说着，孙中山走上前去，将那封信呈交给院长。嘉约翰看过信，热情于说：“欢迎你来这里学习。”接着又向孙中山简单介绍了学校的情况。
原来，广州博济医院是1835年由美国基督教长老会创办的。二十年之后，也就是1855年，开始附设南华医学堂。每年收取二十元的学费。一开始只招男生，到1879年才兼收女生。学校所开设的二十多种课程，都是从西方医学教科书翻译过来而作讲授的。
“关于学费”，嘉约翰院长最后说：“我很抱歉，不能为你减免。本校的学费标准已经很低，而且，我也不能破这个例。”
孙中山很坦然地说：“减免学费，那是喜嘉理牧师的一片好意。至于我个人，并不想使院长为难。”
嘉约翰看着眼前这个彬彬有礼而性格刚毅的中国学生，心里不禁有了点好感。
孙中山进了南华医学堂。他所在的班级共十六名学生，其中女生四人。同学当中，很多人的年龄都比孙中山大，但他却是学习成绩最好的学生之一。
他既勤奋肯钻研，又兼天资聪慧，记忆力恃强，所以对学习不感到有什么困难。他给同学们留下了深刻印象，平时不声不响，少言寡语的他，一遇到问题，却敢于挺身而出，直陈不平，而且议论滔滔，言辞凿凿，叫人不得不为之折服。
曾经有过这样一件事。南华医学堂作为一所新式的西医学校，却有个奇怪而不成文的惯例，那就是：男女同学不但座位分开，泾渭分明、中间还得用帐幔遮住；学习妇科时，教师只带外国学生和中国女生实习，中国的男生却不允许参加。
孙中山对这种不合理的现象十分不满。刚进学校不久，他就对男女同学分座提出了意见，要求去掉教室中的帐幔，可是教师并不睬他。孙中山知道传统势力的庞大和顽固，何况分座对学习没多大影响，他于是也就不再坚持。可是到妇科实习时，他和其他的中国男生都被排斥在外，只能眼睁睁地看着外国男生在妇科诊室和产房里进进出出。其他的中国男生都心安理得，抱着一种无所谓的态度，可孙中山看不惯，他觉得这是非改不可的不正常现象。
于是，他向任课老师提出了参加妇科实习的要求。
那任课的外国老师以奇怪的眼神看了看孙中山，用不容置辩的口气，拒绝了孙中山的要求。
“为什么不能参加？”孙中山追问道。
“因为这是医院的规定，我只是执行规定而已。”
“这规定是不合理的，为什么不能改呢？”
“如果真是不合理，修改的权利也不在我，那是医院的事。”洋老师显得有些不耐烦了。
“那好，我找院长去。”孙中山掉过头，气冲冲地来到院长办公室，劈头就问：
“同是学生，为什么要歧视我们，不许我们到妇科实习？”嘉约翰院长吃了一惊，正想发火，一看是喜嘉理牧师介绍来的那个学生，便捺住性子说道：
“你说什么？请再说一遍！”
“我们为什么不能像外国男生一样，被准许参加妇科实习？”孙中山毫不畏惧，把他的不满再申述下一遍。
“为什么？”院长不禁觉得有些好笑，“你们中国人不是讲究‘男女授受不亲’吗？我们这样做，正是尊重你们的习惯。”“男女授受不亲确是我们的习惯。但这是一种不好的习惯，应该加以改正。中国还有很多这样的不好习惯，都应该改。
“我们中国人学习医术，就是为了治病救人。而治病救人，是不应区分什么男女的，难道中国的妇女有病，我们这些中国的男医生就可以不救吗？
我们就可以心安理得地遵守那不合理的习惯，置病人于不顾，任其遭受病痛的折磨而死去？想必院长是不会同意这样做的。”
