但是，25日蔡锷、唐继尧、任可澄、戴戡等人宣布云南独立、声罪致讨的通电又到了。略谓：“天祸中国，元首谋逆，蔑弃《约法》，背食誓言，拂逆舆情，自为帝制；卒召外侮，警告迭来，干涉之形既成，保护之局将定。……连日致电袁氏，劝戢野心，更要求惩治罪魁，以谢天下。……何图彼昏，曾不悔过，狡拒忠告，益煽逆谋。夫总统者，民国之总统也；凡百官守，皆民国之官守也。既为背叛民国之罪人，当然丧失元首之资格。尧等深受国恩，义不从贼，今已严拒伪命，奠定滇、黔诸地，为国婴守，并檄四方，声罪致讨……”
通电犹如霹雳一声春雷，震动了祖国大地上空。
讨伐袁世凯叛国称帝的号角首先从云南吹响，不是偶然的。云南地处边陲，北洋军势力尚未达到，军界和政界人士绝大多数一致反对帝制，在云南享有很高威望的蔡锷回去一发动，讨伐袁世凯的号角便吹响了。
自1913年10月以后，反对袁世凯专制独裁的原进步党人愈来愈多。帝制公开，袁世凯的反动面目暴露无遗，大多数进步党人目睹全国人民的愤怒情绪，深深忏悔过去一度同袁世凯合作的错误，与袁世凯彻底决裂，有的愤而辞职出京，有的南下与国民党人采取一致行动。
梁启超一向反对轻易使用暴力，总认为使用暴力会造成严重破坏，但民国以来的严酷现实，使他开始反省并觉悟了。在11月18日的《致籍亮侪、熊铁崖、陈幼苏、刘希陶书》中，他写道：“吾党夙昔持论，厌畏破坏，常欲维持现状，以图休养。以四年来试验之结果，此现状多维持一日，则元气多斫丧一分，吾辈掷此聪明才力，助人养痈，于心何安？于义何取？使长此无破坏犹可言也，此人则既耄矣，路易十四所谓朕死之后，洪水其来，鼎沸之局，既无可逃，所争早暮已耳。”他不但主张用暴力反袁，而且主张力争主动，首先树起反袁旗帜。同书中又说：“吾侪自命稳健派者，失败之迹，历历可指也。曾无尺寸根据之地，惟张空拳以代人呐喊，故无往而不为人所劫持，无时而不为人所利用。……当此普天同愤之时，我若不自树立，恐将有煽而用之、假以张义声者，我为牛后，何以自存！”他极力鼓动其学生蔡锷利用在云南的威望，返回云南进行反袁斗争。
蔡锷受梁启超影响很大，参加过进步党，和革命党人关系亦相当密切。进京以后，他发觉袁世凯父子图谋不轨，即谨慎地做着反袁的准备。筹安会出现的次日，他即前赴天津会晤梁启超，密商讨袁计划。蔡锷之反袁，除了赞成共和这一基本思想支配外，还有两个重要因素。其一是，从袁世凯动员二十多万兵力围剿自朗起义中，他看出袁世凯的兵力并不足恃，认为“云南一师，足够打败北洋十个师，就军事论，胜算决不属袁。以是信心十足，毅然回滇首义。”其二是，他看到袁世凯与段祺瑞、冯国璋之间存在着很大矛盾，北洋军已经开始解体，不可能动员全部北洋军主力用以镇压人民的反抗。
袁世凯对蔡锷曾多方加以笼络，任其为全国经界局督办、政治会议议员、参政院参政、将军府将军等职；但也防范甚周，派密探严加监视，授意军政执法处搜查其住宅。蔡锷为脱身计，率先签名赞成帝制，对袁世凯表示恭顺，经常到云吉班妓女小凤仙处冶游，伪装意态消沉，胸无大志；同时故意与夫人吵架，借夫妻反目把家属遣送出京。袁世凯见其整日陶醉在销金窟中，认为业已堕落，遂放松监视。11月，蔡锷适患喉疾，发音嘶哑，乃托词就医，入天津日本医院，与梁启超和前贵州巡按使戴戡进一步商订讨袁事宜。接着化装去日本，再转香港和越南海防人云南，12月19日安抵昆明。
