至于参加兵谏的另外三位高级将领卢永祥、伍祥祯、潘矩楹，则态度更为保守。
最后，他们取得一致意见，起草政纲12条，由张绍曾领衔，四协统领签名，并盖了二十镇统制的关防，随后派员送京呈递。
但朝中要员看了奏折内容，谁也不敢代递。
后来，张绍曾幕僚中有个陈蔼亭，认识摄政王府的管事大太监，这才把奏折辗转呈到载沣手中。
当时，朝廷中对袁世凯出任内阁总理大臣一事，尚在犹豫之中，以载沣为首的皇族亲贵还不愿意做最后让步。二十镇兵谏一发生，反而迫使朝廷痛下决心了。
11月1日，就在兵谏发生的第三天，奕劻的皇族内阁便宣布集体辞职。
次日，朝廷下谕：根据张绍曾提出的“惟内阁一日不成立，即内乱一日不平息”等要求，已批准奕劻内阁辞职，“并另简袁世凯为内阁总理大臣，组织完全责任内阁”，云云。
这实际上是帮了袁世凯的大忙。
袁世凯闻谕后，又惊又喜，但对张绍曾来说，让袁世凯做总理大臣，与他的兵谏目的是背道而驰的。因此，他紧接着又发了一份通电指出：“临时政府必须要由国会制定宪法选举产生出来，朝廷封任的内阁总理大臣，不合于宪法。”
这份通电的矛头直接指向了袁世凯，袁世凯大为不快，他说：“一个小小的统制官，竟敢如此多事！”
紧接着，事态又有了进一步发展。
11月2日，朝廷为了稳住二十镇，特派第六镇统制吴禄贞前往滦州抚慰。
这个主张是良弼提出来的。他认为吴禄贞和张绍曾关系密切，而他与吴禄贞又是契友。
但是，良弼错了，他忽视了重要的一点，那就是吴禄贞是一个比张绍曾更为激进的革命主义者。
吴禄贞到达滦州后，不仅没有进行抚慰，反而再次鼓动张绍曾和自己联兵攻打北京。
一见张绍曾，吴就说：“你若能听从我的计划，联军进攻北京，此时早已推倒了清廷，偏要立宪有甚么用？现在虽然晚了一步，趁袁世凯任职不久，部署未定，全部的精神和整个兵力都用在征讨武汉之际，这是我们的好机会，你和秀豪（蓝天蔚字）、卢永祥三军日内出发，合力进攻北京。京里仅有禁卫军，不堪一击，其他部分军队都去南征，调不回来，北方可以不战而定。”
张绍曾说：“待我和统领们商量一下，看他们意思如何。”
他当即召集伍祥桢、潘矩楹密议，潘矩楹不以为然，会议无结果。
张绍曾尚在犹豫不决之际，潘矩楹却悄悄派人向袁世凯告了密。
袁世凯闻报。对北方局势更为担心。他知道，吴禄贞和张绍曾不同。后者虽是士官出身，但多年在老六镇供职，与北洋军人夙有交往，且非果决之人，尚易控制。而吴禄贞革命态度坚决，且性情急躁，敢做敢为。如果他的计划实现，北方局面将一发不可收拾。
袁世凯接到密告后，坐立不安，连声说：“吴禄贞一定要搞掉！一定要搞掉！”
接着，袁世凯授意军谘府发出两道命令：一是迅即把滦州铁路线上的火车尽数调进北京，断绝二十镇进军北京的运输工具；二是电令吴禄贞率保定所部开赴山西，镇压太原起义，从而把他从滦州调开。
吴禄贞当时尚在滦州，接到电报后，知道事机已被泄露，便赶紧和张绍曾商议，主张乘此机会联合晋军共同举事。
此时，山西已宣告独立，杀了巡抚陆钟琦，阎锡山就任了大都督。
张绍曾觉事已至此，也只好如此。
11月3日，吴禄贞赶到石家庄。第二天，便在娘子关正太铁路车站与阎锡山秘密会晤，商定组织燕晋联军，三路夹击北京。吴禄贞被推为联军大都督兼总司令。
随后，吴禄贞又在石家庄截留了南下的军火列车，并发表通电反对武力讨伐，对官兵占领汉口后的焚烧掠夺行径猛烈抨击，要求对荫昌等从严治罪。与此同时，燕晋联军也弓在弦上，准备于11月8日开始发动，会师丰台，直下北京。
