(5)党干系。这是蒋经国跻身党务工作时收容的一批见风使舵的干部，人数不多，属外围性质。
(6)留俄系。此一系统均属于蒋经国的同学，资格虽老，很少受到蒋经国重视，算不上蒋系统的核心人物。
(7)其他。这些人不属于任何派系，没有任何背景，肯为蒋经国卖力，忠实蒋经国，以求博取功名。这批人多为蒋经国系统的外围分子。当然，对于肯投靠又可资利用的人物，蒋经国也特殊对待。例如张彝鼎，就属于这一系统的特殊人物。
蒋经国出任“总政治部主任”一职后，考虑最多的是副手一职由谁充任。几经思索，他择定胡伟克和张彝鼎为副主任。
胡伟克原为杭州笕桥空军军官学校中将校长，曾留德习空军，身材挺拔魁梧，服装一丝不苟。他是蒋介石下野后在笕桥机场结识蒋经国的，因年龄相近，二人谈得很投机，成了蒋经国夹袋中的头面人物。蒋经国在考虑副主任人选时，胡伟克是第一人选。不久政工干校成立时，胡又奉命出任第一任校长职。胡在蒋的门下做副手，却忘了自己扮演的角色，把政工干校视为他的黄埔，这必然引起蒋经国的反感，对胡很不放心。蒋经国经常前往政工干校主持升旗、训话。就在开学后的第六天，蒋经国在周会上以《青年应有的认识》为题发表训话。两天后，蒋经国又以《向领袖学习跟领袖前进》为题发表训话，反复强调无条件地服从领袖，并要“自发自动，出自内心”。要服从领袖，必先信仰领袖，要信仰领袖，就要“认识领袖的思想、人格、学问、道德、远大的眼光、坚定的立场、凛然的气节和自然的风度”。11月16日、23日、28日，蒋经国分别在政工干校讲授《做人的意义和做事的道理》、《俄帝侵华真相》和《中华民国的命运》。几乎每周、每月，蒋经国都到政工干校训话。同时，蒋经国还让王升在于校内为他设立了“总政治部主任”办公室。此举使胡伟克感到不快，胡是一个很霸气的人，他做空军学校校长时，规定他坐车经过营门时，卫兵必须敬礼。胡曾说：“卫兵看到校长的车必须敬礼，即使校长不坐在车上，车上坐的是一条狗，也要敬礼，卫兵是对校长车敬礼，并不是对校长敬礼。”不仅如此，胡还对训导主任王升说：“一个学校，校长总揽全权，现在设了校长室，又有一间主任室(指蒋经国的办公室)，简直不合体制，王升，我警告你，你不要有眼不识泰山，藐视校长，用主任来压我，你赶快撤销主任室。”这番话被王升告知蒋经国，胡伟克被抛弃成为必然。胡只做了两年多的副主任、一个多学期的校长就被蒋经国赶下了台，不久胡忧郁而死。相反，张彝鼎做副主任时兢兢业业，惟命是从，是一个十足的奴才胚子，故在蒋经国“总政治部主任”任期届满时，就把张彝鼎扶正。
张彝鼎接掌“总政治部主任”大权之后，为了报答知遇之恩，每日除了下棋之外，不大过问部内公事，所有重要问题，仍旧由各主管人员直接向蒋经国汇报请示。蒋经国又把他的亲信蒋坚忍，由“陆军总司令部政治部主任”调为“总政治部副主任”，替他主持一切。直至两年之后，张的守门任务完成，才把蒋坚忍扶正。对“守门”有功的张彝鼎，蒋经国将其调为“国防部次长”。
蒋经国上任之初曾提出不能滥用私人。他曾说：这件事看起来很简单，但在政工改制开始的头两年，在旧观念和旧习气还没有改变过来的时候，仍不免受少数人的阻难，甚至有些人迁怒于政工制度本身，而不顾事实上的需要。然而，蒋为达到控制军权的目的，却将原军统宿将赵龙文插进海军，出任“政治部主任”。赵的主要任务就是打破桂永清一统的海派势力。赵不负众望，数月之后，已将海军13名将领的材料搞到手，结果13人中或撤、或免、或调，无一幸免。桂永清这位黄埔一期生，最后也被赶出了海军大门。
