1、连疏奏请停止科举考试。1903年3月10日，袁世凯与张之洞联衔奏请递减科举中额，“专注学校一途”。指出“致治必赖于人才，人才必出于学校”，而科举阻碍学校的兴办，“科举一日不废，即学校一日不能大兴”。建议将各项考试取中之额按年递减，学政岁科试分两科减尽，乡、会试分三科减尽。以前的举贡、生员按照不同情况，令其分别人新式学堂、仕学和师范速成科学习，或另给其他出路。1904年1月，管学大臣奏陈科举、学堂利弊得失，清廷谕令从丙午科（1906年）起，科举分三科减尽。1905年8月31日，袁世凯再次领衔，与赵尔巽、张之洞、周馥、岑春煊、端方联名上折，极陈现在“危迫情形，更甚曩日，实同一日千金”，纵使“科举立停，学堂遍设，亦必数十年后，人才始盛”，奏请立即停止科举，推广学校。清廷立允，谕令自丙午科起，所有乡、会试和各省岁科考试一律停止。从此，科举制度被永远地废除了。
科举制度的废除，打破了一千二百多年来以科名选拔官僚体制的格局，有力地冲击了封建制度，为新式的近代学校教育在中国扎根从制度上扫清了障碍。从此，中国得以在教育方面走出千百年的传统藩篱，面向世界，逐步与世界潮流合拍。
2、大力兴办新式学校。袁世凯对兴办新式学校态度是积极的，采取的措施也是有力的。
首先，组建教育行政领导机构。1902年在省城设立了学校司，督办全省教育，下设专门教育、普通教育、编译三处。次年遵照学务大臣奏定章程，改学校司为学务处。为普及教育，袁世凯饬令学务处设立研究所，研究学校编制、教授方法；派遣查学员考核官绅办学情况；通令各地成立劝学所、宣讲处、阅报所，进行引导宣传；通令各州县自筹资金，分期分批组织士绅赴日本考察教育，了解各类学校的编制、组织、教育学、管理法，形成一套上下呼应的办学机构。
其次，筹措办学经费。直隶经八国联军洗劫，议和后承担巨额赔款，增练新军等新政又在在需款，财政十分拮据。袁世凯为兴办学校，普及教育，尽力设法筹拨公款，并劝导地方出资办学，以补公家之不足。同时亲自捐款两万元，表率群僚士绅，受到清廷嘉奖。对捐资兴学者，袁世凯均奏报请奖，给以鼓励，既开通了风气，也解决了部分经费问题。
第三，培养师资。为了解决新式学堂的师资问题，袁世凯多方延揽通晓西学的教师，并聘请美国人丁家立担任高等学堂西学总教习，令其在天津大学堂学生中选拔优等生，充当府设中学堂教员。同年设立师范学堂，分半年、一、二、三年毕业四斋，以后改为三年制，解决师资困难。并选派学生赴日本学习师范，归国后充实师资队伍。
由于上述措施，直隶新式教育发展较快，“官绅协力，风气潜移”，“捐资设学者不绝，公立私立，月有所闻”。到1906年上半年，袁世凯奏报已开办的各级各类学堂有：北洋大学堂、高等学堂、北洋医学堂、高等工业学堂、高等农业学堂、优级师范学堂、女师范学堂各一所，初等农工业学堂及工艺总局附设艺徒学堂二十一所，初级师范学堂及传习所八十九所，中学堂二十七所，小学堂四千三百四十四所，女学堂四十所，吏胥学堂十八所。注册入学人数共八万六千多人，连同武备、巡警等学堂，总数不下十万人。据学部1907年统计，直隶办有：专门学堂十二所，实业学堂二十所，优级师范学堂三所，初级师范学堂九十所，师范传习所五处，中学堂三十所，小学堂七千三百九十一所，女子学堂一百二十一所，蒙养院二所，总计八千七百二十三所，学生十六万四千多人，位居全国第二；而直隶学务资产四百八十万两，则名列各省之冠。尽管人学人数与全省两千多万人口相比，为数还很少，但在学堂初兴的情况下，几年时间能开办这么多学校，在全国名列前茅，成绩还是颇为可观的。直到民国初年，直隶的教育仍保持着优势，这是与袁世凯任直隶总督时打下的基础分不开的。
