日本民党领袖犬养毅得知此事，便出面周旋，约定康有为、梁启超与孙中山、陈少白四人，一同前往他在早稻田的寓所晤面。当孙中山带着陈少白来到寓所时，康、梁二人尚未到。等了一会儿，只见梁启超一人匆匆赶来，吞吞吐吐地解释说：“康有为先生因有其他事情不能来，实在抱歉。”
“既然康先生有事，我们先谈谈也行”，孙中山十分大度地说，“梁先生快请坐。”几个人围坐在一起先寒暄几句。待侍者端来茶水后，犬养毅对孙、陈、梁说：“我不大熟悉中国的语言，先离开一步，你们聊吧！”
孙中山与梁启超就双方合作的问题，进行了非常细致的交谈。临别时，梁启超说：“今天所谈内容，关系甚大，必须与康先生商量后，再为答覆。”
孙中山紧紧抓住梁启超的手，动情地说道：“此事不宜久拖，盼尽快答覆。”两天时间过去了，康、梁方面毫无回音。孙中山不免焦急，便吩咐陈少白：“你再去拜访一次，听听他们的想法。”陈少白这时已十分恼怒，摆摆手说：“先生干脆算了，我看康有为根本就不赞成革命，道不同不相为谋。先生还记得大同学校的事吗？”原来，孙中山与康、梁在此之前就有过断断续续的交往，发生过一些令孙中山不愉快的事情。康有为、梁启超都是广东人，与孙中山是同乡，有一段时间还同时住在广州城里。当时，康、梁就已有了点名气，康有为在万木草堂讲学，孙中山在圣教书楼挂牌行医，相隔不过几条马路，彼此一直没有什么来往。孙中山在确立了反清思想后，曾把一切敢于改革政治的人，都当作是志同道合的朋友，很想把他们团结在一起。1893年的冬天，孙中山听书楼的一个伙计说康有为常来书楼买书，就托他转告康有为，说想和康氏见面结交。但此时的康有为正踌躇满志，看不起孙中山，竟然对那个伙计说：“要他写一个拜见老师的帖子，称自己为门生才行。”结果结交未成。
胸怀大志的孙中山是不会计较这些小节问题的。广州起义失败后，兴中会为扩大影响，在日本横滨办了一所学校，孙中山取名为“中西学校”。因为教员缺乏，孙中山、陈少白又希望与改良派联系，便委派一名校董到了上海，聘请梁启超到日本主持学校的校务。梁启超不大愿意干这个差事，便与康有为相商。康有为另派了他的学生徐勤和另外二人，来中西学校执教。
孙中山看到康有为派人来到横滨，十分高兴，便委托徐勤当了中西学校的校长。谁知徐勤当校长后办的第一件事，就是根据康有为的意思，把校名改为“大同学校”，并挂起了康有为亲笔书写的门额。即便如此，孙中山还是没有动气，也不去追究。他想，既然将学校交给他们办，改一个校名也无碍大局。
但是，没过多久，孙中山遇到了一件使他更不愉快的事情。有一次，他抽空到学校去看看，走进教员的办公室，空无一人，教员们都上课去了，无意中瞥见桌子上压着一张纸条：“不得招待孙逸仙！”孙中山觉得有点奇怪，不声不响地走了出来。有几个兴中会员听到这个情况后十分生气，跑到学校要和徐勤算帐。徐勤推辞说：“我并不知道这件事啊，字条绝对不是我写的，我可以发誓。”兴中会员们继续和徐勤论理，双方僵持不下，后被孙中山制止了。过了几天，经过暗中了解，才知道这件事背后大有文章。
康有为自受到光绪皇帝的赏识和信任后，受宠若惊，对光绪真是感激涕零。他得意洋洋地在公开场合对人说：“变法要想成功，必须要从京城开始，必须要依靠朝廷的王公大臣。”他听到一些康门弟子在横滨与革命党人交游甚密，担心对他的前程不利，就在私下里向徐勤等人透露说：“要不了多久我就将受到重用，你们应该与那些革命党人断绝往来，否则将会受他们的牵累。”