空军方面，老虎将王叔铭颇具权威，在他总司令4年届满之时，升任“参谋总长”。殊不知这是蒋经国的调虎离山之计。后来王叔铭竟糊里糊涂以“粉红色间谍”嫌疑之累，被赶下了台，而由蒋氏父子的亲信彭孟缉荣任“参谋总长”一职。
总之，蒋经国在军队的举措，为其革除弊端、改善风气与保卫大台湾起了一定作用，但也为蒋氏父子的军事独裁提供了有力的保障。
最年轻的改造委员
蒋介石不仅让蒋经国抓军、特大权，而且还乘国民党改造之机，让他步入党务决策圈，以便抓党权。
蒋介石荣登“大宝”之后，立即着手国民党改造与重建工作。1950年7月26日，蒋介石向全党宣布了国民党改造方案，并称国民党如不彻底改造，将有亡党危机。
蒋介石父子何以在退台之初大刀阔斧地进行党务改造呢?其原因是父子二人均认为国民党在大陆失败主要是党的失败，是对三民主义信仰的动摇。同时认为国民党退台后，不仅组织涣散依旧，且派系犹存。蒋氏父子企图通过改造消除“党内败类”，寻找替罪羔羊，当然也有学孙中山，使之通过改造获得新生的想法。
蒋氏父子的设想与国民党内因惨败而滋生的忧患意识相结合，形成了以蒋介石为核心的改造派，为改造运动的推展准备了条件。
其实，蒋氏父子下决心改造国民党并非是在退台之后，早在三． 青团与国民党合并时就有改造国民党的构想。但那时正值蒋介石 领导的反共战争处在正烈之际，无暇顾及国民党改造。蒋介石下 野后，父子二人多次研讨改造与重建国民党的方案。他曾沉痛地 对蒋经国说：
“当政20年，对其社会改造与民众福利，毫未着手，对党政军 事教育人员，只能做官，而未注意三民主义之实行。今后对于一切 教育，皆应以民主为基础。亡羊补牢，未始为晚。”
蒋介石特别强调组织与纪律的作用，他还对蒋经国说：“一切 以组织为主，纪律为辅。”“组织应在纪律之先。组织的对象，第一 为人，第二为事与物(包括经费在内)。”此后，蒋介石与来晋见 的黄少谷、阎锡山、袁守谦等人多次研讨国民党改造案。1949年3 月1日，蒋经国草拟了《组织意见书》，蒋介石阅后作了如下批示：
(1)“应谨严而不狭小，应切实而求速效”；
(2)“组织应以干部发起，不能由领袖命令行事”；
(3)“青年运动之起点，在组织流亡学生”。
蒋经国吸取其父意见，又草拟了《重整革命之初步组织的意见 书》，蒋介石阅后认为可以采用。
6月，蒋介石问蒋经国，“组织如何策进?”蒋当时答不出，他在
日记中写道：“内心非常惶恐。”鉴于失败的教训，蒋介石当时最关
注干部选拔与选练问题。
7月18日，也就是国民党中央非常委员会登场后的第三天，
通过蒋氏父子研拟的《中国国民党改造案》。该案宣称：
“事务性之党部整理，形式上之党员登记，皆不足以振废起衰，
必须对党的思想路线、社会基础、组织原则、领导方法，以及党的作
风，从根本上痛切反省，严厉检讨。”
两个月后，蒋介石又迫不及待地抛出了《为本党改造告全党同志书》，企图通过党的改造挽救其在大陆的失败。然而毛泽东挥兵长驱直入击破了蒋氏父子在大陆改造国民党的迷梦。蒋氏父子率领残兵败将退守台湾后，天然屏障——台湾海峡隔开了国共两党血与火的拼杀，客观环境使蒋氏父子的改造案有了实施的可能。
在退台最初的日子里，蒋氏父子避居幽静的涵碧楼，“独思党政军改革方针与着手之点”。并认为“此时若不能将现在的党彻底改造，决无法担负革命工作之效能也”。12月30日至31日，蒋介石接连在涵碧楼召集陈立夫、黄少谷、谷正纲、郑彦菜等人讨论国民党改造问题。蒋在会上宣称：国民党如不彻底改造“无异自葬火坑，徒劳无功”。他还认为：“改造要旨，在之前雪全党过去之错误，彻底改正作风与领导方式，以改造革命风气；凡不能在行动生活与思想精神方面与共党斗争者，皆应自动退党”。
