军士马上反应过来，抓起旗杆，解开皮套，把军旗一叠，交给麦克阿瑟。麦克阿瑟双手接过军旗，将其紧夹在腋下，道了声：“谢谢。”
他向外走进接待室，萨瑟兰跟在他后面。“好了，迪克。我想该走了。这里我们已没什么可做的了。”走下台阶，他们钻进一旁等候的轿车，小轿车穿过浓烟滚滚的院子开了出去。院子中央的一堆大火正在吞噬成千上万的机密文件。轿车从马尼拉内城城墙驶向维多利亚一号堡下方的城门洞方向。
当他们到达码头时，哈特一直在此等着与麦克阿瑟谈话。他们沿海边走了15分钟，哈特气愤地责怪麦克阿瑟连几个小时的时间够不给他准备，就让他放弃了马尼拉。但现在他已别无选择。麦克阿瑟对亚洲舰队的表现也颇有微辞。此次别后，他们终生都未相见。
七点刚过，“唐·伊斯特班”号出发了，向距离海湾27英里的科雷吉多尔岛驶去。船离开码头时的情景像梦一样，让船上所有人都深感意外，也许只有麦克阿瑟例外。城里城外，凡能对抗日军的军用设施都消逝在熊熊烈火之中。船离开的情景像梦一样，是船上所有的人都未曾料到的，也许除了麦克阿瑟。城里城外的各种陆海军设施，凡是可能对日军有用的，都被付之一炬。整个码头边都是大火。甲米地的储油罐点着了，油墨般的浓烟直冲云霄，地面上是巨大的橘黄色烈焰在持续地燃烧着。
头顶上，夜空清澈明亮，繁星点点。那天白天很热，夜晚的温度仍接近华氏80度。船上很多人在甲板上吹着晚风。他们聚在一起，动情地唱起了歌。《寂静的夜晚》和其他圣诞颂歌美丽的旋律在夜空中飘扬，消失在远方。黑暗的地平线上，马尼拉大火在摇曳在闪烁。
麦克阿瑟坐在休息室里，双手捧头，沉浸在深深的难以言表的悲痛中。
科雷吉多尔是马尼拉湾中一个蝌蚪状的小岛，长约4英里，距巴丹半岛南端两不过两英里。岛的西端主要是马林塔山，山中有一条1500码深的坑道，既高又宽。这条坑道是麦克阿瑟下令修建的。他任总参谋长后不久便开始修，他离开华盛顿到马尼拉后不久才完工。山顶是一个小城堡，建阅兵场，营房和六、七栋军官住房。这个地方叫“顶峰”，麦克阿瑟一家被安排住进一栋小而舒适的白房子，他和其部下在混凝土营房边上一侧建起了他们的办公室。
最初的一周，日军向马尼拉缓慢推进时，他们与马尼拉之间通过电话和定期往返的渡船保持着联系。日本人还准备在吕宋中央平原展开一场大战，麦克阿瑟被逼退至巴丹半岛则完全出乎他们意料。
到科雷吉多尔两天后，麦克阿瑟派锡德·赫夫回马尼拉。在宾馆顶楼的卧室里，他找到了麦克阿瑟在第一次世界大战时的老式军帽和他佩戴过的柯尔特45式手枪。麦克阿瑟希望在这次战争中能一直带着它们。
同天，他向罗摩洛发报：打开密封的信封，公布其中的内容。里面是麦克阿瑟12月22日写的一个声明，宣布马尼拉为不设防城市。
12月28日，麦克阿瑟情绪又高涨了。马歇尔通知他“总统已亲自命令海军尽一切可能支援你。请放心，陆军部也将全力以赴，在远东以最快速度建立具有绝对制空权的空中力量。”12月29日，罗斯福又发来了更鼓舞人心的电报。总统态度乐观、坚定地说：“我向菲律宾人们庄严地保证，菲律宾人民将重获自由……全美国人民都会遵守这一承诺，以美国所有的资源为后盾……美国海军正在与日军进行一场激烈的、计划周详的大会战，这将形成保卫菲律宾的有利态势。”有记者问，“重获”是否意味着要先失去，罗斯福的新闻发言人保证说，总统并无此意。