形势一触即发。京津一带风声鹤唳，草木皆兵……
北方发生的事情使袁世凯严重关切和焦虑，当时朝廷已任命他为内阁总理大臣，并催他进京组阁，由于吴禄贞、张绍曾的威胁，他却迟迟不敢北上，这使他感到必须尽快解决北方的问题。
但是，要提兵北上，武力平“乱”，当时却是不现实的。
因为汉阳大战正在紧要关口，突然分兵北上，一是无兵可抽，二是将冒汉阳失败的风险。
所以，袁世凯与段祺瑞商量一番后，觉得还是攻心为上。
袁世凯对段祺瑞说：“芝泉，此事关系重大，我想信阳的事你暂时交代一下，去北京走一趟。好在那帮人中有不少是你的旧部，你去劝说他大概不成问题。”
段祺瑞去北京，只带了身边少数亲信幕僚。他曾先后公开或不公开地给参加兵谏的将领们，包括张绍曾本人去过电报，劝他们停止兵谏，服从袁世凯的调遣，率部南下。他还派人去东北，在自己的旧部中进行联络。
卢永祥首先转变了态度。他是段祺瑞的老部下，对段的才干和为人始终很佩服。他参加兵谏的目的本来就与张绍曾等不同，因此，段祺瑞的说服很快产生了效果。
当时，卢永祥代理第三镇统制。第三镇是当年徐世昌带去东北的一支北洋精锐部队，其人数、装备与二十镇不相上下，这对张绍曾形成了一个极大的威胁。
而二十镇内部也是矛盾重重，潜伏着种种危机。
高级将领中，除张绍曾外，掌兵的两位统领参加兵谏时就抱着投机的目的。在袁世凯、段祺瑞的压力下，伍祥桢开始退却了，而潘矩楹此时已被袁世凯所买。
袁世凯向潘许诺，兵谏平息后，将让他取代张绍曾出任二十镇统制。
这样一来，实际上张绍曾已经被他们架空了。
在镇里中下级军官中，此时也分裂成了两派。参谋长石星川、管带王金铭、施从云、冯玉祥等都是坚决主张革命，拥戴和支持张绍曾的，但“保皇派”的势力也很强大。
二十镇内部的情况当时就是如此复杂。大致而言，中上级军官中，尤其是那些握有兵权的，倾向革命者占少数。而且二十镇原本是在北洋老六镇的基础上扩编起来的，军官中北洋旧人占很大比例，其中还有相当一批人是段祺瑞的旧部和学生，段祺瑞到北京后对这批人无疑产生了很大的影响；一些正在观望的人思想上也发生了动摇。
张绍曾在这种情势下，实际上已经不能完全控制二十镇的所有部队了。
就在这时候，吴禄贞被刺的消息传来了。
吴禄贞被刺发生在石家庄。时间是公元1911年11月7日深夜。
那天晚上，吴禄贞率步兵第二十三标吴鸿昌部，马队第六标第三营马惠田部驻扎于石家庄，司令部设在车站票房内。其时，驻在石家庄的还有京旗第一镇第一标宫长贵部一一这支部队是朝廷临时拨给吴禄贞节制，用来讨伐宣布独立的山西晋军的。
11月7日这一天，吴禄贞十分忙碌，因为第二联军将要发动。直到夜里11点多钟，他还在司令部里布置军事和处理来往函电。
当时在办公室里的有秘书周维桢、参谋张世膺等。
忽然，门外传来了一阵嘈杂的脚步声。
当时，正好有位书记官进来送电报，吴禄贞阅后批字交还。
那位书记官从办公室出来，只见院周围布满了武装的兵士，三营长马惠田带着参谋夏文荣、队官吴云章、排长苗得林等四人直闯司令部的办公室。
马惠田的三营其时担任吴禄贞的卫队。吴禄贞平时对马惠田很信任，事变发生前，有人提醒吴禄贞说马惠田这人不可靠，应加以提防，但吴不以为然。
当看到马惠田突然带人闯进了司令部，吴禄贞不免一惊，在场的人也都愣住了。