由此可以看出，在康、梁的眼里，以孙中山为首的革命派乃是背叛朝廷的危险人物，不但不能与之为伍，还要寻找机会对他们加以瓦解。正是在康有为的授意下，徐勤才在学校里极力排除孙中山的影响，并且以各种理由，将赞成孙中山革命主张的教职员排斥出大同学校。就这样，一个兴中会创办的学校竟成了改良派的机关！孙中山以后也就不到这个学校来了。
这些往事，孙中山当然是记忆犹新。陈少白在激愤之下提到大同学校的事，确实令孙中山心绪难平。但他考虑到时过境迁，应以大局为重，要多做工作，促使康、梁改弦易辙，不能在已经成为历史的恩恩怨怨上纠缠不休。他耐心地开导陈少白：“变法维新已经失败，或许他们会改变原来的观点。
他们刚来日本，我们还是主动一些吧！”
在孙中山的耐心劝说下，陈少白无可奈何地再次登门拜访康、梁。他决心帮助孙中山，说服康有为，顺利实现两派力量的合作。
合作受挫
为了谋求改良派的合作，孙中山不计前嫌，多次主动接触康有为、梁启超，希望双方能坐在一起，共谋大业，但均遭到冷遇。孙中山当时尚没有看清康有为这个保皇派的嘴脸，总以为彼此都流亡日本，思想上应有很多相通之处，即便有些分歧，也可以求大同存小异。于是，仍然以积极的态度促成与康、梁的协作。
陈少白理解孙中山的一片苦心，按照孙中山的想法，再去访问康有为。来到康的住处，刚进院门，就遇到徐勤。徐勤知道陈少白肯定是来找康有为的，连忙说：“今天康先生有些头痛，不能见客。”
陈少白本来就不十分情愿见到康有为，听罢转身就往回走。这时，梁启超在屋里叫道：“少白，请回来！”边说，边跑出去拉陈少白进了屋子。
陈少白一打量，康有为端坐在一把太师椅上，除梁启超外；还有王照、梁铁君等人，似乎正在闲谈。陈少白与康有为相视点头，正欲作礼节性的问候，忽然王照站起来向陈少白诉苦道：“请先生评评理，我们住在这里，言语举动不能自由，甚至来往的信件都要受到检查，这种情形，实在是忍受不了--”
话还未说完，康有为便气愤地命令梁铁君：“把他拉出去！”陈少白看出其中必有奥秘，因不了解情况，也不便开口询问，便坐在圆桌旁，礼貌性地问道：“康先生这几日过得好吗？孙先生要我转达他对你的问候！”
康有为余怒未消，强装笑容回答：“感谢孙先生，过得还好。”陈少白对康有为、梁启超谈了他的来意，说道：“满清政府，已经不可救药，康先生也需要改弦易辙了。今日中国的局面，不经过革命，国家不会出现生机。”他见康有为沉默不语，继续说道：“先生以前于清朝政府，不可谓不尽力，但是他们现在倒要杀害你，你又何苦死心帮助他们呢？”
康有为听后，呷了一杯茶，摆出一副大清忠臣的嘴脸，以虔诚的口吻说：
“当今皇上是英明的，必有复辟的时日。我感受皇上的知遇之恩，无论如何不能忘记，只有鞠躬尽瘁，尽全力鼓动各路人马起兵勤王，帮助皇上瀛台脱禁。其余的事情，我一概不知。”
陈少白又劝他说：“如果你认为自己算得上是一个当今之世的大丈夫的话，那末你就不能为了皇上待你的好，就把国家都不要了。所以，孙先生想请你出面，与你们维新变法之士联合，就是希望先生不要因私而忘公，因报皇恩而甘愿亡国。”
康有为无言以对，还是不停地重复皇上如何如何的好。康有为拒绝了孙中山的合作要求，宁愿充当光绪的奴仆，也不愿在革命团体内充当重要的领导人物。这时的康有为，实际上已经成了革命党人和历史前进的绊脚石。陈少白和他谈了三个多小时，康有为主旨不变，谈判毫无结果。
