对于蒋经国领导的许多不在编机关、特务组织预算外的经费要求与请托，吴往往不客气地予以婉拒。吴后来告诉雷震说：“我只是采用消极的行为，不发给经费，所以蒋经国恨死我了。” 江南对吴国桢此举评论说： “假使换一个主席，如俞鸿钧、严家淦之流，持遇事请示，凡事‘推事’为座右铭，经国越权来得装聋作哑，不闻不问，好官我自为之。那么，何止冲突不会升级，连上海时代的误会，都可以消弭于无形。”“公正地说，吴意气用事的成分很大。”“否则不至于发展到形同水火的阶段。”
吴当时侍宠而骄，过高地估计了蒋介石对他的信任，竟天真地向蒋介石进言说：
“如钧座厚爱经国兄，则不应使其主持特务，盖无论其是否仗势越权，必将成为人民仇恨的焦点。”
吴的进言并非空穴来风，就连蒋经国的部下也认为：“特工一类的工作，是不宜由有政治前途的人来担负，因为一般大人物，都不是从特工出身的。”然而吴的进言对准备传位于子的蒋来说自然听不进去，蒋经国亦有“我不入火坑谁入火坑”的精神。直到此刻，吴氏才深深认识到：蒋介石“爱权之心，胜于爱国，爱子之心，胜于爱民”。吴的进言也使蒋介石产生了想除掉吴的念头，如不是吴及时地发觉，早已成为蒋氏父子的刀下鬼。
由于吴的进言与社会舆论对蒋经国充当特务头子颇多议论，故蒋经国迅速拟报成立“国家安全局”统辖之，使自己退居二线。蒋介石经审慎考虑，批准了蒋经国的建议，于1954年恢复“国防会议”组织后，又于当年10月成立了“国家安全局”。1967年，“国防会议”改为“国家安全会议”，“国安局”隶属于“国安会”，并按美国中：央情报局建制，调整该局内部组织与业务，成为督导和协调台湾各情治机构及治安机关业务的最高机构。蒋介石的嫡系郑介民担任‘‘国安局”的第一任局长。
尽管蒋经国不直接掌管“国安局”，但其特殊身份与权威，使台湾情治部门仍成为其手中一颗小小的棋子。
手抓军权
蒋经国真正在台湾崭露头角，是从他出任“总政治部主任”开始的。
蒋介石不仅要让蒋经国抓住特工大权，而且要牢牢掌握军权，这是蒋介石在几十年的杀拼中得出的“有军则有权”的经验所致。为了儿子的任职，蒋介石颇费心思，经苦思手令“国防部”设立“总政治部”，恢复军中政工制度。此举不仅为蒋经国谋一职位抓军权，而且还是蒋退台后实施军事改革的一项重要措施。蒋在总结国民党兵败大陆的教训时，认为部队缺乏政治训练，士兵不知为何而战?北伐时期政治工作制度有效，使国民革命军打败了北洋军阀。今天为完成“反共抗俄”战争，就必须加强政治工作。如何加强政治工作呢?蒋介石当时采取了三个步骤：
第一步：统一军人思想。蒋介石到处发表演讲，其中主要有：《革命魂》、《军人魂》、《民族正气》、《汉奸必亡与侵略必败》，攻击共产党，鼓吹“杀身成仁”、“舍身取义”。其中心之点在于让官兵今后明确为谁而战为何而战。
第二步：组建“总政治部”与设立政工制度，以唤醒部队的所谓“革命灵魂”。在蒋介石看来，能胜任此一职务者，非从苏联返国的蒋经国不可。1950年3月21日，蒋经国正式受命为“总政治部主任”，官阶二级上将。这对于一个没穿过几天军装的人来说，如果他不是蒋介石的儿子，是决然难以想像的事情。对此有许多人不满，周至柔就是其中一个。周至柔是蒋介石的同乡，又是黄埔的干将，时任空军总司令，官阶一级上将。当有人向周祝贺荣升一级上将时，他不以为然地说：“现在连老百姓都可以当上将，我在沙场上拼了几十年才升了这么一个一级上将，想想也没有什么可喜。”蒋经国闻听此话后，除了对周不满之外，在“总政治部主任”任期内，极少穿将军服在公共场所露面。
