8月，在东京青山练兵场附近秘密创办革命军事学校，以日野为校长，聘请退役的军官小室健次郎为助教，入学者约四十人，孙中山主持宣布实行：
“驱除鞑虏、恢复中华、创立民国、平均地权”的革命宗旨。后孙中山离日本，该校不足半年因内部纠纷而停办。是月，接待来访的留日学生廖仲恺、何香凝等，畅论革命救国的道理和方法。
9月26日，离日本赴檀香山。
12月上旬，至火奴鲁各岛，到各戏院发表演说，反对保皇理论。
1904年（清光绪三十年）三十八岁
1月11日，为与保皇党争夺群众，在檀香山加入洪门，并受“洪棍”之职。
2月15日、华兴会正式成立于长沙，黄兴被推为会长，入会者有刘揆一、宋教仁、陈天华、刘道一、谭人凤等五百多人。
5月，在美国旧金山华侨中进行革命活动，鼓吹反清革命。
1905年（清光绪三十一年）三十九岁
春，在英国伦敦会见严复，与严复辩论，不同意严复关于“改革中国政治应从教育入手”的主张.而坚持认为革命才是改革中国政治的良方。夏，自英国转赴德国，在柏林向留德学生宣传民主革命的主张，吸收二十多人加入革命组织。
7月下旬，经日本人宫崎寅藏介绍，与黄兴会晤于东京凤乐园，建议兴中会与华兴会联合，共同致力于革命，黄兴表示赞同。
7月30日，在东京赤坂区召开中国同盟会筹备会议，全国内地有十七省代表到会。孙中山主张各团体联合，大家表示无异议，最终将名称定为“中国同盟会”，后定誓词为：“当天发誓，驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权，矢信矢忠，有始有卒，如或渝此，任众处罚。”
8月20日，中国同盟会在东京召开成立大会。
9月1日，廖仲恺、胡汉良等六人加入同盟会。
11月29日，中国同盟会机关报《民报》在日本东京正式发行。
12月4日，留日学生八千余人，为抗议日本内阁文部省的《取缔清韩留学生规则》，实行总罢课，陈天华愤于日本报纸对中国留学生的诋毁，于8日在东京大森海湾投海自杀。
1906年（清光绪三十二年）四十岁
6月，孙中山离日本到新加坡，命胡汉民为新加坡同盟会分会起草会章，扩充组织，入会者极多。
秋冬间，与黄兴、章炳麟等人制订同盟会《革命方略》，其中包括对同盟会纲领的解释。
1907年（清光绪三十三年）四十一岁
4月，准备在广东的潮、惠、钦、廉四府同时起义，令胡汉民往香港做策应工作。
5月，潮、惠、钦、廉四府先后发动了武装起义，均因实力悬殊而失败。
7月6日，光复会会员徐锡麟刺杀安徽巡抚恩铭，率巡警学堂学生起义于安庆，战败被捕，英勇就义。
7月13日，同盟会员（亦为光复会员）秋瑾准备响应徐锡麟的起义，被清政府逮捕，被杀于绍兴轩亭口。
9月1日，命王和顺起义于钦州王光山，9月中旬，因给养问题，退至两广交界的十万大山。
1908年（清光绪三十四年）四十二岁
2月，清政府议定，再加十万赏银，悬赏捉拿孙中山。
4月1日，汪精卫奉孙中山之命，在仰光建立同盟会分会。
4月30日，黄明堂、王和顺等按孙中山的要求，从镇南关将起义队伍带到云南，发动河口起义，起义军势力发展甚快。
5月5日，孙中山发电报，委任黄兴为云南国民军总司令，命黄兴赴前线督师。后起义失败。
12月7日，赵声、朱执信等策划在广州起义，因秘密泄露而导致起义破产。
年底，同盟会河南分会在开封成立。
1909年（清宣统元年）四十三岁
5月上旬，同盟会南洋支部根据孙中山的指示，由新加坡迁至槟榔屿，不久，胡汉民赴香港，支部事务由邓泽如主持。
8月7日，孙中山到伦敦。
