徐树铮算得上是段琪瑞的首席智囊，有“小扇子军师”之谓。早在清朝末年，段祺瑞任第二军军统，徐树铮已做他的参谋长。嗣后徐乃一直做段的副手，他早年曾向袁世凯投剌，因偶然不获知遇，恨恨不已。也是偶然，在客栈中闲居得遇访友的段合肥，后者见其书法遒劲，顿生好感，从此倚为股肱。《徐树铮秘史》中说：“合肥（段祺瑞）视为心腹者，唯徐树铮。帝制将作，力助合肥拒袁阴谋者，徐树铮也；黄陂（黎元洪）就任，造成府院之嫌隙者，徐树铮也；河间（冯国璋）北上，唆奉军截械秦皇岛者，徐树铮也；组织政党，使安福系毒遍天下者，徐树铮也；破坏礼仪，肆其离间政策，而穷兵黩武者，徐树铮也；合肥下野，挑起皖直之恶者，徐树铮也；东海登台，把持政柄，而使内阁屡倒者，徐树铮也。其人之聪明才智，均属不可多得。”
徐树铮1905年留学日本士官学校，不到30岁即任段祺瑞所部第六镇军事参议及第一军总参谋。1916年袁世凯暴卒后，任国务院秘书长。他是秀才出身，但他最为迷信武力。他敬服孙中山先生，始终不渝。1919年，徐树铮任西北筹边使兼西北边防军总司令，曾短暂收复外蒙。此事他不特向大总统汇报，也告知在上海的孙中山先生。他在外蒙古期间，倒做了许多有益于蒙古的事，种菜、办报、修路、办银行、办学校，等等。
薛观澜说：“徐氏对部属甚表亲善，向无疾言厉色。且能循遁善诱，使吾辈致力于国文，每日须写笔记，还要上课两小时。徐亦勤于治学。”徐树铮和柯劭忞、林纾、姚永朴、马其昶等人都曾是交游甚密的文友，称之儒将，恰如其分。他给朋友写信谈及读书有云，“近十三经中，唯余公谷未毕，非不知贪多为害，特以不能详博，何由返约？故也不惮其繁也……”他进一步认为，加上《国语》《国策》以及《说文》《广雅》《方言》等书，由十三经扩展合为二十经，“中国经世大文，殆可包举无遗”。他对段祺瑞的谋略贡献，亦多以中国古人经训为基座，衍变成现代政治的行事轨辙。其治学之志节，经国之意见，实有博大之眼光。
段祺瑞视之为智囊、文胆甚至灵魂，对其所策划，鬼使神差般予以施行。
不管他自己的气度或智力是否足够，徐树铮的做派是到位的了，一种大才盘盘、天马行空的味道烘托到极点。他是纵横家，又是文学家，杨宇霆、王荫泰等人甚至刻意模仿他的做派以为炫耀，张謇赞其有霸才。不过当时论师以为他的南方书生气质过于浓厚，而北方气概不足。这般纵横家们总在相互侮弄对方的智力武力，最后他们也被那只看不见的手所侮弄。
徐树铮没有做成直隶督军，转而就任西北边防军总司令，他常说：“优秀的将领，非有文才不可，所以我练边防军，团长以上，都用文人居多。”又说，“文人操守较佳，缓急之时，亦比较可靠。”
薛福成之孙薛观澜曾任北洋政府驻津外交特派员，他以为徐树铮虽系一介武夫，但对国学造诣颇深，“当其在英访问时，英人曾请其发表演讲，徐以中国之音乐为题，对国乐力加阐扬，深入浅出，议论精辟，听者为之动容，初不意中国军人，竟有如此高深之文化修养。当然，段之派徐出国访问，是有其深远的意义的；他要培养徐的国际声望，以备大用”。
陆建章也是段祺瑞的安徽老乡，陆建章授意其侄婿冯玉祥在武穴通电主和，活动被徐树铮所侦悉，遂擅自决定干掉陆建章。1918年夏天，徐树铮，这个北洋系统中的晚辈，在天津奉军司令部诱杀北洋元老、陆军上将陆建章，在那交叉花园的小径上，以作诗的名义，向他后脑开枪，使其死于非命。
