麦克阿瑟和他的参谋们于9月10日在布里斯班和哈尔西的参谋会面。麦克阿瑟建议在10月下旬让西南太平洋战区和南太平洋战区的空军对腊包尔发动一次空中闪电战，充分控制日军的空中力量，这样哈尔西就能在11月1日左右占领布干维尔岛的大部分地方。如果这些作战行动成功，他就能和哈尔西的飞行员在12月发动另一次空中战役，使得西南太平洋战区能够对格洛斯特角发动两栖进攻，格洛斯特角位于新不列颠的西南海岸，这次进攻预计在当年的最后一个星期展开。哈尔西对时机的选择提出异议，但西南太平洋战区和南太平洋战区的军事作战计划基本就定下来了。
不论麦克阿瑟计划得有多好，他还是面临极度缺乏船舰的局面。几乎每艘到达西南太平洋战区的商船都会被征用。这引起了军事海运管理局的抗议，但麦克阿瑟绕过了军事海运管理局，干脆让布里恩·萨莫维尔中将指挥的陆军后勤司令部负责这个问题。麦克阿瑟对他说，军事行动由于受到海运能力的限制，“由于缺少机动性，这个战区无法连续作战”。即使他能凑齐足够的人员和装备进攻日军，他还是无法扩大战果。“原因就是缺乏海运能力”。
这些挫折感在他写给老朋友的信中表现得淋漓尽致。那年秋天，他怀着自怨自艾的情绪写信给乔治·范·霍恩·莫斯利。信中写道，“我在这里什么事都进展不顺利……我常常回忆起斯通沃尔·杰克逊说过的一句话——‘如果我必要，我就是用棍子和石头也要跟他们打。’”
他对约翰·卡伦·奥劳克林也大发牢骚：“可能在美国历史上没有哪位司令这样捉襟见肘。要是没有澳大利亚的支持，我可能已经失败了。有时，就好象是老天成心让我失败似的。”
麦克阿瑟往往不让下属知道他最深的感受和真正的意图，但有时他严重的挫败感让他失去了自控能力。那年秋天，他召开了一次计划会议。在会上，由于缺乏船舰，他被迫推迟了两栖进攻大概二三周，对此，他抱怨道，“华盛顿有些人宁愿看到麦克阿瑟输掉一场战斗，也不愿看到美国赢得一场战争。”
莫斯利和奥劳克林等跟他保持通信的朋友可能会想，麦克阿瑟被告知要通过自己的力量在太平洋战区赢得战争，然后他就会用一只小船和一个排的火枪手完成这个命令。
1942年至1943年间，世界各地的地面部队指挥官都在资金短缺的情况下作战。空军指挥官也是如此。在中缅印战区，史迪威打算阻止日军日军进攻，但连美军一个师的兵力都没有，尽管马歇尔和史汀生都非常器重他。在卡萨布兰卡，艾森豪威尔向马歇尔讲述后勤保障的问题时几乎都要哭出来了。在英格兰，1943年夏秋两季，第8航空队受到德国空军昼夜活动的战斗机的干扰，延误了战机。由于缺少飞机、经验不足和航程短，空军似乎在制空权的战斗中失败，而他的指挥观艾拉·埃克被解除了职务。马克·克拉克的第5集团军1943年9月在萨莱诺发动进攻，还是因为船舰、人员和火力的明显不足，几乎造成了一场灾难。麦克阿瑟的问题的确引人注目，但不是绝无仅有的。
肯尼则不同。肯尼得到了他大部分想要的东西，而且不管给什么，他从不抱怨。麦克阿瑟与肯尼不同，总觉得自己受了伤害，部分原因可能是他的战区不是，而且永远不是战争中的主要战区。这一点始终是他的心头心患，让他难以用客观的态度来对待它。被派到一个二级战区已经够糟了，再加上什么都短缺简直就是在伤口上撒盐。
然而，那年秋天他确实得到了一样东西，那就是他拥有了自己的专机。1943年初美国空军开发四引擎的C-54运输机的消息一传出，麦克阿瑟和其他许多将军一样也想要一架。阿诺德不得不拒绝他的要求，但答应给他一架属于他自己的B-17轰炸机。B-17轰炸机绝对没有C-54那么舒适，但也做了一些改进，增加了防弹钢板。10月末的一天，麦克阿瑟派人找来他的专机飞行员亨利·戈德曼。
他让戈德曼到俄亥俄州戴顿的赖特-帕特森空军基地去取那架B-17轰炸机。“戈德曼，我想把那架飞机命名为‘巴丹’号，让画家在机头的一侧绘制出菲律宾地图，然后把‘巴丹’这个词印在图上。这是命令。”
当戈德曼去取飞机时，肯你正在进行麦克阿瑟于9月10日和哈尔西的参谋们举行会议上提出的进行的空中进攻。晚上，肯尼停止了对腊包尔（无效的“攻击，利用基里维那的机场把他的P-38停在腊包尔的区域内。第5航空队在大白天轰炸腊包尔。哈尔西的第3舰队也参加了此次进攻。从10月12日到11月11日，日军在腊包尔损失了200多架飞机，主要是在地面，还有10多艘船艇。