其后，蒋介石加快了国民党改造的步伐。1950年l一3月间，召开一系列会议，商讨中央改造委员会成立之后，人选如何择定?现有中央执、监委员会如何安排等问题存有明显的争议。后经蒋的挚友吴稚晖等人联名上书和朝鲜战争爆发后，蒋介石从美国总统艾森豪威尔手中获得了一张人寿保险单，致使国民党改造得以推展。
1950年7月26日，蒋介石在台北宣布国民党中央改造委员会成立，其成员有陈诚、蒋经国、张其昀、张道藩、谷正纲、郑彦菜、陈雪屏、胡健中、袁守谦、崔书琴、谷凤翔、曾虚白、萧自诚、沈昌焕、郭登、连震东等16人。从上述名单观之，从事20多年的国民党党务的陈氏兄弟均被赶出了国民党中央改造委员会。谁都知晓，在巩固蒋介石独裁统治打败各派政治势力过程中，陈氏兄弟立下了汗马功劳，有“蒋家天下陈家党”之说。此刻蒋氏父子为什么借改造国民党之机铲除二陈呢?一是蒋介石要推卸国民党在大陆失败的责任，就必须寻找替罪羔羊，而陈氏兄弟主管党务，自然党务失败的责任就落到他们的头上。二是蒋经国对陈氏兄弟恨之入骨，亟欲铲除。蒋经国与陈氏兄弟积怨始于1947年党团合并之时。
蒋介石为使蒋经国得到进一步锻炼和培养嫡系，让他出任中央政治学校教育长。陈立夫视该校为CC派干部养成所，岂能让他人染指，遂唆使学生闹风潮，拒蒋经国到任。蒋经国的老部下蔡省三、曹云霞回忆：
“岂料事出意外，国立政大的公告栏贴出了校长蒋中正的‘皇皇告示’：‘奉教育部××号令，国民政府主席任命蒋经国为国立政治大学教育长。特此遵照公告，仰全校师生一体知照。’聚集在公告栏的学生，议论纷纷，七嘴八舌，声音越来越嘈杂，流露出一片反感，忽然有人高喊：‘同学们，请看老子任命儿子，要拿我们当孙子呀!”’
“‘我们不当孙子’，学生中爆发出怒吼，接着人声鼎沸，连珠炮发出震耳的口号： ‘反对儿子教育长!’ ‘反对父子家校!’ ‘蒋经国滚开吧!”’ 当晚学生大会通过紧急决议：要求蒋介石收回成命，撤销蒋经国教育长的任命，另选贤能，否则进行总罢课以示抗议。
反对蒋经国等于间接反对蒋介石，蒋勃然大怒，令陈立夫严厉查办。经过陈立夫安排，“欢迎蒋经国教育长莅任视事”的巨幅横标挂在学校大礼堂前。尽管陈立夫一再向蒋介石陈述反对蒋经国出任教育长是青年军复员学生鼓动，并非CC所为，但此举不仅使蒋经国的门生与政大无缘，而且埋下了蒋经国清扫CC的复仇种子。加之陈诚也反对陈氏兄弟，老蒋又想丢车保帅，故使一向说一不二的陈立夫，只有三十六计走为上，没有顾上卧病在床的哥哥与 年迈的父亲，去了美国纽约，在长岛买了一所房子，以养克来亨鸡 消遣度残年。
1950年8月，国民党改造运动在全岛大张旗鼓地展开。蒋经 国奉父命出任国民党中央改造委员会干部训练委员会主任委员一 职。利用这一职权，蒋经国在新成立的“革命实践研究院”培训大 批高级干部，受过训的追随者，成为其接班的坚定拥护者，也是蒋 经国新政的忠诚推行者。