孙中山这一番议论，征服了嘉约翰院长。他实在没有想到，这样一位年轻的中国学生，竟然会有这样深刻的见解，竟然使自己想不出什么话来驳斥这个年轻人。他静静地看了孙中山一会儿，像是在下决心。果然，院长站起身，痛痛快快地说：“上次减免学费，我没为你破例。今天，我愿意为你破这个例：从现在开始，允许你们中国男生参加妇科实习。”
消息传出，同学们个个欢欣鼓舞，而对于孙中山的胆大识高，能言善辩，则佩服得五体投地。
不仅如此，孙中山的学识也是令那些同学刮目相看的一个重要方面。孙中山到了南华医学堂，当然是以攻读医学为目标的。可是他在学医之余，聘请了一位国文教师给他讲授中国经史，并且，在他的床壁前面，摆放了几层成排的书，那是整整一套二十四史，表明孙中山对国学仍是一往情深，用力甚勤。
然而，不少同学都以为孙中山摆放那一大堆的书不过是装璜门面、沽名钓誉罢了。一天，有个叫何允文的同学，看了看孙中山的那几层成排的书，就从中间抽出一本，来考问孙中山。他以为一定能把孙中山问倒，出出孙中山的洋相。
孙中山哪会不知同学的用意，心想，该给他们点真东西瞧瞧。因此，当何允文一开口提问，孙中山就回答起来，而且是极为迅速、流畅。何允文和其他的一些同学一个个都目瞪口呆，这才知道孙中山藏书并不是做样子，果真每本都认真读过。
这时，孙中山也有些得意，说：
“我有个雅号，你们知道吗？”
“雅号？什么雅号？”何允文连忙问。
“那还是我在中央书院读书的时候，由于我爱读各种各样的书，尤其是诸子百家，同学们就给我起了个绰号，叫‘通天晓’”。
“通天晓”，何允文不禁喊起来，“通天晓，果然名副其实，名副其实。”孙中山谦虚地说：“通天晓我可不敢当。不过我确实喜欢读书，喜欢读各种各样的书。”这件事一传开，再也没有谁认为孙中山是迂腐和虚伪的了。同学们见到他，就喊：“通天晓，最近又在读什么书？”
服膺达尔文学说孙中山在南华医学堂学习了一年，就转学到了香港西医书院。西医书院是刚刚创办的一所用英语教学的医科大学。它的创办者是香港议政局议员、律师兼医生的何启先生。1887年2月，何启用他已故妻子雅丽的遗产，创办了雅丽氏医院。到了8月，又决定在医院内设立西医书院。书院以掌院为执行院务首脑，初由史特渥地博士充任，下设教务长，由盂生博士和康德黎博士先后充任，推李鸿章等为名誉赞助人，何启为名誉秘书。此外，有各科教师十多人，多为专门学者和医生。
西医书院设立后，就派人去广州招生。其中的一条要求是，要招收能懂中、英文字的学生。
孙中山得知这个消息。立刻去报了名。他在注册薄上的署名是“孙逸仙”。
“逸仙”，是“日新”的粤语谐音。这个名字，是孙中山在中央书院读书时的国文老师区凤墀，在1886年为他改的。
孙中山转学自有他的看法。首先他认为西医书院是学制五年的本科大学，帅资水平较高，教学设备亦较完善。这对他求知学医很有好处。
其次，或许是更为重要的，是孙中山在南华医学堂也有苦恼，而且是一个很大的苦恼。那就是广州这地方不如香港思想开放，说话较为自由，可以尽力鼓吹革命。在南华一年，孙中山就常因同学之中没多少人能真正理解他而苦恼。
南华时期，孙中山虽然很受同学钦佩，被同学门誉为“通天晓”，但是他又被同学称为“大话书生”，提起这“大话书生”，也是有来历的。
孙中山读书不忘救国，他始终以“洪秀全第二”自居，广交社会各界人士。孙中山结交人士的方法很特别，亦十分慷慨。一旦身上有点余钱，他就招集各种人士外出喝茶聚餐，不论是教师、同学，还是工人、商贩，都在招纳聚会之内。一入座，孙中山便侃侃而谈，大谈中国的种种旧礼俗旧习惯应当革除，大谈中国的现状是如何危险。同人应当起而自救。他只顾自己谈得起劲，也不问别人是不是理解，是不是赞同，甚至也不问别人是否在听。他讲啊讲，那些人茶足饭饱就坐不住了，有的借口有事提前走了，有的甚至什么也不说就悄悄溜走了。到最后，只剩下他一个人，对着满桌的怀盘狼藉空叹连声，感慨不已。
