麦克阿瑟一到澳大利亚，罗斯福就催促柯廷任命他为西南太平洋的同盟国成员国盟军总司令。柯廷表面上很乐意，而实际上，马歇尔、金和澳大利亚政府用了几个星期才就麦克阿瑟的战区如何切合“海军太平洋”的问题达成协议。海军把整个太平洋理所当然地看成自己的区域，因此只是勉强同意了让麦克阿瑟建立一个战区。海军拥有从阿拉斯加到被称为“太平洋地区”的南极的广大区域，这一区域分成北太平洋，中太平洋和南太平洋3个战区，3个战区都归海军上将切斯特·尼米兹指挥。给麦克阿瑟的就是西南太平洋地区，或称西南太平洋战区。4月17日，他正式成为西南太平洋战区的最高司令官。
在麦克阿瑟的战区内，布莱梅将担任盟军地面部队司令。空军总司令部前任司令布雷特担任盟军空军司令，美国海军中将赫伯特·F·利里负责指挥同盟国的海军部队。
马歇尔建议麦克阿瑟建立一个真正的同盟国总司令部，吸收澳大利亚和荷兰的军官担任高级职务。对于马歇尔的意见，麦克阿瑟左耳进右耳出。4月18日，当他正式成立西南太平洋战区总司令部时，他将11个高级职务都给了美国军官，其中8名军官是他从科雷吉多尔带来的。
他提出要执行当前战略计划需要实行全面防御，他没有兵力再执行其它任务了。后来麦克阿瑟声称，他到达澳大利亚后才发现这个国家的妥协思想如此严重，以至于政府准备放弃布里斯班北部和西部的全部领土，这就相当于美国政府由于受到来自加拿大的入侵威胁便决定不为南方腹地的东部或西部的一切而战斗一样。他断然反对这种妥协的态度，坚持同敌人战斗。他放弃了“布里斯班防线”计划，试图通过在新几内亚的战争保卫澳大利亚。
麦克阿瑟的想法并不符合实际。他完全误解了澳大利亚人民对他所说的一切，美国军官与澳大利亚军官在这方面并没有过多的交流。澳大利亚并没打算不经过战斗就放弃其北部地区。原计划是一旦日军进攻，他们就要进行防御，必要时会让出一部分领土，以保证充足时间让增援的美国军队与澳大利亚部队联合，再一举发动进攻。麦克阿瑟毫无异议地接受了这样的安排，这在其回忆录中不曾提及。
还有，在澳大利亚的前6周，他真正关注的军事事务不是布里斯班防线，而是巴丹和科雷吉多尔的血战及其悲惨结局。
斯金纳·温赖特是陆军中最受人们爱戴的人之一。他训导过的骑兵是陆军中最勇敢的一支部队，虽然那种精神大部分是由吉姆·比恩和福尔·罗塞斯教导出来的。温莱特经常喝酒过量，而酗洒是骑兵生活中的禁忌，其结果可能导致骑兵从马上摔下来或者头部被踢。因此，麦克阿瑟对把温赖特留着菲律宾任职是有顾虑的。对斯金纳面对危机时的判断能力还得画上个问号，因为他经常喝酒过量。离开科雷吉多尔前麦克阿瑟将刘易斯·毕比提升为准将，并让他留下来担任副参谋长，而且温赖特奉命直接向麦克阿瑟汇报信息，而不是向美国陆军部汇报。
麦克阿瑟采取的另一项措施是将菲律宾分成几个司令部，温赖特仅负责吕宋岛。当科雷吉多尔面临不可逆转的失败局面时，温赖特只有权命令自己权限范围内的军队投降。
由于某种原因，麦克阿瑟在离开科雷吉多尔前并未向美国陆军部说明这些安排。这种疏忽，不仅让人们对他的管理效率产生怀疑，还对他那些对萨瑟兰的责备产生了怀疑。
麦克阿瑟离开后不久，温赖特就收到美国陆军的消息，宣布他为“远东美国陆军司令官”，而且在当时的情形下，他开始直接向马歇尔汇报似乎是很自然的。美国陆军部决定为温赖特成立一个新的司令部，称为“美国驻菲律宾部队（USFIP）”。罗斯福提升他为中将，这个符合他新权责的身份。温赖特可以直接向美国陆军部汇报。同时，他更换毕比为其参谋长，这就摆脱了麦克阿瑟的控制。
麦克阿瑟知道这些事情后，他才向马歇尔解释了他这样安排的原因，并明确表态他不赞成新的安排。这时马歇尔向总统提请此事。罗斯福向马歇尔明确指出，他认为利用无线电从澳大利亚指挥吕宋岛作战是不可行的。温赖特将继续由麦克阿瑟调遣，但他同时拥有自己的司令部，而且从现在起，对于他领域内的战役，他有权决定作战策略。
无论麦克阿瑟如何强烈反对这种安排，他都不能同总统发生争执，尽管在他会达到何种职务的问题上以及在他是否能拥有自己的战区进行指挥的问题上仍存在着分歧。但麦克阿瑟很快便屈服了，并回复“他完全同意温赖特晋升”，然而，并且在远东美国陆军的问题上表现出高姿态。而他私下还是认为将菲律宾地区的美国军队全部交由温赖特指挥是一大失误。
麦克阿瑟与柯廷和作战咨询委员会会谈后返回墨尔本，他向温赖特送交了一项解决巴丹供给危机的计划。“你率第1军直接北上进攻奥隆阿波，”他对温赖特说，“第2军向迪纳卢皮汉全速前进，并在西部的奥隆阿波，两军会合并夺取日军的补给品。”这些部队得到新的补给后，可以进入到吕宋山区，开始游击战争。
