四、总务科
总务科也是设科长、副科长各一名，其中科长是周伯良，1936年周伯良死后改由张祖模担任，副科长是仝道云。其中大特务陈庆斋、王国栋等也在该部门任干事。
总务科的主要职能是文书、会计、事务等工作，其中还设有一个保管股，类似于仓库保管性质的，主要保管特工人员所随身携带的武器弹药（主要以小口径手枪为主）。
五、电讯总台
电讯总台下设台长一名，分台长若干。其中台长是范本中，分台长有陈玉堂、袁更、吴世昌、王正鸿等。除一个电讯分台设立在徐恩曾家的大院里，其他分台分布在全国各地，逐渐形成一张电台情报网。
电讯总台的主要任务是与所属情报机关以及临时派出的情报小组进行联络和沟通，主要负责接收和传播情报。而电讯台发出的情报也有两个特点：1.只管收电报，但不知其内容；2.所发电报电码不同于普通电台所发的电码，难以被侦破、破译。
六、设计委员会
设计委员会的领导人是徐恩曾，其实设计委员会只是一个咨询机构。委员会里委员全部都是一些中统高级特务，其中包括张冲、顾建中、季源溥、郑伯豪、李熙元、徐兆麟、丁默邨等。
七、总督察
总督察，顾名思义，就是一个督察机构，主要负责监督考核特务人员的忠诚度和“活动动向”。如果发现某特工有不好的倾向，便立刻对此人进行控制。其中王杰夫和刘不同先后担任特工总部的总督察。
八、其他机构
特工总部还在全国各地设立了“区”和“特务室”。其中“区”设在全国范围内的主要城市，而“特务室”则设在一般省份和中小城市的铁路干线上。在“区”和“特务室”的基础上，又专门设置了“肃反专员”和“特派员”，主要负责各地区的肃反、劝降、破坏等具体工作。地方特务室下设主任、秘书各一名，按照职能部门下设总务、情报、组织、行动四个科，每个科各设科长一名。
特工总部成立后，南京瞻园便不是一个江南园林，而一下子变成了一个神秘组织，平日黑色大门紧闭，在旁边开了一扇小门供人进出。它的门口没有岗哨，但是却在周围埋伏着众多特务。当游人不慎入内，轻则被骂，重则挨打。有一年，国民党的执行委员纪亮喝完酒路过瞻园，知瞻园乃太平天国杨秀清曾经住过的官邸，便好奇地踏入瞻园。令他大感意外的是，没等他左脚踏进瞻园，便被附近蹿出一些黑脸大汉痛殴一顿。
挨了打的纪亮后来向国民党中央政要反映，没想到得到的回复是：党内重要机构，闲杂人等不得入内！听到这样的解释，纪亮发飙道：“若是重地，为何不设个牌匾警示？肯定是做了一些见不得人的勾当！”就是这样一个看似环境幽雅的地方，里面却设有“监狱”和审讯室，是名副其实的阎王宫殿。每一次秘密押送进瞻园里的人，很少有出来的。据一中统人员回忆，深夜时常能够听到“冤魂”的嘶鸣声，简直令人不寒而栗。内设的“审讯室”，里面摆满了各式各样的刑具，有老虎凳、皮鞭、杠子、烙铁以及各式刀具，地面上的血迹擦也擦不干净，如同杀猪的屠场一般，令人感到无比恐惧。虽然瞻园变成了“杀人不眨眼”的恐怖地狱，但是徐恩曾却将其治理得井井有条，工作很见成效。后来他还成立了南京实验区，专门控制当地的特务活动。
“留俄学生招待所”是专门针对“留俄”的共产党、学生设立的监狱，而“自新人招待所”则是专门收容中共叛徒的。最出名的是安品街38号的“招待所”，这个招待所，“招待”手法特殊、另类，曾经有许多人物死在里面。
特工总部后来发展得越来越大，几乎整个国内“无死角”，就连那些犄角旮旯、偏僻之地，也有徐恩曾安插的特务。这些个“特务室”有大有小，有的几个人，有的则几十、上百人，而且名字也是经常更换，诸如什么特训处、绥靖团等五花八门。若干个情报组织汇成一张特务网络，而网络里的特务、奸细又被称为“细胞”！这样一个庞大的组织，数以万人，但是每一个人的底细、行为都被徐恩曾自上而下控制着。如果哪一天做错了事，马上就会遭到惩处。1932年的12月至1933年的7月，短短的几个月期间，徐恩曾的特工总部的“成效”显著，劝降、策反、暗杀中共党员数百人。尤其是上海、北平等地，共产党的地下组织受到严重破坏，甚至可以说是毁灭性的。当然中统特工总部的敌人并非只有共产党，凡是反对“蒋介石统治”的一切党派都是敌人，这些敌人包括国民党左派、地方军阀、民主人士。正是因为徐恩曾竭尽全力为主子卖命的“精神”感染了蒋介石，一度成为蒋介石眼中的红人。
