美国有求于日本，也没有理由加以拒绝。但是，为了防止发生什么意外，他们要求阿波丸拆去所有护航火炮，将船体漆成象征生命的绿色，并在船舷两边画上大大的白色十字架，夜晚航行，需要用特殊探照灯照在“白十字架”上，在几千米之外就能看见。
经过研究，日本认为美军的要求可以接受。于是，这艘肩负着人道主义使命的绿色“白十字架”商船，便以“绿十字船”的名字，在日、美拼杀中，扮演着另外的角色。
1945年2月17日，阿波丸从日本门司港起航。此前，日本已经将往返航线、时间、装载货物和到达港口等，详细通知美方，随后，就得到了美方痛痛快快的答复：“阿波丸将救援物资运送到台湾、香港、西贡、新加坡、苏门答腊、巴达维亚、门托克，送给被日军扣留的盟国人员。美国政府和盟国方面共同保证阿波丸往返航行的安全。当然，只有阿波丸遵守约定航行日程，其航行安全才能得到保证。”
不久，美国又收到了国际红十字会转交的阿波丸清单：救援包24597个，总重量约2000吨。
3月10日，阿波丸一帆风顺，驶入航程终点：印度尼西亚的苏门答腊港。未做任何休整，就风尘仆仆地踏上归程：3月12日，抵达雅加达；19日，抵达门托克；24日，抵达新加坡；28日下午，离开新加坡，朝着日本门司港疾驶……
为了确保阿波丸的航行安全，美国海军太平洋潜艇部队司令和西南太平洋潜艇部队司令，给海上所有的潜艇分别发送了阿波丸的回航行程，再次发出给予安全通道的指令。为确保每条潜艇都能收到，这条电报三个晚上被连续发送了三次。
眼看着阿波丸凯旋的日期日益临近，日军参谋本部露出得意的笑容。阿波丸瞒天过海，顺利完成了自己的使命：出航时，在它的底舱装载了6000吨军火及飞机零件，弹药包装上画的是红十字标记，装卸船也由日本士兵搬运，严格保密，为困守东南亚的日军雪中送炭；归来时，从新加坡装上了9812吨战略物资和金银财宝，还运回了2009名有生力量（官员和侨民1888人，船员120人，船上出生1人），为固守日本列岛奠定了基石。这笔买卖，太划算了！
拼命挤上“诺亚方舟”
跨入1945年的门槛，日本的军用物资越来越匮乏，国内掀起了“献金”热潮，在殖民地到处搜刮废铜烂铁，甚至连大连街头的路灯基座都被砸碎，运往日本，但是，战争恶魔像一个大肚汉，怎么喂也吃不饱。国力衰败，军力衰退，朝野上下无不感到，日本战败只是个时间问题。
与此同时，同盟国却后来居上，节节胜利。1945年2月11日，苏、美、英三国首脑签订《雅尔塔协定》。协定的主要内容是：在德国投降及欧洲战争结束后两个月或三个月内，苏联将参加同盟国方面对日作战。消息传出，世人无不欢欣鼓舞：日本已成为秋后的蚂蚱——蹦跶不了几天啦！
正是在这样的国际大背景下，阿波丸作为最后一艘从东南亚返回日本的客轮，被渴望回国的日本人视为“诺亚方舟”，就显得毫不过分。于是，阿波丸所到之处，日本侨民破费重金、买通关系、争抢船票，甲板上、过道里，所有的地方都塞满了人。甚至连即将临产的孕妇，也不愿意放弃这“最后一根救命稻草”，破例登船。“与外务省有关的人员有106位。其他就是此前失去船只而留在岛上的遇难船船员和船长，脱下军装、换上平民服的高级军官，以及民间人士共1856人。船上总共挤了2000多人，到处都挤得水泄不通。在定员60人的一等舱内有外务省的高官、将军和校级军官80余人。升降机上也铺上了席子，改成临时船舱。多出来的人就以甲板为床、以天为被，狭窄的走廊里也挤得一塌糊涂。”阿波丸幸存者下田勘太郎回忆说。
