英国人看中了陈廉伯这股势力，他们给陈廉伯打气，对陈廉伯说：“你放心地干，尽可以和孙中山对着干。孙中山已经越来越走向赤化了，他迟早要和共产党人搞到一起去，那时候，受害的将是你们商人。只要你有胆量和孙中山对着干，我们外国公使团支持你；如果你能用自己的商团武装力量推翻孙中山的广州革命政权，我们英国人就能帮助你组织起商人政府来。在国外，政权总是由有钱的人来掌握的，这你是知道的，我们英国人帮助你组织起商人政府以后，你陈廉伯就是中国历史上的华盛顿，将在全世界留下你的英名。”
英国人的一番打气的话，使陈廉伯像打足了气的皮球，他的野心膨胀到了顶点，他决定要铤而走险了。
1924年的5月间，广州街面上经常出现一批古怪的军队，他们身穿黄斜布军服，脚上穿着大皮鞋，扎着绑腿，头上戴着硬边的军帽，身上背着长枪短枪，神气活现地在大街上走来走去。大热天，他们武装整齐地在街上晃来荡去，也不嫌热得慌。他们这种装束既不同于粤军，也不同于滇军和桂军，更不同于地方警察部队，这些人就是商团军，隔老远地就能看到他们肩上那闪着黄光的“粤商团军”的黄色缎带。应该说明的是，这些人不同于政府军队的地方是，他们都很有钱，这些漂亮的军服都是他们自己花钱买来的，因为计划要在5月27日召开全省商团代表会议，所以他们都集中到了广州，这些人便在广州大街上耀武扬威起来。
5月27日，陈廉伯不通知政府，擅自决定在广州召开商团成立大会，大会有全省一百零八个商埠的代表团参加，共有代表三百多人，成立了广东省商团联防总部，陈廉伯自任总长，陈恭受、邓介石任副总长。会上还决定要购买武装巡洋舰，筹备设立商团兵工厂，在总部设立军事参谋部，还规定了商团内部上下关系中的特殊行文方式，全然是一种政府的和军队的组织方式了，陈廉伯的目标还不止于此，他的终极目标是要推翻政府，在广州建立一个商人的政权机构。为了达到这一目的，陈廉伯以商团的名义，向香港南利洋行定购了两批军火，第一批军火中就有步枪、手枪、机关枪等近一万枝，各种子弹达三百多万发，雇用丹麦商船哈佛号往广州运送。
8月9日，哈佛号把军火偷偷地运到广州，停泊在白鹅潭水面，准备偷运进广州。参加商团军的一位理发工人发现了这一只商船，立即向广州革命政府作了汇报。孙中山接到这一报告之后，非常警觉，派海军前去搜查这艘商船，查出了大批军火，孙中山指示：“全部封存，将商船开到黄埔水面上，由黄埔军校的武装力量来控制。”孙中山还指示廖仲恺，立即向广州社会各界发布公告，说明所扣的军火是什么样的军火，以免商团乘机在社会上制造混乱。廖仲恺于第二天便发布了《扣留商团私运枪械的布告》。
陈廉伯正是要向广州革命政府发动进攻，军械被扣留，虽然等于是被孙中山当头打了一棒，但也为他提供了向政府进攻的机会。于是他疯狂地开始向政府发动进攻。他一面发布公告说要辞去广州商团团长的职务，并说，在自己不担任团长职务期间，如果广州市内出现治安问题，本人概不负责，等等。同时，陈廉伯又向社会各界宣布联防总团将于8月13日正式成立。广州商团第九分团竟然在商团的大门上贴出了一副带有示威性的对联：“联团为自治机关，拯众生于火热水深，责无旁贷；武装即和平保障，举全粤之妖氛毒雾，一扫而空。”商团的一千多人还穿起他们的军服，整队来到大元帅府，向孙中山请愿，要政府立即归还枪支，否则将从次日起，广州全市罢市。
孙中山正在会议室里召开会议，商量对付商团的事情，忽然听到外面乱哄哄的。胡汉民跑到窗口一看，大惊失色地说：“不好，商团闹事了！商团军来了一大批人！”孙中山对胡汉民说：“展堂，你惊慌什么？这些人来了，他们大都是不明真相的人，待我去接见他们，向他们说明事件的真相，他们自然会离开的。”听说孙中山要去接见商团军，大家都反对，怕会出危险。
可是孙中山却像没事人一样，从容不迫地走出元帅府大门。大门外，商团军正与元帅府的卫士们相互对峙着，一些人在大声地鼓噪：
“我们要见孙文！快叫孙中山出来见我们！归还我们商团的枪支！”卫士们则一个个紧握着手中的武器，对商团军怒目而视。
