这说明经过民主革命思潮的洗礼，建立统一的革命组织是人心所向，众望所归。在这一联合过程中，孙中山作为联合动议的首倡者，作为中国民主革命的先行者，受到众人的拥戴和推崇，从而确立了他在中国民主革命派中的领袖地位。他的名字，从此真正地超越自我、超越狭隘的兴中会小团体而成了中国民主革命派的象征。黄兴在这次会议上已经被公推为仅次于孙中山的第二号人物，而孙中山也把他看作具有号召力的领袖。孙黄并称的时代开始了。
8月13日，留日学生在东京曲町区富士见楼正式召开欢迎孙中山大会。这是孙中山到日本后第一次在盛大的留学生集会上公开露面，也是中国同盟会正式成立前夕，由他向广大群众宣布他们政见的重要政治活动。这一天，留日学生蜂拥而至，人数之多，出乎意料。到会的有一千三百多人，室内室外，阶上阶下，到处都挤得水泄不通，还有几百人站在街旁仰望着楼上听孙中山演说，成为东京留学生及华侨空前的盛大集会。
在欢迎会上，孙中山发表了富有政治远见和强烈鼓动性的重要演说。一开始他就热情洋溢地对迅猛发展的革命形势做了充分的估计。他说：
“鄙人往年提倡民族主义，应而和之者特会党耳。至于中流社会以上之人，实为寥寥。乃曾几何时，思想进步，民族主义大有一日千里之势，充布于各种社会之中，殆无不认革命为必要者。虽以鄙人之愚，以其曾从事于民族主义为诸君所欢迎，此诚足为我国贺也。”
接着，他就充满民族自豪感地说道：“中国的文明，产生于五千年前，这是西方人所不信的，但后来有很长时间趋于保守，让西方人赶上了。但最近十多年来，思想界变化速度很快。以此速度推断，十年二十年之后，我们在文明上，有的可能达到西方的水平，有的甚至可能超过西方。”
孙中山指出了中国迅速发展的许多有利条件：
“中国土地人口为各国所不及。吾济生在中国。实为幸福。各国贤豪欲得如中国之舞台者利用之而不可得。吾济即据此大舞台，而反谓无所藉乎，蹉跎岁月，寸功不展，使此绝好山河，仍为异族所据，至今无有能光复之，而建一共和国，以表白于世界者，岂非可羞之极者乎！”
“所以鄙人无他，惟愿诸君将振兴中国之责任，置之于己身之肩上。昔日本维新之初，亦不过数志士为之原动力耳，仅三十余年，而跻于六大强国之一。以吾侪今日为之，独不能事半功倍乎？”
孙中山在讲演中，热烈地号召中国人民要齐心协力，不惜一切代价，下定决心，谋求独立而建立共和。
孙中山的讲演持续了三四个小时，慷慨淋漓，句句打动人们的心坎，一再激起人们不绝的掌声，连参加大会的满族留学生也感动得热泪盈眶.表示支持革命党的主张。到会的还有印度和印度尼西亚等国的留学生，听了演说后，觉得中国的革命定能成功，对于亚洲国家民族独立运动的发展也会起到促进和推动作用。
经过二十多天的准备，中国同盟会成立大会于1905年8月20日下午2点，在东京赤坂区灵南坂一所日本朋友的寓所里正式召开，三百余名会员全部到会。
会上，首先由黄兴宣读会章草案，共三十条，经讨论修改后通过，会章以孙中山提出的十六字纲领作为同盟会宗旨。总部设在东京，在国外设分会。
最后，由黄兴提议，将《二十世纪之支那》杂志改为同盟会机关报，这项建议，获得与会者鼓掌通过。至于具体的改刊办法留待下次讨论。后来，该报被定名为《民报》。
会议开到下午5点，在全场大呼“万岁”声中宣告结束。大会选出的同盟会东京本部的职工是：
总理孙中山执行部：庶务黄兴，后由朱炳麟、张继、孙毓筠、刘揆一相继主持。书记（初定马君武，未就）田桐，后孙中山又增派胡汉民、但焘、李肇甫三人。内务朱炳麟、匡一。外务程家怪、廖仲恺。
