孙中山在与留学生接触中，除了向他们分析形势，讲述革命道理外，还希望他们参加结社，等待时机。当时私费留学生中有的想学习军事知识，由于清政府禁止他们进入日本军事学校学习而感到失望，便请求孙中山给予帮助。
孙中山向来重视武装斗争，十分支持这些学生的想法。他结交了日本军事学家日野熊藏，在东京的一个练兵场附近秘密创办了革命军事学校，以日野为校长，聘请了退役军官小室健次郎为助教，传授军事知识及枪炮火药制造方法，尤其注重散兵战术和以寡敌众的夜袭法。
入校学习的学生共有十四人，入校时，由孙中山主持宣读誓词：“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”。这十六字的誓词后来成了同盟会十六字纲领。
正是在孙中山的刻意努力下，相当多数的留学生已经在思想上由爱国逐步转向革命，并开始向孙中山靠拢，其中一批思想激进的活跃人物更把孙中山看作革命的前驱。革命思潮在留学生中迅速扩大，进而影响到国内和世界各地。
痛斥保皇党
惠州起义失败后，兴中会处于十分不景气的状态。檀香山兴中会为保皇派所左右，香港兴中会人员星散、会务停顿，唯有《中国日报》一块宣传阵地苦苦支撑，横滨兴中会名存实亡，南洋兴中会寂然无闻，台湾兴中会无所表现。
但这时保皇派在海外的活动却极为猖狂，他们积极创办报刊，进行反对革命的宣传。在横滨有《新民丛报》，在檀香山有《新中国报》，在新加坡有《天南新报》，在加拿大有《日新报》，在旧金山有《文兴报》，在纽约、香港、澳门都有报纸，其阵势远非兴中会所能比。他们针对革命派的政治主张，发表各种谬论，宣扬保皇立宪，歌颂清帝的“圣明”。
各地华侨对“名为保皇，实则革命”的说法，一时真伪莫辨，多受其欺骗。1900年前后，各地兴中会组织倒向保皇会或被分化瓦解者不在少数，连檀香山兴中会也被拉了过去，孙中山的哥哥孙眉也一度上当受骗。
1902年2月至7月，梁启超在《新民丛报》上，连篇累牍发表了长达十万多言的《新民说》一文，提出所谓“提高人民思想是今日中国第一急务”
的主张，用荒谬的逻辑把清政府的昏愦无能，归咎于人民愚昧，企图混淆视听，达到保皇的政治目的。
9月，康有为在《新民丛报》发表《辩革命书》一文，居然把人民反对清王朝腐朽统治的革命说成是“生内讧”、“创大难”，表现出他对革命运动的畏惧与仇视。
10月，梁启超又发表了《警告当道者》一文，为腐朽的清王朝出谋献策。其它各地的保皇报纸也随声附和，竭尽全力，进行各种欺骗人民的蛊惑宣传。
1903年9月26日，孙中山离开日本前往檀香山。自1896年离开檀香山，已经相距八年时间。故土重来，风光依旧，依然是迷人的海浪、沙滩和整洁的林荫大道。但所见所闻，却使孙中山大出意外。檀香山各埠兴中会会员在梁启超“名为保皇，实则革命”的欺骗宣传下，思想上已完全模糊了革命与保皇的区别，很多人都奉行君主立宪主义。在行动上，他们拥护保皇党，并以保皇党为革命党。在组织上，兴中会已沦为保皇党的附庸。不少兴中会员又加入了保皇会，而兴中会的名称则很少有人提到。
种种景象，使孙中山百感交集。檀香山是孙中山的第二故乡，亲朋故旧，为数众多。这里也是孙中山组织华侨、建立海外兴中会的始创之地，具有革命发祥的象征意义。仅仅八年时间，竟被保皇派破坏得面目全非，这不能不使他彻夜难眠。