袁世凯所办的学校同当时全国的学校一样，学制、编制、教学内容、组织形式等等都是从西方移置过来的。它与旧教育的根本区别在于新学校增设了许多新的课程，使近代科学技术、文化知识、社会学说开始在中国广泛传播，其进步性主要表现在这里。其他方面也比旧教育先进。由于它刚刚在中国植根和统治阶级的政治需要，自然仍具有浓厚的封建主义色彩，比如，给各种学堂毕业的学生以科名奖励；而修身、读经等课程，更是属于封建主义范畴。
袁世凯积极推广教育事业的指导思想是什么？1905年8月31日，他在《请立停科举推广学校并妥筹办法》的奏折中着重阐述了这个问题。奏折云：“近数年来，各国盼我维新，劝我变法，每疑我拘牵旧习，讥我首鼠两端，群怀不信之心，未改轻侮之意。……科举夙为外人诟病，学堂最为新政大端，一旦毅然决然舍其旧而新是谋，则风声所树，观听一倾，群且刮目相看，推诚相与。而中国士子之留学外洋者，亦知进身之路归重学堂一途，益将励志潜修，不为邪说浮言所惑，显收有用之才俊，隐戢不虞之诡谋。所关甚宏，收效甚巨。且设立学堂者，并非专为储才，乃以开通民智为主，使人人获有普及之教育，具有普通之智能，上知效忠于国，下知自谋其生也。……无地无学，无人不学，以此致富奚不富？以此图强奚不强？……广学育才，化民成俗，内定国是，外服强邻，转危为安，胥基于此。”概括起来不外三点：第一，普及教育可收改变列强观听，使其诚服，国家转危为安之效。第二，防止海外留学生“为邪说浮言所惑”，“隐戢不虞之诡谋”，即以兴学给进身之路为诱饵，防止留学生接受资产阶级革命学说，从事革命活动，推翻清王朝统治。第三，使受教育者忠于国家，做大清国的顺民，稳定清王朝统治。关于这一点，从同一奏折中提出的办学方法中也可以看出来。方法的首条即是“尊经学”；其次是“崇品行”，把品德作为一门课程，计入成绩总分，使学生“不至于越矩俪规”。各中学、师范学堂均设有伦理或修身课，“一切急激过新之学说、时论，概戒弗谭”，也是为了同一目的。后面的两点足以说明其教育宗旨的反动性与封建性。
然而，事物的发展往往走向倡导者主观意图的反面。袁世凯本想通过兴办教育挽救清王朝的灭亡，但新式学堂的教学内容和方法与传统的封建教育大相径庭。在民族危机空前加剧，清政府腐败透顶，资产阶级革命运动日益高涨，资产阶级的社会政治学说不断涌入的形势下，办学的动机与效果、目的和手段都产生了矛盾，“西用”对“中体”的催化作用强烈地表现出来。许多青年知识分子在开始摆脱传统教育的羁绊，迅速接受新的科学文化知识的同时，也接受了新思想的熏陶，知识结构、思想结构都发生了巨大变化。不少人或者投身于推翻清王朝的革命斗争，或者置身于各种爱国运动和立宪运动，加速了清王朝的崩溃瓦解。这一点是袁世凯始料未及的，当然也不能将功劳归功于他。然而无可否认的是，青年知识分子之所以能够接受新思想、新知识，提高政治觉悟，与袁世凯兴办学堂从而创造了必需的物质条件是分不开的。
