岂但如此。1月21日陆宗舆从东京发回两份电报，一为日本政府正式告知：“原来贵政府欲改帝制，本系保证无乱。今明明云南有乱，竟于此时断行帝制，无视友邦劝告，则中政府之责任甚大，日政府当然不能承认。”二为日本政府决定，“当再严词警告中政府延缓帝制，如不听，则出自由行动，派兵驻中国要地。一面认云南为交战团体，一面宣告中国现政府妨害东亚和平。”袁世凯阅后惊得目瞪口呆，魂飞魄散，立即命外交部密告驻京各国公使：“现因戡平滇乱，政务殷繁，元首不肯正位。二月初旬登极之期，现已作罢。”但对国内，则秘而不宣。
袁世凯在中南海丰泽园组织了一个临时征滇事务处，负责征剿护国军事宜。由于内政外交一把抓，家庭出现的纷争需要亲自处理，他忙得不可开交。
家庭的纷争首先表现在“立太子”问题上。长子袁克定系嫡出，按照封建宗法制度中所谓“立嫡立长”的传统观念，“太子”无疑应该是他的。故他最热衷于鼓吹帝制，并以“嗣皇帝”自居，私自镌刻了“大皇子印”。其把兄弟杨士琦以及杨度、沈云霈、薛大可等人经常在袁世凯面前为其吹嘘，争地位。他平素最孝顺父母，袁世凯对之印象颇好，时常让他代表自己与各方面联系。虽则如此，但袁世凯因他在彰德车站骑马时摔坏了一条腿，左手受了伤，手心无厚皮（经常戴一只手套），说他“六根不全”，难以“君临万民”。次子袁克文是三姨太太的长子，又过继给大姨太太而为其所溺爱。他不大过问政治，但人很聪明，有才气，袁世凯常夸他“有天才”。五子袁克权是二姨太太的长子，人较诚恳，学问亦可，袁世凯同样喜欢。因此，袁世凯曾露出口风，要在袁克文和袁克权之中择一立为“太子”；他们二人的“皇子服”上的金花，与其馀“皇子服”亦有区别。不过，袁世凯对袁克文特别偏爱，所以袁克文当立的呼声在家庭中最高。袁克定闻知，大动肝火，扬言说：“如果大爷（只有他称其父曰‘大爷’，原因不明）要立二弟，我就把二弟杀了！”此言一出，整个“新华宫”内人心惶惶，担心家中要闹“血滴子”。二姨太太想当“皇太后”，当然希望立袁克权。最得宠的五姨太太也不甘心，时时在袁世凯面前嘀嘀咕咕，大吹枕边风，要求立其长子——袁世凯的六子袁克桓为“太子”。
“太子”之争，使袁世凯极为恼火。更使他恼火的是伪造日本人所办中文报纸《顺天时报》的被揭穿。他从三女儿那里听说后，把袁克定找来，袁克定承认是自己捣的鬼，跪在地下求饶。袁世凯气愤已极，用皮鞭把袁克定打了一顿，一边打，一边骂“欺父误国”！从此，他看见袁克定就生气，同时也感到帝制前途黯淡渺茫了。
其次是“妃”、“嫔”之争。袁世凯承认帝位，其妻妾都很赞成，元配于氏最为高兴，因为她就是当然的“正宫娘娘”。可是在姨太太中间，由于袁世凯的封诰有别，引起几位的不满。袁世凯曾口头封过：大、二、三、五姨太太均为“妃”，六、八、九姨太太均为“嫔”。为“嫔”者感到太不平等，一致向袁世凯提出，要求封“妃”，否则便带着孩子回彰德，而且说起来呶呶不休。袁世凯烦恼万分，长叹一口气，说：“你们别闹啦，你们都要回彰德，等着送我的灵柩一块儿回去吧！”
这种内外交攻，搞得袁世凯心力交瘁。他很想找一个大将主持征滇工作，代分其劳。但请段祺瑞请不动，请冯国璋请不来。段祺瑞的借口是“宿疾未愈”。冯国璋惧怕调虎离山。黎元洪和他的关系已经僵化，和进步党人有密切关系，越发请不得。无奈何，征滇的重担还得自己拼着老命挑起来。
