端木蕻良离开军队的另一个主要原因是他决定要重返学校去学习。1932年的秋天，通过入学考试，端木蕻良同时被当时北平的燕京大学物理系和清华大学历史系录取。在这两所同样是名列前茅的大学之间，对端木蕻良来说，人文学科的吸引力显然要比理工科的大得多，他毫不犹豫地选择了清华大学的历史系。
端木蕻良在离开“南开中学”之前，就曾设定了自己的志向。他说：“我们那时是中学生，小孩子，但我们也要冲出教室，也要抗日……在教室里不解决问题。”然而既然如此，为什么他的戎装生活仅仅持续了短短几个月就结束了呢？后来端木蕻良这样解释：“在孙殿英尚未决定往西开之前，我便回北平了，想念完大学的课程。”端木蕻良的解释确实有一定的理由，不过，这也和他本身的个性是分不开的。端木蕻良原本就是一个颇具有反叛精神的人，在他待人处世的过程中，常常不自觉地流露出一种无关心、我行我素、游离度外的浪荡，这种浪荡也可以解释成为是他从父亲那儿继承下来的贵族气质。这种气质确定了端木蕻良不可能长期在军队里服从严格的纪律，更不可能在马背上颠簸一辈子。因此，当时端木蕻良离开军队回到学校的举动是相当理智的，也是非常聪明的。这一举动为端木蕻良后来进入文化圈，成为一个作家，铺垫了道路。
1932年，二十岁的端木蕻良跨进了清华大学的校门。虽然他是历史系的学生，但同时又到英国文学系选修英文，和柳亚子的女儿同学。课余的时间里，他便有心“留意圆明园的废墟，故宫的文物史料，接触熟悉掌故的园户和老太监”。显然，这种课余爱好为他晚年撰写《曹雪芹》打下了基础。
在1932年发生的两件事对端木蕻良来说是至关重要的。第一件事是：当年的冬天，12月19日，《清华周刊》第38卷12期发表了端木蕻良的第一篇小说《母亲》，虽然在这以前，端木蕻良的处女作，短篇小说《水生》发表在南开中学的《新人》杂志上了，但《新人》毕竟只是端木蕻良和他的朋友自创自编的中学生期刊，相比之下《清华周刊》要正规多了。尽管小说《母亲》的发表并没有引起众人的注意，但从中却可以看到，端木蕻良的整个创作小说的过程，实际上是从他的家庭历史描写开始的。后来这篇小说又被端木蕻良搬入他的长篇小说《科尔沁旗草原》，变成其中的一个章节。
第二件事是：这一年端木蕻良参加了北方“左联”。“左联”——“中国左翼作家联盟”成立于1930年3月2日，实际上是由中国共产党发起并领导的以文学为掩饰的政治团体。理论纲领宣布：“我们的艺术不能不呈献给‘胜利不然就死’的血腥的斗争。艺术如果以人类悲喜哀乐为内容，我们的艺术不能不以无产阶级在这黑暗的阶级社会之《中世纪》里面所感觉的感情为内容……”端木蕻良在繁忙的学业和创作的缝隙当中，非常热衷于“左联”在北平的各种活动。这充分说明了端木蕻良虽然最终没有成为一个职业的革命家，但是在他脱下军装以后，对政治的兴趣仍旧在延续。他曾用“黄叶”这个笔名在清华大学设一信箱，以便收到法国、苏联、世界语学会等进步的文学活动消息。同时，又与冯厚生等编辑了小报《四万万报》，后来冯厚生被捕，该报停刊。可以看得出来，这时的端木蕻良踟蹰徘徊在政治和文学的两条道路之间，何去何从？对年轻的端木蕻良来说实在成了一个棘手的选择。
1933年4月，端木蕻良参加了李大钊公祭。四十六年以后端木蕻良回忆了当时的情景，他说：“我站在一块石头上，对着老乡和工友们说话，……这时，警官要我从石头上下来。我没理他。他命令八个拿盒子炮的警察，四个对着我的前心，四个对着我的后心……”可见在端木蕻良政治热情高涨的时候，是相当勇敢无畏的。到了6月间端木蕻良又和方殷、臧云远等一同编辑了北方“左联”的《科学新闻》周刊。《科学新闻》周刊的内容多为政治文化，除了刊登有关国内的消息之外，也有苏联、法国、日本的政治文化动态。