孙中山态度从容地走到大门口，对乱哄哄的人群挥挥手，人群很快便安静下来。孙中山说：“你们来这里是干什么的，不用说我都知道，是要我还你们的枪支。请问，你们商团历来是以保护商团自身治安为宗旨的，你们已经有了足够的武装力量，那你们又买进来将近一万支枪干什么？难道说，你们老板和每一个伙计都要有一支枪吗？你们都有了枪，谁还需要你们去保护呢？试问，商人人人有枪，谁来经商？要知道，私运军火是违法的，好好的商人都是守法的，政府没收这批军火，是因为这批军火是违法运进来的，我告诉你们，你们的商团团长陈廉伯有着很大的野心，有确凿证据表明，他正在策划一个大阴谋，你们千万不要受骗上当！”孙中山说到这里，来到大元帅府前的一千多人中大多数人都沉默了，只有少数人还在大声地叫喊，可是已经没有多少号召力了。孙中山见人群已经沉静下来，许多人正在开始退出，便转过身，像来时那样更加从容不迫地走进了大元帅府，一场来势汹汹的纷乱，被孙中山几句话，就平息于无形之中。
陈廉伯决不肯就此善罢甘休，他开始了有计划的行动。一方面，他们花重金买通滇军军长范石生和滇军二师师长廖行超，送给他们大批的钱和烟土，让他们出面调停，请他们在广州商团与政府的冲突中保持中立，范石生和廖行超果然贪图商团的钱财，默许了商团的请求。
8月18日，陈廉伯又煽动广州银行业罢市，拒收广州政府发行的纸币。
8月20日，商团联防总部转移到广东佛山，陈廉伯和陈恭受龟缩在佛山对广州的商团进行遥控指挥。24日，广州商团还以广东商团全体团军的名义致电政府，威胁说要对政府采取行动，还在广州各地散发反动传单，制造混乱。孙中山指示广州革命军：对商团的叛乱行为要不遗余力地进行镇压。革命政府还逮捕了正在散发反动传单的广州商团第九分团的团长邹竟先，并对邹竟先这样的首恶分子立即处以枪决。
革命政府对邹竟先的处分决定，被商团军知道后，他们竟然胆大包天地要在革命政府行刑时劫法场，把邹竟先抢回来。广东省长廖仲恺指示：将邹竟先就地提前处决。陈廉伯等人又借此大作文章，公开辱骂孙中山。香港的英国人也按捺不住了，从后台跳到了前台，英国驻广州总领事竟然向大元帅府发出了最后通碟，警告中国军队，不得对商民开枪开炮，否则英国人将对中国军队采取行动。同时，英国人的九艘军舰开进了白鹅潭，大炮脱去了炮衣，炮口向着广州方向。
孙中山对外国人的干涉不屑一顾，他致电英国麦克唐纳政府，警告英国帝国主义者不要粗暴地干涉中国的内政，并表示了中国政府要将革命进行到底的决心。
在孙中山要与广州商团进行殊死搏斗的时候，国民党中的右派和中间人却被广州商团和英国人的气势汹汹所吓倒，他们力主和平解决商团的纷争。
驻广州的滇军军阀范石生和廖行超等人因为受了商团的贿赂，也出来充当调停人的角色。范石生还私自和商团签订了和谈的协议，协议有五条：一是陈廉伯、陈恭受等人通电表示拥护大元帅，服从政府，政府发还陈廉伯等人被封存的财产。二是由范石生、廖行超负责发还商团的全部枪械。三是广州商团联军应该改组，并应该受广东省省长的节制。四是各商店于8月29日全部开业。五是广州商团拿出军费五十万元等等。范石生等人作出这一调停之后，同时又给孙中山报告说：目前能做到这样已是万幸，如果政附不同意的话，广州势必要发生动乱，那时我们滇军只有全部开回广州，以维护广州的治安。
言外之意就是说，到时候发生动乱，我们滇军是只管广州的秩序而不管谁是谁非了。胡汉民、汪精卫等人迫于帝国主义的压力，见又有范石生等人的调停，便一致主张孙中山接受这一建议。孙中山虽然不愿意，但对此也无可奈何，便将处理广州商团的事情交给胡汉民主持，自己退出事外。
孙中山认为，广州调停之后，将会再度出现稳定的局面，革命的任务再次回到了北伐问题上，孙中山将广州的工作交代完以后，便带着妻子宋庆龄奔赴韶关，重建北伐大本营，为再度组织北伐而做准备工作。
陈廉伯以为革命政府软弱可欺，便进一步向广州政府施加压力，10月9日接受了广州政府发还的四千支枪以后，竟然以发还枪数不够为理由，在10月10日发动了震惊中外的“双十惨案”。这一天，广州市民庆祝双十节，游行队伍路过太平南路，商团军悍然对民众开枪，当场打死二十多人，还抓去了几百人。惨案发生以后，商团军在城里构筑工事，架设天桥，用铁栅封锁各大小街道，广州市内俨然成了一个战区。
