对于美国政府的答复，日本深表不满。因为，美方咬定阿波丸偏离了既定的航线，而且没有按约定打开灯光加以照明，将一盆脏水泼了过来，把事故责任推到了阿波丸身上。为此，日本政府立即提出抗议，称无故进攻阿波丸是历史上最无信的行为，要求美国方面承担全部责任，并再次要求美国政府作出解释。日方还通过瑞士代表团，对美方提出了“六点要求”：
一、美军是在什么情况下击沉阿波丸的
二、幸存者的人数及姓名。
三、幸存者现被扣留的地点。
四、幸存者的待遇。
五、幸存者的健康状况。
六、关于发射鱼雷的详细情况。
日本还开动新闻机器，进行集中报道，使阿波丸事件迅速升温，成为世人关注的一大焦点，美国政府陷入尴尬、理屈、被动局面。为了挽回影响，美国不得已，只能“挥泪斩马谡”，将肇事者拉福林提交了军事法庭。
4月16日，在盟军太平洋前线司令部的驻地果阿姆岛，海军军事法庭进行了第一次审理。出席人员有：审判人员约翰·福比海军中将、杰西·B·奥莱德罗夫海军中将、阿纳斯特·康达海军少将、约翰·H·布来温海军少将、阿里·阿里斯海军大校和路易斯·S·帕克斯海军大校；法官约翰·C·马克海军大校；辩护人亨利·C·布莱顿海军大校和约翰·H·卡夫迈中校。
对拉福林的调查和起诉共有三项：不胜任职务；不履行命令；执行命令怠慢。
拉福林仅仅承认自己是在天气不好、难以分辨敌舰性质的紧急情况下，做出了误判，而非有意为之。
四天后，军事法庭调查的最后一天，美国太平洋舰队司令尼米兹将军现身法庭，可见军方的重视程度。
经过审理，军事法庭认定，拉福林的罪行属于“执行命令怠慢”，并进而作出了 “惩戒免职，送还本国”的处分决定。
但是，日本政府对此判决并不满意，4月26日，就阿波丸事件，日方提出了强烈抗议：
从4月1日阿波丸被击沉之前发出的情报看，阿波丸当时正在预定的航行位置。因此可以得出结论：阿波丸是被美国潜艇故意击沉的。这次灾难的全部责任应由美国政府承担。
……日本政府被美国政府的恳切要求打动，在非常困难的情况下，为奉行人道主义甘愿付出代价，选定阿波丸从事运输救援物资。而美国无视其对航行安全作出的承诺，发现归途中的阿波丸后，故意将其击沉。这不仅是战争史上前所未有，也是最为人不齿的失信行为。
对于日本控制下的俘虏和扣留平民的处理问题，由此可认为是美国政府已经抛弃日方所给予的机会和希望。
对于此种破坏人道主义和国际法基本原则的可耻行为，日本政府强烈要求美国政府承担其全部责任。
日本政府和全体国民对发生的这场悲惨事件感到非常愤慨。日本国民绝不是被动地坐等美国政府对此事件随意处理的愚民，他们有权对美国政府提出强烈抗议，有权对美国政府这种食言、失信行为，采取各种手段进行反击。
美国政府除了表示遗憾之外，仍然坚持要求日本继续派船运送人道主义物资，并警告日方，如果施行报复行为，必须承担严重后果。
5月16日，日本政府再次抗议，并提出三点要求：“一是美国政府向日本政府谢罪；二是美国政府处罚事故责任人，并将结果通报日本政府；三是美国政府对以下事项进行赔偿：a.遇难的船员；b.遇难的乘客；c.幸存者的损失、船只的损失；d.所装货物的损失。”希望美国政府立即作出答复。
时隔两天，美国政府就作出了正式回复：
一、美国政府于4月10日和5月18日通过瑞士政府转给日本政府的答复，已经表示了美国政府对此事件造成的多人罹难的痛心和遗憾。
关于阿波丸事件的调查工作已经结束，船只是在大雾中航行时被击中的。有证据表明，该船点亮了夜间航行时应该亮的灯火；阿波丸偏离约定的航线8英里，在预定位置前方约32英里。该船的沉没位置和预定的地点稍有出入，但并非不在情理之中。潜水艇向该船发射鱼雷的前后一直没有弄清它的身份。
阿波丸几乎遵守了安全航海的协定中必须遵守的条款，因此潜水艇舰长有责任辨别并确认它。由于舰长的疏忽大意造成了事故。美国政府承认对击沉阿波丸负有责任。
二、已经对有关的美国潜水艇舰长进行了惩罚处分。
三、赔偿问题涉及许多复杂因素，因此在战时不能圆满地解决这个问题。因此希望把这个问题放到战争结束之后再解决。那时美国政府将兑现赔偿的所有细节问题。美国政府向日本政府保证，到那时将公正地处理这一问题而不受政治形势的影响。
