1888年，北太平洋铁路和以里士满为终点的南方铁路系统相继破产，牵涉到30多家公司的倒闭。这是一次极为严峻的考验，人们期盼着有人能够站出来收拾残局，因为此时州际通商委员会的官员们已经束手无策了。
摩根抓住了这一千载难逢的好机会，对病入膏肓的铁路业进行重组整顿，开始了他的“摩根化”进程。
摩根深知这一行动成功的关键因素是要能筹集到大量的资金。虽然，摩根自身资金实力雄厚且在社会上拥有良好的信誉，但他还是认为仅凭自己不足以完成这一伟业。于是他决定拉拢第一国家银行总裁乔治·贝克先生加入自己的行列。乔治·贝克的第一国家银行号称是当时商业银行中储金最高的银行，享有极高的声誉。而乔治·贝克本人也是银行界了不起的人物，他的社会地位，当时远在摩根之上。若不是乔治也加入了海盗船俱乐部，摩根甚至没有机会同他接触。
但最终摩根凭借其聪明才智，成功说服乔治·贝克和他的第一国家银行加入自己的行列，从此以后，在华尔街，贝克成为了众所周知的“摩根政府的财政部长”。这使摩根的信誉增加了数倍，为他完成铁路的“摩根化”提供了有力的保障。
万事俱备，接着摩根开始大量收购铁路公司，并采取有效措施对它们进行重组。
第一步，他派其亲信查理士·柯士达和桑缪尔·史宾塞调查铁路公司内部的财务状况，推算出最低的收入，定下了改组期限。同时告知广大股东与债权人，为使公司尽快复苏，红利不派发，利息不支付。要求几个最大的股东将他们的股票存入摩根公司的保险柜中，这样可以使那些通过谣言炒买炒卖的投机者无法再操纵股票。
第二步，减少固定负债，迫使债券持有人接受普通股或优先股或是利率较低的债券，使公司的利润能负担其经营费用和借贷利息。
第三步，公开发行新的股票，目的是解决铁路所需要的资金。
最后一步，也是最重要的，就是派出自己的人介入各铁路公司，四五个得力人员组成“信托委员会”，权限在股东大会之上，作为摩根实施控制管理的工具。
摩根始终没有忘记自己是个银行家，在进行铁路企业改组时，摩根银行不仅获得铁路公司董事席位，更有大量手续费酬金到手。在由35家铁路公司合并而成的南方铁路公司的改组中，摩根财团得到75万美元的普通股和10万美元的现金作为佣金收入，可谓一举两得。
1889年2月，J.P.摩根在麦迪逊大街219号——他的寓所中宴请了美、英、法等国投资银行的代表，以及全美国主要铁路的所有人。这是一次银行界与铁路界的群英会，摩根是这次会议的主席。
后来，《纽约时报》针对这次会议作了如下报道：“据称，这次秘密会议是因为去年生效的《州际通商法》而召开的紧急会议。但事实却不然，其实这是投资金融家商议促成铁路企业联合的阴谋会议。纽约方面的投资银行家在这次会议中获得胜利，而四大铁路及芝加哥至路易斯安那以西新兴铁路的所有人却惨遭失败。此后，自我毁灭的削价竞争将全面停止，而投资银行家将完全成为那些面临倒闭关门却仍然互不相让的铁路企业的主人。”
这次会议在美国的商业发展史上占有一席之地，美国的历史学家将这次会议称为“历史性的摩根会议”，它是美国的铁路业实现“摩根化”的标志。从此以后，美国的各家铁路的经营模式都成为“摩根化”模式，也就是所谓的“美国经营摩根化”。
“摩根化”体制的核心是“顺应时代潮流而产生的摩根哲学”。这种“摩根化”体制下的投资银行，已经脱离了海盗式的经营方式，积极参与大企业的经营，帮助企业制定新的发展规划，金融资本和产业资本密切地结合到一起。
在整个“摩根化”的进程中，值得一提的是摩根的用人之道。善于用人，是企业经营成败的关键。这似乎是老生常谈了，但真正追究一下，每个成功者的用人之道又是仁者见仁，智者见智。而摩根的用人之道就是，今天就要预测到明天需要什么方面的人才。
在整个铁路业的“摩根化”进程中，摩根看中并培养的两个人才在其中发挥了至关重要的作用。
其中之一是桑缪尔·史宾塞，曾在乔治亚大学攻读工程学。在当时，工程学学士很稀少。19世纪末20世纪初，资本主义经营仍基本属于粗放经营。厂家、银行家对科学知识、管理之道不是非常重视的。学习工程学的人，只是在一些生产规模较大、工艺生产设计流程复杂的部门才能找到就业门路。工商界高层次的管理人员很少有攻读工程学的。这样，大多数自命不凡的人都热衷于很早就从商，以便有一天能自立门户，甚至成为富豪。学习工程学的人，在当时人的心目中是缺乏天赋和魄力的。但摩根对史宾塞却大加提拔使用。摩根之所以这么做，是因为他感到：投机既可以使人迅速聚揽财富，又可以让人输得精光，产业才是一切财富的基础。在摩根刚步入华尔街时，就开始打算通过投资银行控制产业界了。而史宾塞正是可以承担这个任务的得力人选。他通晓工程学，同时在金融投资方面也工作得十分出色。正因为如此摩根将其视为心腹、大力培养。在日后摩根对铁路的大兼并中，史宾塞协助摩根把一个个濒临倒闭的铁路公司收购下来，并重新进行了整顿，使它们又充满了活力。
摩根的另一个得力助手是查理士·柯士达。他一直是摩根商行的职员。他被重用，并不是因为他有着比别人优越的天赋资质或高超的经营谋略，而是因为谨慎、勤勉与对人的忠诚。通常他早上6点左右就出门上班，一直工作到深夜，有时甚至还将更多的工作带回家做。虽然在很多有着远大抱负的人眼中，他缺乏追求和魄力，但摩根却十分敬重他。在摩根看来，一个人的信誉就是他的一切。的确，摩根没有看错人，当摩根开始准备铁路大兼并时，他便开始不分昼夜地奔波于各个铁路公司之间。摩根要对哪条铁路进行整顿，他便会花上一个月左右的时间调查这条铁路。他不仅乘火车观察，甚至走下月台，静坐在疾驰的列车旁，详细察看枕木与铁轨的状况。
由于时机得当、方法巧妙，“摩根化”体制势如破竹，除了哈里曼、顾尔德控制的少部分铁路外，其余的铁路都在新世纪到来之前纷纷实现了“摩根化”。依照1900年做出的统计，摩根体系控制了约17.3万公里长的铁路，哈里曼约有3.2万公里，顾尔德约2.8万公里。美国铁路呈三足鼎立之势。而摩根财团凭借其压倒性的优势成为了名副其实的“铁路大王”。