10月30日，离伦敦赴美国。
12月16日，由美国纽约至波士顿，在华侨中宣传革命和捐款。
1910年（清宣统二年）四十四岁
1月21日，由纽约赴旧金山，途经芝加哥，出席欢迎大会，发表革命演说，并成立同盟分会。在华侨中募得款项港币八千多元，电汇至香港，供同盟会南方支部作起义经费。
1月29日，黄兴自日本抵香港，主持广州起义的准备工作。
2月12日，广州新军起义，因事先准备不周，起义军孤立无援，起义失败。2月16日，建立旧金山同盟会分会，加盟者十余人，孙中山亲自主盟，将誓词中革命宗旨改为“废灭鞑虏清朝，创立中华民国，实行民生主义”，加盟者签名自称“中华革命党党员”。
4月4日，出席在火奴鲁鲁荷梯里街戏院举行的欢迎大会，发表演说，鼓吹再次起义。
7月19日，孙中山母杨氏病逝于香港。
1911年（清宣统三年）四十五岁
1月18日，黄兴抵香港，受孙中山委托主持广州起义筹备工作。
4月8日，广州起义统筹部经过几个月的紧张筹备，在广州设秘密据点三十八处，统筹部认为：广州起义的时机已经成熟，预定于4月13日在广州发动起义，拟定了十路进军的战斗计划，由赵声和黄兴为革命军的正副司令。
4月27日，广州起义爆发，因实力悬殊太大而失败，事后收殓七十二名烈士遗体，合葬于黄花岗，此次起义又被称为黄花岗之役。
7月31日，宋教仁、谭人凤、陈其美等人在上海成立中国同盟会总会，宋教仁被推为总务干事，发布了宣言和章程，准备在长江流域各省组织起义，南京、湖南、湖北、安徽、四川等省也相继成立分会。
10月10日，武昌起义爆发。
10月11日，起义军占领武昌全城，湖北革命党人同日成立中华民国湖北军政府，推举新军协统黎元洪为都督。
10月28日，黄兴自香港经上海到武汉，出任革命军总司令，领导汉口保卫战。
10月31日，孙中山致电荷马李，指出黎元洪的突然成功可能会助长其野心，但他缺乏将才，各地组织皆寄希望于我来领导，我若得到财力支持，绝对能控制大局，在我们抵达之前，不可能组织起强有力的政府，所以，借款是必须的。
11月24日，由马赛乘船回国。
12月26日，在上海召开同盟会最高干部会议，被商定为大总统人选。
12月29日，被南京十七省代表会议选举为中华民国临时大总统。孙中山在致电各省代表和都督、军司令长的电文中表示接受，准备赴南京就职。
1912年（民国元年）四十六岁
1月1日，由上海赴南京，沿途受到群众的热烈欢迎。当晚十时，宣誓就任中华民国临时大总统。其誓词为：“颠覆满洲政府，巩固中华民国，图谋民生幸福，此国民之公意，文实遵之，以忠于国，为众服务。”另发表《临时大总统就职宣言》，提出了中华民国临时政府的任务。
1月3日，在南京成立中华民国临时政府，各省代表会议通过孙中山提名的各部总长、次长任命名单，黄兴为陆军总长，蔡元培为教育总长，伍廷芳为司法总长，胡汉民为秘书长等，代表会议还选举黎元洪为临时副总统。
1月5日，发布《孙大总统对外宣言》，表示革命军兴后，凡清政府对外缔结的一切不平等条约及所借的外债和出让的权利，民国一律否认。
1月15日，致电南方议和代表伍廷芳，表示：只要清帝退位，宣布共和，则临时政府决不食言，我立即宣布解职，让首功于袁氏（指袁世凯）。
2月12日，清帝溥仪宣告退位。
2月13日，孙中山向临时参议院辞临时大总统职，并推荐袁世凯代任。
2月14日，临时参议院开会，接受孙中山的辞职，讨论临时政府的设置地点，以多数通过设在北京。
2月15日，临时参议院选举袁世凯为第二任临时大总统。3月10日，袁世凯在北京宣誓就任临时大总统，并任唐绍仪为内阁总理。