同年12月，孙中山在致友人的一封信中说：“长期以来，我们只注意发动武装起义，没有抽出精力谋划海外华侨中的宣传组织工作，使得保皇派如此猖狂，这个失误是无法推辞掉的。”由此可以表明，孙中山这时已经从现实教训中清醒过来，开始意识到巩固海外组织的重要性，并且要把革命宣传活动放在重要位置上来考虑。
孙中山首先来到夏威夷群岛第二大埠希炉，着手恢复兴中会组织。兴中会员毛文明，任希炉教堂的宣教师，曾经组织过演说会，宣传革命大义，驳斥保皇派。听说孙中山已到檀香山，立即派人将中山先生接到希炉。孙中山的到来，在希炉引起震动，群情踊跃。孙中山在毛文明的安排下，到希炉的日本戏院发表了演说，听众达数百人之多，戏院内座无虚席。演说收到了意想不到的效果，当即就有十余人加入了兴中会。于是，希炉开始建立了兴中会革命团体。
在希炉的第一次成功演说，给孙中山以极大的鼓舞，在檀香山的华侨中也产生了强烈的反响。1903年12月中旬，孙中山应兴中会骨干李昌、何宽的邀请，返抵檀香山正埠火奴鲁鲁，受到各界华侨的热烈欢迎。孙中山在火奴鲁鲁的荷梯里街戏院和利利霞街戏院举行的两个欢迎会上，分别发表演说，比较系统地开始了反击保皇论调、宣传革命主张、教育华侨的斗争。
孙中山的每场演说，听者都达数千人，并不时报以热烈的掌声。当地的报纸新闻中称誉孙中山是一位极具影响力的演说家。每次讲完以后，孙中山都站在台上，对听众说：“诸位侨胞还有不明白我讲的内容吗？如有，请提问。”听众中提问题的人很多，孙中山均当场迅速地给以耐心的回答，直到弄明白为止。
孙中山在这两场演说中，对于发扬民族主义精神，清政府难以实行君主立宪，革命是反对专制、免遭列强瓜分的唯一途径，革命胜利后如何建立民主共和国等问题，作了重点阐述。孙中山庄严宣告：“我们一定要在非满族的中国人中间发扬民族主义精神，这是我毕生的职责。这种精神一经唤起，中华民族必将使其四万万人民的力量奋起并永远推翻清王朝。”
在演讲中，针对保皇派认为民智未开、中国只能立宪不能革命的论调，孙中山历数了清王朝实行的种种专制愚民政策。他面对着数千名凝神听讲的群众，在讲台上斩钉截铁地说：“昏昧无能的清朝政府，断难实行君主立宪政体。非实行革命，建立共和国家不可。”
孙中山有意控制了自己演讲的节奏，稍微停顿了几秒钟，又抑扬顿挫地说道：“关于革命成功之后的政体，中国各大行省如美国的各个州，我们所需要的是一位治理众人之事的总统。”他手臂向前一伸，兴奋地说：“革命成功之日，效法美国选举总统。废除专制，实行共和。”
雷鸣般的掌声在戏院里久久回荡。孙中山的演说使保皇党十分恐慌，他们利用宣传工具，加紧了对革命党人的攻击。在梁启超的授意下，保皇党在檀香山的机关报《新中国报》的一名副主笔充当打手，在报上诽谤孙中山，甚至不顾法律责任，诋毁孙中山的名誉。他们也发表演说，从中阻挠孙中山的革命宣传活动，抵消他在华侨中的日益深刻的影响。
孙中山针对保皇派报纸的欺骗宣传和煽动攻击，决定针锋相对，加强革命舆论宣传，反击保皇毒焰。孙中山有一亲戚程蔚南，其时正在檀香山正埠经营一份宗旨不明的旧式报纸《檀山新报》，孙中山准备以此为基础加以改组。程蔚南欣然同意，积极准备改组事宜。于是，孙中山一面致书聘请主笔，一面亲自撰文在《檀山新报》上发表，与保皇派的《新中国报》展开了笔战。
