这首先表现在党纪政纪处理环节，存在着严重的腐败保护主义。党纪政纪是预防腐败犯罪的第一道防线。通过党纪政纪的处分，可以限制甚至剥夺违纪者的权力，从而也限制了违纪者继续违法犯罪的能力和手段。但实践中由于腐败保护主义的影响，造成以“风”挡罪、以罚代刑、大事化小、小事化了，使党纪政纪的处分成为一些腐败分子的避风港。对这一问题，尉健行早就指出：“现在这方面值得注意的是党内有的人搞‘好人主义’和庸俗关系学，执纪偏软、偏宽。对那些敢于无视党纪国法、腐败堕落的干部，必须用重典。不痛不痒的处分只会产生负面效果。”当前腐败保护主义突出表现在：①认识糊涂、观念错位。少数人总是把经济建设与廉政建设对立起来，认为“经济要上，廉政要让”，认为搞市场经济，允许犯错误踩“红线”甚至越“雷池”，认为查处“能人”会扼杀人才，堵死财路；一些领导对“保护干部的积极性”不能作正确理解，对一些经济犯罪的干部常常采取保护的措施，使一些犯错误的干部有恃无恐。有些地方甚至把过去在经济问题上犯过罪判过刑的人当作“经济能人”重用。凡此种种，使得一些人对腐败分子采取“温柔态度”。另外，由于有些人对腐败态度暧昧，认为腐败“闻起来臭，吃起来香”，因此对腐败情意缠绵，羡慕腐败分子而加以保护，保护上级以求“靠山”不倒，保护同级以盼投桃报李，保护下级以图得到更多的选票与利益。②规定某些领域或某些单位不能设监督机构，也不许监督机关进去检查；规定某些人物的腐败问题不能查，任其逍遥法外。③宣称“查内不查外、查下不查上”，而当外单位或上级发生的腐败案件涉及本地部门，派人前来调查时，他们又拒不配合，甚至出假证，设官卡，阻挠调查。④将信访举报信件交给被举报人，或把举报内容“通报”给被举报者，让其预做手脚，防备查处。⑤有案不立，瞒案不报，压案不查，或拖案不决。根据纪检监察机关的统计资料，1992年10月至1997年6月，全国纪检监察机关收到举报线索755万条，仅立案731000人，只占9．7％。90％多的没有立案，这绝对不是正常现象。广东省徐闻县原县委书记苏凤娟在位时非法所得赃款128万元，港币10万元，在荣升省民政厅副厅长时，省纪检检察部门收到多达两麻袋的举报信，而上级部门对她专门调查的结论却是：“没有任何问题，非常称职的好干部。”某国有企业1995年发生了一起合伙贪污大案，贪污数额最多者达2万余元，少的也有5000余元。问题查清后，该企业的主要领导不经上级主管部门批准擅自处理，使该案中的4人逃离了法律的制裁。某乡一副乡长受贿7000余元，本应报上级有关部门处理，可该乡党委主要领导息事宁人，越权对案件当事人予以党内严重警告处分。直至有人举报后，才使案件得以公正处理。由于瞒案不报，有些单位腐败现象频频发生，积重难返。⑥对查办腐败案件明里支持，暗中干扰，或说情袒护，或“打暗语，使眼色”，或为被查者歌功颂德，乃至这边查处，那边提拔，或通风报信、内外勾结，造成阻力与压力，使案件查不下去。如哈尔滨市国贸城原董事长兼总经理张庭浦违法犯罪一案，在案件检查开始时，张庭浦动用100万元的钱物贿赂有关人员后，办案工作遇到了来自社会方方面面的干扰，有的直接出面说情，有的幕后操纵干扰，该捕的不能捕，该查的不能查，先后有6名执法执纪人员被拉下了水，结果许多问题无法深入，有的问题被淡化、摆平，使得这个后来轰动全国的大案在第一回合的较量中以调查工作严重受挫而告终。⑦以功掩过，以教育代替处理，以态度好否定必要的处分，以种种理由为腐败开脱罪责，大事化小，小事化了，或者以纪代法、以罚代刑，使法律、纪律处分不能到位；有的还以“易地为官”帮助腐败分子逃脱惩罚。如广东省佛岗县原副县长陈榕华为了筹集50万元为自己购置一辆丰田车，竟然挪用扶贫资金与农业发展基金27万元，又向下属各局强行摊派23万元。事发后的处分仅仅是撤职，而没有法办。2000年兰州市开除了5名县处级违纪违法领导干部的党籍，除兰州市社会保险事业管理局原局长王武堂被开除党籍，同时建议开除公职并由司法机关继续审查外，另外4人无一移送司法机关，也无一被建议开除公职。这其中：兰州市西固公安分局原副局长马立阳，因虚开发票、私自销售警用器械等被开除党籍和行政撤职后，照旧是一个拥有警察身份的公务员；兰州市科协原副主席马生禄，单单“非法获取银行利息高达358．