吴禄贞厉声喝道：“谁让你们进来的？”
马惠田和身后的人满脸堆笑，一齐跪下：“听说大人升任山西巡抚，特此前来叩贺！”
吴禄贞还没来得及开口，马惠田这时已从衣服下拔出手枪。吴禄贞脸色陡变，紧接着马惠田的枪就响了。由于慌乱，咫尺之间竟然没有打中。
马惠田身后的人纷纷拔出枪。
吴禄贞见事不好，也拔枪在手，但来不及拉枪栓了，只好从窗户夺路外逃。
车站票房外有一个小院子，院墙并不高。吴禄贞冲到院内，跳上院墙，马惠田等人这时已从屋里追出，朝吴禄贞连连开枪。
吴禄贞腿部中弹跌下墙来。他忍痛还击，但此时伏兵四起，吴头部中弹，很快死于乱枪之下。
张世膺、周维桢也未能幸免。
枪声一响，石家庄驻军顿时炸了营，以为山西革命军前来偷袭，京旗一镇宫长贵部首先撤离。第六镇所属各部因为群龙无首，各自为阵，惊惶失措中胡乱放枪，折腾了一夜也纷纷退却。
凶手在混乱中乘机逃走，并割下了吴禄贞的首级。
事件发生后，朝野上下掀起了一场轩然大波。这种公然谋杀高级军官的做法，当时还实属罕见。许多人感到震惊和愤怒，纷纷表示谴责。
良弼下令悬赏缉凶。新任内阁总理大臣的袁世凯也着派段祺瑞负责查办。
11月8日，清廷还下了一道电谕，催报查办结果。
袁世凯派段祺瑞负责查办此事，从军阶和资历而言，固然无话可说。吴禄贞作为中将统制官，调查有关他的事件自然要由军阶更高一级的、有威望的军官来主持。而且，段祺瑞曾做过第六镇的统制，派他收拾该镇乱兵，也在情理之中。但私下里人们对此却揣测纷纷。
刺杀吴禄贞，当时最直接的线索牵涉到原第六镇的一个协统周符麟。
吴禄贞出任北洋第六镇统制是有一番周折的，虽经良弼极力举荐，但没有庆亲王奕劻的准允是不行的。吴急欲掌握兵权，以图革命之举，所以花了两万两银子贿通奕劻，才达到目的。
吴禄贞当上第六镇统制之后，为要制造一个清一色自己人的局面，便处心积虑想把所部的第十一协统领李纯和第十二协统领周符麟换掉，而以日本士官出身的心腹充任，遂先向染有鸦片嗜好的旧军官周符麟开刀。
他下“手谕”说周“嗜好甚深，行同寇盗，着即撤职……”
陆军部开始不同意，吴禄贞便到部里大吵大闹，并让人带信给陆军大臣荫昌，定要撤掉周符麟。
最后，周符麟终于被撤职了。但吴禄贞也因此得罪了荫昌和六镇中的北洋旧人，周符麟更是对他怀恨在心。
刺杀吴禄贞的马惠田，是周符麟的老部下，他是保定速成学堂毕业生，外号赛吕布，翻脸无情，唯利是图。
据说当时马惠田因嫖赌亏累，周符麟便用5万元买通了他。
周符麟杀害吴禄贞，虽然有着强烈的个人动机，不过，种种迹象也表明，吴禄贞事件绝不仅仅是一次报私仇。背后显然还有更大的政治背景。
首先，吴禄贞被刺，不早不晚恰恰发生在二十镇兵谏、吴去山西商讨组织联军之际，这本身就很可疑。
其次，像吴禄贞这样在军界有影响的高级军官，周符麟要杀他并非轻而易举之事；此外，马惠田等人敢动手，周符麟用钱收买固然是一个因素，但如果没有强硬的后台，他们也未必有此胆量。
清廷当时在这件事上受到不少猜疑，因为吴禄贞的计划直接威胁北京。二十镇兵谏后，载沣等一度打算“北狩热河”。吴禄贞在石家庄截留南下军火，并拍发了措辞强硬的电奏，使形势更为紧张。
但是，仔细思之，这种观点不可信。
当时，清廷当权各亲贵，在武昌起义的冲击下，早已慌作一团，形成朝不保夕的状态，连袁世凯的牢笼都不得不甘受，哪有处理吴禄贞的余裕。况且良弼又是吴的平生知己，如何能公然下手买人刺吴？
