荣禄笑了，自以为玩弄袁世凯于股掌之上，不许他离开天津一步，以防新军被别人所利用。袁世凯则也微微一笑，相信这位中堂大人并不曾识破自己的心计。袁世凯虽说瞒混过了眼前一关，带兵之将而被主帅所疑，终觉忧虑不安，更不知京中出了什么事，以致荣禄调任直督。每日里郁郁不乐，于是在书房中，给把兄徐世昌写了一信，询问究竟，信写成了，又反复推敲修改，惟恐信件误落到荣禄手中，更加证实他心迹可疑，如此犹豫了又犹豫，信未发出，徐世昌却派人送来一封密信，袁世凯大喜过望，急忙关上房门，拆信细读，只见上面首尾都未落款，没头没脑地写着：
“据悉，《明定国是》诏旨下达之前，军机大臣叩头阻拦，奏称：‘非有太后懿旨，臣等宁死不敢从命。’皇上乃嘱庆亲王前往颐和园请示，谓：‘太后如不放权，儿臣宁愿逊位。’太后只得姑且允准，但不许重用康梁。四月二十三日《国是》诏下之后，皇上违背太后训示，决定召见康有为，太后大怒，将皇上召往颐和园软禁，逼令立下三旨：一将翁师傅开去一切差使，还回原籍常熟；二将荣中堂调任直督节制所有京津驻军；三则今后二品以上官员任命皆须经老佛爷允准。此为京中近况。皇上玩火，幸有太后掌握全权，诚全国官民之大幸，荣公亦中流砥柱，功在社稷也。”
信尾一行小字：“阅后付丙。”（南方丙火，丙者火也。）
袁世凯默默地又读了两遍，几乎可以背熟了，明白最后几句，是徐世昌预防此信万一落到他人手中，可以表明写信人和受信人均忠于太后和荣禄的。即使如此，袁世凯面对这封密信仍然惊恐不安，于是将信笺烧成灰烬，暗暗思量：“侥幸，幸亏这次小心谨慎，没有和康梁沾边，否则这一生就完了。”袁世凯小心异常，生死祸福只在一念间。
冲刺在即，剑拔弩张的两派之争已进入白热化，一切都已到了箭在弦上、一触即发的地步了。
光绪皇帝知道大局败坏，明发上谕，著康有为迅速前往上海督办官报，毋得迁延观望。
维新派人士一读完这道上谕，就知将有重大变故发生。毕永年预感大事不妙，向康有为问道：“今必败矣！未知袁之消息如何？”
康有为彷徨无计，越发把赌注押在袁世凯身上，他以为袁世凯的军师徐世昌与自己交情极好，对毕永年说：将令谭嗣同、梁启超、徐世昌“往袁处明言之，成败在此一举”。
18日，袁世凯又拜见了奕劻和李鸿章。通过摸底观察，他已经判断出软弱无力的光绪皇帝和维新派必然失败，势力强大的慈禧太后一定会取得胜利。再说荣禄掌握着董福祥和聂士成各军数万人，淮、练军几十营，京内尚有旗兵，而自己仅有七千人马，力量悬殊过甚，绝无战胜的可能。何去何从，得失较然，他在内心做出了决定。
同一天，林旭把14日光绪皇帝写的密诏交给康有为。康有为当即与梁启超、谭嗣同、康广仁、杨锐等人开会，商议营救光绪皇帝之策，徐世昌也参加了，他们讨论来讨论去，始终想不出一个善策。惟有捧诏大哭，想着以痛哭感动徐世昌，徐世昌亦哭。于是大伙痛哭不成声，乃嘱托谭嗣同前去袁世凯住处，说服袁世凯“勤王”，率领敢死队数百人，扶助光绪皇帝“登午门而杀荣禄，除旧党。”
谭嗣同本来是不同意用袁世凯的，因为他也认为袁世凯不可靠，与康有力争论过数次，“而康必欲用此人，真无可奈何”。现在他挽救时局心切，也想激发袁世凯的义愤，促其站到帝党一边，以救燃眉之急。
用出卖换来官运亨通
关键时刻，袁世凯把赌注压在了太后一边，维新派的失败由此而不可避免。袁世凯用“戊戌六君子”的头颅换来了似锦前程，若干年后，他又实行新政，为六君子立祠堂，也许只有用“政客”这个词才能解释得通。
