从第二国际书记处的办公楼里出来贺之才便愤愤地对孙中山说：“这两位老爷，对我们中国的革命事业采取这样冷冰冰的态度，跟他们谈了半天，我看是嘴上抹石灰--白说了。”
“既然他们答覆说要慎重研究，那我们只好耐心等待以后再说吧。”孙中山还是不无希望地说。
等了一些日子，果然等不到第二国际书记处的答覆，孙中山十分失望。布鲁塞尔社会党机关报《人民报》当即报道了孙中山与王德威尔得和胡斯曼的会谈。从而扩大了孙中山所领导的革命运动在国际上影响。虽然会谈没有取得实质的进展，但孙中山追求真理的精神，对革命党人却有着很重要的启迪作用。它表明了孙中山在主观上很早就认为自己领导的革命运动带有社会主义性质。失望之余，孙中山又在谋划着下一步的行动。这时，他又收到了宫崎寅藏的来信，知道国内和东京反清革命运动正在蓬勃发展，便决定结束这次欧美之行。他先在法国巴黎作了短暂停留，便从马赛港起程，再次返回日本去了。
孙黄聚会
1905年7月，孙中山乘轮船重返日本。屈指算来，孙中山流亡海外，已经整整十个年头了。这是三千六百多个日日夜夜啊！他抛妻别子，奋不顾身，远涉重洋，奔走呼号于亚洲、欧洲、美洲各地。虽然腐朽的清王朝已经千疮百孔，处于风雨飘摇之中，但是要彻底推翻它，还须要有雷霆万钧之力才行，少数人的努力显然是无济无事的。
在漫长、炎热的印度洋航程中，孙中山经常站在甲板上，极目远眺大海，凝神思索。他回顾了十多年来的革命经历，深深地体会到，要革命必须要有一支浩浩荡荡的革命队伍，没有这一条，一切都成了空话。因此，发现爱国人才，延揽革命志士，组成革命大军，便当然成为这次东返的迫切任务。
孙中山这一次重返日本，整个革命形势正发展到一个重要的关键时期。在国内，自清政府1901年与八国联军议和签订《辛丑条约》后，中国社会的半殖民地程度又有所加深，社会经济日益凋敝，清政府不顾人民的死活，苟且偷安，成为帝国主义的鹰犬，不但割地赔款，助纣为虐，甚至与帝国主义分子结合在一起，镇压、剥削中国人民。苦难深重的中国人民生计日益艰难。有志之士中，都萌动着救国的热望，革命风潮此伏彼起。
自1902年起，各地纷纷举行武装起义，如兴义三合会领导的农民起义，李纪堂与原太平天国将领洪全福领导的广州起义，王和顺为首的南宁地区农民起义，陆亚为首的柳州地区农民起义，黄兴和马福益领导的华兴会的长沙起义等等。
革命派一方面组织反清武装起义，一方面展开了广泛的宣传活动，革命的报刊书籍遍及国内外。上海、广州、长沙等地以及海外的东京、香港、南洋、美洲，创办了一百多种报刊，有日报，也有期刊，发行最多的达二万多份。通过这些进步报刊和宣传介绍革命的书籍，揭露了清政府对内残酷统治、血腥镇压，对外屈膝求和、出卖国家主权的种种罪行。同时介绍西方民主学说和革命历史，激励广大人民群众起来参加反对清朝政府的斗争。章士钊编译的《孙逸仙》一书在国内流传时，青年学生和知识阶层争相传阅，孙中山先生的形象以及他为革命事业的奋斗精神在很多人心中扎了根，有的青年人恨不得立即破浪奔走海外，去跟随孙中山。
这一时期，革命团体也逐步兴起，在上海有蔡元培、章太炎的“中国教育会”、“爱国学社”、“对俄同志会”，有龚宝铨等人的“光复会”。在长沙，有黄兴、刘揆一的“华兴会”。在武昌，有刘静庵等人的“科学补习所”。在东京，有“共爱会”、“拒俄义勇军”（后改为“军国民教育会”等）。