4月2日，临时参议院正式议决临时政府迁往北京。
4月4日，孙中山答上海《文汇报》记者问，认为：政治上的革命如今已如愿以偿，后当竭力从事社会上的革命。9月11日，袁世凯持授孙中山“筹划全国铁路权”，孙中山接受。
1913年（民国二年）四十七岁
2月10日，乘轮船“山城丸”号自上海启程赴日本考察。
3月6日，在国民党横滨支部欢迎会上发表演说，号召大家注重党纲党德。
3月20日，袁世凯指使暴徒枪杀宋教仁于上海车站。
3月22日，孙中山致电国民党本部，要求查明杀害宋教仁案真相。
3月24日，杀害宋教仁案查明，系袁世凯所指使。
4月26日，与黄兴联名通电，呼吁各界人士负起责任来，要对杀害宋教仁案的凶手予以严办。
7月12日，李烈钧在江西宣布独立，举兵讨袁，“二次革命”开始。
7月15日，南京宣布独立，黄兴任江苏讨袁军总司令。
1914年（民国三年）四十八岁
1月10日，派陈其美赴大连设机关，联络东北各省力量讨袁。
3月下旬，袁世凯派两名刺客由釜山前往日本，企图暗杀孙中山。
5月10日，《民国》杂志创刊于东京，各期内容均以反对袁世凯为宗旨，中华革命党成立后，该刊即为该党的机关刊物。
6月22日，中华革命党在东京召开第一次代表大会，孙中山被选举为总理。9月1日，中华革命党本部通知党员，宣布中华革命党成立，所有国内外国民党组织未经解散者，一律改为中华革命党。
9月20日，在东京主持召开关于制订中华革命党《革命方略》的第一次讨论会，参加者有廖仲恺、胡汉民、居正、许崇智等人。
10月10日，朱执信由南洋抵香港，与邓铿策划在广东发动反袁武装斗争。
1915年（民国四年）四十九岁
2月5日，邓铿受孙中山派遣，由日本抵南洋宣传组织中华革命党的意义。
2月11日，孙中山之兄孙眉病逝于澳门。
3月10日，指示党务部发布第八号通告，揭露“二十一条”的交涉真相，把袁世凯的卖国勾当与复辟帝制阴谋联系起来，号召革命党人坚决进行反袁斗争。
4月4日，袁世凯下令，严加通缉“中华革命党在国内的革命活动”。夏末，召集廖仲恺等各部长会议，决定组织中华革命军，密令陈其美、居正、胡汉民、于右任等在上海、青岛、广州、陕西等地筹设中华革命军东南、东北、西北军军部。
10月25日，与宋庆龄在东京结婚。
12月25日，唐继尧、蔡锷等通电各省，宣告云南独立，组织护国军，以唐继尧为都督，以蔡锷、李烈钧、唐继尧分任一、二、三军总司令，护国战争开始。
年底，孙中山发函海外各埠洪门，促其各自改组为中华革命党支部。
1916年（民国五年）五十岁
1月6月袁世凯公开称帝。
2月24日，委派冯自由等前往南洋、澳洲等地，募集讨袁军饷。
5月9日，在上海发表二次讨袁宣言，追溯袁世凯的窃国行径和几年来的中华革命党的反袁斗争，指出这次反袁斗争不光是打倒袁世凯就完事，袁世凯破坏民国，是从破坏约法开始的，这次反袁斗争，就要维持民国，维持约法。
5月18日，陈其美在上海被袁世凯派人杀死。
7月25日，指示中华革命党通告国内外各分支部，袁世凯已死，黎元洪大总统依法就职，推翻专制、重造民国的目的已经达到，各省革命军可以停止军事行动。
10月31日，黄兴在上海病逝。
1917年（民国六年）五十一岁
2月21日，在上海写成《会议通则》（又名《民权初步》），阐述了西方国家民主制度有关会议的各项细则。
3月30日，中华革命党改用中国国民党名称，向党员发出通告。
6月10日，再与章炳麟联名致电黎元洪、伍廷芳，希望他们清除祸国殃民的北洋军阀势力。
