8月1日，指派由廖仲恺、朱执信等创办的《建设》杂志在上海出版，孙中山在发刊词中指出：创办该刊的目的是鼓吹建设思潮，广泛宣传国民党的主义，使之成为全体国民的共同认识，万众一心地建设一个富强、发达的国家。
10月8日，在上海青年会举行的武昌起义八周年纪念会上发表演说，指出教育救国、实业救国、地方自治的办法都是救国的途径之一，但不是救国的根本方法，今后要改造中国，唯一的方法就是革俞，要彻底地挖掉旧社会的基础。
10月10日，中华革命党正式改组为中国国民党。并公布了规章，要以巩固共和、实现三民主义为宗旨。
1920年（民国九年）五十四岁
2月17日，致电唐继尧，望其出师讨伐桂系军阀。
4月2日，召见蒋介石商谈福建、广东两省军事，命令蒋介石到漳州粤军总部去协助工作。
4月16日，中国国民党在上海召开紧急会议，研究进一步否认军政府在法律上的效力。
5月16日，在上海中国国民党本部发表演讲，指出现在的中华民国只有一个假招牌，将来应有一番大的革命，并尖锐地批判了“革命军起，革命党消”的谬论，认为不论什么时候，都要有一个革命的党，只有在全国人人都化为革命党的时候，才有真的中华民国。在革命未成功时，要用革命的党来维持。
6月2日，在上海与唐继尧、伍廷芳、唐绍仪及云南代表举行会议，讨论应付时局的办法，决定由四总裁发表联合声明，否认军政府在广州的国会。
6月3日，四总裁发表声明，严厉谴责军政府为桂系军阀所把持，声明为贯彻护法的主张，将军政府移往云南，主张恢复南北议和。
6月29日，派朱执信、廖仲恺到漳州促陈炯明率军返粤讨桂，并声明经济援助可由上海国民党本部承担。
8月12日，粤军在漳州誓师，分三路回粤讨桂，20日，占领汕头，21日，收复潮安。
9月16日，朱执信根据孙中山的指示，回粤联络国民党旧部和民军响应讨桂军事行动。受朱执信的策动，虎门要塞司令丘渭南于当天宣布独立。
9月21日、朱执信为调停虎门驻军与东莞居民的冲突，在虎门牺牲。
10月29日，粤军攻克广州，桂军逃往广西，孙中山致电蒋介石，要他不惜全力支援陈炯明所部粤军。
10月31日，四总裁再度联名通电，否认北京政府所谓南北统一的伪令，声明说春煊早已丧失地位和资格，而军政府依然存在。
11月1日，致电陈炯明、许崇智等，指示他们速调全军进省，先安定广东省的大局，再处置后方的穷寇。
11月4日，在上海中国国民党本部会议上作修改章程的报告。
11月9日，在上海国民党本部会议上发表演说，为训政作解释，说明革命党人应担负起教育民众的任务的理由。
11月10日，委任陈炯明为广东省长兼粤军总司令。
11月28日，经香港抵达广州，在广东省署宴会上发表讲话，指出国家统一的方法是实行民治。并大力赞许俄国的革命方法。
11月29日，重组军政府，举行第一次政务会议，推定各部人选，自兼内务部长，唐绍仪兼财政部长，伍廷芳兼外交部长，唐继尧兼交通部长，陈炯明兼陆军部长，李烈钧为参谋总长等。
12月1日，四总裁再次发表声明，宣布军政府继续执行职务，将以护法诸省为基础，地方自治，普及平民教育，发展实业，刷新吏治。
12月6日，四总裁第三次发表声明，谴责北京政府破坏和平。
1921年（民国十年）五十五岁
1月l日，在军政府举行的南京临时政府成立纪念会上发表演说，指出此次军政府回粤，其责任在护法，但护法已不能解决根本的问题，广东此时有建立正式政府的必要。
1月21日，外国使团将关税二百五十万余两银划归北洋政府，孙中山令军政府在28日通知沙面各国领事，声明决定收回海关主权。
2月1日，在广东省中国国民党支部成立会上讲话，阐述三民主义。
2月18日，改组广州市政府，由军政府直辖。
3月6日，在中国国民党本部特设办事处发表演讲，论述三民主义的内容，认为目前中国只是个半独立国，希望建成一个大民族主义国家。
3月16日，与军政府各总裁联名通电，反对北方违法选举总统，指出徐世昌只是非法国会所选出的非法总统，无权召开国会。
4月2日致函康德黎，请其协助在英国出版自己的《实业计划》一书。
4月7日，国会非常议会参众两院联合会在广州举行，通过《中华民国政府组织大纲》，并选举孙中山为非常大总统。
5月5日，就任非常大总统。广州数十万市民举行大会热烈庆祝，并结彩游行。孙中山发表就职演说。