就在孙中山返回日本的前后，各地起义会党和革命团体的主要成员，有的因起义失败，有的为寻求真理，有的因彷徨观望，都纷纷到了日本。加之日本的中国留学生人数日益增多，日本便成为当时革命力量汇聚的中心。
革命形势的迅速进展，广大人民的日益倾向革命以及许多分散的革命小团体的出现，自然提出了一个突出的问题，那就是需要把各地分散的革命力量联合起来，建立一个全国的统一的革命组织，使大家的目标和行动进一步一致起来，将革命运动更有力地推向前进。应该说，这一迫切需要解决的问题，与孙中山最近一直思考的革向行动计划的最终落脚点是完全一致的。
留日学生人数的增多，倾向革命的人也越来越多。但是，个人分散的力量握不成拳头，形不成大气候，在日本的中国留学生也缺乏一个统一的组织。华兴会的黄兴、刘揆一、宋教仁、陈天华等虽然先后到了日本，但华兴会那时还缺乏一个明确而完备的纲领，并且带有浓厚的地域色彩，会员们常以“湖南团体”自称，不能成为团结全部留日学生的核心。因此，许多人已在自发地商议，打算成立一个新的具有广泛凝聚力的革命组织。1904年底黄兴与湖南、云南、直隶、江苏、河南等地的一百多名留日学生组织了“革命同志会”，想藉此突破地域的限制，实现范围更广阔的革命力量的联合。宋教仁、陈天华等人，则联合一部分各地来的留日学生，创办了《二十世纪之支那》杂志，从刊名和成员来看，也在尽力突破地域性团体的狭隘圈子。
稍后，黄兴、宋教仁认为革命的同志日渐增多，想成立一个会党作为革命的中坚力量，就找到熟悉留日学生情况的湖北官费生、安徽休宁人程家柽，与他相商此事。
程家柽是当时在日本的老资格留学生，从1899年入帝国大学农科学习至今。他参加过励志会、青年会，联名发起了拒俄义勇队，又是学生军和军国民教育会本部的主要成员。作为留日学界的著名活动分子，目睹过留学界的分化组合情况，并且他又是留学生中最早拜访孙中山并与孙中山有通信联系的少数人物之一，不仅熟悉孙中山，而且十分钦佩孙中山。他深知当时在日本的留学界还难以找出一个能担任领袖的人物，便告诉黄兴、宋教仁：“最近接到孙中山先生从美洲寄来的信，他很快就要到日本来。孙先生为革命奔走多年，在海内外名声大震。我们何不等孙先生来到日本之时，奉孙先生为领袖，率领我们归国起义，以成大事呢？”
黄兴、宋教仁感到此话有理，他们也早就渴望见到孙中山，于是便接受程家柽的建议，盼望着孙中山早日到来。
1905年7月19日，孙中山到了日本横滨，一百多名留学生前来欢迎。几天以后，他又到了东京，首先去新宿访问老朋友宫崎寅藏。一见面，他就惊喜地对宫崎寅藏说：“真没想到，日本的中国留学生增加了这么多人。”宫崎寅藏一边安排孙中山休息，一边微笑着回答：“是啊，你来的正是时候，他们都眼巴巴地盼着你呢！”
“你看这么多留学生中，有没有非同一般的学生？你有没有发现可以共图大事的英才？”孙中山急切地问。
“看你性急，贵国人才辈出，风云际会，怎能没有英才？”宫崎寅藏思考了一下说：“目前仅在东京，贵国留学生就有一万五千余人，其中颇有些英雄有为之士。依我所见，那位黄兴就是一个顶天立地的中国好男儿，将来他可以成为你得力助手。”
“黄兴？他是什么样的人？”孙中山急切地问。宫崎藏便向孙中山叙说了黄兴的情况。黄兴字廑午，号克强，湖南善化（今长沙）人，1874年生，比孙中山小八岁。他的父亲是湘中有名的读书人，很早就死了。黄兴早期受过较长时间的封建教育，十九岁中了秀才。1898年戊戌变法失败时，他正在武昌两湖书院读书。黄兴具有强烈的爱国心，汉族传统的民族主义在他思想上有着深刻的影响，看到民族危机日趋严重，他感到极大的愤慨，产生了反满的思想。