其实，在这件事上，袁世凯的嫌疑比清室更大。
在新建陆军中，吴禄贞和良弼一直是反对袁世凯的。袁不止一次说要杀吴禄贞，有时不明说，用右手作砍杀的手势。
袁世凯到孝感视事，吴禄贞又扣留了接济他的军火。袁听了这个消息，急得吐了两口血。因此，他决心除掉吴禄贞。
周符麟自被吴禄贞强行撤去十二协统领后，对吴怀有切齿之仇，时刻想着报复。
荫昌督师南下，周遂专车同往，常于喝醉酒之后掣其所佩之刀，恶毒咒骂吴。
袁世凯知道周符麟心狠手毒，可供利用，派人与之密商，令其下手。
周符麟接受袁世凯的密令，11月6日由前线赴石家庄，用5万元收买了骑兵第三营管带马惠田。
马与周系东北同乡，在军中时，来往较密，此时一拍即合，要了吴禄贞的命。
内阁总理大臣
11月8日，资政院开会，正式选举袁世凯为内阁总理大臣。
袁世凯此时心情特好，大权到手了，心腹之患也去了，便不再装模作样，把前方的军事交给亲信干将冯国璋、段祺瑞，带领大批卫队浩浩荡荡耀武扬威地北上，13日抵达北京。
第二天，隆裕太后和载沣召见了他，叫他不要辜负重托。
袁世凯听后，故作诚惶诚恐地说：“世凯拜此大命，膺此大任，日夜苦思，不知如何始能上安圣虑，下除民苦”。
最后，他表示要：“杀身成仁，以古圣贤之心为心”，“誓为清廷保全社稷”。
16日，袁世凯的责任内阁组成，各部人员如下：
外务部大臣梁敦彦（未到任前由胡惟德暂署），副大臣胡惟德（曹汝霖暂署）；
民政大臣赵秉钧，副大臣乌珍；
度支大臣严修（未到任前由绍英暂署），副大臣陈锦涛（辞不就）；
学务大臣唐景崇，副大臣杨度（辞不就）；
陆军大臣王士珍（未到任前由寿勋暂署），副大臣田文烈；
海军大臣萨镇冰（未到任前由潭学衡暂署），副大臣谭学衡；
司法大臣沈家本，副大臣梁启超（定成暂署）；
邮传大臣杨士琦，副大臣梁如浩（梁士治暂署）；
理藩大臣达寿，副大臣荣勋。
这些人基本上都是袁世凯的亲信党羽。
张骞、梁启超是立宪派首领，张此时已经赞成共和，主张清帝退位，坚辞不就，梁亦由于种种原因而固辞。
袁世凯为笼络人心，一再劝驾。
过去，他与梁启超不共戴天，曾骂梁是“密谋乱政”的罪魁祸首，还出卖过梁，挑唆慈禧予以严重打击。现在，为了利用梁启超，对他大吹特吹了。
袁世凯致函梁启超说：“十余年来，执事含忠吐谟，奔走海外，抱爱国之伟想，具觉世之苦心，每读所著文字，未尝不拊掌神往也。执事热心匡时，万流仰镜，现值国事羹沸之际，民生涂炭之秋，心不忍独善其身，高蹈远行，不思同舟之急难，坐视大厦之就倾。”继之，又致电梁启超说：“公抱天下之才，负天下望，简命既下，中外欢腾，务祈念神州之陆沉，悯生灵之涂炭，即日脂车北上，商定大计……”
但是，梁启超始终没有回国。
徐世昌这次没有入阁，但他由弼德院顾问大臣兼任了军谘大臣，后又被任为专司训练禁卫军大臣。清廷为了使他效忠，加其一个太保头衔，他表面上站在清室一边，暗中充当袁在清室的内线，仍然参与袁的机密。
袁世凯内阁不设协理大臣，但保留了前内阁阁丞华世奎的位置，且升阁丞官阶为正二品。
华是徐的同乡老友，一向以徐之马首是瞻，华任阁丞完全受徐指使。遇有重要公文，袁必在上面批“太保阅”三字，使华就商于徐，徐担负着实际上的协理大臣的责任。
就这样，袁世凯登上了内阁总理大臣的宝座，掌握了一切军政大权，大清朝廷被他架空了。他决心以自己的胆略和魄力，与革命党好好较量一番。