辛亥年他替袁、段谋划，逼使清廷退位。袁世凯方疑惑，树铮提议由前线军官联名进谏朝廷，说是如此无论事成与否，可保进退无虞。军人逼宫，来势汹汹，清廷无从回旋。袁世凯闻之，甚觉稳妥。其间用意不可谓不密实。另外此举表现出巨大内力，南方革命党难以问鼎，且有吓阻之作用。段祺瑞任陆军总长，徐树铮便顺理成章当上了陆军部次长，军部常务得以独揽。徐树铮工于心计，善陈形势利害。但也有失算之时，吴佩孚一度打算投靠段祺瑞，因徐树铮对他十分提防，设计离间，使段祺瑞对吴佩孚产生恶感，吴佩孚遂转而投靠曹锟，后来成为结束皖系统治的人物。
但徐树铮也不是杨度那样一味揣摩攀附袁世凯心理以图幸进的人，譬如帝制扰攘期间，他竟坚决反对。段祺瑞对袁世凯称帝的态度，事到临头称病回避，也多半出于徐树铮的策划。
他主导的另一大事，即是一手怂恿张勋复辟，然后转手又助段祺瑞讨伐张勋，从而获得“三造共和”的美名。其间的狠辣的手脚与精密的招式，不是张勋那样的莽夫所能解会其万一的。
冯国璋对其甚为戒惧，曾密告袁世凯，要他防备段祺瑞的智囊徐树铮。但袁世凯为了平衡弄权，又将此事出卖给段祺瑞，所以冯、段之间也是势同水火。
1924年秋天，徐树铮因政争难以立足而出国，次年年底甫回国，即在廊坊被刺身死。这是陆建章之子陆承武和冯玉祥策划，叫鹿钟麟和张之江执行的。一代北洋怪杰，就这样死在虎狼兵的乱枪之下。他那霹雳般的手段、狐狸般的嗅觉，却因疏忽大意而归结为零。
他死了，南通状元张謇曾挽之以联云：语谶无端，听大江东去歌残，忽然感流不尽英雄血；边才正亟，叹蒲海西顾事大，从何处更得此龙虎人。
康有为更称道说“其雄略足以横一世，其霸气足以隘九州；其才兼乎文武，其识通于新旧……”，恭维推崇备至，捧场达于极点。
他的遇害，除了私仇积淀的原因在内，变幻多端的情形徐树铮自己似也未料及。当时冯玉祥已经禁锢曹锟，瓦解直系。冯氏又将其所属部队改编为国民军，而自任西北边防督办，和奉军的分界就在廊坊，当时他即将和张作霖发生军事冲突。虽然各路军阀名义上还想拥戴段祺瑞，但段氏已经息影津门，无兵无权。冯氏又操纵着北京的治安大权，所以段祺瑞落得个左右为难。另外徐树铮出使海外，对冯玉祥与俄国人的密切交际极为反感，那些人甘言蜜语想在他身上动脑筋，他曾予以断然拒绝。这就涉及意识形态，当然更种下丧身的恶因。
薛观澜先生记述徐树铮与段祺瑞密室谈话，充满火药味，徐树铮郑重警告段氏说，他在莫斯科时节，“备悉冯焕章与某某勾结情事，此獠不去，则吾国军队，迟早要受他默化潜移，彼若得行其志，则中国全部赤化，洪水一至，不可收拾矣！我们与冯势不两立，乃必然之事，南方孙馨远（孙传芳）与北方杨邻葛（杨宇霆）必为我们后盾，而南通张季直亦因焕章亲共，义愤填膺，请公以非常人，做非常之事，明令讨赤，以安人心，今日之事我为政，焕章现如强弩之末，其势不能穿鲁缟”。（薛观澜《我印象中的徐树铮》）当时是1925年的深冬，在北京吉兆胡同执政府段祺瑞的办公室内，谈话者仅段、徐、薛（观澜）三人。
恰恰是一种绝望的表现，是“急疯了的兔子咬不着人”的真实写照。
对幕僚而言，欺诈、诈术、心机，固然可能愈用愈巧，但陷阱或失算，往往也就在运用自如的得意忘形的疏忽之中。
袁世凯可说是死在筹安会之手，段祺瑞败在安福系诸人之前。民初人亲见之。
象有齿以焚其身，有才无德者，更百般吸附枭雄当做靠山，以求一逞。如徐树铮者，他的遭际像韩信，而他的智略则较张良有所不如。所以，他也就“象有齿以焚其身了”。
第一谋臣勉为其难
袁世凯在小站练兵，重用王士珍、冯国璋、段祺瑞三人而以徐世昌为幕僚长。王、冯、段号称北洋三杰，都是文人底子，并非老粗，三人都在武备学堂毕业，名列前茅。徐世昌，早年是袁世凯的盟兄弟，获授翰林院编修。袁世凯小站练兵时，他是袁氏的主要幕僚。