总之，尽管袁世凯办学的宗旨是反动的，学校的封建主义气味也很浓厚，但废科举、兴学校，毕竟是中国教育制度史上的一件大事，中国教育落后状态的改变始基于此时，有其进步的一面，应当予以肯定。
结党排异
袁世凯热衷利禄，权迷心窍，自以为聪敏机智，有应付复杂环境、复杂事件的机谋手段，拼命扩军抓权，一心向上爬的劲头有增无减。但他也知道，官场不是那么容易混的，彼此倾轧，勾心斗角，明争暗夺，弄得不好，被人抓住把柄，或者失去“老佛爷”慈禧太后的欢心，说不定哪一天就有丢掉乌纱帽的危险。为了巩固并不断扩大自己的权位，预防种种不测，他费尽心机，耍弄了一些手腕。
首先是继续讨得慈禧太后的欢心。他深知慈禧太后极端专制独裁，操生杀予夺大权，取得她的支持，把她当做靠山，是绝对保险而必要的。所以对她极力奉承迎合，完全按照其意旨办事，并用搜刮的钱财大量上贡，想尽一切办法讨其喜欢。例如，慈禧太后由西安回京后，因宫内陈设被八国联军抢去或毁坏，有一次召见袁世凯时，叫他赶紧筹款置办物品。袁世凯一时难以筹齐，心中未免着急，于是邀请各级官员前来商议，提出要借他们的私人款项垫用，以后陆续归还。各官员非但不肯解囊，反而哭起穷来。袁世凯一见如此，暂时作罢。事后，他将天津蔚长厚票号的人找来，假称有大宗公款存入，骗得该票号的账簿，查知诸多官员的存款共有一百馀万两。于是叉把各官员请来，重提筹款问题。各官员仍说无钱。袁世凯指出他们有巨额储蓄，他们也不承认。于是袁世凯拿出账簿说：“吾固谓公等必无此造孽钱者，是必奸商假托公等名义也。”“既为人假冒，盍以是款入官！”乃不容置辩，派人提取出来。各官员犹如哑巴吃黄连，有苦说不出。就这样，他终于得到了一大笔款子。其后，他向慈禧太后贡献的银钱和物品更多。
其次，贿买奕劻作为奥援和傀儡。奕劻任总理外务部事务大臣时，在辛丑议和中使慈禧太后避免了祸首的名义，很受慈禧太后的信任和器重。1903年进入军机处，后成为领衔军机大臣；其子载振为商部尚书，父子俱贵，势焰熏天。其人以卖官鬻爵、贪赃枉法著称，无钱不要，无贿不收，毫无政治头脑。袁世凯投其所好，竭力孝敬。1903年荣禄卧病不起，京中传有奕劻将入军机的消息。袁世凯闻知，即派杨士琦送给奕劻十万两银票。杨士琦并告诉奕劻：“这些微数目，不过作为王爷到任时零用而已，以后还得特别报效。”后来奕劻进入军机处，成为领衔军机大臣，袁世凯越发殷勤，投靠攀附，月有月规，节有节规，年有年规，按时奉送。遇有奕劻及福晋（夫人）的生日，甚至其子成婚、格格（小姐）出嫁、孙子满月和周岁，“所需开支，都由世凯预先布置，不费王府一钱”，较之首府首县伺候督抚，皆有过之而无不及。他推举奕劻任练兵大臣，自己退居其下，也是想求得掩护、卵翼。他们之间的勾结越来越紧密，奕劻完全成为袁世凯的傀儡。
再次，为了探听内廷消息，奏对称旨，不出差错，他在太监身上也花了不少功夫和本钱。慈禧太后最宠信的总管太监李莲英，当然是格外巴结的第一个对象。对地位低的马宾廷，因其能在慈禧太后跟前说上几句话，他也不惜委屈自己，“折节下交”，与马宾廷拜了把子。即使无名太监，他亦拉拢备至，每次入觐，身上总带着十两以至数百两银票多张，随时审情度势，投送“门包”。故所获内廷消息往往迅捷可靠，这就使他能够及时见风转舵，逢凶化吉。
由于上述手段，加之他的权势尚未十分强大，所以在任直隶总督的前期，他在宦海中还算是比较顺利的。