9万元”这么大数字的“非法”收入，仅以一个党纪政纪处分就了结了；兰州市连城铝厂原总会计师钟玉成，光收受贿赂就达人民币2．6万元、港币3．9万元，应被追究刑事责任，仅以开除党籍作为最后的、最高的处分，使其逃脱了法律的应有惩罚，在一定意义上岂不是以“党籍抵罪”吗？⑧对被处分者名降暗升，职降而利不损，位低而威不减，甚至由基层机关，由瘦缺换肥缺，由虚职变实职。如原陆川县委副书记、常务副县长丘春桂因风流韵事寻找打手报复，打人行凶，故意伤害领导人事发后不久，竟然被调到桂林市临桂县当上了县委书记。北京一个总公司的董事长因为用公款带着情人去旅游开会，被查处给了个严重警告处分，没几天却被平级（局级）调到计委上任，真是因祸得福。⑨搞迂回战术，虽则迫于党内外压力而处分了被保护者，但不久就瞅准机会给他官复原职，甚至提拔重用，让人觉得“搞腐败有功”。⑩党纪政纪处分难兑现。严格执行纪律，是严惩腐败的重要环节。但是在落实处分决定过程中，存在着地方和部门保护主义、好人主义等问题，执纪失之于宽、失之于软。一些地方纪律处分决定不宣布、不装档案；个别干部甚至被处分不久就被提拔重用等。各级纪检监察机关按照中央纪委第五次全会提出的“对几年来查结案件的处分决定执行情况进行全面检查”的要求，自2001年3月起，对近年来查结案件的党纪政纪处分的执行情况进行一次全面检查。据统计，自1997年10月至2000年12月，全国纪检监察机关共下达党纪政纪处分决定60．9万份。其中，处分决定已全部执行的57．7万份，占96．6％；处分决定执行不到位的2万份，占3．4％。湖北省纪委、监察厅对所属各地纪检监察机关1998—1999年期间作出的党纪政纪处分决定执行情况进行检查，发现全省受行政降级和党内撤职以上处分的1273名副科级以上党员干部中，有140人所受处分决定未被执行，其中未按规定降低工资和变动职务的占136人。据《楚天都市报》报道，近两年来，湖北大冶市共有200多名违纪违规党员干部受到党纪政纪处分。由于少数违纪干部所在单位从单位利益出发，“处分决定”下达后，应归档的材料不归档，应撤职的变相任职；少数单位领导还姑息迁就违纪人员，该清除出队伍的未清除，该调离岗位的未调离，致使60份“党纪政纪处分决定”成为一纸空文，如同“白条”。其中一名因受贿被判刑的干部，至今仍在其单位拿全额工资。
其次表现于刑事诉讼的各个环节，在立案侦查阶段，存在着大事化小、小事化了的倾向，这导致犯罪“黑数”（没有被查处的犯罪数量）不断增长。根据最高人民检察院工作报告中的统计数字，1993—1997年共立案侦查职务犯罪案件387352件，仅起诉181873人，即使假定一案只有一人，两者相比较，起诉人数只占立案人数的47％。如果与检察院收到的举报线索180万件相比较，则起诉数只占举报数的10．1％。近几年的情况大致相同。职务犯罪案件成案率如此之低，说明有严重的放纵犯罪之嫌，也说明腐败黑数至少有一多半、大部分人没有被查处。值得注意的是，这种放纵犯罪的倾向近来有制度化的趋向。如据《江南时报》消息：珠海市检察院为了给那些已经利用权力获取了不正当利益，但主观恶性不深的海关官员一个悔过自新的机会，便开设了“悔过账户”，要求凡有贪污、受贿、挪用公款、私分国有资产、私分罚没财物等职务犯罪行为的人员，在一定期限内，以不公开姓名及身份的方式，退清赃款。只要退款数额与日后检察院查证的数额没有明显出入的，检察机关就视同自动投案，不对其采取拘留、逮捕等强制措施，而依照法律、政策从宽处理，直至免予追究刑事责任。检察院未经审判一纸通告就免除了这些腐败分子的刑事责任，这种做法显然没有法律依据，检察院凭什么免予追究刑事责任？另据《河南商报》报道，四川省在打击在逃贪污、贿赂等犯罪嫌疑人专项行动中，专门制定了从宽处理投案自首人员的措施：凡贪污、受贿金额在5万元以下，犯罪嫌疑人若能主动投案自首，退清全部赃款赃物，且对单位和国家未造成重大损失，原则上可以不起诉、不进行刑事处罚、不追究刑事责任。如此宽大的“自首令”对于犯罪分子来说划得来，只要自首，罪行一笔勾销。四川省有什么权力将《刑法》规定的起刑数额从“五千元以上”“突破”到“五万元”？而且它根据什么规定作出不起诉决定呢？