四、事件的幸存者暂时被扣美国警察机关，将和其他的日本人一道在与盟国人员进行交换的时候一并交还日本。
在阿波丸事件交涉上，尽管日方理直气壮，但是，在战场上，美军横扫日军如卷席。日本虽然还在做垂死挣扎，却已经是无牙老虎，根本无法挽回败局。胜者为王，败者为寇，这个道理，美国岂能不明白所以，无论日方怎么抗议，美方总是沉着应对，能拖就拖，日本也是无可奈何。
双方的“拉锯战”，一直打到8月10日，日方才匆匆提出了索赔的具体要求：赔偿遇难的船员和乘客2003人生命财产1.9亿日元；对于船上装载的9812吨物资，给予3037万日元的赔偿；向日本政府赔偿船只以替代阿波丸，其规格、条件应当和阿波丸相同。
可是，尚未得到美方的答复，8月15日，日本就宣布无条件投降了。
此后，作为战败国，日本人只能忍气吞声，再不敢向“山姆大叔”提及“阿波丸”三个字。
1949年4月14日，日本首相吉田茂代表日本政府与美国政府签订协议，正式放弃了因阿波丸被击沉而产生的各项要求。阿波丸事件似乎画上了一个句号。但是，日本民间对日本政府的质疑声却由此而起。1964年11月，死难者家属相互联络，成立了专门委员会。1972年5月1日，该委员会联名向政府递交了长达数千言的《请愿书》：
关于阿波丸事件由美国转归日本政府赔偿问题，1966年及1967年春，我们先后拜见过处理此事的椎名、三木两位外务大臣，以及两位厚生大臣，希望做好善后处理工作；同年5月2日，我们曾向参众两院提出了“关于因放弃对阿波丸沉船索赔权而出现的善后处理事宜的请愿”，得到了受理（众议院内阁委员会审理1063号以及参议院审理1055号）；1969年2月，我们又反复向爱知外务大臣说明了立场和要求。
1967年7月18日，参议院大藏委员会上，参议院议员青木一男先生就向死难者支付特别交付金的法律问题进行了质询，并就因放弃阿波丸索赔权而产生的善后处理措施，与有关政府官员进行了质疑和答辩。
1971年3月19日，在众议院劳动委员会上，山本弘先生也提出了同样的质询。
……对于战争中空前的特殊事件——阿波丸事件，政府在战后出于外交的考虑而放弃了索赔权，又没有对我们罹难者家属给予正当的赔偿，这不能不说我们国家太疏忽大意了。
……阿波丸遇难者达两千多人。我们这些家属多是妇女、儿童，力量弱小，人微言轻。国家有关部门因此无视我们的正当权益，甚至肆意践踏，则是不能容忍的！
可是，《请愿书》递交上去了，如同石沉大海，迟迟听不到任何回音。
老百姓哪知道，这是一笔糊涂账，谁能算得清美国政府或者日本政府，谁又愿意把它算清楚呢
质疑之声甚嚣尘上
日本政府自愿放弃阿波丸的索赔要求，阿波丸风波似乎可以尘埃落定了。
但是，树欲静而风不止。关于阿波丸的话题非但没有平息，反而像其沉没之后，在海面上激起的圆形波浪，随着时光的流逝，愈来愈大。各种质疑的声音，也是日益强烈。主要有四个方面。
其一，阿波丸到底有多少人遇难按照日本政府公布，阿波丸上有2003人随船而亡，而美国等盟国掌握的数据是2009人（包括在船上出生才三天的一名女婴），两者相差5人。这5个人是盟国统计有误，还是因为他们的身份特殊，日本故意隐瞒了他们的存在
其二，美军真像他们所说的那样，是误发鱼雷吗下田勘太郎坦言：“阿波丸一离开新加坡，就有美军飞机出现，进行擦着桅杆的低空飞行，使人心神不宁。第二天，美军潜艇开始尾随跟踪，常常忽地冒出水面。”“现在看来，在出发的时候就好像有了不吉利的兆头。例如，我在门司港暗中发现，船舱的深部藏着大炮和弹药捆包。那时我们就预感，运载这些武器将使已经得到的安全承诺变得无效起来。”而在事件发生之后，在与日本的辩论中，美方一再指责，是阿波丸违规在先，打着运送人道主义物资的旗号，偷运大量的橡胶、锡、铝等战略物资。所以，历史学家田贺一坚持认为：“战后，由于美国给予日本粮食等经济援助，日本放弃了阿波丸的索赔要求。阿波丸罹难者得到的抚恤为：一人7万，一家两人12万，一家三人15万，低得让美国人吃一惊。我个人认为，由于阿波丸装载了重要的物资，美舰击沉它未必不是故意。”