蔡锷的第一军不足六千人，1915年12月下旬，第一、第二两梯团先后出发。第一梯团刘云峰部为西路，出云南的昭通、盐津，准备夺取川南重镇叙府。第二梯团赵又新部为东路，向贵州毕节前进，到达后看形势再决进止。第三梯团顾品珍部为后续部队。当护国军进入川境作战时，曹锟的援川军尚未到达，与护国军对垒的是四川将军陈宦统率的北洋军伍祥祯、李炳之、冯玉祥三个混成旅和川军周骏、刘存厚两个师及巡防军。
1916年1月16日，第一梯团进入川境，在燕子坡战胜袁军。次日，进至黄果铺，打得伍祥祯旅丢盔弃甲，狼狈窜逃。其后占领安边，进驻叙府。
云南宣布独立时，蔡锷、唐继尧曾电请贵州护军使、督理军务衔刘显世采取一致行动。但刘显世迟疑不决，直至戴戡率领滇军一营进抵贵阳，袁世凯把军饷三十万元汇到后，他才迫于众议，于1月27日宣布贵州独立。贵州的独立，在政治上扩大了云南起义的影响，在军事上则增强了反袁力量。
外交和军事上的失败，影响到政府内部的一些人物。都肃政史庄蕴宽建议取消洪宪年号，裁撤大典筹备处，停止参政院开会。建议的实质是取消帝制。袁世凯拒绝接受。
内史夏寿田给袁世凯献策，叫他仿照英王兼五个附属国大皇帝的例子，以大总统身份兼满蒙大皇帝，借此下台。袁世凯起初觉得很动听，旋又改变主意。袁克定反对尤为激烈。杨度赶紧警告夏寿田，夏寿田从此不敢乱发议论。
1月25日，袁世凯再次申令进剿护国军，急令陈宦夺回叙府。1月28日袁军开始反攻，双方战于宗场。激战至第四天，袁军腹背受击，顿时陷于混乱，争相奔逃，被击毙、击伤和堕岩而死者不计其数。袁军第一次夺取叙府的企图被挫败。31日，冯玉祥的混成旅从南溪反扑过来，与护国军一营在白沙场遭遇，被打得落荒而逃。袁军第二次夺取叙府的企图又告失败。时隔不久，袁军又从犍为和屏山两路进攻，护国军先将巡防军一路乌合之众驱逐远遁，继之集中兵力迎击另一路来犯之敌。经过牛石坪一场激战，敌人又被击溃。从1月末到2月底，整整一个月，袁军四次夺取叙府的企图被全部粉碎。
东路第二梯团到达贵州毕节后转向北进，于2月1日占领四川纳溪。袁军方面的防守部队是川军刘存厚师和张敬尧的援川军先遣队，刘存厚师辖有雷飙和熊祥生两旅。刘存厚、雷飙二人同蔡锷关系非常密切，云南宣布独立前夕，蔡锷曾分别致电雷飙、刘存厚，将起义讨袁和军事计划先行告知，请其速做准备。护国军进抵纳溪后，刘存厚遂宣布独立，率雷飙旅向附袁的熊祥生旅进攻，占领益田坝、月亮岩，与泸州隔江对峙。不久，张敬尧的第七师全部赶到泸州，护国军方面赵又新、罗佩金和顾品珍率部亦先后到达纳溪。战争至此转激，袁军始终未能突破护国军防线。后来曹锟的第三师和李长泰的第八师分别到达重庆、合江两地，蔡锷即亲临前线指挥。双方鏖战多日，袁世凯虽然特封熊祥生二等男，李炳之、吴佩孚三等男，进行打气，亦未能稍扭战局，战事陷入相持状态。经过多次战役，张敬尧的第七师伤亡惨重，第三师的吴佩孚旅被杀得尸横遍野，致使新到的第八师闻风丧胆。
戴戡于贵州独立后率领滇黔护国军由遵义向四川綦江出发，开辟了第二战线。蔡锷遂将护国军分为左右两翼，以戴戡为右翼总司令，自兼左翼总司令，不久以罗佩金代之。戴戡又命王文华率部进人湘西，开辟了第三战线。在第二战线上，护国军1月31日占领永宁，2月14日攻占綦江。在第三战线上，护国军2月5日占领晃县，后又占领麻阳、芷江，所战皆捷。袁世凯急忙于2月7日和14日分别下令，命汤芗铭、马继增调拨军队，分途进剿湘西护国军，着各路军队一体进剿贵州，拿办刘显世。