光绪帝于14日和17日给康有为等的两道密旨，于18日传到康有为手里。14日密旨说：“‘今朕位几不保，汝康有为……等，可妥速密筹，设法相救。”17日密谕康有为说：“朕今命汝督办官报，实有不得已之苦衷，非褚墨所能罄也。汝可迅速外出，不可延迟。”康有为一见大局败坏，急忙于当晚召集谭嗣同、杨锐、梁启超、康广仁、林旭、徐致靖、徐世昌等人研究援救光绪帝的办法，“相与痛哭，徐世昌亦哭，大家泣不成声。”都主张“劝袁勤王，率死士数百扶光绪帝登午门而杀荣禄，除旧党”，当时，唯有林旭认为袁世凯不可靠，说他巧诈多智谋，“恐事成难测”，请召董福祥，谭嗣同认为不可用董。后来，在狱中林旭还给谭嗣同一首诗，谈的就是争取袁世凯还是董福祥以挽危局的问题。诗云：“青蒲饮泣知何补，慷慨难酬国士思；欲为君歌千里草（指董福祥），本初（三国时袁绍字本初，指袁世凯）健者莫轻信。”形势所迫，忠诚刚烈的谭嗣同乃于当晚，径往法华寺，劝袁勤王。
当谭嗣同夤夜赶到法华寺时，据袁世凯自称当时他“正在内室秉烛拟稿，忽闻外室有人声，阍人持名片来，称有谭军机大人有要公来见，不候传请，已下车至客室。即索片视乃谭嗣同也。余知其为新贵近臣，突如夜访，或有应商事件，乃停笔出迎。渠便服称贺，谓有密语，请入内室，屏去仆丁。心甚讶之。延入内室，叙寒暄，各申久仰见晚周旋等语”。随之，谭嗣同开门见山，两人为救光绪而展开了激昂的对答话语。对话如下：
谭：“君谓皇上如何人也？”
袁：“旷代之圣主也。’”
谭：“天津阅兵之阴谋，君知之乎？”
袁：“然，固有所闻。”
谭：“今日可以救我圣主者，惟在足下。足下欲救则救之。”谭用手摸自己的脖子说：“苟不欲救，请至颐和园首仆而杀仆，可以富贵也。”
袁正色厉声说：“君以袁某为何如人哉！圣主乃吾辈所共事之主，仆与足下，同受非常之遇，救护之责，非独足下，若有所教，仆固愿闻也。”
谭：“荣禄密谋，全在天津阅兵之举，足下及董、聂三军，皆荣节制，将挟兵力以行大事。虽然，董、聂不足道也，天下健者，唯有足下。若变起，足下以一军敌彼二军，保护圣主复大权，清君侧，肃宫廷，指挥若定，不世之业也。”
袁世凯一听，感到风险太大，立即改变腔调。他说：“天津为各国聚处之地，若忽杀总督，中外官民必将大讧，国势立将瓜分，且北洋有宋（庆）、董、聂各军四五万人，淮、练各军七十多营，京内旗兵亦不下数万，本军只七千人，出兵至多不过六千，如何能办大事？恐在外一动兵，而京内必即设防，上已先危。”
谭：“公可给以迅雷不及掩耳，俟动兵时，即分给诸军朱谕，并照会各国，谁敢乱动？”
袁：“若皇上于阅兵时疾驰人营，传号令以诛奸贼，则仆必从诸君子之后，竭死力以补救。”
谭：“荣禄遇足下素厚，足下何以待之？荣禄固操、莽之才，绝世之雄，待之恐不易易。”
袁怒目而视曰：“若是上在仆营，则诛荣禄如一狗耳！我万不敢惜死，恐或泄露，必将累及皇上。一经纸笔，便不慎密，切不可先交朱谕。你先回，容我熟思，等半月、二十日方可复告你如何办法。”
谭：“上意甚急，我有朱谕在手，必须即刻定准一个办法，方可复命。”
袁：“青天在上，袁世凯断不敢辜负天恩，但恐累及皇上，必须妥筹详商，以期万全。九月即将巡幸天津，待到那时，军队威集，皇上一寸纸条，谁敢不遵，又何不成？”
谭：“报君恩，救国难，立奇功大业，天下事人公掌握，在于公；如贪图富贵，告变封侯，害及天子，亦在公；惟公自裁。”
袁信誓旦旦地说：“你以为我为何如人？我三世受国恩深重，断不至丧心病狂，贻误大局。但能有益于君国，必当舍死为之。”
袁世凯这套真真假假、含含糊糊的话，谭嗣同只得“丁咛而去”，别后还赞袁为“奇男子”。袁世凯送走谭嗣同后，“反复筹思，如痴如病”，筹谋对策。