血债要用血来还。登船者都知道，战败之后，滞留在东南亚的日本人，将会成为当地民众发泄仇恨的靶子，死无葬身之所。
当阿波丸鸣响汽笛，缓缓驶离新加坡，船上的每一个人都有一种解脱之感。是啊，可以回家了！哪个地方能比家更安全呢何况，他们每个人都带回了大量的金银细软，这些财富，足够他们维持有尊严的生活。
作为太平洋上唯一一艘有安全承诺的日本客轮，阿波丸也是归心似箭，始终保持着16节至18节的速度，向目的地驶去。不这样不行啊。美、英1400多艘舰船在冲绳附近大规模集结，18.2万将士即将拉开进攻日本列岛的帷幕，晚了，很可能被关在家门外边进不去了。
可是，刚离开新加坡，阿波丸上的乘客的心弦尚未彻底放松，就又绷紧了。下田勘太郎回忆说，阿波丸一离开新加坡，便有美国飞机出现，进行擦着桅杆的低空飞行，使人心神不定。第二天，美国潜艇开始尾随跟踪，常常忽地冒出水面，叫人心惊胆战。整个航行是阴沉、灰色的。只发生了一件使人振奋的事情：搭船者、三菱银行分行经理的夫人，在大舱口平安地生下了一个女婴。孩子的啼哭打破了船上的沉闷，喜讯迅速插上翅膀在船上传扬开来，人们露出笑容，以为这是个吉利之兆。谁也想象不到，这个刚刚出生的婴儿，竟成了阿波丸最小的罹难者。
潜艇连发三次警告
按照航行计划，从新加坡到台湾海峡北部出峡口，也就是平潭海域，阿波丸需要跑三天。过了凶险的中国南海和台湾海峡，越过出峡口，驶入东海，北九州岛及其门司港指日可待。
4月1日，台湾海峡碧波如洗，风平浪静，滨田松太郎船长放下了久端的望远镜，朝身边的岩桥一男中将看了一眼，心里仿佛一块石头落了地。岩桥一男是日本第三船舶运输司令部参谋长，为了确保这次重要航次的安全，他亲自押船，几天几夜没合一眼。
然而，经验丰富的滨田松太郎却不知道，阿波丸之后，大海之下，一双鹰眼正在密切地注视着阿波丸的一举一动。
原来，编号为SS—393的美军皇后鱼号潜艇，正在执行第17机动部队司令官的作战命令，在东海深处进行攻击性巡逻。皇后鱼号潜艇艇长是查理·拉福林，1910年生于美国卡罗莱那州，19岁考入美国海军学院，曾作为篮球运动员参加全国比赛。1933年毕业，到新墨西哥号战列舰上服役。1938年，进入美国潜艇学院进修，之后，到潜艇部队服役。1944年，由于战供突出，拉福林少校被提拔为皇后鱼号潜艇艇长。
二战期间，美军都是根据情报部门提供的情报，再派遣潜艇到目标海区执行“猎杀”任务。潜艇进入任务区，由艇长独立指挥。
1945年3月10日，皇后鱼号和僚艇海狐号一起前往台湾海峡，半个月时间里，没有攻击任何舰船。直到4月1日12点，海狐号报告说，它用鱼雷对一艘日本运输船进行了攻击。由于牛山岛海域地处台湾海峡咽喉地带，距离日占区只有18海里，它的攻击行动可能引火烧身，遭到日军反潜军舰或飞机的攻击。皇后鱼号随即拉响战斗警报，做好了作战准备。
21时15分，牛山岛海域大雾时浓时淡，皇后鱼号乘着夜色浮出海面，低速巡逻。拉福林意识到，这种天气极容易掩护敌人的行踪，因此，他命令部下利用声呐，仔细搜索一切可疑目标。
22时，声呐员报告，在皇后鱼号约15公里的东南方向，发现了一艘疑似日军战舰。22时25分，皇后鱼号向僚艇作了通报。
从潜望镜里可以看见，目标很大，速度很快，但是因为海雾的缘故，它时隐时现，模模糊糊，看不真切。