与护国军进军的同时，革命党人在其他地方广泛开展起武装斗争。1月6日，广东中华革命军在淡水等地起义，进攻惠州，占领平山。2月8日，居正、许崇智率领中华革命军东北军在山东起义，一周内连克乐昌、高密、益都、安丘、昌邑和寿光六座县城。2月9日，朱执信率部进攻广州。
袁军在川南、湘西的败北，革命党人在其他地方的突起，再加上五国又提出口头警告，迫使袁世凯不得不重新考虑帝制的命运。正在这时，其政治顾问莫理循呈上一份备忘录。
帝制活动开始，莫理循就认为袁世凯“是不智的，而且做的不是时候，还可能把中国卷进严重国际纠纷之中”。1916年，他遵照袁世凯的愿望，访问了汉口、南京、上海和沿江等地，会见了中外人士，2月7日回京。袁世凯召见了他，紧接着他就写了一份备忘录呈上。
这份备忘录直言不讳地说：“我遇到的每个人，一谈起这个问题，都十分痛惜中国目前的局势，并强烈非难那个酿成目前动乱的帝制政策。我遇到的每个忠于中国利益的人，谈到阁下的政府，不顾一切逆耳忠言，强制推行那项使国家陷入混乱境地的行动时，无不气愤填膺。”在具体列举了许多令人“气愤填膺”的事实后，他又写道：“在中国的每个人，久已知道那些来自各省吁请阁下登极的函电，即使不是全部，也大部系由北京的一小撮顾问准备好，发交各省，再发回北京的”。“外国报刊发表的各省通讯，向全世界暴露了运动的虚妄。向全世界宣告，因为尊重人民的一致愿望而重建帝制，是有损阁下美名和声望的一桩笑柄”。“1月14日，阁下似乎听信人言，以为云南叛乱二十天内可以镇压下去。武力可以镇压，但引起叛乱的情绪，武力却镇压不下去。这种情绪得到中国大部分人民，甚至北京消息最灵通的官员们的同情，即使不是得到支持的话。我所能够取得的一切消息，使我深信阁下所听到的报告不是正确的。您的顾问把这一运动的重要性贬到最低度。国家正处于严重危难之中。扭转险境的惟一途径，只有明白宣示放弃复辟帝制。待目前战争告一结束，确实查知民意之后，立即建立宪政议会，召开国会，并组成由一位认真负责的人担任总理的责任内阁。”
袁世凯看过以后，深感人心已去，帝制将成泡影；但却极不甘心放弃，又征求其他顾问和帝制派官僚的意见。其他顾问都主张采取比较间接的行动，首先试试延期的办法。梁士诒等人也竭力主张这么办。此策似乎可以少丢一点面子，正符合袁世凯的心意，一直拖到2月23日，他才装作一副悲天悯人的样子，公开宣布：“现值滇、黔倡乱，惊扰闾阎，湘西、川南一带，因寇至而荡析离居者，耳不忍闻，痛念吾民，难安寝馈。加以奸人造言，无奇不有。以予救民救国之初心，转资争利争权之借口，遽正大位，何以自安？予意已决，必须从缓办理。凡我爱国之官吏士庶，当能相谅。此后凡有吁请早正大位各文电，均不许呈递，将此通谕知之。”接着又通知各国公使，宣称云南事未平定以前，决不登极。
袁世凯被迫暂时延缓帝制，目的是观察一下形势，一旦形势好转，仍要继续实行。因此，当3月4日徐世昌来信劝其取消帝制，警告其“及今尚可转圜，失此将无馀地”时，他没有接受。问题的关键在于能否把护国军一举击败。
四川前线的战争一度出现了有利于袁世凯的局面，但它不是袁军奋战的结果，而是护国军自身的困难造成的。护国军出发时弹药配备不多，只发了两个月的军饷。战至2月下旬，弹药基本消耗净尽，兵员有减无增，战斗日以继夜，士兵风餐露宿，衣服褴楼，身体疲惫不堪，战斗力日益减弱。起义归来之刘存厚师，根本起不到协同作战的作用。加以援军未到，补给无望，蔡锷决定东路军从纳溪后退一程，进行休整。东路退出纳溪以前，西路护国军退出了叙府，戴戡亦将右翼军从綦江撤回。袁军不费一枪一弹收复了纳溪、叙府、綦江一带。