有一次，又是这样的情景，人们都走了，只剩下了孙中山一个人在那里空自慨叹。突然，他发现还有一个人坐在对面，静静地陪着他。就问道：
“他们都走了，你怎么还不走呢？”
“因为你说得太好了，让他们走吧，我愿意一直陪着你。”
“真是太感谢了。请问你的尊姓大名？”孙中山很受感动，他终于有了一个知音。
“免贵姓郑，名士良。”
“郑士良。”孙中山连忙绕过桌子，走到郑士良面前。两双手紧紧地握在一起。
郑士良当时与孙中山同在南华医学堂读书，于是一起返校。途中，两人相谈十分投机，彼此部有相见恨晚的感觉，不知不觉就到了学校。
“你知道同学们给你起的外号吗？”郑士良临分手时间道。
“知道，他们都喊我‘通天晓。”孙中山不无自豪地说。
“不，不是这个，是另一个。”
“另一个？”孙中山奇怪极了。
“是啊。他们还把你称作‘大话书生’”，郑士良说着，不觉有些生气，“他们不理解你的追求，你的理想，竟把你的主张宣传说成是大话。我就愿意听这样的‘大话’。”
“那好。我是‘大话书生，’你就是‘大话听众’了。”孙中山的豁达与幽默，郑士良更为钦佩。两位朋友不禁哈哈大笑起来。
有了郑士良这个真诚的朋友与知音。孙中山孤寂的心稍许得到了一些安慰。但这毕竟不能满足他的热望、他的追求，孙中山还是向往香港的自由与活跃，他相信在那里会找到更多的朋友与知音。
于是，他作出了自己的选择。郑士良得知孙中山转学的消息，非常吃惊，立即来为孙中山送行。他们默默地坐着，一直坐到了很晚很晚，该说的都已说了，只有分别的痛苦，在他们的心中逐渐弥漫开来。最后，郑士良噙着泪水，紧握着孙中山的手、真诚地说：
我曾加入会党，认识不少有志工人，以后有什么事，我可以招徕一批人为先生效力，听从先生指挥。”
孙中山用力摇了摇朋友的手，也激动得热泪盈眶，连声说：
“谢谢，谢谢。咱们后会有期，后会有期。”孙中山怀着与好友依依借别的心情，赶赴香港，开始了他在西医书院的学习生活。
孙中山以极大的热情和毅力，投身到学业之中。他不仅刻苦钻研各门医学课程，积极参加学校设置的大量实验和实习活动，而且仍把课余的大量时间放在阅读书籍之上。在这期间，孙中山阅读的书籍种类更为多样广泛，除了中国古代的大量典籍之外，西方的政治、经济、军事、历史、科技等各种各样的书，都引起了孙中山的极大兴趣。他常常读书读到深夜，当很多同学都一觉醒来，仍然看见他还捧着书本，一副专心致志、不知疲倦的神态。
一天，孙中山一边吃饭，一边看书。看着看着，他的筷子停住了，嘴巴也停止了嚼动，一口饭含在嘴里含了半天。他被书中的内容深深地吸引和打动了。最后，他干脆放下饭碗，一口气把那本书读完了。
孙中山读的是达尔文的《物种起源》，对于达尔文及其所提出的理论，孙中山钦佩之至。他热憎地在同学之中推荐达尔文的书，使不少同学在他的影响下，阅读起达尔文的著作来。然后，他们一起交流读书的体会，孙中山抑制不住内心对达尔文的崇敬之情，热情地称颂道：
“达尔文真是了不起，他的功劳，世界上的许多皇帝都比不上他呢。”同学们都认为孙中山说得对，说得好，都对达尔文的理论十分信服而推崇。而孙中山的头脑里，却在思考着更深的问题，要把他所了解到的理论，与中国的现实加以比较加以印证：