皇后鱼紧盯着目标舰艇，保持着一二公里的距离。拉福林也不敢让潜艇靠得太近，如果真是日本军舰，一旦靠近，岂不是自寻死路
据事后陈述，为了慎重起见，拉福林发出了“停船接受检查”的命令，目标舰艇没有任何反应。
拉福林以为对方没有听懂自己的意思，又用国际语连续发布了两次命令，目标舰艇仍然是不予理睬。
拉福林被激怒了，命令部下：“加速，追上去！”
目标舰艇见势不妙，非但不停，反而加速前进，企图甩掉“尾巴”。
“22时59分，月亮从云层后面爬出来，但海面仍然被浓雾掩盖。视线范围仍为200码。”
23时，在距离目标舰艇1200码（约1100米）时，拉福林下达了攻击命令。“在贴近敌舰开始用鱼雷攻击时，瞭望台的瞭望士官、后方瞭望台的士官、轮舵手以及艇长想辨认敌舰的型号，但最终没有能够确认。”
皇后鱼使用尾部发射管，连续发射了4枚鱼雷。4枚鱼雷就像“击鼓传花”那样，依次爆炸，全部命中目标。“3分钟后，看到第一发鱼雷爆炸的火光，并听到了爆炸声。接着，后发鱼雷接连爆炸，爆炸的火光在雾中清晰可见。23时05分，此时，所显示的敌船信号声消失（目标消失），意味着敌舰在第一发鱼雷命中3分钟后沉没。”——拉福林回忆说。
“臭婊子，这么快就沉没了，难道是豆腐造的”
拉福林对巨舰瞬间沉没，颇感意外。他一边命令向上级发报报捷，一边指挥潜艇上浮，火速驶往舰沉海区，看看能不能抓几名俘虏，进一步扩大战果。
皇后鱼仿佛一条巨鲨，迎风斗浪，一根烟工夫，就快速赶到。探照灯白色的光柱扫过海面，敌舰的身影全无，海面上，油迹斑斑，经过灯光照耀，闪射出诡异的五颜六色；木板、家具、衣服、成捆的橡胶，在波涛里上下沉浮，有20来个幸存者相继招手呼救，等救生索抛过去，一阵海浪卷过，人头转眼间不知去向。海浪大，海水凉，水中又有油花，幸存者手脚僵硬，浑身沾满了重油，很滑，即使看见救生圈，也难以抓得住；勉强抓住了，也抓不紧，一拉就“脱钩”。
就在大家失望的时候，又看见潜艇不远处有个幸存者，像醉汉似的，在波涛间摇晃着呼救的手臂。艇员们立即将救生圈抛了过去，他似乎挺有经验，憋了一口气，看准时机，一把抓住，并乘机死死地抱在怀里；艇员们一起用力，把救生索往回拉；可是，海浪卷过来，卷过去，幸存者在波浪的“秋千”上荡来荡去，就是拽不上潜艇；幸存者喝了一口又一口海水，奄奄一息，手脚越来越显得僵硬而不听使唤，一个浪头压过来，他手一松，沉入海中。艇员们深感惋惜，又一排海浪像无数只手臂，把幸存者托出海面，并拼命地摔到潜艇上，艇员们眼疾手快，抓住他的衣服，连拉带扯，把他拖上了前甲板……
“当时，他已经筋疲力尽，处于昏迷状态。过了一小会儿，他稍稍清醒。问他是否懂英语，他点点头。但是却不能清楚地回答提问。因此，把他带到舰艇内进行治疗。”
等到4月2日6点10分，皇后鱼号已经脱离战场，幸存者神志基本清醒了，经过讯问，他交代说，自己名叫下田勘太郎，被击沉的大船名字叫阿波丸。
拉福林简直不敢相信自己的耳朵，又追问了一句，等到确认之后，他满心的欢喜顿时烟消云散。
“我的上帝，怎么会是‘绿十字’阿波丸！”
拉福林没有别的选择，只好硬着头皮向上级发报报告实情，并附上了一份俘虏审讯记录。
太平洋潜艇司令部接到电报，也是倒吸了一口凉气，不敢有丝毫懈怠，马上向美国政府紧急报告。美国政府手忙脚乱，慌忙召集有关部门，悄悄地研究应对之策……