午夜，谭从法华寺出来，到金顶庙会见康有为。当谭告知康，说袁不能举兵。康在无可奈何的情形下，决定依照光绪谕令，他离开北京前往上海。如他《自编年谱》所说：“子刻（零点至两点）吾亦入城，至金顶庙候消息，知袁不能举兵扶上、清君侧，无如何，乃决行。”
20日（初五）清晨，袁世凯向光绪帝请训告别。据袁世凯在他的《戊戌日记》中说：“帝召见于乾清官，极其慎密，用尽方法，不使其外闻”。帝告袁以所定机密，又付以上谕一道。言及办理钦差事竣，即任为直隶总督，来京陛见。袁奏曰：“古今各国变法非易，非有内忧，即有外患。请忍耐待时，步步经理，如操之太急，必生流弊。且变法尤在得人，必须有真正明达时务、老成持重如张之洞等赞襄主持，方可仰答圣意。至新进诸人，固不乏明达勇猛之士，但阅历太浅，办事不能缜密，倘有疏误，累及皇上，关系极重。”据袁说，光绪帝对袁的这番话为之“动容，无答谕”。
袁世凯的《戊戌日记》，是真真假假的混合体。但是，从上述记录光绪帝召见时的对话来说，是符合实际的。付以“上谕一道”、“即任为直隶总督”，“办理钦差”，即诛荣禄清君侧也，证之梁启超的《戊戌政变记》和英国人浟兰德在《慈禧外传》第十四章所记亦同。光绪帝把袁世凯从天津召来北京，五日之间，三次召见，并升授他为侍郎，其目的即在于此。至于袁世凯奏请变法应当“忍耐”、“缜密”，要依靠老成者主持，维新人士“阅历太浅”，云云，正是他送走谭嗣同以后，“反复筹思”的结果。证之袁在请训后对别人说的“皇上若责我以练兵，我不敢不奉诏，若他事则非我之所知也”的话是一致的。
袁世凯于20日请训后，不返寓所，心情“惘惘”地径直赶回天津。据天津《国闻报》载：“练兵大臣袁慰亭侍郎于初五日早赴宫门请训，即于是日出京，乘坐11点40分钟火车，至下午3点钟到津圣安棚”，“同城文武官员咸往迎迓”。袁会见文武各官并先一日返津之徐世昌“谈”话后，赴总督衙门向荣禄告密。
据荣禄的心腹幕僚陈夔龙纪述当时的情境时说：荣禄迨袁来谒，“但言他事，绝不询及朝政。袁请屏退左右，跪而言曰：今日奉命而来，有一事万不敢办，亦不忍办，惟有自请死”。荣禄笑着说：“究系何事，你何匆遽之甚！袁乃抽出一纸呈阅，并观荣禄气色行事。文忠（荣禄）阅竣，正色告曰：大臣事君，雨露雷霆，无非恩泽。但承旨责在枢臣，行刑亦有菜市。我若有罪，甚愿自首入京，束身司败。岂能凭尔袖中片纸，便可钦此钦遵！袁乃失声大哭，长跪不起。”接着他对荣禄说：“特以告公者，欲破奸谋，卫慈圣耳！”荣“感极”，即嘱世凯守天津，而自乘火车微服入京，奔颐和园告变。时过午夜，西太后已寝。闻报，召禄入内室。卒问曰：“岂康有为等谋变耶！禄对：诚如慈论”，因陈袁世凯告密事，西太后大为震怒，“连呼小子（指光绪帝）负心”，乃令荣禄驰赴董福祥营及命令宋庆诸军，谕其防变。西太后乃于21日晨赶回皇宫，于是日即9月21日宣布重新垂帘训政，幽禁光绪帝于瀛台。随后下令捕杀维新派。在近代史上具有重要历史意义的戊戌变法运动，历时103天，在袁世凯告密、西太后发动政变之下宣告失败。
光绪幽禁之后，失去了自由，25日，慈禧又宣布光绪有病，阴谋加以废除，另立皇帝。