会计（初定刘维焘、未就）谢延誉，后由何天炯继之。经理谷思慎、程克。
评议部：议长汪兆铭议员董修武、熊克武、于德坤、王琦、吴鼎昌、张树柟、冯自由、梁慕光、胡汉民、田桐、吴崑、但懋辛、周来苏、胡瑛、朱大符、范治焕、吴玉章、康宝忠。
书记朱大符兼。司法部：总长邓家彦。判事张继、何天瀚。检事宋教仁。
同盟会本部的机构，分执行部、评议部、司法部。实际上，这是按西方资产阶级“三权分立”学说组建本部机构的，任当时，无疑是最为民主的权力制约机制。可以说，同盟会东京本部最初奉行的建构原则及其组织结构，从根本上改变了以往兴中会存在的类似秘密会党的家长制色彩，改变了以往革命小团体存在的领导机构组织不健全的缺陷。它的产生，标志着以孙中山为首的民主革命派在组织建设方面的一次理性飞跃。
遗憾的是，同盟会在实践过程中并没有坚持最初的“三权分立”体制，后来司法部被取消，评议部的立法职能被削弱，实际上实行的是“总理负责制”。
中国同盟会的成立，使中国资产阶级民主革命派以新的面貌和新的姿态走上了历史舞台。孙中山曾经怀着十分喜悦的心情回顾这一重要的历史事件：
自革命同盟会成立之后，予之希望则为之开一新纪元。盖前此虽身当百难之中，为举世所非笑唾骂，一败再败，而犹冒险猛进者，仍未敢望革命排满事业能及吾身而成者也。其所以百折不回者，不过欲有以振起既死之人心，眙苏将尽之国魂，期有继我而起者成之耳。及乙已之秋，集合全国之英俊而成立革命同盟会于东京之日，吾始信革命大业可及身而成矣。
以三民主义为旗帜中国同盟会以孙中山提出的“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”为宗旨。这十六个字，是兴中会“驱除鞑虏，恢复中国，创立合众政府”
誓词的继续和拓展。初次使用于1903年东京青山革命军事学校的入校誓词中，后来一直为孙中山坚持使用于他所创建的革命团体。就此而言，中国同盟会与兴中会，尤其是兴中会后期的组织活动，在思想体系中是一脉相承的。同盟会的宗旨，是以三民主义为理论基础的。1905年11月29日由《二十世纪之支那》改组而成的同盟会机关刊物《民报》，在日本东京正式发行。孙中山亲自撰写了发刊词。在发刊词中，对他的十六字纲领作了进一步阐述，首次公开提出了“民族”、“民权”、“民生”三大主义的革命口号，鲜明地举起了三民主义的旗帜。之后，孙中山又发表了一些著述，如1906年他与黄兴、章炳麟制定的同盟会《革命方略》中的《军政府宣言》--即《同盟会宣言》，同年12月在《民报》创刊周年纪念会上发表的重要演讲等，对三民主义的基本内容作了阐述。孙中山的三民主义学说虽然还有许多局限性，但在当时却是中国历史上第一个正规的资产阶级民主革命纲领。同盟会有了这一比较完备的资产阶级革命纲领后，大大推动了革命运动的前进，促使资产阶级民主革命出现了前所未有的高潮。孙中山在《民报<发刊词>》中说：
余惟欧美之进化，凡以三大主义：曰民族，曰民权，曰民生。罗马之亡，民族主义兴，而欧洲各国以独立，洎自帝其国，威行专制，在下者不甘其苦，则民权主义起。十八世纪之末，十九世纪之初，专制仆而立宪政体殖焉。世界开化，人智益蒸，物质发舒，百年锐于千载，经济问题继政治问题之后，则民生主义跃跃然动，二十世纪不得不为民生主义之擅扬时代也，是三大主义皆基本于民，递嬗变易，而欧美之人种胥怡化焉。