针对华侨中深受保皇派“名为保皇，实则革命。”的欺骗论调，孙中山首先写了《敬告同乡书》在《檀山新报》上发表。文章剖析了康、梁组织保皇会的真实目的只是从个人境遇出发，报“知遇之恩”。孙中山请大家读一下康有为所著的《最近政见书》。在这封书里，康有为“劝南北美洲华商不可行革命，不可谈革命，不可思革命，只可死心踏地以图保皇立宪，而延长满洲人之国命，续长我汉人之身契。”
孙中山以幽默的笔调尖锐地指出：“康有为的保皇心迹已说得如此明白，大家再要说他是以此来实行革命，这不是诬害他吗？”
在保皇派阵营中，梁启超能言善辩，才华横溢，是一个有名的笔杆子。他写的文章很有迷惑性，在各地都有很大的影响。特别是他的“名为保皇，实则革命”的谬论，欺骗了众多的华侨。
孙中山在文章中对梁启超的言论进行了分析批驳。指出，梁启超在人心所向、思潮急激的形势下，忽而革命，忽而保皇，忽而爱真理超过爱老师，忽而爱民众超过爱皇帝，就如病人说梦话一般。其实，他与康有为是一鼻孔出气，比康有为赤裸裸的保皇更加恶毒。孙中山在文中对康、梁痛加驳斥道：
革命、保皇二事决分两途，如黑白之不能混淆，如东西之不能易位。革命者志在扑满而兴汉，保皇者志在扶满而臣清，事理相反，背道而驰，互相冲突，互相水火，非一日矣。如弟与任公私交虽密，一谈政事，则俨如敌国。然士各有志，不能相强。总之，划清界限，不使混淆，吾人革命，不说保皇，彼辈保皇，何必偏称革命？孙中山在檀香山以革命思想反击保皇谬论取得了显著成果，保皇会心犹不甘。《新中国报》的副主笔在该报发表《敬告保皇会同志书》进行反扑，与孙中山争夺华侨。为此，孙中山在《檀山新报》上发表了《驳保皇报书》，针锋相对，逐条批驳。揭露保皇党标榜“爱国”，其实“所爱之国为大清国”，“非爱国也，实害国也”。并批判了所谓革命可召瓜分的谬论，认为“若人心日醒，发奋发雄，大举革命，一起而倒此残腐将死之满清政府，则列国方欲敬我之不暇，尚何有窥伺瓜分之事哉？”
孙中山还在文章中批判了先行“立宪君主”才能“立宪民主”的谬论，指出凡事应该“取法而为，后来居上”，如同中国初造火车应取最新样式一样，破坏专制政治后也应该采取民主共和的“善政”。
孙中山在檀香山与保皇派的激烈论战，使不少华侨认清了康、梁的保皇面目。华侨中不少以往对保皇派认识模糊而误入保皇会者，纷纷登报脱离保皇党。至1903年底，在檀香山的正埠火奴鲁鲁和希炉两地，已基本肃清了保皇党的流毒。很多受骗的爱国华侨读了孙中山的文章以后，耳目为之一新，重新集结在孙中山的革命旗帜之下。
檀香山再次成了革命党人在海外的一个重要据点。
加入致公堂
孙中山在檀香山击溃了保皇势力，恢复和发展了革命组织后，情绪饱满，抽空回到了茂宜岛与阔别多年的家人团聚。在家中，孙中山一面为亲友治病，一面在亲友中做革命宣传工作。
母亲杨氏见孙中山常年在外奔波，十分劳累，心疼地劝他：“革命的目的在于救人，行医的目的也是救人，同样都是救人，你何必东奔西跑？”
孙中山听后一笑说：“母亲只知其一，不知其二。革命能够救中国亿万大众，而作为一名医生，只能救很少的人，我志在革命，一定要坚持下去。”
孙眉也在一旁说道：“我弟弟奔走革命多年，应该始终如一，岂能轻易变更，半途而废。”母亲见孙中山弟兄意见一致，也就不加劝阻了。
一天，孙中山的舅舅杨文纳来看望孙中山，二人便聊起来，孙眉也在座。孙中山说了他想去美洲的想法，不无顾虑地说：“美洲是保皇党的巢穴，特别是加拿大、美国，受康有为、梁启超的影响，保皇会遍及各埠，开展工作难度比日本更大。”