康有为在政变前一日逃离北京，梁启超躲进日本使馆，后在日本人掩护下去日本。谭嗣同与侠士谋救光绪，没有成功。日本人劝他逃跑，他不听，说：“各国变法，无不从流血而成，今中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也，有之，请自嗣同始。”24日，慈禧下令逮捕维新人士。28日，谭嗣同、林旭、康广仁、杨锐、刘光第、杨深秀同时被杀于北京菜市口，时人称为“戊戌六君子”。其他维新人士和支持、倾向变法的官员均遭放逐罢斥。所有变法措施，除京师大学堂保留下来以外，均被取消，维新运动彻底失败。
袁世凯对追捕维新人士十分卖力，派人捉拿过梁启超，也捕风捉影地搜查过康有为。据报纸报道，9月26日，他听侦探说康在新河小船上被日本人保护着，立命天津县令和招商局带领捕役数十人，前往新河、塘沽等处会拿。但到新河下船一查，根本没有康的影子，侦探疑为康有为者，原来是另一个人。当时有一首三言歌谣在社会上流传，道出了袁世凯在维新运动中所起的作用，其词为：“六君子，头颅送，袁项城，顶子红，卖同党，邀奇功。康与梁，在梦中，不知他，是枭雄。”
有人问荣禄：“袁世凯曾奉密诏乎？”荣答：“然。”又问：“诏中曾有杀公言乎？”答：“然。”此人说：“然则袁世凯先一同谋者也，既同谋而又出首，首鼠两端，此人亦不足取也。”荣禄说：“袁乃我的人，无所谓首鼠两端。”这句话恰好证明袁世凯原来就是荣的私党。
袁的告密给反动政变立了一大功，深得慈禧的赏识。慈禧召见了他，让他代理了十天的直隶总督，并赐新建陆军银四千两。后荣禄被任命为军机大臣，管理兵部事务，仍旧节制北洋各军。裕禄被任命为直隶总督兼北洋大臣，帮办北洋军务。裕禄到任后，袁回小站军营。
1898年12月，荣禄为使北洋各军联为一气，指挥如意，奏请成立武卫军，以聂士成所部武毅军为武卫前军，董福祥所部甘军为武卫后军，宋庆所部毅军为武卫左军，袁世凯所部新建陆军为武卫右军，另外再招募万人为武卫中军，自己统率。慈禧准奏。袁世凯的新建陆军从此改称为武卫右军。1899年4月，慈禧赏袁在西苑门内骑马，并乘坐船只拖床。6月，升袁为工部右侍郎，维新志士的鲜血染红了他的顶子。
剿团保教
清王朝在全国确立统治之后，山东、直隶、河南等地即出现了一种反清的秘密组织——义和拳。随着甲午战争的失败和民族矛盾的激化，义和拳由秘密转向公开，将斗争的矛头指向外国在中国设立的教会。1900年1月11日，清廷发布上谕，在实际上承认了义和拳的合法存在，义和拳遂改名为义和团。接着，便爆发了以山东和直隶为中心的声震中外的义和团运动。
义和团提出“扶清灭洋”的口号得到了少数封建官僚的同情和庇护。山东巡抚毓贤曾经残杀过义和拳，后来一变而为主抚，奏请朝廷要固结民心。
帝国主义列强极端仇视义和团，对毓贤非常不满，要求清政府撤换山东巡抚，并讽示让袁世凯继任。列强之所以特别欣赏袁世凯，是因其手中有一支新式的武装，能够按照列强的要求办事。英国驻京公使窦纳乐致函英国外交大臣索尔兹伯理说：“关于今后山东北部的局势，我认为，最有希望的前景是挑选袁世凯充任巡抚。这位官员曾担任多年的中国驻朝鲜大臣的职务，并且最近统率驻天津附近受外国人训练的军队约八千人。他已经宣布，必须将全军随他调往该省；同时，他性格果断，而且在必要的时候立即使用武力，这是他一生中在各种危急形势下进行活动的特点。所以使人们有可能期望，在他所管辖的省份中，他将顺利地迅速平定叛乱。”
1899年12月6日，清廷将毓贤调离，命袁世凯署理山东巡抚，仍旧节制武卫右军。
袁世凯上任路经德州时，接见了坚决主张镇压义和拳的吴桥县令劳乃宣，称赞他的“请明降谕旨惩办拳匪”的奏折“所述颇中肯要”，并电促直隶总督裕禄向朝廷上奏，请剿办义和拳。12月26日，他到达济南接任新职，次日即颁布《禁止义和拳匪告示》。