在孙中山看来，欧美的民族、民权、民生是历史的三个不同时代形成的。而中国现时则正处于欧美的民生主义时代。他认为，中国需要首先同时解决民族、民权二个时代的任务，紧接着再解决民生主义任务。也就是说，中国需要在二十世纪同时解决民族、民权主义，而后开始实行民生主义，所以这是与西方国家所大不相同的。他说：
今者，中国以千年专制之毒而不解，异种残之，外邪逼之，民族主义、民权主义殆不可以须臾缓；而民生主义，欧美所虑积重难返者，中国独受病未深去之易……近时志士舌焦唇枯，惟企强中国以比欧美；然而欧姜强矣，其民实困，观大同盟罢工与无政府党、社会党之日炽，社会革命其将不远。
吾闻纵能比迹于欧美，犹不能免于第二次之革命，而况追逐于人已然之未轨者，终无成耶！夫欧美社会之祸，伏之数十年，及今而后发见之，又不能使之遽去。吾国治民生主义者，发达最先，睹其祸害于未萌，诚可举政治革命、社会革命，毕其功于一役。迹视欧美，彼且瞠乎后也。
孙中山所说的这段文字，就是指将欧美三个历史时代的任务，在我们中国，于二十世纪一道完成。这就是孙中山根据中国的实际状况，结合他多年对欧美社会的政治研究和社会考察而具体形成的三民主义思想体系。
孙中山所说的民族主义，其目标是推翻满族人当权的政府，重建汉族人当权的政府。在十六字纲领中，“驱除鞑虏，恢复中华”就是体现这种“民族主义”思想。从孙中山早期三民主义思想体系的形成时序来看，民族主义思想萌发最早。孙中山指出，“民族主义，并非是遇着不同族的人便要排斥他，更不是要尽灭满洲民族。民族革命的原故，是不甘心满洲人灭我们的国，主我们的政，定要扑灭他的政府，光复我们民族的国家”。因此，“我们并不是恨满洲人，是恨害汉人的满洲人。假如我们实行革命的时候，那满洲人不来阻害我们，决无寻仇之理”。孙中山在阐述“反满”这一战斗口号时，在相当程度上扬弃了不少革命党人所持有的单纯“种族革命”的观点，并把少数掌握政权的满洲统治者与一般满族人民加以区别，指出民族主义不是种族复仇主义，这是一个重大的进步。同时，反对腐朽卖国的清王朝也包含了打击帝国主义、争取民族独立的内容。但是，他毕竟还没有明确提出反对帝国主义的侵略以实现真正的民族独立的主张，因而不能科学地反映近代中国社会的主要矛盾，这是民族主义的一个根本缺憾。
“创立民国”体现了孙中山的民权主义思想，也就是要推翻封建君主专制制度，建立资产阶级的民主共和制度。孙中山认为民权主义是政治革命的根本，中国仅有民族革命还不能解决问题，推翻满清王朝的同时，还必须推翻君主专制。他认为君主专制主义是恶劣政治的根本，中国沿袭几千年来的君主专制政体不是平等自由社会的国民所能忍受的。他表示，“照现在这样的政治论起来，就是汉人为君主，也不能不革命”。他告诫革命者，不能存有任何一点同情皇帝的思想，把国家当成是私人的财产，彼此相争，弄得国家四分五裂，自亡其国。孙中山的民权主义，具有比较完整的共和国要求，同改良派的君王立宪主张截然对立。在当时的社会条件下，具有积极的战斗意义。但是，他的矛头指向封建专制政体，而没有进一步提出清除这一政体赖以存在的社会阶级基础，即推翻地主士绅阶级的统治。