孙中山在韶关接到广州的报告，立即给驻防广州的范石生发电报说：“商团叛乱已是事实，决不可再姑息养奸，要立即采取有效措施，给以坚决的镇压！”孙中山立即从韶关大本营返回广州，组成平叛指挥机关--革命委员会，孙中山亲任会长，任命廖仲恺、汪精卫、蒋介石、许崇智、陈支仁、谭平山为革命委员会的全权委员。14日，孙中山正式下达平定商团的手令，将所有黄埔军校、飞机队、工团军等全部交蒋介石指挥，命令胡汉民和驻广州各军，立即收缴商团的全部枪械。警卫军在13日夜里返回广州，其他各部都在14日之前返回广州，一场革命与反革命的较量正式展开了。
15日凌晨，商团军首先向政府军开枪，革命委员会立即向早已准备好的各军下达总攻击令，久经战阵的革命军从各个地方向商团军发起了总攻。别看商团军平日里作威作福，可都是些享惯了清福的大少爷们，没有几个真正有胆子打仗的，革命军的枪声一响，早已吓得屁滚尿流，有的脱去军装，跑到亲戚家去躲了起来，有的干脆举手投降，前后不到几个小时，战斗就结束了，商团军全部缴械，一场波及整个广州的商团叛乱没费多少周折就被平息了。事后，许多国民党中曾经坚持要和平处理商团事件的人也感到后悔：早知如此，早就应该对商团采取行动了。停泊在白鹅潭的英国军舰见中国的军舰都用大炮口对着自己，也吓得灰溜溜地夹着尾巴逃走了。
粉碎商团叛乱，广州革命根据地得到了进一步巩固，孙中山进一步看到了革命力量的伟大，他决心再作一次努力，全面举行北伐。孙中山再度奔赴韶关大本营，筹划他伟大的北伐行动，他坚信，这次行动一定会成功！
巨星殒落北洋政府的曹锟贿选总统之后，引起了全国人民的共同愤怒，军阀之间因为利益分配的不均也发生了内讧，1924年9月3日，浙江、江苏两省的军阀之间首先爆发了战争，孙中山认为这是北伐的又一个大好时机，9月4日，在大元帅府召开军事会议，商量北伐的军事行动计划。当时，有人认为，广州市内的反动商团正闹腾得厉害，先稳住后方要紧，至于北伐，那是下一步的事情。可是孙中山却不是这么认为的，他说：“现在，北方的反动军阀们正在互相攻击，人民生活在水深火热之中，人民对军阀的痛恨已经非常之深，这时候再不去消灭军阀的势力，人民将会对革命政府感到失望了。”因此，孙中山在韶关大本营召开筹备北伐的会议，决定湘军、赣军、豫军全部投入北伐战斗中，滇军和粤军抽调部分队伍随行，谭延阎任北伐军总司令。9月18日，中国国民党发表《北伐宣言》，宣言中说：此次北伐，其作战目的不光是要打倒军阀，更重要的是要打倒军阀所赖以生存的帝国主义。宣言中还列出了六条政纲，作为打倒军阀之后实现新三民主义的第一步。9月20日，北伐军在韶关大本营举行誓师大会，分两路从湖南、江西两省同时出发。
正在这样的时候，忽然从北京传来了令人振奋的好消息：冯玉祥将军在北京发动了“首都革命”，囚禁了伪总统曹锟，赶走了军阀吴佩孚。“首都革命”是这么一回事：当江苏浙江两省军阀发生战争的时候，奉系军阀张作霖又起大兵十五万，进入山海关，攻击曹锟和吴佩孚，曹锟任吴佩孚为讨逆军总司令，率兵二十万迎战奉军。正当直奉战争打得如火如荼的时候，“讨逆军”第三军总司令冯玉祥却不声不响地秘密命令自己所属部队将后队为前队，一昼夜行军一百四十里，神速返回北京，沿途将电话线全部割断，10月22日晚上到了北京城外，事先与冯玉祥约好的北京卫戍司令孙岳打开城门，将冯玉祥的军队迎进北京，冯军不发一枪一弹就进入了北京城，将曹锟抓了起来，并重组了内阁。吴佩孚在山海关正在与张作霖作战，突然间腹背受敌，便仓皇地由塘沽登上军舰向南方逃去。
冯玉祥发动政变，说起来也与孙中山有一定的关系。冯玉祥原来就是吴佩孚的部下，但是对曹锟和吴佩孚的行径早就不满，在曹锟贿选总统的时候，孙中山派孔祥熙去北京给冯玉祥送去了自己写的《建国大纲》，请冯玉祥就这个大纲提出意见，并说，如果冯玉祥认为大纲有什么不妥的地方的话，可以任意地增删；如果冯玉祥对这个大纲没有意见的话，那这个大纲将来就是建国的纲领，就可以大家共同遵守。冯玉祥读了这个大纲之后，非常激动，对孙中山的建国纲领表示无条件地服从，并且通过马伯援向孙中山表示：我现在军力微弱，一旦兵力强盛，将会有所行动。在直奉战争期间发动了首都革命之后，冯玉祥立即向孙中山发出了邀请，让孙中山早日北上，到北京来主持国家大计。
曹锟、吴佩孚一垮台，张作霖正好率兵入关，段祺瑞也出来了，冯玉祥毕竟只是一个军人，政治斗争的经验不足，和奉、皖两系的军阀妥协，成立了由段祺瑞为主的临时执政政府。段祺瑞为了表示自己的诚意，也和张作霖联名发电报邀请孙中山上北京来商谈国家大计。