蒋经国出任“总政治部主任”后，据他自己后来称：“个人自负责军队政工以来，深感责任重大”，“惟恐有失领袖人民的期许”。
第三，创办政工干校。此项工作也交蒋经国办理。
蒋经国走马上任后，使出浑身解数，针对习染所有北洋军阀毛病的国民党军队抛出了几个杀手锏：
一是消除吃空额。此举是蒋经国与陈诚联手进行的。国民党部队中吃空额现象司空见惯。军队机构番号众多，有将无兵，有军无兵，几个人凑成一个军、一个师、一个旅番号的现象都存在。蒋经国凭着特殊身份与铁腕作风，强行编遣了不少将官，解散了众多徒有虚名的机构、单位，打破原有建制，进行混编。在1952年的一次性处理中，被宣布退役的军官中就有四星上将阎锡山、徐永昌；三星上将何键、林蔚、朱绍良、杨爱源；中将加上将军衔的有孙震、杨森、罗卓英、李品仙、钱大钧、刘士毅；中将按上将待遇的有秦德纯、俞济时；及谷正伦、陈继承、徐庭瑶、贺国光、刘汝明、韩德勤等中将；甘登俊、刘树人等80名少将。与此同时，蒋、陈还对军队进行三次大整编：第一次整编，目的在于统一编制，后两次整编意在减少指挥机构，将权力集中。经此整顿，老弱无能的军官被裁掉数万人，同时撤销了军队中的60多个番号，将撤掉番号的残兵充实保留番号的机构，从而确立了台湾日后的军事建制与规模。
二是政工改制。1952年4月1日，国民党军队正式实行政工改制。当时提出了政工改革的六大目标：
(1)建立政治幕僚长制；
(2)确立监察制度；
(3)加强保防工作；
(4)恢复军队党务；
(5)实行四大公开；
(6)革新政治训练。
六大目标的核心如蒋经国所说：“唤醒军队的革命灵魂，恢复军队的革命信念，亦就是用三民主义思想，和国民革命传统的革命精神，来武装部队，强大部队和团结部队，使得全体官兵都能一心一德，服从最高领袖，共同奋斗，中兴国家。”
4月1日这一天，蒋经国还写了两封信，一封寄给军队政工人员，让他们明了“反共抗俄战争是国民革命的最后一战”，它“将要决定中国民族的存亡”。再次强调：“最高领袖所决定的政工改制办法，它的重大任务，就是要加强海陆空军的力量，要恢复革命的精神，唤醒军队的灵魂。”他要求政工人员与军官精诚合作、亲密合作，发扬“坚决斗争的勇气”，“时时刻刻为士兵打算，为胜利着想，把过去的积习弊端，一扫而光”。后来他在1951年军队政工检讨会上要求政工人员“一定要有钢铁一般的革命意志，高尚的革命人格，冒险犯难的革命精神和赴汤蹈火的牺牲决心，来从事这一光荣事业”。另一信寄给国民党军士兵，为驱散台湾上空的失败主义阴云，为坚定每个士兵的反共与“反攻”决心，蒋经国攻击共产党“卖国”，同苏俄签订了若干条约，斗争每一个“转进”台湾国民党士兵的父母、兄弟、亲戚、朋友，因此必须进行“反共抗俄”战争。蒋还称国民党军“个个是英雄，人人是好汉”，要他们人人一条心，服从领袖，确保台湾，准备“反攻”，“冲破铁幕回家乡”，“来争取最后的光荣胜利”。
蒋经国的政工改制方案与上述两封信发布后，立即在军中引起很大反响，褒者有之，贬者亦有之。不管官兵如何议论，蒋依然我行我素，首先推出了“四大公开”，即：人事公开、经费公开、意见公开、赏罚公开。凡涉及人事、经费、意见和赏罚问题，必须经过公开讨论，有士兵代表参加，部队长不得徇私。此举推展之后，有蒋介石的尚方宝剑弹压，甚为有效，部队风气有所好转。此后，蒋经国又将工作重点放在以下4方面：
(1)“肃清共谍，提高军中文化，推行克难运动”；
(2)“严密军队组织，改善官兵生活”；
(3)“健全一切组织，推行实践制度”；