蔡锷到昆明之前，云南的中级军官均怒火万丈，跃跃欲试，屡次向唐继尧陈说讨袁。而唐继尧总是顾虑重重，委决不下，直到蔡锷抵昆明前五天，接到蔡锷的亲笔信，方才最后下定决心。蔡锷到昆明后，连日同军政各界人物开会密议，唐继尧提出先礼后兵，亦被采纳。于是有了上述12月23日的通牒电和25日的独立讨袁电。
参加欧事研究会的一部分国民党人，在袁世凯称帝后陆续回国，也很注意云南，方声涛、李烈钧、熊克武、李根源、程潜等人均先后到达昆明，与当地人士商议讨袁问题。但他们的影响不如蔡锷大，故未能独立地举起讨袁斗争的大旗。
云南独立后，废除了将军、巡按使称号，推举唐继尧为都督，组织了中华民国护国军。护国军共有三个军，第一军出兵四川，为讨袁主力，总司令为蔡锷，参谋长为罗佩金。下辖三个梯团，第一梯团长刘云峰，第二梯团长赵又新，第三梯团长顾品珍。第二军出兵两广，相机进取湘、赣，总司令是李烈钧，参谋长为何国钧。梯团长有张开儒、方声涛等。第三军总司令由唐继尧兼，任留守，负责前线补给，策应一、二两军。
护国军成立后，男女老幼热泪盈眶，竞相悬旗结彩，热烈庆祝，爆竹声、高呼“中华民国万岁”的口号声彻夜不息，不绝于耳。“眼看金马腾空日，坐待黄龙痛饮时”；“立马华山推翻帝制，挥戈燕地拥护共和”等等激动人心的对联贴满了家家户户门口，上书“再造神州”的五色大旗，使人民欢声雷动，军队士气奋腾。退伍战士纷纷归队，广大青年踊跃入伍，学生组织起宣讲团，分赴各县巡回演说，商、绅各界亦慷慨陈词，积极赞助。整个昆明城沸腾起来了，谣言停息了，上涨的物价也立时稳定了。
云南独立，宣告了“民意”的破产，敲响了帝制的丧钟。袁世凯又惊又惧，又气又恨，急令政事堂、统率办事处、参政院通电予以驳斥。参政院罗列了蔡锷、唐继尧等人“搆中外之恶感”、“违背国民公意”和“诬蔑元首”三条“罪状”，呈请立予宣布，克日出兵讨伐。各省将军、巡按使、都统、巡阅使、护军使亦争先恐后表态，叫嚣“大张挞伐，歼除凶憝”。
奉天将军段芝贵电奏：“现在国体已定，奚能为一二叛徒所动摇？该逆等自绝于中国，即为中国之公敌”。“拟请俯准酌带队伍前赴滇省，早歼丑类，以伸天讨。”
河南将军赵倜电奏：“愿率所部，为国前驱，请提一旅之师，以征三苗之罪。”
湖南将军汤芗铭电奏：“小丑跳梁，不难灭此朝食。”
安徽将军倪嗣冲电奏：“唐继尧等重违民意，反复叵测，天兵一临，如汤沃雪。伏乞圣上赫然震怒，声罪致讨。”
他们同声请求袁世凯早日登极，“以安人心而维大局”。
12月29日，袁世凯下令将开武将军唐继尧、巡按使任可澄、蔡锷褫职，夺去本官和爵位、勋位、勋章，一并听候查办。同时下令加云南第一师师长张子贞将军衔，暂代督理云南军务；加第二师师长刘祖武少卿衔，代理巡按使，命其押解蔡锷、唐继尧等人到京治罪。这种用权位引诱部下背叛长官、挑拨离间的手段太愚蠢，以致被人一眼望穿，不能发生任何作用。张子贞、刘祖武当即通电各地，谓：“近接京电，有加子贞将军衔，暂代督理云南军务，暨加祖武少卿衔，代理云南巡按使之命，是欲恬以利也。子贞等出万死不顾一生之计，兴斯义举，纯系出于爱国之一片热诚，既非威所能胁，亦岂利所能动！”揭穿了袁世凯的鬼蜮伎俩。
12月31日，蔡锷、唐继尧等发布讨袁檄文，号召人民奋起剪除独夫，声明誓死拥护共和，使帝制永不发生，建设名实相符之立宪政治。
袁世凯不思悔改，谋求帝位愈急，于12月31日申令改元，以明年为“洪宪”元年。1916年元旦，他将总统府改称“新华宫”，对内称“中华帝国”，改用“洪宪”年号纪年，接受百官朝贺，做起皇帝来了。同日，大典筹备处发出通告，所有奏、咨和一切公牍，自本年1月1日起，一律署“洪宪”元年。
