土壤是自然界微生物的最大贮藏所。因为土壤经常受到生活废弃物以及大量来自人畜排泄物中的病原微生物和人畜肠道内正常微生物的污染。据国外资料报道。每克新鲜粪便中含有大肠杆菌5×106～5×108个；霍乱和伤寒患者排出的病原体，每克粪便含108～109个；每毫升生活污水含有1～100个肠道病毒颗粒，106～107个大肠杆菌；国外某些寄生虫病流行地区，人群中40％排出钩虫卵，30％～60％排出蛔虫卵和鞭毛虫卵；在蛔虫病集中区，71％的土壤样品中含蛔虫卵。
污染土壤的生物性病原体以三种方式危害人类健康，即：人-土壤-人、动物-土壤-人、土壤-人。
人-壤-人：人体排出的含有病原体的粪便污染土壤，人再生吃由污染土壤长出的蔬菜、瓜果而感染得病。一些细菌能污染土壤，而且能存活一定时间，如沙门氏菌约存活70天，志贺氏菌约1个月，霍乱弧菌约为8～60天。肠道病毒在中性土壤中可存活2～4个月，在低温条件下比高温存活时间还长。蛔虫卵在温带地区土壤中可存活2年以上。
动物-土壤-人：有病动物排出病原体污染土壤，人与污染土壤直接接触而感染得病。如牛患钩端螺旋体病，由尿排出的钩端螺旋体污染土壤或水，病原体可存活数周；人接触这种环境，病原体可通过黏膜、伤口或浸软的皮肤进入机体而感染发病。
土壤-人：人与污染土壤接触而感染得病。土壤中存在破伤风杆菌，此种菌的芽胞可在土壤中存活很长时间，在一定的条件下破伤风杆菌通过伤口侵入人体而引起发病。肉毒中毒是由肉毒杆菌所引起的一种严重的中毒性疾病，吃受污染的食物是中毒的直接原因。肉毒杆菌可在土壤内长期存在，在牧区大面积的土地可能受肉毒杆菌污染。