1906年以后，情况就不同了。随着革命排满运动的日益扩大，立宪思潮的兴起，相当一部分满族亲贵疑忌心很重，对汉族官僚不甚信任。这时袁世凯已经训练完北洋六镇常备军，手握重兵，身兼多职，权倾朝野，党羽成群，达官显贵多其亲戚故旧，且处在帝都肘腋之下，尤其令人侧目。梁启超等人号称天津为“第二政府”，说北京政府诸人皆为其傀儡，也给满族亲贵以提示，把袁世凯看作一个危险人物，促使他们想削去袁世凯的权柄。许多汉族官员亦然。
1906年9月底，御史陈田参奏奕劻、袁世凯“贪横专擅”，指出奕劻接受山东巡抚杨士骧贿赂银十万两，系经袁世凯之手，因此奕劻甘为袁世凯之傀儡。此对排袁者又是一个刺激。
同年10月，在河南彰德举行了南北新军秋操大演习。参加会操的北军是由第一、四、五、六镇抽调的一个混成镇和一个混成协，段祺瑞为总统官。南军为湖北的第八镇和河南的第二十九混成协，张彪为总统官。袁世凯、铁良被派充阅兵大臣。通过演习，铁良、良弼看到北洋军的训练情况，疑惧心理陡增，排袁之心愈切。
同年11月6日，清廷发布厘定中央官制的上谕，军机处和原内阁均保留；外务部、吏部、学部均仍其旧；巡警部改为民政部；户部改为度支部，以财政处并人；礼部以太常、光禄、鸿胪三寺并人；刑部改为法部，专任司法；大理寺改为大理院，专掌审判；工部并入商部，改为农工商部；理藩院改为理藩部；兵部改为陆军部，以练兵处、太仆寺并入；增设邮传部，管理轮船、铁路、电线、邮政。
军机处的保留，使袁世凯大失所望；铁良任陆军部尚书和邮传部的增设，关系到他的军权和财权，同样使他不快。他本不愿交出权力，曾派杨士琦到京运动，但清政府强调专职专责，因而未能成功。袁世凯无奈，于11月18日同时上两个折片，其一称：“夙夜誓心，以身许国，每念主忧臣辱之义，时切鞠躬尽瘁之思”；“无如心虽有馀，力常不足。臣之才识不逾中人，臣之身体本甚赢弱，自近岁迭膺艰巨，精力益逊于前”。“不但此也，自古权势之所集，每易为指摘之所归”，“若重寄常加于臣身，则疑谤将腾于众口，使臣因此获贪权之名，臣心何以自明？”“现值改定官制，明诏所布，首以专责成为言。”“臣维欲专责成，必须先明权限”，请立即开去参预政务、会办练兵事务等八项兼差。极力表白自己不争权竞势，顾全大局，忠于朝廷。另一称：铁良已补授陆军部尚书，陆军第一镇本系京旗兵丁，应归陆军部管辖。第三镇驻扎保定和锦州，第五镇驻扎山东，第六镇驻扎北京近郊，现在未设军统，亦应归部直接管辖。可是他无意交出全部兵权，因此又说第二、四两镇防区在直隶境内，八国联军“尚未尽撤，大局尚未全定，直境幅员辽阔，控制、弹压须赖重兵”，请求仍归自己“统辖督练，以资策应”。显而易见，他之忍痛割爱，交出四镇兵权，辞去兼差，主要原因是朝廷不许兼职及其贪权引起了严重“疑谤”。
20日，批件下来，对其辞去兼差，清廷“着照所请”；对要求“统辖督练”第二、四两镇，清廷仅仅批道：“现在各军均应归陆军部统辖，所有第二、第四两镇，着暂由该督调遣训练。”并马上派第一镇统制、副都统凤山接统袁世凯交出的北洋四镇。这说明，慈禧太后也感到他的权势太重了，故支持削夺其权力。
北洋军是袁世凯的主要力量之所在，清廷此举，对他无疑是一个重大打击。他万分气恼，心情恶劣，以致抑郁生病。但他视权如命，争强好斗，不甘就此罢手，非但没有因此而有所收敛，消沉下去，反而产生更大的扩展权势的欲望。