然而“洪宪”字样仅仅见于政府的文告和御用报上，人民并不买账，上海各报社仍然沿用中华民国纪年。袁世凯见有人公然抗“旨”，“龙”颜大怒，立命内务部、交通部以专政手段强制执行。两部向报社发出严重警告：“如再沿用民国五年，不奉中央政令，即照《报纸条例》，严行取缔，停止邮递。”各报为维持发行，只得将民国纪元改为公历纪元，但仍不用“洪宪”年号。内务部进一步压制，各报才在公历之下横排“洪宪元年”六号小字，聊为应付。
袁世凯有胆量压制国内人民，却无胆量压制外国洋人，政府的对外文件凡书写“洪宪”元年的均被退回。他无可奈何，只好仍用民国年号，以总统身份对外交涉。这样，便出现了帝国和民国并存，中国既非民国又非帝国，既是民国又是帝国的荒唐局面；袁世凯对内是皇帝，对外则是总统，也成了个既非总统又非皇帝，既是总统又是皇帝，非驴非马的怪物。故外国报纸称之为“皇帝总统”，予以辛辣讽刺。袁世凯的左右佞臣也感到对内对外所用年号不一，有失国家尊严，提出疑问。袁世凯说：“横竖外交上之文件，百姓们也瞧不见，只好糊里糊涂的干去。而且我是做的中国的皇帝，不是做外国君主，外人不承认洪宪国号，惟有变通办理罢了。”
一天，袁世凯发出两份文件，一对外，一对内。有人便撰一联曰：“两封书，真彀奇奇，一边标民国，一边标洪宪；四个字，我要问问，到底是总统，到底是皇帝。”人民对他的憎恶已达到极点。
袁世凯称帝不仅得不到全国人民承认，而且连他的弟弟袁世彤和妹妹张袁氏（张树声儿媳）也因其称帝而与之断绝关系。他们“同署名遍登京津各报曰：‘袁氏世凯，与予二人完全消灭兄弟姊妹关系。将来帝制告成，功名富贵，概不与我弟、妹二人相干；帝制失败，一切罪案，我弟、妹二人亦毫不负究。特此声明。云云。袁世凯闻之大为懊恼，然亦莫可如何也”。
可是，袁世凯舍不得丢掉皇冠，自信有把握能将护国军消灭，仍然一意孤行。为了偿其大欲，他一面开展争取日本的工作，一面加紧了对内镇压。
上年10月，袁世凯曾决定以驻日公使陆宗舆为庆贺专使，参加日皇加冕典礼；此时又派农工商总长周自齐为赴日贺礼赠勋特使，名义上是将和大总统同等的大勋章赠与日皇，实际上暗去送礼，乞求日本赞助帝制。为示郑重，袁世凯还加给周自齐“上卿”衔，提高其身份。
1916年1月5日，袁世凯张牙舞爪地下了一道申令，说蔡锷“纠合乱党，潜赴云南，诱胁该省长官及一部分军人谋叛国家，破坏统一”，“丧心病狂”，“好乱性成”，特着邻近云南各省将军、巡按使对护国军一体严筹防剿，毋稍疏忽，并命虎威将军曹锟督率各师扼要进扎，听候调用。曹锟统率的部队兵分两路：一路进军四川，迎击进入川境的护国军，总司令是第七师师长张敬尧，兵力有第七师、第三师和第八师一旅，此为正面进攻的主力。一路进军湘西，从侧面反击，总司令是第六师师长兼帮办江西军务马继增，兵力有第六师、唐天喜的混成旅、二十师之一部和安徽的安武军。
同日，袁世凯又申令各省长官晓谕人民，说：“蔡锷之流权利熏心，造谣煽乱，非不知人民之状况，时局之艰危，但思侥幸一逞，偿其大欲，即涂炭生灵，倾覆祖国，亦所不顾。”为避免“贻祸全国”起见，他“惟有执法从事，以谢国民”。声明他对护国军进剿是“理所当然”的、“正义”的，叫人民不要附“逆”。还无耻地自我吹嘘说：“天生民而立之君，使司牧之。以藐藐之躬，举数万万人之生命财产，赖一人以保护之；举数万万人之知识能力，赖一人以发育之。昔人所谓夙兴以求、夜寐以思者，责任何等重大！”他把自己打扮成了“救世主”！