同日，致电徐世昌，指出徐世昌只是承平时一个俗吏，要他早日引退，不要当什么总统。
5月11日，陈炯明请辞去陆军、内政部长两职。
5月28日，命粤、赣、滇、黔各军准备讨伐陆荣廷，以解除北伐的后顾之忧。
6月17日，致电美国政府总统哈定，促其承认广州新政府。
6月27日，正式下令讨伐陆荣廷。
7月，中国共产党在上海成立。
7月15日，粤军攻克平南，讨伐桂系战争顺利进行。
7月20日，派廖仲恺、何香凝等赴梧州劳军。
7月，在广东教育会上对中等以上学校职员和学生发表演讲，勉励他们立志救国，并阐述三民主义的要旨。
8月4日，粤军占领南宁，陆荣廷逃往龙州。
8月13日，滇、粤、赣各军攻克桂林。
8月28日，覆信俄国外交人民委员齐契林，信中首先说明这是从苏俄那里收到的第一封信，并向齐契林叙述了辛亥革命及其后的历程，认为自己过去辞职是一个大的错误，它的政治后果正像在俄国如果让高尔察克、尤登尼奇跑到莫斯科去代替列宁一样，袁世凯很快就恢复了帝制。并且提出了要和俄国保持通信联系的意见。9月3日，为援桂凯旋、准备北伐的将领举行宴会，发表演说，指出统一中国非出兵北伐不可。
10月15日，乘军舰出巡广西，准备取道湖南北伐。北伐军三万在当天开拔。
10月17日，到梧州，电召陈炯明来梧州商谈北伐问题，陈炯明托同不至。
11月8日，在悟州与陈炯明会晤。
11月上、中旬，在悟州国民党员会上发表演讲，批判“革命军起，革命党消”的理论，要求大家反向“革命军起，革命党成”方向去努力。
11月15日，离开梧州前往桂林。
12月4日，到桂林，在桂林设立北伐军大本营。
12月10日，在桂林对滇、粤、赣三军军官作《军人精神教育》的讲话。
12月21日，宋庆龄率红十字会会员到达桂林。
12月23日，在桂林会见经共产党人李大钊介绍前来的共产国际代表马林，双方商谈多日，马林向孙中山提出两项建议，一是组织一个能联合各阶层尤其是工农群众的政党；二是要建立革命的武装中心，应先创办军官学校以培养革命骨干。孙中山十分赞成这些建议。
1922年（民国十一年）五十六岁
1月9日，在桂林以大总统的名义宣布徐世昌罪状。
1月19日，吴佩孚派专使黄申芗到广东会晤陈炯明，陈炯明表示可以同吴合作。
2月3日，以大元帅名义发动员令，令各军分路出师北伐。
2月12日、20日，张作霖、段祺瑞分别派人到广东，与孙中山商讨合作讨伐直系军阀事。
3月16日，赵恒惕拒绝北伐军过湘，北伐计划受阻。
4月8日，大本营由桂林迁回广东，孙中山指令各军集中梧州待命。
4月12日，陈炯明调动军队，企图阻止北伐军回师广州。
4月16日，到梧州，召开军事会议，准备北伐军改道出师江西，将北伐军大本营设在韶州。
4月18日，廖仲恺由梧州会见陈炯明，劝陈赴梧州与孙中山面商北伐问题，陈拒不同意前往。
4月21日，下令免除陈炯明广东省长、粤军总司令及内务部长职务。陈炯明当晚召开会议，偕同粤军总部人员退居惠州。
5月4日，以大元帅名义声讨徐世昌，并下令北伐。
5月5日，广州各界举行集会游行，庆祝孙中山就任大总统一周年。
5月8日，大本营发布总攻击令，北伐军分三路向江西进攻。同日，为争取陈炯明北伐，任命陈炯明的部将叶举为粤、桂边防督办。
5月26日，叶举向孙中山提出无理要求：恢复陈炯明的原职并撤销廖仲恺、胡汉民等人的职务。
6月1日，应廖仲恺的请求，从韶关返回广州。
6月2日，巡视白云山，发现陈炯明的部下谋反的意图。
6月6日，就徐世昌退职发表对外宣言。
6月13日，北伐军占领赣州，查到陈炯明意图与吴佩孚夹击北伐军来往密电三件。
6月14日，廖仲恺应陈炯明邀请前往惠州，至石龙时被扣留，押到石井兵工厂囚禁。
6月16日，陈炯明叛变，四千多人围攻总统府。孙中山出走，登海军的楚豫舰，移往永翔舰。同日，宋庆龄亦脱险。
6月17日，转登永丰舰（后改为中山舰），在军舰上发炮攻击叛军。
6月20日，海军将领温树德率四艘军舰逃离黄埔，广州江海防司令魏邦平与叛军妥协。
6月27日，北伐军决定以第二军、滇军朱培德部、李福林部及粤军第一师梁鸿楷部回粤讨伐陈炯明。梁鸿楷部中途抗命，反往惠州与陈炯明会合。
7月1日，拒绝陈炯明的假和解。
7月2日，北伐军许崇智、李福林、朱培德、黄大伟各部均进入广东，决定攻取韶关。