尽管十分英勇，但温赖特很可能并非防守巴丹半岛的合适人选。他出身骑兵，只懂得浅显的作战策略，对如何有力利用炮火，建立交叉火力网防守前沿阵地，以及构筑纵深防御阵地知之甚少。他还极其错误地判断7英里的间隙敌人是无法穿插的。1月21日，约500名日军出现在第1集团军右后方一英里处，在巴丹半岛南北向唯一一条像样的公路上设置了路障。
麦克阿瑟派萨瑟兰第二天上午去查看形势。毫无作战经验的萨瑟兰惊呆了，他没有及时组织发起猛烈反击，消灭敌人，而是让温赖特后撤，就地构筑新防线。这一决定颇有争议，而且萨瑟兰并不是作这一决定的最佳人选。然而，现有的防线值得一守，温赖特别无选择，只能听从萨瑟兰的命令，因为他代表了麦克阿瑟。第1集团军后撤，迫使第2集团军也后撤。温赖特被迫丢弃了他的大部分火炮。
此时，日军又制造了另一个威胁——在半岛两侧登陆，地点在温赖特退守的下一道防线的后方。麦克阿瑟命令他亲自指挥，把日军消灭在这两个滩头里。
日本人进一步向巴丹半岛步步推进，将美军逼退至最后一道防线，麦克阿瑟不断向陆军部紧急求援。惊恐万分的他悲观地致电马歇尔道“若我牺牲，推荐萨瑟兰作为接班人。”
艾森豪威尔负责处理陆军部与麦克阿瑟通信交流。珍珠港事件后一周，马歇尔将艾森豪威尔委派进了作战计划部，他的任务是设法援助菲律宾。虽然马歇尔了解战役的必然结局，但他还是告诉艾森豪威尔：“尽一切努力营救他们。”
麦克阿瑟的老上司帕特里克·J·赫尔利被任命为准将，前往澳大利亚。他的任务是征集到船和愿意冲破敌军封锁线的船员，并为麦克阿瑟运送武器、食物和医疗品。艾森豪威尔分配给赫尔利1000万美元的黄金和现钞。尽管报酬不菲，但赫尔利只找到6组船员愿意尝试，并且其中只有3组成功了。第二次根本就没人再愿意去了。
极力为麦克阿瑟送去援助期间，艾森豪威尔承受了巨大压力，他在日记中发泄沮丧情绪，这成了日后人们所说的他反麦克阿瑟的明显证据。在好几处，他骂麦克阿瑟：“麦克阿瑟还是和以往一样不可理喻……他只喜欢那些阿谀奉承的人……他还是拒绝面对现实……麦克阿瑟简直不知所为。”诸如此类骂人的话。
当时，艾克身体欠佳，却又被迫承担着一生中最为艰巨的工作。他发现这是件无比沮丧却又徒劳无功的事。在身体不好的情况下，他要坚持每天16个小时，一周7天的繁重工作。此时，他的父亲病危。父亲去世后，艾克忙得连葬礼都没有参加，甚至连悲伤的时间都没有。
1942年初的几个月里，他不仅骂麦克阿瑟，几乎什么人他都骂。他咒骂那些只说大话并不务实的共事者，他咒骂无能的美国航空兵，懦弱的英国人，他蔑视海军，并说“能让我们赢得这场战争的办法之一就是将海军上将金杀掉。”有时，他声称：“远东是关键”；而另一个时段他又说远东并不重要。1942年初的艾克日记里的内容近乎歇斯底里，而此时他正在极尽全力地帮助麦克阿瑟，尽管知道是注定要失败的。
虽然说了些蔑视麦克阿瑟的话，但他还是感动地承认道：“麦克阿瑟干得不错。”l月25日，他给麦克阿瑟去了一封电报，恭贺他62岁的生日，说T·J·戴维斯也一同“衷心地祝贺您的生日……我们骄傲地向您和您创下的鼓舞人心的功绩敬礼……我们衷心地祝福简、亚瑟和您永远健康平安。”
蔑视麦克阿瑟的话，是在巨大压力下疲惫不堪的人，看到身边的人面临死
亡和有被俘的危险，而自己却无力帮助他们的情况下写出的。史汀生对菲律宾人的悲剧表现漠然，他在自己日记中冷漠地写道：“有时候必须有人死去。”
太平洋舰队在珍珠港的损失惨重，使救援菲律宾失去了任何可能性。同时，罗斯福与丘吉尔1月初达成的“德国优先”的全球战略协议也排除了这一可能。盟军将继续对德进攻，在太平洋进行战略防御。麦克阿瑟对这一决定十分恼火。这不仅因为这一决议将他的部队放在了次要地位，更为重要的是，他一贯确信与美国的未来息息相关的是太平洋周边地区，而不是日益衰落的欧洲地区。