在两年多的党务改造过程中，蒋氏父子最感到得意的是组织 整顿。根据规定：有“叛国通敌”、“跨党变节”、“毁纪反党”、“贪污 渎职”、“生活腐化”、“放弃职守”、“信仰动摇”等行为者，均在整肃 之列。同时要求党员重新登记，以加强组织观念与对蒋氏父子的 效忠。1951年1月23日，蒋经国在军队政工会议上批评了“军队 里不应该有党务工作”的论点。提出国民党是军队的灵魂与生命， 强调不管是士兵与军官，只要是国民党员，“就应该无条件地服从 党的组织，无条件地为党贡献自己的一切”。当蒋氏父子宣布国民 党改造结束时，又对组织系统进行改造。
一方面，在国民党中央委员会之外，蒋氏父子宣布成立中央评 议委员会，专门安置已经退居二线、交出权力、过去为蒋家出过大 力的元老重臣何应钦、阎锡山、张群、吴稚晖、于右任等48人。
另一方面，将中央委员会规模缩小，由原来326名中央执、监 委员减少到32名中央委员；由134名中央候补执、监委员减少到 16名。同时在48名中央委员、候补委员中，又有不少新面孔。
对于国民党改造运动，各界褒贬不一。一说认为国民党经此 改造获得了新生；一说认为“改造运动只是蒋氏父子篡党的一种手 段，改造下来，乃是使国民党改造成蒋家党”。实事求是地讲，这两 种说法均有偏激之处。由于国民党当时已病人膏肓，加之蒋氏父 子怀有私心，国民党不可能得到彻底改造。但亦应看到，此番改 造，的确整顿了国民党各级组织，完成了国民党各级组织的重建与上层权力的再分配，对于国民党退台初期的政局混乱，起到了一定的稳定作用。从这个意义上讲，国民党改造成了存亡续绝、起死回生的转折点。当然，蒋氏父子通过改造运动，将反对派统统挤出决策圈，并将元老派的实权加以剥夺，在要害部门大量安插亲信，蒋介石还让蒋经国进入国民党中常会，终于建立起以蒋氏父子为核心的权力结构。此一局面也为蒋经国日后再度升迁和接班奠定了坚实的基础。
“救国团”领袖
蒋介石在总结国民党兵败大陆原因时，认为失败的基本原因是对青年教育的失败，特别是三民主义思想教育的失败。他说，“要是当时青年本身信仰坚定，不为任何邪说暴行所威胁诱惑，信奉主义，拥护政府，当不致为敌人所乘，一败至此”。他在国民党改造即将完成之际，又于1952年3月29日发表《告全国青年书》，宣称：“惟有团结，才有力量，亦惟有组织，才能团结，才能成功。”并号召台湾青年组织“中国青年反共救国团”。
蒋介石在5年前解散了三青团，今日为何又企图成立“反共救国团”呢?道理很简单，当年实行党团合并，是扩大蒋经国在国民党内的势力范围，今天重组“反共救国团”则是为了扩大蒋经国在台湾社会的影响，为其接班搭桥铺路。
蒋经国当时与其父考虑一致，也认为应把青年人组织起来，以适应“反攻复国”的需要。他认为：
今后“反共复国”的行动，如果没有青年起来，就不能成功，可是青年起来以后，如果没有组织去团结青年的力量，不能持久，最终还是全归失败。
“中国今天不是没有反共的支柱，更不是没有爱国青年，但过去青年为什么对于国家没有贡献呢?我想这个问题就在于过去没有把爱国的青年组织起来，使他们团结成一个坚强无比的力量。”
既然父子俩的看法一致，组建“青年反共救国团”势在必行。
在“青年反共救国团”成立之前，蒋经国就于1950年4月9日筹组“中国青年反共抗俄联合会”。他对该会提出两点希望：一是以身作则，转移后方社会风气，劝告同胞提高警觉，勿再骄奢淫逸，醉生梦死，否则他就不配活在台湾；二是尽一切力量，支援前方将士，希望在台青年尽所有力量想办法发动整个社会人士，参加一人一物慰劳前方将士运动。该会于1950年11月1日正式成立，并在各地设支分会，创办了《奋斗周报》。该会成立后除了发起一人一物的劳军运动之外，就是宣传“反共抗俄”。“青年反共救国团”成立后，该会与之合并。