实践表明，夺取日军供应品来补充自己的计划是不可行的，因为在巴丹的部队，士兵们因患疟疾浑身发抖，几乎无法站立。食物热量每天不足1000卡路里，部队已经无法再前进。温赖特跳过麦克阿瑟，给马歇尔发去报告：巴丹的食物只能维持到4月15日。
麦克阿瑟拿到这份电文抄件时，大动肝火，他给马歇尔发了一份电报表示：“我刚离开，资源储备使用管理就松懈了。”他坚持认为食物足以维持到5月1日。
温赖特提出自己的计划，将更多的食物运往巴丹。宿务岛有粮食储存，而且在棉兰老岛有可用的船只。几天之内就可调来足够的供给品。他请求从澳大利亚派遣一架B－17轰炸机中队攻击菲律宾中部和北部水域的日本军舰，从而开出一条路来或用轰炸机将食物运往巴丹。
4月3日，日军第14集团军司令本间将军启用5万名整装待发的部队，麦克阿瑟电告温赖特：“无论出现什么情况，部队都不能投降……你要准备沿下面的总攻路线攻击敌人：在第1军左翼，让炮兵大张旗鼓地进行炮火准备以迷惑敌人，同时派第2军在右翼发动突然袭击。”目标还是缴获日军的补给品，即使行动失利，不能阻止日军增援，我们也可以进入山中逃脱并继续进行游击战争。”
本间原准备一举突破三道防线，可是实际上只有一道防线。一旦4月7日突破防线，士兵只能要么阵亡要么投降，没有选择余地。温赖特将麦克阿瑟进攻的通知他的驻巴丹指挥官小爱德华·彼·P金少将，但金根本不想让他的士兵再重蹈“卡斯特最后一战”全部覆灭的覆辙。4月9日他向日军派去两名军官，其中一个带着白旗。
当巴丹沦陷的消息传到墨尔本时，麦克阿瑟取消了当天剩下的所有预约。他在办公室来回踱了几个小时后停下来，他表情僵硬、热泪盈眶，他坐在桌旁写下了悼词。然后将迪勒召去，亲手将悼词交给他。上面写着，“巴丹部队不负众望，在成功希望渺茫的情况下一直坚持战斗。还没有哪支军队在如此艰苦的条件下做出了这么多的努力，什么也不能与他们经受的磨难与苦痛相比。对那些因军队覆灭而哭泣的母亲们，我只能说，耶稣的光环已经降临到她们儿子的身上，他们的灵魂会进入天堂。”
这份声明颁布后不久，麦克阿瑟就收到了罗斯福的来电，要求更改两个月前答复奎松的中立建议时所拟定的不投降政策。至于是否将罗斯福的最新指示交给温赖特，就由麦克阿瑟自己决定了。
当这封电报发向澳大利亚时，温赖特的无线电报务员接收了信号。翌日，温赖特对麦克阿瑟没有将总统的电文送到科雷吉多尔表示不解。麦克阿瑟解释说，“直到巴丹失陷之后这里才收到罗斯福的电文，而且，由于它的内容都是关于巴丹投降可能性的问题，所以才没有发出去。”他流露出对温赖特的关切和爱莫能助：我无法表达我是多么急切地想帮助你……目前，我尚未任职新地区的司令……如果我真能调遣任何一支部队的话，无论成功的机会多么渺茫，我都会不遗余力地赶赴到你那儿。”
一旦日军重炮兵驻扎于巴丹南部高地，日军就将大举进攻罗克并强迫当地部队投降。此番情景如同电影般在麦克阿瑟脑海中一再展现。而镜头中惟一令人振奋的就是马林它隧道，这条隧道在麦克阿瑟任参谋长的5年间便开始动工并即将竣工，也许这条隧道可以拯救上千人的生命。
由于科雷吉多尔有可能很快沦陷，麦克阿瑟指派其海军2架双引擎水陆两用巡逻轰炸机到罗克，将伍德等重要人物接出来，伍德是一位训练有素、能说一口流利日语的参谋，他还能处理秘密信息，是位技艺精湛的密码专家。但是温赖特安排了50人上了巡逻轰炸机，其中一半以上是陆军护土。
本间的炮兵连续27个昼夜不停地炮击科雷吉多尔，直到5月5日午夜发动总攻。第一次进攻被第4海军陆战团粉碎了，第二次进攻3辆坦克上岸。当温赖特听说敌人的坦克正在向马林它隧道前进时，他吓坏了。一想到那高爆炮弹穿越遂道炸飞墙壁，让挤在隧道中成千的伤员惨遭涂炭的情景他就无法承受。5月6日他命令降下星条旗，在科雷吉多尔挂起了白旗。翌日他将罗克及其1．1万名守军拱手相让。
当消息传到墨尔本，麦克阿瑟向舆论界发表了一份声明并且叫来了卡洛斯·罗摩洛。“科雷吉多尔已经沦陷了。”麦克阿瑟极度痛苦地说，他亲手将声明递给了罗摩洛。舆论界刊登了这一声明，其中写道：“正如大家知晓的，科雷吉多尔已经沦陷在了敌人的枪口之下。它敌人的碑上已经刻下了自己的墓志铭。但通过响彻云霄的炮声和透过血色的迷雾，我仿佛看到了那些顽强不屈、形容枯槁、面色苍白的人们依然在顽强的战斗。”