尽管如此，敌人雄厚的兵力仍然能够保证自己的海运。其中空中支援也未中断。事实上，日军的空中力量得到了保持。但所有这一切都是由于他们将飞机从中太平洋转移到南太平洋才获得的，而这时，金恰好发动了中太平洋进攻战役。这次大规模进攻与海军陆战队对塔拉瓦的进攻同时在11月20日开始的，海军陆战队的那次进攻是著名的血战。日本帝国舰队从腊包尔撤退，与美国海军在北部更远的地方较量，让腊包尔的军事价值突然降低到几近于零，从某种程度上来说，当晚就将腊包尔中立化了。
此时，澳大利亚军队已经确保了休恩半岛的安全，他们与难以对付的地形和顽强抵抗的守军打了一场艰苦的战斗。麦克阿瑟攻占休恩半岛后，就现在就能控制维蒂阿兹海峡的新几内亚一侧了。下面的工作就是确保新不列颠一侧。他认为，在这片水域的另一侧，他所需要的是一座大规模的机场和一个适合建立巡逻鱼雷艇基地的小型海港。
斯蒂芬·张伯伦将军主张把机场建在格洛斯特角，甚至在肯尼告诉他那里的地面可能会太软太湿，无法承受轰炸机的重量后，还是坚持自己的主张。另一方面，肯尼对海军作战几乎一无所知，但主张在阿拉练维建基地。而麦克阿瑟竟然接受了张伯伦关于机场的主张和肯尼关于巡逻鱼雷艇基地的主张！
直到最后一刻，他才担心起敌人在阿拉维的可能的防御力量。麦克阿瑟的本意并不想血洗阿拉维，就像在塔拉瓦那样，就为了攻占一个中央公园那么大的地方死伤了3000海军陆战队成员。他坚持在发动进攻之前做个广泛而详细的照相侦察。
此次进攻将从优恩半岛的古迪纳夫角开始。12月13日，麦克阿瑟飞往古迪纳夫视察部队上船情况。阿拉维战役将向克鲁格的阿拉莫特遣部队（即第6集团军）提供首次作战的机会，第112机械化骑兵团被挑选出来完成攻击任务
12月14一上午，工兵第2特别旅准备将第112机械化骑兵团送到阿拉维的岸上时，肯尼的第5航空队对日军防御部队实施了太平洋战争以来最猛烈的轰炸。美军攻占阿拉维的速度很慢，但伤亡还不到500人。
进攻阿拉维的当天上午，肯尼用飞机将乔治·马歇尔从莫尔兹比港送到古迪纳夫。月初同盟国参谋长们曾在开罗召开会议。麦克阿瑟派萨瑟兰参加了这次会议，但马歇尔显然觉得有些事他应该亲自告诉麦克阿瑟。他几个月前就希望这么做了，但总是有些重要的事干扰而没做。
两年来，麦克阿瑟在发给马歇尔的电报中经常抱怨给西南太平洋战区的支持太少，而且还含蓄地指出陆军部对他不管。因此，在这次战争期间唯一一次私人会晤中，马歇尔想告诉麦克阿瑟，他的困难并不是陆军部造成的。他说，困难来自金海军上将那里。金上将认为根本没有必要让陆军来控制太平洋上的任何一个战区。太平洋战区属于海军。马歇尔评论这位海军上将“对你在太平洋战区的地位不满。”金对麦克阿瑟的批评纯属人身攻击，而且很激烈。海军还也公开诋毁麦克阿瑟。金的敌对态度普遍得到了海军部长福兰克·诺克斯、参谋长联席会议主席威廉·D·莱希海军上将和罗斯福的认可。面对这样的反对力量，要想给西南太平洋战区以更多的照顾，他马歇尔能做的当然是微乎其微。
麦克阿瑟回顾了迄今为止在太平洋战争中海军的种种失败，并一针见血地指出了他在战区海军中还没有溃败过。让他感到震惊的是，竟然会如此纵容各军种间的对立。这会对战争的进程产生不利影响。他又重复了他以前说过的话：应该在太平洋实现统一指挥。如果这意味着他将成为一个下级指挥官，他也会接受这一职务的。
马歇尔知道麦克阿瑟担心在海军向中太平洋区挺进时，他被限制在新几内亚，尽管他很同情他，但并没有鼓励他改变这一点。只要存在一位总爱穿着蓝色海军披风的总统，马歇尔在争论太平洋战略问题时就会处在不利地位，而麦克阿瑟也和他一样十分清楚这一点。
西南太平洋战区的最后一次主要军事行动按计划进行了。在马歇尔起程回美国后不久，麦克阿瑟就回到了古迪纳夫岛。尽管他当时患有重感冒，嗓子很疼，但他个人还是希望海军陆战队按计划进攻格洛斯特角。“我知道海军是怎么想我的，”他对师长威廉·H·鲁帕塔斯少将说，“但我也知道，一旦他们投入战斗，他们肯定会有出色表现。祝你们好运。”
圣诞节那天，工兵第2特殊旅送海军陆战队第1师登陆。进攻只遇到轻微抵抗，但那里的地形的确像肯尼担心的那样又软又湿，承受不住重荷。海军陆战队发现被淹死的危险几乎和中弹的危险一样大。美军用了3个星期的时间才攻占格洛斯特角。
很快，阿拉维和格洛斯特角都显示出它们没有任何真正的军事价值。没有任何巡逻鱼雷艇基地建在阿拉维，也没有任何轰炸机从格洛斯特角起飞。1944年初，麦克阿瑟的作战突然转移了方向，把这些在新不列颠获得的徒有其名的胜利远远地抛在了后面。