同时，马歇尔给麦克阿瑟发来了宣布进一步保证支援的电报。其中一封说：“我们正竭尽全力为你提供援助。”紧接着的一封电传告诉他，将派来一大批轰炸机、战斗机和舰只，以形成“在西南太平洋上的早期优势。我们将集中兵力，给日本舰队致命一击，迫使其向北撤退。”
12月29日，麦克阿瑟发布了征粮令。他的运粮官刘易斯·毕比和美国远东陆军军官查尔斯·德雷克还在维多利亚一号堡，负责征集驳船和渔船往巴丹半岛运送给养。由于运输工具缺乏，很难在有限的时间里给巴丹半岛运足给养。虽然马尼拉有充足的食物，但麦克阿瑟不准毕比和德雷克在这座城市里进行搜刮。他决不能为了给巴丹半岛上的部队提供食物而让马尼拉居民挨饿。
29日午后，日本飞机飞临科雷吉多尔上空，对“顶峰”轰炸了3个半小时。当一群炸弹呼啸着落下时，麦克阿瑟正站在一片开阔地上。一枚炸弹炸毁了他的房子，幸好简和亚瑟在空袭时都躲进了坑道。大地都颤动起来，麦克阿瑟和他的传令兵菲律宾先遣队军士多明戈·安德维沙里奥一起趴在树篱边的一条浅沟里。即使是轰炸最猛烈的时候，麦克阿瑟也拒绝戴头盔。安德维沙里奥军士取下自己的头盔扣在麦克阿瑟头上。一块弹片划破了安德维沙里奥的手背。他们站起来后，麦克阿瑟为他包扎好伤口，之后为军士同时颁发了紫心勋章和银星勋章。
第二天，奎松宣誓继任菲律宾共同体总统。马林塔坑道的入口处搭起了一个小棚子，里面是美国远东陆军司令部。在简短的就职演说中，奎松引用了罗斯福的电文，他把它作为是提供援助的承诺。麦克阿瑟发表简单讲话，赞扬了奎松。讲话至尾声时，他的声音颤抖了，这是在公开场合他从未做过的事情。他一贯坚强的外表倒塌了，他在大家面前哭了起来，泪流满面，麦克阿瑟抬头向天祈求：“啊，主啊。把这个高贵的民族从死亡阴影中拯救出来吧。”
奎松刚宣完誓，罗斯福就致电让奎松撤至美国。麦克阿瑟本来每天早上与奎松见面，但这一次他召集了萨瑟兰、威洛比、奎松和塞耶，宣读了罗斯福的电报。然后，他宣读了他拟定的回电，认为撤离对奎松来说太危险了，但另一方面，奎松的战时内阁又催促他能走则走。
日军已经做好了在元旦进驻马尼拉的准备。麦克阿瑟将美国远东陆军司令部的后勤机关撤到了科雷吉多尔。他全部军事家族都安全地进入了固若金汤的的山中坑道。
在科雷吉多尔岛的第一周，麦克阿瑟最大的问题是如何把他的北吕宋支队和南吕宋支队撤入到巴丹半岛。”如果北吕宋支队以太快的速度向南撤到巴丹半岛，则追击温赖特后撤的日军将在北上的南吕宋支队进入巴丹半岛之前将其截住并全部歼灭。
麦克阿瑟的撤军战略是让凯西的工兵部队为后撤部队建立防御工事，阻击日军，让日军发动正面进攻前调整部署。在此期间，工兵则在后方约10英里处修筑了另一道防线。在日军进攻前沿阵地前，麦克阿瑟命令部队撤至后面的新防御阵地，日军进攻只能扑空。温赖特的北吕宋支队在撤离吕宋中央平原时5次采用了这一战略，掩护南吕宋支队撤至巴丹半岛。
边打边退是军队转移时最困难的事情，这已是许多年来关于地面作战的老生常谈。而巴丹撤退已成为军事行动的经典范例之一，被战后指挥与参谋学校的学生们细心研究。
1月2日，麦克阿瑟告知奎松，撤退不久就将要完成，没有大的人员伤亡和物资损失。当天，日军进驻马尼拉。一面巨大的太阳旗升起在马尼拉宾馆的顶楼上，借助望远镜麦克阿瑟可以看得见，这个房间的新主人本间将军想要的就是这个效果。