杨文纳建议道：“要想到美国活动，最好先取得夏威夷的出生证书，因为保皇党很可能在暗中运动美国有关方面阻止你登陆。”
孙眉赞成杨文纳的意见，只是孙中山对此举有点犹豫。杨文纳劝说道：
“古人成大事者，多能因势而变，这样做的目的是为了救国，何必拘泥于在什么地方出生呢？”于是，孙眉找到了几个广东老乡作证，在茂宜岛取得了该地的出生证明。杨文纳又建议孙中山：“如今保皇党机关在美洲各大城市都有，倘若能与洪门会人士合作，对你的工作将极为有利。”舅父的话正合孙中山的心意。在此之前，孙中山就有加入洪门会的想法，他认为革命党与洪门会志同道合，应联合他们共同行动。
洪门会又名天地会或义兴会，在美洲则多称致公堂，创于清康熙年代。明朝灭亡后，明末的一些忠臣义士，出于对满清残暴统治的不满，屡起反抗，誓不为清廷服务，便创设了这样一个组织，其宗旨是“反清复明”。哥老会、三合会都是它的支派。哥老会在长江沿岸各省，三合会流行在福建、广东一带。在南洋、美洲则称致公堂，总部设在旧金山，凡有华侨居住的地方都设分堂，成员很多。
孙中山听从了舅父和哥哥的建议，从茂宜岛回到檀香山，由洪门会的一位头目介绍入会，加入了致公堂。檀香山致公堂为孙中山入堂特地开台演戏，举行拜盟仪式，由主盟入封为洪棍，即相当于军职元帅。
1904年4月，孙中山离开檀香山赴旧金山。果不其然，檀香山的保皇党分子探知孙中山将赴美，即电告旧金山的保皇党设法阻止他入境。
旧金山的保皇党找到清廷领事何佑，由何佑向美国海关处发出照会：“中国乱党孙某抵美，请禁阻入境。”
当孙中山抵达旧金山港口，海关人员检查护照时，发现他持有夏威夷的出生证明，就先把他留在船上，然后向清领事何佑说明。何佑极力阻挠说：
“孙某生长在广东省香山县，所持护照必为伪造。”海关处一时难以定夺。就把孙中山拘留在码头上的一间木屋子里。
根据美国海关规定，凡是中国旅客护照有问题的人，或原船遣回，或拘禁在这间木屋里。海关处将此事报告了移民局，移民局勒令离境。
孙中山正焦急无奈，从同时被拘禁的一位侨胞手里的《中西日报》上偶然见到了“伍盘照”这个名字。经过回忆，他想起九年前广州起义失败出国时，有人给他写过介绍信，要他在旧金山有困难时可找伍盘照。这封信一直放在他的行李箱中。
于是，他给伍盘照写了一个便函：“现有十万火急事待商，请来木屋相见。”伍盘照见信后，当即到码头来见了面。孙中山述说了事情经过，并取出当年那封信。伍盘照看过后表示：“我一定设法协助。”
伍盘照一面以清领署顾问的身份与领事何佑周旋，一面访问了致公堂首领黄三德等人。伍盘照说：“孙中山既已加入洪门会，本埠致公堂应该出面上诉。”
黄三德已经接到檀香山致公堂发来的准备接待孙中山的电文，听说孙中山入境受阻，便带了一名致公堂的顾问律师来到码头的木屋见了孙中山，并详细询问了有关情况。顾问律师向移民局声明：“孙某乃檀香山籍民，因在中国提倡革命，故被本国政府指名通缉。如今中国领事阻止他入境，其实是损害了檀籍人居留美国的权利以及美国可以容留国事犯的法律。”律师同时向华盛顿的政府有关部门上诉。致公堂又将一幢楼房向保单公司具保五百元，将孙中山保出，等待结果。
孙中山住在致公堂公所，与上下关系都处得比较融洽。三个星期以后，旧金山移民局奉华盛顿工商部的电令，放孙逸仙入境。保皇党和清领事企图阻挠孙中山入境的阴谋宣告失败。