(4)“要求全体官兵把思想变成信仰，把信仰变成力量，要做到政治上永不屈服，在战场上永不投降。”
为推展上述工作，蒋经国大力推展“克难运动”，并于1951年1月1日发表“告克难英雄书”，称赞他们“用自己的心血写下了光荣的历史，用精壮的双手开创了伟大的时代”。同时提出“向克难创造的大道迈进”。1952年，蒋经国又将实践制度与“克难运动”合并实施，称为“实践克难运动”，将心理克难、生活克难、工作克难、战斗克难四大项目，作为本年度政治工作重点。1953年，蒋经国决定以消灭死角为本年度军队政治工作的重点，要求官兵“人人在心理上、行为上都能做到贯彻始终、负责到底、言行合一、表里一致”。
蒋经国为使政治工作落到实处，避免浮躁、夸夸其谈和缺乏计划等缺点，提出“今后的政治教育，一定要根据官兵程度，予以分级，首先拟定课程表，因程度的高低不同排定功课，各级政治课程大概可以这样分别：官佐方面，每月占18小时，从2月到12月。一年之中，合计198小时。教材由政治部分发，进度另定。士兵政治课时间，每月可占24小时，从2月到12月，一年之中，合计264小时。至于分级，甲级以完成高小补习教育为目标，乙级以完成初小4年级教育为目标，丙级以完成初小2年级为目标”。“士兵课程中的必修课是国文、三民主义、领袖言行”。
的确，蒋经国为政战可谓是费尽心机与事必躬亲。尽管如此，蒋经国对自己的工作并不满意，他在检讨1950年政治工作时，称自己存在以下6个缺点：
(1)“不注意组织系统，越级指挥”；
(2)“对事情只注意到发动，而缺少检查，更少考察结果”；
(3)“对各方面意见采取实施时，不能注意到时间、环境、干部等各项条件，常使好的办法，得不到好的结果”；
(4)“主观太强，只凭自己的能力领导，而忽略组织的运用”；
(5)“胆大心不细，对许多工作，不能耐心研究解决”；
(6)“对人事考核无制度观念，无意中造成若干错误”。
蒋经国还提出“总政治部”工作也存在着4项缺点：
(1)“各单位本位观念太深，只注意到自己的业务，而忽略整体性的事业”；
(2)“拖延应付的官僚作风，仍然存在”；
(3)“不能主动，缺乏创造力”；
(4)“对附属单位联系与指挥应加强，以后附属单位四字应改称业务单位，改正主从观念。”
为改正上述缺点，蒋经国又提出了新的要求：
(1)“本部是军事机关，各同志无论在组织、精神生活上均应合乎军事要求”；
(2)“承办公文，必须注意简单迅速”；
(3)“要加紧对政治及本身业务的学习工作”；
(4)“命令必须绝对服从，力求贯彻”。
在1951年8月国民党军政工检讨会上，蒋经国宣称“政工的总路线是正确的”，并认为政治工作取得了很大成效：
(1)“官兵对为谁而战、为何而战的思想开始统一了”；
(2)“官兵的情感比过去更加融洽了”；
(3)“军民的关系比过去更加协调了”；
(4)“三年的合作精神比过去更加强固了”；
(5)“官兵的素质逐渐提高了”。
对蒋经国的做法，当时台湾社会舆论颇多好评。江南对此评论说：
“新制(政工)实施后，对军队的福利、纪律以及战斗力的改善，有显著贡献”。
蒋经国的老部下、曾任台湾政治行动委员会秘书的孙家祺在背叛主人后，也对蒋经国主持军队政工给予肯定的评价：
“假使太子先生在他总政治部主任的第二任期届满之时，能够依法飘然引退，不再暗地里玩弄魔术手法，我们真要再为这位当年的‘打虎英雄’大声喝彩，称赞他是重建国军的第一功臣。”