在审判阶段，对腐败分子有罪不判、重罪轻判、轻罪不判的倾向比较严重。根据最高人民检察院和法院工作报告，1993—1997年，对职务犯罪，法院判刑人数为检察院立案人数的41％，1998年为45％，1999年为41％，2000年为39．7％，2001年为42．6％。有一多半的人被立案调查后没有被判刑；另有资料显示，1993年至1998年我国因腐败而受查处的官员被判刑的仅有6．6％。根据最高人民法院和最高人民检察院2003年的工作报告公布的统计数字，1998年至2002年全国各级检察机关共立案侦查贪污贿赂等职务犯罪案件207103件，涉嫌犯罪的县处级以上干部12830人，而同期全国各级法院共判处贪污贿赂等职务犯罪分子83308人，其中县处级以上公务人员2662人。假设一案只有一人，两者相比，前者占后者的比例分别为40．2％和20．7％。职务犯罪分子的成案率、判刑率如此之低，使得相当多的职务犯罪分子逃脱了刑法的处罚。特别是在“有立功表现”的幌子下，对罪犯的惩处越来越轻。表现在：一是死刑适用较少，无法有效地震慑犯罪。按照刑法规定，贪污受贿10万元以上就可以判处死刑，但近年贪污受贿几十万、几百万元而被判死刑的寥寥无几，甚至贪污上千万的仅判了死缓。二是大量适用缓刑，实际上使犯罪分子逃脱了惩罚。据《经济日报》报道，某市1997年判决经济犯罪分子104．人，其中缓刑65人，占62．50％；1998年判决97人，其中缓刑63人，占65％。有个基层法院判决6人，全部为缓刑，占100％。这些还不包括免予刑事处分的案件，判处缓刑的经济案件9 5％是万元以上的大案。再如1999年合肥市两级法院对检察机关起诉的自侦案件生效判决48件50人，其中贪污贿赂案45件47人，渎职案3件3人，共对22人宣告缓刑，免予刑事处罚9人。宣告缓刑人数占生效判决人数的44％，免予刑事处罚的占生效判决人数的18％，两项合计为62％。另据《检察日报》报道，据某市检察机关统计，1999年至2000年9月，该市两级法院判决的306名职务犯罪罪犯中，被判处缓刑或免予刑事处分的多达250人，占81．7％。据笔者调查，对腐败分子如此大量地适用缓刑或免予刑事处罚的情形在全国各地的法院中屡见不鲜。缓刑过多，不仅使法律权威丧失，也极不利于对此类犯罪的有效惩治，严重削弱了刑罚的威慑作用，社会效果、法律效果很不好；同时造成一种恶性循环，过于宽松的判决结果使有些国家工作人员看到职务犯罪惩治较轻，侥幸、冒险心理进一步强化，以身试法，顶风作案屡禁不绝。近年腐败分子“前腐后继”与此有很大关系。三是财产刑适用很少。现行刑法总则中对罚金和没收财产作为附加刑加以规定。分则中对腐败性犯罪处以罚金未作规定，对处以没收财产虽有规定，但只限于赃款、赃物或实际追缴的赃款、赃物。而在司法实践中能够认定为赃款赃物的只是其非法所得的很少一部分，这使得一些腐败分子虽然政治上受到了打击，但经济上损失不大。有的案发前将其赃款赃物转移给其近亲属所有，逃避查处，一些腐败分子由此产生“牺牲我一个，幸福全家人（或几代人）”、“痛苦一阵子，舒服一辈子”的宽慰。
在判决的执行阶段，对腐败分子的判决执行也不严，表现在，一是许多腐败分子在监狱的待遇比一般犯人要好。据笔者调查，一些腐败分子由于过去的权势和金钱，在狱中备受礼遇，尤其是查处前官职较高的腐败分子在监狱中一般从事的都是很轻很舒服的劳动，如养花、收发报纸、打扫卫生等。监狱对他们的管理也很松。如贵州省遵义贪官姜云宽因犯受贿罪被判处有期徒刑13年，在监狱服刑期间，姜云宽的亲属朋友乘车入狱，为姜祝寿。原萧山市市长莫妙荣1996年被判无期徒刑入狱后，竟然出现了送礼探望者络绎不绝的现象，仅头一个月就达25人次，不到一年，已有200人次送礼送物，其中不乏有权有势之人。二是腐败分子办理减刑、假释、保外就医、监外执行的比较多，这实际上使犯罪分子逃脱了惩罚。由于腐败犯罪分子案发前所具有的较为优越的政治、经济地位和复杂的人际关系，决定了他们在案发后的活动能量要远远大于其他犯罪分子。他们办理减刑、假释、保外就医、监外执行比一般犯人更为容易。有人对此讽刺道：“贪污受贿几十万，被告席上站一站，劳改农场不用去，‘生病’早早把家还。”。这种不正常现象的客观后果是：严重削弱了法律的威慑力，致使刑罚不能从根本上打掉犯罪分子的嚣张气焰，使刑罚失去了一般预防的作用。