套间的门厅处有一个巨大的花瓶，那是1905年日本天皇送给麦克阿瑟父亲的，上面还有日文。麦克阿瑟想到本间看到花瓶时的样子就忍俊不禁：“我怀疑他会不会鞠躬？”
撒至巴丹半岛后，麦克阿瑟告诉奎松，他想在那儿建立一个指挥部，亲自到半岛指挥作战。奎松感到震惊，他请求麦克阿瑟再慎重考虑，偶尔面临危险不可避免，也是必要的，但是在前线让部队整天冒生命危险就是太鲁莽了，简直是不负责任，奎松恳求他不要这样。36
虽然撤退至此已经算成功了，但半岛的形势仍很严峻。约60万人的菲律宾陆军部队，10000名菲律宾先遣队和10000名美军在半岛险要地带挖战壕。当麦克阿瑟下令“3号橙色作战计划启动”时，那只是意味着撤至半岛。撤退并没有严格按3号橙色作战计划进行，计划本来只让菲律宾师和少量正规部队从林加延湾撤至半岛，不包括成千上万的菲律宾陆军部队，更没有提及这支队伍的存在。3号橙色作战计划要求部队进入半岛前疏散平民，相反，现在有2．5万名难民进入了巴丹半岛。部队和平民总共有10．5万人在巴丹半岛上张口要吃饭，并非是橙色计划原来预计的4万人。
在6个月里，德雷克和彼比已基本满足了3号橙色作战计划要求存储四万部队口粮的目标，但要为10．5万人提供口粮，则粮食严重不足。麦克阿瑟把每天的食物供给减少了50％。也许能守住巴丹到4月份。
1月10日，他乘巡逻艇到巴丹亲自视察，见到了温赖特并向他表示祝贺，“乔纳森，你的撤退以及掩护南吕宋支队是战争史上最出色的行动，”麦克阿瑟说，“我将保举你成为正式少将。”
与温赖特的将领们经过简短交谈后，他转过头问他：“你155毫米的炮在哪儿？”
温赖特解释道，他的6门155毫米的炮中有两门就在附近，并让他去看看，麦克阿瑟摇头：“乔纳森，我不想看炮弹，我想听炮声。＂
麦克阿瑟给温赖特和他的部下带来了令人振奋的消息。飞机正源源不断飞往澳大利亚，凯西在棉兰老岛机场等待迎接它们。日本人从北面进入菲律宾，美国增援也正从南面进入。他预计在未来的某一天就进行反攻。
麦克阿瑟向温赖特及其部下仔细了解情况：供给、土气，战略，地形，分析日军优势和弱势。接着他视察了部队情况。敌机在上空盘旋着寻觅目标，狙击手隐匿在远处树林进行射击，麦克阿瑟从一个战壕走到另一个战壕，鼓舞士气：
“战士们，辛苦了！……大家坚持住！……”
回到科雷吉多尔，他重新开始日常工作。“顶峰”上的房子被炸毁，他分到了两间房，在马林塔坑道中线偏后45度角一处平巷里。房间只有9X7英尺大，水泥墙面显得粗糙、屋顶呈拱形。但麦克阿瑟拒绝在坑道睡觉，坑道里闭塞的空气使本就患有肺结核的他虚弱得连路都走不动。大部分时间里，麦克阿瑟只能坐在轮椅里。他的肺很容易收到感染。
他冒着风险住进了一英里外的一栋小房子里。空袭期间，简、亚瑟和中国
保姆阿珠住在坑道的两间房子里。其余时间她们和他都待在那栋小房子里。空袭时他会踱到隧道口去看，似乎走出去他能看得更清楚。无论是在这次战役还是在上一次，他都不相信敌人的炮弹会打中他。
麦克阿瑟和萨瑟兰在3号平巷的入口处建起了他们的办公室，他的桌子就放在萨瑟兰桌子的后面，在后方各边都有一张金属双层床。麦克阿瑟基本上都在两床之间踱步，两眼看着地面，思考个不停。
他每天上午8点左右上班，在胳膊下夹着母亲的手杖，格外快乐，精神矍铄，看起来非常乐观。和每个科雷吉多尔岛上的人一样，他用盐水刮胡子，结果满脸胡子拉茬。他那曾经引以为豪的著名军装现在又脏又皱。只有那双擦得干干净净的鞋子依然不减光彩。
