秦始皇统一中国后，在政治体制、经济体制等方面进行了一系列改革，巩固了秦国的统治。但有不少读书人喜欢谈论政事，话题往往触及秦朝的政治制度。公元前213年，丞相李斯借一些学者政见纷争之际，向秦始皇提出焚百家书、杜绝混乱思想的建议。
秦始皇觉得事情确实是这样，如果听任那些有旧思想的人到处宣扬旧制度，的确会妨碍他的统治。于是他决定接受李斯的建议，下令焚书。焚书的具体办法是：除了那些讲医药、占卜、种树一类的书以外，凡不是秦国史官所记的历史书，不是官家收藏而是民间所藏的《诗经》、《尚书》和诸子百家的书籍，在命令下达的三十天之内，都要缴到地方官那里去焚毁。以后还有偷偷谈论古书内容的，处死刑；借古论今攻击当前政治的，全家都要处死。官吏知情不告发的，判处同样的罪。
焚书的命令发布以后，各郡各县的官吏立即严格地遵照命令去执行，挨家挨户收缴书籍。在很短的时间内，秦国以外的历史书和记载着诸子百家学术思想的书籍，凡是收缴上来的，差不多全都烧光了。秦朝以前的许多历史事实和学术思想著作从此失传。这是秦始皇摧残中国文化的一大暴行。
秦始皇下令焚书，使得许多读书人都非常反感，不仅那些有旧思想的人反对秦始皇的暴行，连一些在朝廷里的博士，也都在暗地里议论，说秦始皇这样摧残文化，做得太过分了。
焚书的第二年，即公元前212年，有两个替秦始皇求不死药的方士侯生和卢生，偷偷地议论说：“秦始皇这个人，十分残暴，自信心太强。他专靠残酷的刑罚来统治天下，他对谁也不信任，大大小小的事情都得由他自己亲自来决定。像他这样贪图权势的人，我们还是不要为他求仙药的好。”他们两个人偷偷地带着从秦始皇那里领来的钱财，逃走了。
秦始皇听说读书人在背后说他的坏话，侯生、卢生还居然逃走了，十分生气，决定要狠狠地惩治他们。于是秦始皇下了一道命令，叫御史大夫去查办那些在背后诽谤他的读书人。被抓去审问的人，受不了残酷的刑罚，为了给自己开脱，就一个一个的攀连其他的人，攀来攀去查出来有四百六十多个方士和儒生有嫌疑。秦始皇一怒之下，也不查证核实，就叫人在咸阳城外挖了个大坑，把他们全都给活埋了。其实四百六十多人当中大多数人都是含冤死去的。
坑儒谷遗址秦始皇焚书坑儒，目的是想统一思想，压制那些反对中央集权制的思想和言论，但是他的焚书，既毁灭了秦以前长期积累起来的文化财富；坑儒，又杀害了许多精神财富的创造者。从此以后，秦朝宫廷里真正有学问的人大大减少，而那些专会欺上瞒下的奸贼如赵高之流，逐渐成了秦始皇身边的重要人物，秦朝开始走下坡路了。