袁世凯接到冯玉祥部收复叙府的电报时，高兴得手舞足蹈，马上于3月7日申令嘉奖，破格赐予冯玉祥三等男爵。得到收复纳溪的消息之后，他认为“大股悍寇亦经溃败，当不难指日荡平”，兴奋得几乎发狂，立即晋升张敬尧勋三位，加上将衔；旅长熊祥生、吴佩孚、吴新田均升授中将；团长刘湘获得了勋五位和少将衔。
湘西的情况也使袁世凯精神大为焕发。开始袁军十分不利，护国军连下麻阳、芷江等地。第一路司令官马继增正督兵进剿，不料唐天喜被护国军收买倒戈，从背后袭击，全师溃乱。马继增病气交加，2月26日暴死于辰溪。周文炳接任第六师师长后，督队反攻，护国军退出湘西。袁世凯当即授予周文炳中将，给予二等文虎章。
袁军的捷报，从桂西、滇东也传到了北京，龙觐光率领的征滇军3月2日占领云南要塞剥隘。龙觐光是云南蒙自县的土司，与广西将军陆荣廷为儿女亲家，其子龙运乾是陆荣廷的女婿。袁世凯为迅速消灭护国军，1月间征求陆荣廷的意见，拟派北洋军假道广西攻滇，陆荣廷以军民反对为词予以拒绝。袁世凯叫陆荣廷派兵征滇，陆荣廷又以饷械两绌婉辞。袁世凯不得已，乃令署广东巡按使龙觐光组织征滇军，经广西进攻云南。陆荣廷不好再拒绝，只得许诺。龙觐光部一度进入云南的文山和广南之间，遭到李烈钧的第二军迎头痛击，又退回广西。广东巡按使张鸣岐回任，2月8日，袁世凯任命龙觐光为临武将军、云南查办使，专事攻滇。龙觐光一面命另一子龙体乾回云南蒙自、个旧、建水，勾结土匪和封建势力起而暴动，作为内应；一面命团长李文富进攻，李文富部即占领剥隘。袁世凯为此通令嘉奖了龙觐光、李文富，并授李文富勋四位。
袁世凯政府的财政本来很困难，经常靠借外债过日子。梁士诒等千方百计搜刮的钱财，在筹备帝制期间耗去大部。云南起义后，军队的开拔和兵站、粮台等等的设置，几乎把馀款用尽。财政部要各省解款，以应中央急需。有些省根本不答复；有些省说无款可解；还有的省不但不给，反而以地方危机为由，向中央要款。袁世凯焦急异常，派周学熙和王士珍前往天津，向商务总会请求挪用救国储金，并向盐商商借巨款，一无所获。于是又滥发纸币，结果造成通货膨胀，严重影响人民生活，招致一片怒骂。袁世凯罗掘俱穷，只好从“节流”方面打主意，精简机关人员，降低在职人员薪俸，搞得失业官吏怨气冲天，在职官吏叫苦连天。
而对前线拿枪的军队就不同了。为了鼓舞其士气，叫他们卖命，保住自己平安地登上皇帝宝座，袁世凯公布了《颁爵条例》，规定了世爵世职岁俸，奉特令“世袭罔替”的还可以子子孙孙承袭不绝。对有功的人加官进爵，男爵的加封子爵，少将的晋升中将，旅长的提拔师长，滥发勋章，用名位、利禄引诱。并想尽一切办法采买大批物资，送往前线慰劳犒赏。
为了笼络人心，袁世凯申令派熊希龄为湘西宣抚使，曾鉴为川南宣抚使，前去宣布“德意”。自己拿出两万银元，让财政部拨发十万银元，作为抚恤之用。继之，又下令蠲免了两省有战事各县本年应征的钱粮。
看到三路军事得手，护国军大有“一触即溃”之势，袁世凯认为时来运转，兴奋无比。
但他高兴得太早了。3月15日，陆荣廷在柳州改称广西都督兼两广护国军总司令，通电宣布广西独立；紧接着，龙觐光和龙运乾便做了陆荣廷之子陆裕光的俘虏，其编组的乱七八糟的军队被全部缴械，龙体乾在云南策动的暴乱也被滇军镇压下去。