1902年，黄兴被清朝政府派到日本经文学院速成师范学习。和许多留学生一样，黄兴只得从事西方文化的学习和宣传，对挽救当前的民族危机来说，未免远水救不了近火。他性格比较实在，不多发言，但他把问题看清楚后，意志就异常坚决。1903年，俄国强占东北三省，黄兴参加了“拒俄义勇军”。回国后，黄兴于1903年11月在长沙与一班志同道台者创立了华兴会并担任会长。他们联合了湖南哥老会头目马福益，计划于慈禧太后七十寿辰时举行起义，后来因为会员暗杀前广西巡抚王之春未遂，遭当局搜捕而失败。
以黄兴为首创立的华兴会，是众多会党中成立比较早影响也比较大的一个革命团体。成立时，并没有成文的政治纲领，但他们主张推翻清朝政府、建立资产阶级共和国，则与兴中会是一致的。在革命方法上，华兴会一开始就提出进行武装起义，他们主张从条件比较成熟的本省做起，不依赖别人，不消极等待，又尽可能争取和外省取得联系，避免孤军作战。
华兴会的成员，大体上都是留日学生和国内新式学堂出身的资产阶级、小资产阶级知识分子。其联络运动的对象，除学界以外，主要是会党和军队。
宫崎寅藏对黄兴和华兴会的情况看来知道得比较多，他对孙中山说：“黄兴虽然才三十来岁，可胸怀大志，文武双全，在日本留学生中深罕众望。去年华兴会在长沙密谋起义虽然失败，但仍不气馁。目前，他正在日本进行活动，联络同志，图谋再举。在他周围，还有宋教仁、陈天华等一批青年英才，实属难得。对先生您来说，这不是雪中送炭吗？”
“黄先生现住在哪里？宫崎君请快带我前去拜访他！”孙中山急不可耐地站了起来。
“连口茶都不喝，就要去，真够性急。按说，你是他的前辈，还是我去将他带来见你好了。你就在这里喝点茶等着吧。”宫崎劝说道。
“革命哪能分年龄大小，讲究资格？还是劳驾你赶快带我去见他！”孙中山不以为然，连连催促宫崎动身。
“黄兴先生住在神乐坂。”宫崎见孙中山求才若渴，如此性急，不禁哈哈大笑起来。他告诉孙中山：“黄先生早就对你十分钦佩，他知道你要来日本，已经来我家打听了几次。今天你们二位风云聚会，真不知他如何高兴啊！”宫崎说着，便急忙穿好衣服，和孙中山出门去找黄兴。
到了神乐坂黄兴住处，宫崎推开门一看，地上一大堆拖鞋，一帮学生围成一圈，正在热烈地谈论着。宫崎见屋里人多，便要孙中山在门外等着。他向屋里喊：“黄先生！黄先生！”
黄兴应声跑了出来。宫崎指着孙中山说：“你看谁来了？”黄兴一眼认出来了，这正是在照片上见过的领导广州起义、惠州起义，声名远播的兴中会首领孙中山先生，不禁脱口喊道：“啊，孙先生，你终于到了！”
两双手紧紧地握在一起。当天中午，在东京有名的中国菜馆凤乐园搂上一间僻静的雅座，孙中山、宫崎寅藏和黄兴等人一边饮酒，一边畅谈。黄兴身材魁梧，相貌奇伟，留着浓密的短须，显得十分威武豪迈，性格却十分笃厚朴实。虽然与孙中山初次会面，可两人一见如故，越谈越投机。
“论今日之形势，我以为当以联络人才，组织统一的革命政党为第一要义。如若各自号召，各自为战，则必然会形成秦末二十余国的互相争斗。如果各国列强乘机干涉，则中国必亡无疑。”孙中山不无忧虑地对黄兴说。
黄兴点点头，说：“先生所见极是。”孙中山继续说下去：“此时若有数十百个有识有胆的俊杰之士出来联络、主张，一切革命前之筹划，革命后之建设，皆有人才分任司理，则革命一旦成功，即可成立文明民主之新政府，天下大事从此定了！”孙中山十分兴奋，推心置腹地谈出自己的见解。