“按照进化论中的天然公理说，适者生存，不适者灭亡；优者胜，劣者败。我们中华民族到底是优者还是劣者？是适者还是不适者呢？”
对于这样一个含混不清的问题，孙中山进行了长时间的思考。他得出了这样一个结论：要在这世界上生存和很好地发展下去，就必须要做个优者适者。大自然中的优胜劣汰规律。不同样适合于人类社会吗卜。
随着学业的增进，随着知识的丰富，随着视野的开拓，孙中山变得日益成熟起来。他开始感到基督教所传的经文也有很多不合理之处，比如，人们不能享受现实的幸福，还能到什么地方去享受来世的快乐？天堂在哪里？地狱又在哪里呢？
渐渐地，孙中山对基督教失去了往日的热情与虔诚，虽然他并未放弃耶稣，但是他的宗教观念已大为淡薄了，他把他的热情与信念转向了哲学、政治，尤其倾心和推崇达尔文的进化论。
孙中山的信念有了转变，他的言行举止也相应有了改变。在西医书院读书期间，每到寒暑假，他总要回故乡翠亨看看，尽力为家乡做些实事。
有一年暑假，孙中山回到翠亨。他看到家乡治安混乱，村民们因常常受到盗匪骚扰而惶恐不安，村中道路杂草丛生，一派萧索荒凉景象，他心里感到十分难受，于是决心改变这种落后面貌。
孙中山说做就做。他组织起一支青年护庄队，不仅安排村中的一些小伙子进行夜间放哨、打更防盗，而且一马当先，亲身参加武装巡逻。白天，则在村中发起了修桥、补路、洒扫街道的各种公益事项，每一项他都踊跃参加。结果，短短几十天时间，村里的治安和卫生状况有了很大改善。村民们看在眼里，乐在心里，对孙中山赞不绝口，至于毁殿砸像的事，人们早就淡忘而不计较了。除了整顿乡村的治安和卫生之外，孙中山还把他所学到的科学知识运用到生产实践中去。他一方面不厌其烦地向老农介绍科学选种和施肥等农学知识，并考察土壤，试验种植桑树。孙中山的学识与实干精神，更受到了人门的赞赏。
孙中山从这些实践活动中，感受到改良社会的巨大乐趣。他孜孜不倦地做着这一切，力图为人们多做实事，多做好事，但是，现实却不能使他满意，甚至使他愤愤不平。
有一次修路，因为涉及到邻村土地，引起了纠纷，孙中山只好呈请县令出面协助解决，当时的知县李征庸表示同情，答应届时协助解决。可是，当下一个假期来到，孙中山满以为问题已经解决，便兴冲冲地赶回家。一问，才知土地的问题不仅没解决，连解决问题的知县李征庸也不知被挤到哪去了。现任县令杨文骏花了五万元买到了县令职位，这家伙对上是奉迎拍马的好手，对下是搜刮民财的饿狼，号称”剥皮杨”。
孙中山一听，愤愤不平，对于腐败的朝廷，他已完全失去了信心。这是个无可救药的政府，而“中国无良好政府，办事必不能成”。
孙中山这样想着，更激发了他进行革命，改造中国的愿望和决心。
反清“四大寇”
转变信念的孙中山，在努力学习与躬身实践的同时，革命的志愿越来越强，对革命的宣传鼓吹越来越活跃而激烈。
只要一有空余时间，孙中山便借助香港的自由氛围，“以学堂为鼓吹之地”，无所顾忌地向同学们“大放厥词”。
他常常对同学谈起太平天国的佚事，讲述太平天国许多领袖的英雄事迹；尤其推崇洪秀全，把洪秀全称为“反清第一英雄”，对太平天国运动的失败极表惋憎。与此同时，他自诩为“洪秀全第二”，表达了要担负起太平天国英雄未竟事业的强烈愿望和巨大决心。
因此他常常在同学面前抒发对满清朝廷的强烈不满，号召人们要关心社会、关心政治，对于中国目前的危机状态，作为中国人应当奋起自救，不要只沉迷于医道医术之中。