在提出民族、民权主义的同时，孙中山还提出了“民生主义”。民生主义是孙中山从关怀同情劳动人民的悲惨境遇出发，希望避免资本主义贫富不均的祸害，建立普遍幸福的一种主观社会主义，它的具体体现就是“平均地权”。这是孙中山早期三民主义理论体系中超越同时代革命者的最突出最有光彩的部分，也是孙中山作为近代杰出的爱国主义者对国运民生弹精竭虑之所在。孙中山认为，欧美资本主义国家文明越发达，社会问题则越突出，比如英国：富者极少，贫者极多。这种社会问题，欧美已经积重难返。在中国进行民族革命和政治革命的时候，要同时改良社会经济组织，以免后来再来一次社会革命。他认为，欧美之所以不能解决社会问题是因为没有解决土地问题。针对社会经济发达后地价高涨，地主垄断土地，危害民生的前景，他主张核定地主土地的现有地价，而将此后地价中因经济发展而增值的部分收归国有，这就是“平均地权”，这个办法并不包含梢灭封建土地所有制的内容，孙中山以为实行这个办法就能造成一个“家给人足，四海之内，无一夫不获其所”的社会，这自然只是一种空想。但它在客观上反映了农民对于土地的要求，也反映了孙中山对劳动人民苦难的真挚同情，因而具有一定的进步意义。
孙中山的三民主义符合当时中国人民要求民族独立、民主权利、生活改善的愿望。因此，不但受到资产阶级的拥护，也在一定程度上受到劳动人民的拥护。在三民主义这面旗帜下，众多的革命力量联合起来，推动了资严阶级反清爱国斗争不断向前发展，为资产阶级民族良主革命开辟了一个新的时期。
《民报》创刊后，孙中山的三民主义思想得到广泛宣传，使保皇党人大为惊慌。他们利用自己掌握的舆论工具，对孙中山的三民主义肆意攻击歪曲。
于是，孙中山又亲自领导同盟会中的一批有思想、有文采的热血青年，以《民报》为阵地，展开了对保皇党的反击。
在这段时间内，《民报》发表了很多战斗力强、有气势、有文采的重要文章。如朱执信的《论满政府欲立宪而不能》、《社会革命与政治革命并行》、《心理的国家主义》，陈天华的《论中国宜改创民主政体》、《中国革命史论》等，堪称是革命的强音。孙中山曾口授汪精卫写成《革命不致招瓜分说》
一文，驳斥了保皇党的“革命招致瓜分”的谬论。文章指出：如果不革命，国家越来越弱，反而会引起瓜分。帝国主义来了怎么办？回答是：那也没有什么了不起，“外侮愈烈，众心愈坚，男儿死耳，不为不义屈。干涉之论，吾人闻之而壮气，不因之而丧胆。”真是论理精辟，气势恢宏。
在《民报》的影响下，革命思潮席卷全国，革命刊物也瞄准了《民报》所指的方向，“民主”“共和”的思想，从此深入人心。
在武装斗争的前线
同盟会成立以后，孙中山一面加强宣传发动工作，积极开展思想战线上的斗争，同时还把极大的注意力集中在策划和组织反清的武装起义上。
1907年以前，孙中山以日本为中心，往返于南洋各地，宣传三民主义，发展革命组织，并指导国内的革命运动。清政府对孙中山既恨又怕，他们认为革命力量的不断发展，主要是孙中山所起的作用。要想使革命风潮烟消云散，则必须除掉孙中山这个心腹之患。于是，清廷加紧了对孙中山的迫害。
清廷驻日公使要求日本政府“驱逐”孙中山出境，企图使革命派处于“群龙无首”的境地。
1907年3月，孙中山被迫离开日本，到了越南河内。在河内，孙中山计划发动一欠以广东的潮州、广西的钦州、廉州、广东的惠州为一线的规模巨大的武装起义。孙中山原计划在这几个点同时发动，彼此声援，给清政府以重刨。但事态发展并没有按预期计划进行。
1907年5月22日，潮州黄冈起义首先爆发。起义军在赶制军旗、筹集军械时，有几个当地的乡绅向清政府告密，清军前来剿捕，起义军乘机先发。