仿佛没有他的“保护”，中国就会成为强盗世界；没有他的“发育”，人民就要回复到野蛮时代。因此，人民是不能反对他的。袁世凯还说：“予昔养疴洹上，无心问世，不幸全国崩解，环球震动，遂毅然以救国救民为己任。支持四载，困苦备尝，真不知尊位之有何乐！无如国民仰望甚切，责备甚严，同为国民，敢自暇逸？责任所在，尽力以为，不惜一身，只知爱国。皇天后土，实鉴此心！明知暴乱之众、狂妄之徒断不可以谋国，然果使中有杰出之才，可以治国保民，为人民所信仰，极愿听其为之，予得释此艰巨之仔肩，讵非幸事！然能安大局，环顾何人？为智愚所共见。”看，他又成了大慈大悲、救苦救难的活“菩萨”！他一生“以救国救民为己任”，“不惜一身”，毫无自私自利之心，是一个纯洁高尚无比的人。因此，人民又是不应该反他的。无耻地自我吹嘘，不过是为了维护既得利益和反动统治，是手中缺少真理、政治极度虚弱的表现，袁世凯的末日为期不远了。
袁世凯为防止云南起义发生连锁反应，1月7日，又命令各省将军简拔精锐，听候调动，并对驻防地面务须严密戒备。各军阀奉“旨”后，一面复电报告“乱党”无隙可乘，无论何时，决不致有重大变端发生；一面派出大批如狼似虎的警察、密探，大肆进行搜查。如“屠夫”汤芗铭统治的湖南长沙，“侦察逐家逐户，进行清查‘乱党’，翻箱倒箧，老百姓人人自危，不可终日。”安徽、奉天等省，还对旅客“实行裸体检查，虽妇女亦不予稍懈”。袁世凯尤其害怕反对者潜人北京城，下令说：“戴戡、任可澄曾为政客，颇有党徒”，“京师为首善之区，难保无此项党徒潜藏煽诱”。“着京师警察厅、步军统领衙门遵饬所属，遇有此等匪徒”，“无论何人，均按军法惩处，勿稍姑息，贻害地方！”在其指令下，北京成了一个恐怖世界，东、西两个车站和城内布满了便衣侦探，遇有形迹可疑之人，即加拘留审讯；人们谈及云南问题，往往招致横祸，被拘被捕者无日无之，大有谈滇色变、偶语弃市之势。
1月18日，在“新华宫”发现了炸弹，这件谋杀案是袁乃宽之子袁英（字不同）干的。此人反袁思想比较坚决，只是有些荒唐。1915年11月，程潜在上海问他帝制进行情况时，他曾说：“一般走狗，不顾百姓死活，疯狂地忙着筹备大典，已定明年元旦唱《大登殿》。我情急万分，希望有人起义讨逆，我也可以从中做点小玩意儿给大家看看。”“新华宫”埋放炸弹就是他搞的一点小玩意儿。后来他致书张作霖，约期举事，被逮捕。案发之后，袁世凯益发觉得草木皆兵，从此加强警戒和稽查，搞得神鬼不安，鸡犬不宁。
袁世凯在外交和军事两方面，均碰得头破血流。
开始，日本政府对袁世凯派赠勋特使表示欢迎，准备以亲王之礼予以接待。外交部和陆宗舆商定了周自齐的行期和路线，预定1月24日抵达东京。1月14日，日本公使日置益在使馆设宴，热情为周自齐饯行。次日，日本使馆突以电话通知外交部：接政府急电，请周大使暂缓赴日。
16日，陆宗舆电告：“今晨各报纷载，日政府已辞退中国特使，其要旨谓：中政府扬言，俟周使归国，实行帝政，颇启列国猜疑。中国南方亦有卖国使节之目，日政府甚深迷惑。二谓：将废弃之共和国勋章，未便再赠日皇。”其实拒绝的真正原因是袁世凯和日本所订密约的泄露。自周自齐赴日的消息传出后，各国均认为其中必有缘故，千方百计刺探。某国使馆终于收买了内卫长勾克明，从袁世凯处将密件弄到手，交报纸披露。英、美、法、俄等国齐向日本质问，搞得日本十分被动。日本以所订密约秘密泄露，遂拒绝周自齐出使日本。日本拒绝特使，表明袁世凯最后哀求列强支持帝制遭到彻底的失败。袁世凯经此打击，威望扫地无馀。