黄兴对孙中山的看法深表折服，兴奋地说：“先生所虑，与我如此吻合。现在，东京聚集着全国十多个省的留学生，如能联合起来，何愁清朝不灭、革命不成？”
随后，当孙中山提出兴中会、华兴会和其他革命组织要抓紧时机联合起来，组成一个全国性的革命政党时，黄兴十分赞同。他们商量好了华兴会和兴中会合并的具体方案，共同举杯祝贺这次成功的会晤，才尽欢而散。
第二天，孙中山和黄兴来到《二十世纪之支那》杂志社，会晤了宋教仁、陈天华等一批青年革命志士。宋、陈二人也都是湖南人。宋教仁年轻英俊，才华横溢，谈吐不凡，在留学生中很有威信。陈天华用通俗文字写的《警世钟》和《猛回头》两本小册子，和邹容写的《革命军》一样，在国内引起了巨大反响。孙中山和这些年轻人披肝沥胆地交谈着。看着这些中华新秀，孙中山心里有说不出的高兴。
成立同盟会
孙中山与黄兴的会晤，导致并加速了中国同盟会的成立。
1905年7月30日，在东京赤坂区桧町黑龙会址召开了中国同盟会筹备会议，参加会议的有兴中会、华兴会、光复会、科学补习班的成员。除甘肃省没有留学生外，全国各地十七个省都有入参加。到会的还有热心中国革命的日本志士宫崎寅藏、内田良平、末永节等人。孙中山被推为会议主席。
孙中山当场发表了演说，说明了实行革命大联合所必要讨论的问题，如名称、政治纲领等，演说约一个小时，后由黄兴组织与会人员签名，以示正式加入组织。
接着讨论组织名称。孙中山提议定名为“中国革命同盟会”，有的主张称“对满同盟会”，有的认为本会属秘密性质，不必明用“革命”二字。孙中山表示“革命的宗旨不专在对满，其最终目的在于废除专制，创造共和。”经过讨论，最后确定为“中国同盟会”。
关于组织宗旨，孙中山提出采用“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”十六字为纲领。当讨论到“平均地权”时，有人提出了疑问。孙中山为此解释了很长时间，获得了通过。
在讨论中国同盟会领导人时，黄兴提议椎孙中山为中国同盟会总理，可不必经选举手续，大家一致赞成。于是，由总理拟定盟书，经会议公推由黄兴、陈天华两人审定。誓词全文如下：“联盟人某某省某某县人某某，当天发誓，驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权。矢信矢忠，有始有卒，如渝此盟，任众处罚。天运某年某月某日，中国同盟会会员某某。”大家签署盟书，由孙中山领头，各人同举右手向天发誓。在干部未选出之前，各人盟书暂由总理保存，孙中山盟书由黄兴保存。
誓毕，孙中山又分别散发会员暗号。孙中山还规定了会员相见的握手方式秘密口语--问：何处人？答：为汉人。问：何物？答：为中国物。问：何事？答：为天下事。
孙中山与会员一一行握手礼，并欣然道贺：“自今日起君等已非清朝人矣！”会议气氛顿时变得十分热烈。忽然房后传来一声巨响，原来是由于全场人数过多，动作活跃，此房后部木板倒塌。孙中山风趣盎然地笑道：“这真是颠覆满清、革命成功的预兆。”众人鼓掌欢呼。
最后，会议推定黄兴、陈天华、马君武、宋教仁、汪兆铭等八人组成会章起草小组，约定在成立大会上提交讨论。
预备会议的圆满成功，为中国同盟会的正式成立奠定了良好的基础。自孙中山到达日本横滨起，仅用了十天左右的时间，就完成了在日志士的联合。