简单，公道自在人心。而皇上却令辅臣王锡爵承担政局波动的责任。王锡爵从早到晚供事内廷，乃力排公议而屈从皇上意旨，他这样做，难道是一般的担当吗？他必然是诚心所积，天良所感，千方百计想使皇上处于无可訾议的地位。王锡爵所作所为，堪称真担当呀！不然的话，连皇上都不能拿天下公论怎么样，更何况王锡爵呢？
皇上是神明天纵的圣主，不能与溺爱宠妃的昏君相提并论。然而不能体谅圣心的人，看见影子就疑心有形，听见响动就疑心有声，即便我们列身朝廷也难免有不解之处。皇上的崇高品德与丰功伟业超过三皇五帝。如今竟遭遇如此意外的纷纷指摘，这不是很可惜吗？我们作臣子的乞求皇上令皇长子早正储位，定名太子，皇第三子、皇第五子各就所封的王爵。如此，则父父子子，君君臣臣，兄兄弟弟，都各正其位。皇室宗庙之福，国家社稷之庆，全部取决于早定国本呵！