不踱步的时候，他就坐在桌子后面，一只脚翘在半开的抽屉上，读战报、拟电报、研究巴丹地图。他不停歇地在地图上用铅笔标出当前位置。每一条新的印迹都比上一条更往南。
他通常和简一起坐在坑道入口处掩护网下的野餐桌旁吃饭。简对目前的处境勉强可以忍受，而亚瑟似乎很喜欢这个新环境带给他的惊喜与刺激，他已经从小兵荣升为将领了。某天，麦克阿瑟对罗摩洛提到：“他在科雷吉多尔岛上已经茁壮成长了！”
麦克阿瑟曾是“好运”牌香烟的忠实烟民，现在配给他每天只有三支这种烟，加上晚餐后的一支雪茄。午饭后，他一般会点上一支“好运”烟，此时，他要同和他一起躲在坑道里的六七名记者召开一场非正式的新闻发布会。
他一直惦记着巴丹半岛的战事。碰到从半岛回来的人，他必定会问：“孩子们怎么样了？”
在他视察了巴丹半岛几天以后，他收到了马歇尔的一封电报。“我们的重型轰炸机正以每天3架的速度出厂……拥有7000人的部队昨天离开了旧金山——1月21日，2．1万人离开了东海岸——1月30日，载有1．4万名官兵的舰队将离开西海岸。”
麦克阿瑟以为这些部队将向菲律宾进发。他坚信日军的海上封锁只是个幌子。但作战计划处研究了如果援助麦克阿瑟所要付出的代价，并得出相反的结论，认为盟军没有充足的海上和空军力量将足够的增援送至菲律宾，援助麦克阿瑟。然而没有人告诉麦克阿瑟这一点。也没人向他说明，派往太平洋的部队的目的不是保卫菲律宾，而是为了保卫澳大利亚。
看了马歇尔的电报后，为了鼓舞士气，麦克阿瑟拟了一封电报发给巴丹半岛的所有部队：“增援就要到了……成千上万的部队和百架飞机正奔赴过来……他们将冲破重围……而我们必须坚守到这些增援部队到来……我命令巴丹半岛上的每一名兵士都坚守阵地，打退敌军进攻……战则胜，退则败。”
他给战场上的军官们发去了另一封电报，提醒他们，除了身兼士兵保卫国家的使命外，他们还有一项特殊任务，那就是保持“文明人与生俱来的特征、美国军官的特殊标志，即：自信的风度，自强的作风和沉着的行为。”
他告诉司令部的人，他为什么要发激励土气的电报，并严厉提醒前线军官“完成任务”。“巴丹半岛的防线随时可能崩溃。”他对他们说，“土气已低至十分危险的程度。”战争开始前不久，一位还在华盛顿总参谋部的军官沃伦·克利尔上校提醒说，他是否对马歇尔的电报期望过高了。克利尔通过与罗斯福白宫里极具影响力的顾问哈里·霍普金斯的谈话，了解到对菲律宾进行援助远没有对英国进行援助来的重要。克利尔不相信援兵是冲着菲律宾来的。
麦克阿瑟想了想，答道：“如果你说的对，那么，一支如此庞大而英勇的军队被无情地抛弃，这在历史上还是首次！”
虽然士气令人担忧，菲律宾陆军的战斗精神却令人感叹。大部分动摇的士兵很早就逃跑了。虽然只通过断断续续的训练，但留下来的人证明了他们只靠一支步枪和一些弹药也是一支顽强的保卫力量。他们服从命令，无怨无悔，骁勇作战，却时常要忍饥挨饿，疲惫不堪。
半岛上的军队分为两部分，西边是由温赖特指挥的第1集团军，东边是由乔治·M·帕克少将指挥的第2集团军。理想情况是，横跨巴丹半岛应有一条连续而完整的防线。然而在第1集团军和第2集团军之间实际上却有7英里的一片山区。温赖特认为山区坡陡，林密，无法穿插。