海上保安厅与陆海空自卫队的情报中心保持联络。必要时，该厅的舰船、飞机直接接收自卫队情报中心的情报，并得到海上自卫队兵力和武器等支援。为此，在每年举行的日本海上自卫队演习中，都演练海上保安厅与海上自卫队之间协同的科目。此外，海上保安厅还定期参加美国海军在西太平洋举行的演习。
出入国管理厅
出入国管理厅属于法务省的一个组成部分。该厅除监视公民入境和出境的主要任务外，移民厅还负责搜集侦察与反侦察情报。为此，该厅使用包括专门手段在内的各种方法。获取的情报除本厅业务工作中使用外，还向其他情报机关通报。移民厅对入境外国人的严密监视实际上是对反侦察情报机关的有力协助。
日本经济间谍无孔不入
日本早已建立起一个全球经济情报网，专门搜集世界各国的经济、政治、科技等方面的情报。目前，日本经济情报机构主要有两个：一个是文部科学省科技厅所属的科技情报中心；另一个是隶属于经济产业省的经济组织联合会，负责制订计划，掌管日本商业情报网。
日本在海外的8000余家企业中，有1000余家设有情报机构，每天传递的情报信息量多达6000余页。在日本产业界聚集着为数众多的商业间谍，仅在东京就有380家专门窃取企业秘密的侦探机构。
早在上世纪60年代，日本的“有心人”根据王进喜的一句话及其他蛛丝马迹，就分析出了大庆油田的地理位置。随后又根据中国报纸上一张有关炼油厂反应塔的照片，推算出大庆炼油厂的规模和能力。还有，中国的宣纸、景泰蓝、景德镇瓷器等技艺以及湖南某橘园害虫的天敌赤眼蜂的卵和新疆哈密瓜种子等都被日本人“巧妙地”变成了自己的“专利”或“特产”。
日本于1982年组建了专为日本各公司培养间谍和反间谍人员的产业保护学院。日本商业间谍搜集经济情报的手段五花八门。日本经济情报人员为大量收集素材，甚至将外国一些大饭店的菜单都翻译成日文，作为资料留存。
日本防卫省情报本部
防卫省即自卫队情报本部，主要担当军事情报活动，该部下设6个部：总务部、计划部、分析部、联合情报部、图像与地理部、电波部。
防卫省情报系统
防卫省是日本的最高军事机构。防卫省负责军事情报工作的部门有防卫局的第一课、第二课、各幕僚监部的调查部以及幕僚长联席会议的第二幕僚室。
防卫省防卫局
防卫省防卫局设有专门负责对外进行军事谍报活动的调查一课和调查二课，它的主要任务是：
一、搜集、整理有关防卫、警备方面的情报、资料。
二、指导陆上自卫队、海上自卫队、航空自卫队各间谍情报机构的工作。
三、综合上报军事系统搜集的情报。
四、与内阁情报调查室、外务省等机关联系。
五、派遣和掌握驻外国大使馆的防卫驻在官。
日本驻外防卫驻在官即派遣到国外的武官，其主要任务是搜集外国的军事情报。根据《日本外派防卫驻在官法》的规定，驻外防卫驻在官只是使馆的一个成员，由大使管辖，不能直接与其派遣机构——日本防卫省防卫局联系。日本驻外防卫驻在官“要服从外务省驻外使馆长的指挥和监督”，以免发生战前那种驻外武官左右局面的情况。
海陆空自卫队情报网
日本历来重视军事情报工作。二战初期，日军能够侵占大片亚洲地区，一个重要原因就是他们准确地掌握了有关情报。战后，日本自卫队自建立至今，其情报体制随着自卫队的发展而不断完善。
目前，日本的陆、海、空三军自卫队幕僚监部（即参谋部）均设有独立的情报机构。陆上自卫队幕僚监部调查部是日军情报机构的中坚力量，日本85％以上的高级情报人员集中于该部。陆上自卫队幕僚监部调查部手中有三支“王牌部队”：一是中央调查队，负责国内情报；二是中央资料队，负责搜集国外情报；三是调查部别室，专门从事无线电监听。
海上自卫队幕僚监部调查部主要负责对俄罗斯、中国等周边国家海军实力的侦察以及对日本的领海实施监视。冷战时期，它将主要精力放在侦察苏联核动力攻击潜艇的活动上，配合驻日美军的情报工作。
航空自卫队幕僚监部调查部主要负责针对日本周边国家空军实力的情报刺探，如作战部署、飞机配备和战术运用等。
驻外武官也是外国军事情报的重要提供者。日本的驻外武官受双重管辖。外务省国际情报局向驻外武官提供经费，并起管理作用；防卫省防卫局负责选派驻外武官，并指导、掌管其业务。但是，驻外武官搜集的外国军事情报不得直接上报防卫省，而是由使馆统一上报外务省，由外务省国际情报局根据情况再转发防卫省。这在一定程度上影响了情报的时效性，一些有价值的情报有时被扣留，影响自卫队及时获得情报。