6月14日，派胡汉民赴粤联络讨逆护法力量，胡于是日到达广州，同广东督军陈炳昆等进行商讨，广东省长朱庆澜赞成出师讨逆。
6月23日，在上海积极运动海军护法，当晚在哈同花园与海军总长程璧光等“会商大计”。
6月，为日本政府扶持段祺瑞等北洋军阀，致函日本首相寺内正毅，提出了批评和劝告，希望日本政府有一个表示援助正义的态度。
7月3日，就张勋复辟事，通电全国，南下护法，讨伐叛逆。
7月6日，为进行护法活动，乘“海琛号”军舰由上海到广州，廖仲恺、朱执信、何香凝、章炳麟等人同行。
7月19日，与陈炳昆、朱庆澜等商讨邀请国会议员来广东召开国会和组织护法政府问题。
7月20日，在驻粤的滇军欢迎会上发表演说，再次揭露复辟真相。
8月5日，海军总长程壁光率领舰队南下抵黄埔，孙中山在全省欢迎大会上发表演讲，阐述护法的意义，号召讨伐段祺瑞，拥护国会。
8月10日，致函邓泽如及南洋革命党人，告诉他们护法运动进展良好，令其积极筹备军饷以备用。
10月6日，南北两军战于湘南衡山、宝庆一带，护法战争开始。
11月15日，命海军炮击广东督军驻地观音山，以驱逐陈炳昆。程璧光拒绝执行。
1918年（民国七年）五十二岁
1月1日，发出大元帅令，勉励全国军民在新的一年里，奋发前进，勘定内乱，恢复和平。
1月3日，为惩罚桂系军阀莫荣新，令豫章、同安两舰炮击观音山督署。
2月22日，宴请广东商界人士，演讲中国革命和建设问题，认为革命的目的是使中国成为世界最强的国家，最富的国家，又是政治上最优良的国家，勉励大家积极参与建设的事业。
3月23日，通告各国驻华公使，痛斥北方政府的罪行，并郑重声明，北京政府违背约法而与各国缔结的一切契约借款及其他责任，本军政府一概不予承认。
4月2日，分别致电陈炯明和唐继尧，令其阻止桂系军阀及政客非法改组军政府。
4月17日，军政府向日、美、法、意、俄、英、葡等十六国发出通告，要求各国承认军政府为中华民国之合法政府。
4月下旬，唐继尧密电西南各省，积极策划迫孙中山去职。
5月4日，向非常国会辞大元帅职并发表通电。
5月12日，莫荣新诱捕军政府陆军总长张开儒，并将陆军次长崔文藻枪决。
6月26日，抵达上海，住法租界内，段祺瑞欲从租界引渡孙中山，未得逞。
夏天，电贺列宁和苏维埃政府，表示愿意使中俄两党团结起来共同斗争。
8月31日，陈炯明援闽粤军占领漳州、南靖、漳浦、同安等县。
12月30日，写成《孙文学说》自序。
1919年（民国八年）五十三岁
1月6日，北洋政府自动取消通缉孙中山的命令。
1月9日，被军政府推选为出席巴黎和会的代表。
2月4日，覆函陈炯明，告诉他和议难成，要他整顿粤军内部，提高军队的战斗力。
2月7日，拒绝出任巴黎和会代表的职务，并给广州谢持去电报，告诉他自己拒绝出任和会代表的原因。
2月18日，覆函梅培，告诉他自己已经派杨仙逸（返粤的旅美飞机驾驶员）等赴汕头帮助粤军发展空军事业。
4月1日，覆函杨庶堪等，揭露北京政府图谋陕西、四川两省的阴谋。
4月6日，覆函许崇智，嘱其固守原防区，认真训练好军队。
5月28日，在上海发表《护法宣言》，指出要想和平救国，只有恢复国会完全自由行使职权的一条路。
6月，在上海与戴季陶谈话，论及有关社会劳动问题和当时社会思潮状况，认为，中国社会思想和生活还没有发达，人民知识没有普及，国家的民主的建设还没有基础，这种时代是思想动荡时代的共同特点。
6月29日，覆函湖南的廖湘云，指出护法各军不应为利益而争，而要团结一致。