尽管各方对蒋经国初度主管政工齐声喝彩，但问题也确实不少。宣传工作不问对象，有千篇一律的公式化毛病：“四：犬公开过于消极，而且流于形式主义”；“克难运动逐渐趋向表面和敷衍塞责”；许多政工人员既不肯吃苦，又要挂羊头卖狗肉，有的人根本不把政治工作当回事，从事此项工作只是把它看成是混饭吃、混官做。
三是推展军事主官任期制。这项制度是美国顾问蔡斯与美籍华人顾问杨帝泽提出的，蒋介石认为此一制度便于最高统帅驾驭军队，便同意了这一建议，并让蒋经国负责实施。按任期制规定：上至“参谋总长”，下至军师团各单位，都有一定的任期，即各主要军事单位指挥官每两年变更一次，可以连任一次，实行轮换制。此举在防止军事主官拥兵自重，权力膨胀。此一制度自1950年4月开始实施，基本上能使各级主管按期轮换。蒋经国在“总政治部主任”位子上连任一次，应在1954年3月卸职，结果在1954年9月调任为“国防会议”副秘书长。
孙家祺抨击蒋氏父子的上述举措是：“所谓‘任期制度’也者”，乃是蒋氏父子所玩的一套政治魔术，对于他们“所不喜欢或不需要的人，不必找任何理由或借口，可于任期满时冠冕堂皇地炒其鱿鱼”；对于他们“所喜爱的人，可以使他继续连任，真正无法再连任时，又可以派往另一重要单位过渡两年，然后再卷土重来，依然有再来4年的机会”。
孙家祺此话虽尖刻，但符合实际。本来，蒋经国在大陆时期并没有过人之处与自己的班底，即使有，也不过是强硬的后盾与他在赣南时期任行政专员、中央干校教育长时期的一些干部而已。然而这些干部既没有全部来台，其中又有远近亲疏之分，所以他掌握的那些无数机关及组织所需的无数形形色色的工作人员，远非他原有的那班人马所能应付得了，因此只好就地取材，藉以弥补自己干部的不足。
蒋经国退台后所形成的班底，大致来自7个系统：
(1)赣南系。这是蒋经国自苏联返国后任江西省第四区督察专员时，在赣州赤朱岭办的青年干部训练班毕业的第一批学员。这批学员与蒋经国相处时间最久，信任度最高，尽管人数少，但势力最大。其中主要人物有：王升、江国栋和萧昌乐等。王升后来出任蒋经国主持的政工干校的第三任校长，曾官至国民党中常委，成为蒋经国的左膀右臂。江国栋也被安插进彭孟缉主持的台湾情报工作委员会，任副主任委员，直接贯彻蒋经国的各项指令。萧昌乐也曾升至高位。
(2)干校系。这是中央干校毕业的一批学生。当时蒋经国任该校教育长，因而这批人就成了他的核心干部。此系统的主要人物有罗才荣、江海东、楚崧秋、李焕、陈元、包遵彭、蒋廉儒等人。在上述人物中，最发迹的是李焕，靠着蒋经国曾出任台湾“教育部长”等职，后来成为国民党中央秘书长和“行政院长”。
(3)政工系。这是蒋经国到台后任用的一批政工干部。这批干部主要以北投政工干校毕业生为主。政工干校是1950年9月蒋经国奉蒋介石之命开始筹设，指定嫡系大将王升草拟建校计划。翌年2月，成立政工干校建校委员会，负责策划事宜。蒋介石为该校规定的训导方针是：
“以培养笃信三民主义，服从最高领袖，忠党爱国，坚决反共抗俄之健全政治工作干部，使能参与陆海空军各级部队……共同完成国民革命第三任务之使命为教育宗旨。”
11月1日，政工干校第一期学生正式开课，蒋经国在开学典礼上发表讲话，要求所有学员做到：
(1)“绝对性的信仰主义”；
(2)“无条件的服从领袖”；
(3)“不保留的自我牺牲”；
(4)“极严格的执行命令”。
通过该校的创办，蒋经国大量网罗人才，使政工干校成为台湾的黄埔，门生遍布党政军各界，为日后蒋经国升迁护航保驾。
(4)特工系。这是蒋经国统一情治机构之后所接收的全部特工干部。其中包括军统、中统、二厅、宪兵、保安、外事等许多特工系统。该系统属蒋经国系统的外围组织。