7.排挤对手
徐恩曾看似文质彬彬，实则心胸狭窄、手段卑劣。刚刚进入中统，便遇到了他的第一个对手叶秀峰。
张道藩离开党务调查科之后，叶秀峰便取代了张，负责党务调查科。其实叶秀峰能够进党务调查科也是陈立夫推荐的，因为他们是美国匹兹堡大学的同学。与陈立夫不同的是，叶秀峰曾经在中学当过教员，而教书先生往往都十分清高，叶秀峰这个人也是如此。
虽然叶秀峰与陈立夫是老同学，但私交一般。两个人的交流更像是“君子”间的交流，阿谀奉承、溜须拍马的现象是不存在的。陈立夫称叶秀峰其名，叶秀峰也是如此。在叶秀峰的眼里，既然是同学，当以同学相待，无高低辈分、职位之称，是平起平坐的关系。不过后来，陈立夫上调至国民党中央党部干秘书长，成了叶秀峰的上司，此时两人的矛盾也就产生了。虽是同学关系，但也有上下级之分。因为生活中的交往并不多，陈立夫与叶秀峰的关系只有一种：上下级！既然是上下级的关系，那么两人见面，叶秀峰向陈立夫打个招呼，说几句恭维的话是无可厚非的，毕竟职位不同嘛，人家陈立夫是领导啊！
但是叶秀峰可不这么认为，他可不是那种溜须拍马、阿谀奉承的主儿。时间一长，陈立夫觉得叶秀峰作为下级，连点规矩都不懂，于是会上点名说了叶秀峰几句。没想到这几句把叶秀峰惹火了，于是他跟陈立夫闹起了别扭。首先，叶秀峰上班经常迟到早退，工作热情大减，后来干脆假装抱恙，到杭州一风景秀丽的地方疗养。此时叶秀峰认为，党务调查科虽然是个科室，但处理的事情非常多，如果没有一定的能力和魄力，根本挑不起担子。叶秀峰没有辞职，反而跟陈立夫玩起了拉锯战。但是朝里可以一日无臣，不可以一日无君啊！叶秀峰沉得住气，陈立夫可沉不住气了！他认为应该及时挑选一个人来救救场。
觊觎已久的徐恩曾早早瞄上了这个位置。他想：无线电弄得再好也不算出息，但是搞调查就不一样，起码可以走走仕途。当陈立夫犯难的时候，徐恩曾竟然突然间冒了出来，他请陈立夫去茶楼喝茶。
“恭喜你啊立夫，秘书长可是令人羡慕的职位啊，许多人想混还混不上去呢！以后等你发达了，我也能跟你沾沾光！”徐恩曾一脸献媚，狂赞陈立夫不止。
“别提了……烂摊子还等着我收拾呢！”陈立夫发着牢骚。
“怎么了？是不是叶秀峰的事？”徐恩曾旁敲侧击，试探着问陈立夫。
陈立夫挠了挠头，叹气。
徐恩曾替陈立夫说话：“这个叶秀峰真不识抬举，脾气再大也不能消极怠工啊？明显是冲人不冲事嘛！”言外之意，徐恩曾想听听陈立夫的想法，并且借此机会毛遂自荐，同时也能起到挤兑叶秀峰的作用。
其实陈立夫早就知道徐恩曾有这种想法了。但是他却说：“你不行，你是学无线电的，对这一行根本不懂啊！”
没想到徐恩曾早就准备好了，他憋了半天终于憋出一句：“叶秀峰还是学矿的呢？”
陈立夫没有一口回绝，而是说：“你还是等等吧，我考虑考虑再说！”徐恩曾觉得此事靠谱了，于是又说了一通拍马屁的好话。
几天后，考虑成熟的陈立夫把党务调查科的职位交给了徐恩曾。听到此事，叶秀峰还不以为然，他在杭州某凉亭里，喝着雨前龙井，欣赏着美景。
“叶先生，陈立夫让徐恩曾顶替你的位置，难道你还有心情喝茶水？”一起喝茶的朋友问道。
叶秀峰不紧不慢掀了掀盖碗杯说：“急什么？你觉得徐恩曾有这么大的本事吗？一个搞无线电的白皮书生，搞不出什么名堂，迟早陈立夫还得请我回去！”
“难道你不准备一下？万一这个徐恩曾有水平呢？”
“不要小瞧一个人，但是也不要高估一个人！徐是个什么水平，我一眼既知！陈立夫看准的不是他的真实本事，而是那副溜须拍马的嘴脸！再者说，科长一职我还没辞，徐恩曾顶多就是个兼任，有什么可担心的？”
与叶秀峰的冷静不同，徐恩曾则正在苦想办法彻底赶走叶秀峰。他先是找自己的人放风传话，让自己的秘书张国栋去看望叶，后来又伺机试探虚实。张国栋回来报告说，叶秀峰整日游山玩水，似乎对政治毫不关心。得到此消息，徐恩曾大悦，于是他马上致电陈立夫，将了叶秀峰一军。陈立夫大怒，于是上报总部，直接将叶秀峰赶出党务调查科！