海军作战部长、五星上将埃尼斯特·J·金命令太平洋舰队司令、五星上将尼米茨，立即将皇后鱼号召回关岛军港，解除拉福林的艇长职务，并把他关押起来，听候处理。
美国政府十分头疼。请求日本派遣商船，为己方战俘和侨民运送人道主义物资，本来就是由美国动议的，现在，又由美国潜艇将日本所派商船击沉，除了一人侥幸获救，其他2008名乘员全部葬身海底，这种严重的背信弃义行为，会使美国的形象大为受损。但是，真相又能掩盖多久呢是迅速地对日本实话实说，承认过失，还是能瞒一天算一天，拖延下去就此，美国军方与国务院发生了严重分歧。4月4日，美国国务院以绝密文件的等级，对军方即将采取的公布事件真相的动作迅速“叫停”：
主题：关于要求公布阿波丸事件的有关事项。
重点：据说海军部准备公布这一不幸事故，而且为了征得国务院的同意，将于今天下午呈送所谓《公布方案》。
事故背景：得到安全保证的阿波丸，在结束向东南亚港口运送盟国救援物资之行后，踏上返回日本的归途。正是这条船于4月1日被击沉。国务院于3月31日曾接到其变更返回港口的通知，而此前也得到过阿波丸改变原计划停泊港口的通报。因为来不及将此通知及时告知盟军舰队，很有可能攻击阿波丸的美国潜艇就没有收到这一通知。以此为由为自己辩护或许可行。只要还有可能获得新的情报，我方就不应仓促作出处理决定。海军部只是报告美国潜艇击沉此船，而幸存者情况不明。
目前，我方尚不能向日本公布击沉此船。否则，将导致日本在获取情报方面占据上风。现在公布事件发生，无异于承认美国的过失。因此，辩护应在确认犯罪被起诉之前。
我们正在和日本政府进行交涉，要求日方再次向盟国的俘虏及扣留人员运送救援物资，并交换被俘人员。阿波丸事件对目前的交涉和以后的接触都会产生很大的影响，切不可贸然行动。
就目前被敌扣留人员而论，英国被扣留人员较美国为多。他们也有较大的利害关系。因此，我方应该加强与英方的联系，协同行动。
结论：在日本提出抗议，我方决定采取对策之前，国务院禁止海军部公布这一案件。
日本政府强烈抗议
在美国抓耳挠腮的时候，日本也是坐卧不安。迟迟不见阿波丸靠岸的日本政府和参谋本部，也是“悄悄的，打枪的不要”，偷偷派遣飞机、舰船、潜艇等，在预定航线上四处寻找阿波丸的踪影。在没有获得确切消息之前，日本人不愿意暴露秘密，也不相信阿波丸会有什么三长两短。
时间一天天过去了，阿波丸就像突然从人间蒸发了似的，活不见人，死不见尸。
等到4月10日，也就是阿波丸计划靠岸一周后，日本政府和参谋本部彻底绝望了。他们断定，阿波丸凶多吉少。于是，日本政府通过瑞士驻东京大使馆，向美国政府发出质询：要求其提供阿波丸的详细情况，并协助寻找。
接到日本政府的质询，美国政府似乎是雷厉风行，在第一时间（美国时间11日）就作出正式反馈：
据有关情报报告：4月1日，在离阿波丸预定经过位置40海里处，有一艘船被潜水艇击中沉没。当时，船上的灯火和照明灯光都无法看见。船被击中之后立刻沉没。救起的唯一幸存者告诉该船是阿波丸。而如果被击沉的真的是阿波丸，美国政府对这起事故表示非常遗憾和不安。如果再有详细情况，我们将随时通知日本政府。
但是，关于击沉船只的确认问题，还有若干不确定之处。即使真的是阿波丸，事件的责任应由哪方承担有待进一步判断。美国政府保证以诚实的态度对这一事件进行调查。
希望日本政府不要因此改变去海参崴运载盟国救援物资的计划。