陆军部认可“德国优先”的战略后，就会接受菲律宾的必然陷落。人们开始想方设法从废墟中救出点儿什么。1月13日发给麦克阿瑟的电报原文写道：“我们正在考虑命令你离开菲律宾，到澳大利亚指挥集结在当地的美国军队……”这句话在电报发送之前被删掉了，但重新提及此事只是时间问题而已。
1月底，温赖特夺回了日军在巴丹半岛的滩头阵地，这是日军自第二次大战以来的首次失利。日本人建立起傀儡政府，任命其前秘书乔格·瓦尔加斯为总统，并向菲律宾人民保证，只要人民停止战斗，菲律宾可以立刻独立。奎松的态度变得更加难测。奎松提议将自己交给日本人用以验证他们的诚意。麦克阿瑟毫不客气地告诉他：“曼努尔，你的建议真是荒唐啊，日本人是不会让你住进王宫的，他们只会割开你的喉咙。”日本人不会想建立一个真正独立的菲律宾。麦克阿瑟对奎松说，如果他向日本人投降，日本人只会把他监禁起来，然后以他的名义发号施令，由此更易控制整个群岛。“我们会回去的，”他向奎松保证，“我将用佩刀开辟你重回马尼拉的道路。”
然而，奎松不再相信罗斯福的任何援助保证。他在一封电报中开门见山地询问道：“华盛顿已经无视菲律宾的存在了吧……因此近期不会有任何援助行动，直到抵抗到走投无路？”
罗斯福无可奈何地回答：“我无法确定援助到达菲律宾的日期……“也就是说，群岛会沦陷到日本人手中。但罗斯福保证，美国将“最终”解放他们。
麦克阿瑟给马歇尔发报，告诉他现在该计划将奎松转移到安全地点。可陆军部内部更关心的是如何将麦克阿瑟转移。艾森豪威尔坚信，麦克阿瑟宁可死在科雷吉多尔岛也不愿投降，但马歇尔担忧的不是他被杀而是被俘。麦克阿瑟如果落到敌人手里那简直是件难以想象的事情，会大力削弱美国士气，为陆军带来不可磨灭的耻辱。2月4日，马歇尔建议麦克阿瑟到澳大利亚建立新指挥部。麦克阿瑟拒绝考虑此建议。相反，他再次请求海军西进突破日军封锁线。
与此同时，奎松正为罗斯福令人气恼的电报而烦恼。他筹划着怎样结束计划。他请求美国给予菲律宾自由，对群岛中立事宜进行谈判，美、日军队都撤出让菲律宾脱离战争。塞耶比较支持这个想法，致电说：“如果美国的援助没有希望近期到达，我认为奎松总统的建议……是合乎逻辑的选择。”
尽管麦克阿瑟不愿把奎松的计划发到华盛顿，但他无权妨碍菲律宾总统和美国总统之间的通信。最后他还是发了，并给马歇尔加了备注，指明他缺乏海军、空军，无法防守科雷吉多尔岛。“您必须考虑指挥部可能会全部覆灭。”至于奎松的建议，他说道“菲律宾人已对美国人失去了信心”，他们怨恨美国把他们拖入战争，却没有及时给予援助，在这节骨眼上却竭力援助其他国家。而此时，日本人提出，如果菲律宾人停止战斗，那么就可以立刻得到独立，确实具有诱惑力的。
麦克阿瑟并没有很干脆地同意奎松的观点，但他评价道，单从军事角度看，奎松的建议也并无不可。如果日本人同意了，将无需以长线战争的高昂代价来解放菲律宾。如果日本人拒绝了，这场战争将走向其既定的结局。
罗斯福对奎松计划的答复迅速而决然。他通知麦克阿瑟，如果菲律宾陆军想退出战争，他们可以这样做，但“只要还有一名士兵，美国军队将为飘扬在菲律宾的国旗而战。”总统建议在最后的时刻到来之前，麦克阿瑟应该撤走他的妻子和儿子。
麦克阿瑟把罗斯福的建议告诉给了简。可她断然拒绝了考虑，说：“我们一家三人同饮一杯水，永远不分离。”麦克阿瑟把此意转告给了白宫，说他的家人将和他一起“与兵营同在”，他将战斗到和他的指挥部共亡。