几天以后，陈少白断定王照等人在康有为手下肯定受到压抑，或者是有什么难言之隐，便通过平山周趁康有为师徒们外出时，把王照请到了犬养毅家里，询问了他和康有为的情况。王照便把康有为出京的经过和伪托皇帝衣带诏的诡言揭露出来，写了洋洋数千字。
在平山周的帮助下，王照脱离了康有为的控制，向各界人士广为宣传康有为的伪托皇帝衣带诏之事，使得康有为在日本声名狼藉。日本政府给了他九千元旅费，令他离开日本。康有为无可奈何，很不光彩地离开日本到加拿大去了。
康有为离开日本后，梁启超与孙中山、陈少白等人仍然保持联系，每个星期都要聚会几次，梁启超与康有为略有不同，在孙中山面前，他表现出一副革命的姿态，表示双方可以“合作”，甚至讨论了两派联合组党的计划，由孙中山任会长，梁启超为副会长。当时，梁启超问孙中山：“如果这样安排，那康先生将置于何地呢？”
孙中山答道：“他的弟子是领导人，作为老师，地位不是更加受到尊重吗？”
梁启超觉得有理，便推荐由陈少白和徐勤共同起草联合章程，至于联合后的名称问题，没有形成一致的明确意见。
孙中山与梁启超的频繁接触和联合的动向，引起了康门弟子中一个顽固分子麦梦华的不满，他给当时正在新加坡的康有为写了一封告发信说：“梁启超正在渐渐进入孙中山的圈套，先生应该尽快设法解救。”
康有为当时正在华侨中进行保皇宣传活动。他先在加拿大创立了所谓的“保皇会”，在华侨中宣扬光绪“胜于尧舜，贤于周孔”，非保住他就要亡国，同时，以光绪皇帝的教师等名义进行欺骗，蒙蔽了不少人，华侨捐了不少钱给他作为活动经费。他从加拿大到了新加坡，接到麦梦华的告发信，非常恼火，便回信骂梁启超“没有志气，跟在他人的尾巴后面，实属无耻”，责令梁启超“痛改前非”，把梁启超和他的门徒骂得哑口无言”。
康有为还不放心，又派人专程到日本催梁启超到檀香山去发展保皇会组织。梁启超不敢抗命，立即起程。动身前，梁启超还信誓旦旦地向孙中山表示：“此行决不改变原来商讨的改组新党的计划。”他还请孙中山给他写几封介绍信，以便到檀香山与兴中会的人联系。
孙中山信而不疑，给他哥哥孙眉和其他兴中会干事写了信，要他们热情接待梁启超。
梁启超于1899年底到了檀香山，由于孙中山的引荐，受到了兴中会员们的热烈欢迎。可是令孙中山没有想到的是，梁启超在离开日本之后，屈于康有为的压力，加之与孙中山联合的思想基础并不牢固，其态度来了一个一百八十度的大转弯。他拿着孙中山的亲笔信，利用孙中山的威望，宣传“名为保皇，实则革命”的欺骗主张，诱惑侨商加入保皇会，捐了不少钱，在檀香山的兴中会员中打下了一定的基础。他还到茂宜岛去访问孙眉，孙眉殷情招待，留他住在自己家里，并叫他的儿子孙昌、侄儿孙科拜梁启超为老师。
当时，檀香山刚刚闹过一场瘟疫，美国殖民当局为了控制疫情，到处纵火，使当地华侨财产受到一定的损失。许多侨民怨恨清政府腐败无能，没有力量保护本国的侨民。梁启超灵机一动，借此机会鼓吹道：“大家出资出力，帮助起兵勤王，保救光绪皇帝复辟，变法维新，将来一定能够抗御外侮，保护海外侨民利益。”
在梁启超的欺骗宣传下，很多的兴中会员受到蒙蔽，加入了保皇会，连兴中会的主要干事，还有孙中山哥哥孙眉也误入了圈套、仅半年时间，募款达十万元之多。半年后梁启超回到日本时，孙眉还让其子孙昌跟他到日本，入了保皇派的大同学校。