在6月24日的《科学新闻》创刊号上，端木蕻良就以“螺旋”署名，发表了题为《开展动向和联系的中区》的发刊词。这以后，端木蕻良常常在《科学新闻》周刊上利用各种笔名发表政论性的文章，例如《打击“左联”右倾机会主义分子》、《批判上海诗歌的路线》、《〈文艺杂志〉简评》、《反对斗争中的文学的活动》等。这段时间里，端木蕻良完全卷入到政治活动中，他自己也说：“我的长篇不能在那个时候写出来，最大的原因，是因为我曾经参加了一种活动，这种活动把我的兴味引到政治方面去。我有一个时候，很鄙视文学，觉得太没有用处，太兜圈子，对社会起不了决定作用。心中鄙视她。”当时每出版一期《科学新闻》，端木蕻良都会及时地把这份通讯性质的周刊寄给鲁迅，希望得到鲁迅的注意。也就是从这个时候开始，端木蕻良给鲁迅写信。
端木蕻良当年的同学，现代派“九叶”诗人辛笛夫妇后来回忆说：应该说端木蕻良和他们“是南开的同学也是清华的同学”。可是在学生时代，他们“和端木蕻良并无交往。一直到端木蕻良成名以后，才听说他就是当年南开的曹京平”。辛笛夫妇还记得那个“从东北来的曹京平，会写诗，会写写小文章，有些才气”，但和他们“不是一路人。因为曹京平这个人不太安分，不肯用功读书，而是喜欢出风头，走‘偏道’，常常参加‘闹学潮’。总之，在我们这种读书人眼睛里这是一个聪明有余，用功不到家的人。‘九一八’以后，大家对东北同学都比较同情，但是曹京平没有读完中学就离开了”。而在清华大学里，辛笛夫妇实在是“想不起来和曹京平同过学”。于是他们认为“也许端木蕻良是和‘九一八’以后的一批东北学生在开学以后一个月才入校的，也许是因为当时清华的活跃分子太多了”，因此辛笛夫妇不知道曹京平当时也在清华，更何况端木蕻良在清华的时间是相当短暂的。几十年以后，到了1981年，辛笛作为中国代表前往加拿大参加国际诗会，那时候出国参加国际会议算是一件很了不得的事。临行前的一天，辛笛突然看到北京的报纸上刊登了一首端木蕻良赠给他的诗，诗的大意是欢送辛笛前往加拿大。这倒让辛笛感到十分不好意思，立即也回赠了老同学一首诗，发表在香港的报刊上。从那以后，这两位几十年前的老同学才开始有些交往。但是有一点让辛笛夫妇一直到现在还百思而不得其解：那就是在他们的印象里，“学生时代的曹京平思想偏激，是政治活跃分子，不是做学问的人。怎么在后来会对《红楼梦》、曹雪芹有兴趣？这好像和端木蕻良学生时期的行为不太能吻合”。当然，辛笛夫妇显然并不知道端木对曹雪芹的兴趣是从小就有的。不过，他们的疑惑倒也提出了一个值得注意的问题，究竟是什么使端木蕻良的政治热情冷却了呢？因为端木蕻良最终并没有成为一个政治家，甚至根本算不上政治活跃分子。
最初致使端木蕻良的政治热情冷却下来的原因是发生在1933年8月3日。当时北方“左联”在北平艺术学院开会，筹备有关欢迎国际反战代表团到京事宜。由于当时的组织部长徐突徵被捕叛变，引进特务冒充代表，于是十九位与会者在会上被捕。那天端木蕻良正巧没有去参加会议，得以幸免。后来，端木蕻良说：“幸而北大二斋门房老工友即告我……并示意我快走。我未进门，随即逃走。当晚我宿在城中友人处，从此再未返回清华大学”。
端木蕻良不仅“从此再未返回清华大学”，而且从此也再没有像他学生时代那样如此冒着生命危险如此热情地参加过政治活动。虽然在不久的以后，他又参加了一次“一二·九”运动，但准确地说，那一次他只参加了一半，因为他在半途上就离开了。端木蕻良脱离卷入政治轨道的速度，也正巧吻合了他本身的散漫自由的文人气质。从此在当政治家和当文学家之间端木蕻良更倾向于当文学家了。不过令人遗憾的是，他的大学生活也就因此而结束。细算起来，他在清华大学这个高等学府里待了还不到一年。也难怪同时在清华就学的王辛笛夫妇对端木在清华的情况一无所知。