不仅如此，梁启超还向康有为献策：“在内地发展保皇会，也是一件头等重要的事。如果广东的地盘全部落入孙中山的手里，我们便无立足之地了。”康有为十分赞赏梁启超的这个主意，赶紧派他的门徒赴两广地区发展保皇会，企图把那里的会党全部抓到自己手里来。
孙中山在日本听到这些消息，气愤至极。他先写信给檀香山的兴中会党人和孙眉，劝他们头脑要清醒，不要受骗。但会员们受毒已深，不以为然。
兴中会面临着被瓦解的危险。接着，他又写信指责梁启超背信弃义，然而这已无济于事，已经大上其当了。
康有为、梁启超利用孙中山希望扩大革命力量的迫切之情，从背后给了孙中山好几刀。孙中山逐渐看清了保皇党人的真面目。后来，他在总结这段时间和康有为、梁启超的交往关系时，十分痛切她说：“广州起义失败以来的五年时间，实在是革命进程中最艰难困苦的时代。当时有保皇党的出现和破坏，他们为虎作伥，反对革命，反对共和，甚至比清廷更难对付。”
孙中山决心和保皇党人分道扬镳，扫清前进道路上的障碍，抵制保皇派的进攻，发展革命力量。他一面准备策动新的武装起义，以实际行动与保皇党人划清界限；同时，他认为要彻底揭穿保皇派的真面目，还必须要从政治上、理论上和保皇派决裂。为此，孙中山号召国内外各地的革命派组织，大力创办报刊，利用舆论工具与保皇派进行斗争。
由此，革命派与保皇派之间，进行了一场为时十多年的大论战。
惠州起义
1900年，是孙中山为之奋斗的革命事业极其困难的时期。国家内忧外患，兴中会的许多同志信心不足，每向前迈进一步都须付出极大的努力。革命正处在一个暴风雨来临前的寂闷时刻，但孙中山的革命活动并未停止。
还是在去年秋天，他就派陈少白由日本到香港，创办了《中国日报》。孙中山亲自购买印刷机和铅字，派人送到香港。报纸出版后，大力鼓吹反清，发挥了很大作用。孙中山又派兴中会员史坚如等人，回到国内，深入长江流域，联络哥老会等帮会各首领。并派郑士良等人在香港设立机关，接待会党，把长江流域的哥老会、珠江流域的三合会、洪门会等地方组织串连起来。年底，兴中会与三合会、哥老会、洪门会的首领在香港聚会，讨论合作，决定各会合并，成立一个大团体，名为“兴汉会”，公推孙中山为总会长。会后，宫崎寅藏携带着总会长的印章来到日本，亲手交给了孙中山。宫崎寅藏高兴地说：“孙先生现在已经是公认的革命领袖了！”孙中山接过印章，便与他商谈起今后的行动计划。
他们首先分析了国内的政治形势。当时，帝国主义列强都争先恐后地要在中国夺取一块地盘，国家已形成被瓜分的局面：俄国占领了长城以北，英国占领了长江流域，德国占领山东，法国占领云南和两广地区，日本占领了福建，美国则提出了“门户开放政策”，要求在各国势力范围内享有均等的贸易机会，同时，要求中国内地全部开放。中华民族的危机日益深重。
在国内，随着帝国主义政治、经济侵入和影响的不断加深，外国传教士以传教为名在中国进行的殖民活动也猖狂起来。中国的北方，义和团运动大规模爆发，不仅直接危及了帝国主义的侵华利益，而且使清政府失去了控制能力。
孙中山满怀信心地对宫崎寅藏说：“机不可失，时不再来。我想利用这个时机组织武装起义，你看如何？”
宫崎寅藏表示赞同，建议道：“请先生再考虑成熟一些，作出布置，将各方力量调动起来，不能匆忙行事。”
孙中山经过认真考虑，命令郑士良到惠州，召集会党群众发动起义，再让史坚如去广州召集同志响应。