自卫队资料队
自卫队资料队成立于1952年，是一个军事情报机构，它的任务起初是对部队所在地及司令部进行警卫、调查，后来工作范围逐渐扩大。为了编制便携《警备地志》，资料队对全日本的地形、交通、航行、通讯以及市容、气候、政治、经济、社会和警察、消防、重要设施等情况做详尽的调查，并绘制成包括上述内容的国内作战简明地图。该队还负责对社会党、共产党、工会、反战团体和其他激进派组织所在地、领导人及其住址等情报的搜集。
据日本媒体披露，自卫队资料队目前已把一般情报活动作为自己的工作重点，并按陆、海、空三军进行编制，其中以陆上自卫队的资料队为最大，有队员200余人，海上资料队40余人，航空资料队40余人，大部分是情报专家。陆海空自卫队各资料队均由幕僚长指挥监督。
自卫队三军资料队以搜集国外公开发行的报纸、杂志、图书为主，有组织地翻译这些材料，并从字里行间挖掘出有价值的情报，逐条编辑，撰成《情报资料日报》和《技术资料日报》，报送陆海空自卫队幕僚监部。前苏联的《红星报》和《军事报》、中国的《人民日报》和《解放军报》、美国的《航空及太空技术周刊》、西德的《士兵与技术》等都是各资料队的不可或缺的刊物，他们正是从这类刊物中获得了大量有价值的情报。
例如，根据前苏联列车和客机的时刻表，推算出西伯利亚铁路运输能力和飞机场跑道的长度；从人事变动的报道中分析出前苏联部队调配情况；从《沉着应付故障的驾驶员》的文章中，分析出前苏联飞机燃料系统的弱点；从增发运送工人上班的列车班次查明中国新油田的位置等等。
自卫队调查队
自卫队调查队是一个反间谍侦察机构。它的主要任务是反间谍、反策反和防止泄密。调查队的活动范围遍及全日本。
日本的陆海空三军自卫队司令部均设有调查队，约700人左右。其中以陆上自卫队调查队规模最大。调查队在团级部队中设有1名-2名调查员，负责反间谍活动。调查队的具体任务是对自卫队的有关人员的社会关系和私生活做调查，查访有无泄密和间谍活动等情况。调查队也参与《警备地志》的编制工作。
陆上自卫队幕僚监部第二部
第二部又称陆上自卫队幕僚监部情报部或调查部。它是日本陆上自卫队的军事情报机构的领导机关，是日本自卫队军事情报系统的“大本营”，80％的日本高级军事情报人员集中在这个机构内。它不仅搜集陆上自卫队作战所需的情报，还为全日本的自卫队及日本政府提供军事、政治、经济、科技等情报。该部主要下设四课：
调查一课即对内情报课，负责收集日本国内的情报。
调查二课即对外情报课，负责收集国外情报。
调查三课即业务课，负责制订侦察计划。该课还设有特情组，负责指导日本军队中的特情。
调查四课负责监听、破译密电码等活动，简称别室。
除以上四课外，该部还设有翻译课、地形课、总务课。
二部别室即陆上自卫队幕僚监部情报部调查四课，是日本最秘密的军事情报机关，是日本陆海空三军联合技术侦察机构。
二部别室成立于1958年，总部设在东京涩谷，全国有7个通讯所和2个分遣队，分布在日本各地，备有高性能的电子监听设备，24小时不间断地工作。主要任务是负责截收电讯、破译密码等电子情报，特别是侦听以中国、俄罗斯、朝鲜为重点的各国无线电通讯，截获破译其密码，所获得的情报通过内阁情报调查室上报国安会议和内阁总理大臣。二部别室共有工作人员1200人，每年经费10余亿日元。它名义上属于自卫队陆上幕僚监部领导，实际上直接受内阁情报调查室指挥。
日本掌握着世界上最高水平的汉语密码破译技术，约有1000人参与电波的窃听与破译工作。1971年9月13日，中国发生林彪乘机叛逃摔死在蒙古温都尔汗事件，国外第一个侦听到这一重要情报的就是日本自卫队的二部别室。他们准确地获悉了林彪事件。日方当时发现，中国内地处于一级战备状态，禁止一切军用与民用飞机飞行，军队取消一切休假，空中电波量激增。日本方面于9月22日，即林彪事件9天后，通过《朝日新闻》记者断言“在中国发生了异常事件”。而北京公布林彪事件已是第二年的7月了。
1983年，前苏联在其远东上空击落了一架韩国客机，二部别室准确地截获了前苏联歼击机和地面指挥部进行通讯联络的内容，破译了前苏联从发现韩国客机进入前苏联领空到下令发射导弹击落客机的全过程的讯号，并及时向美国提供了前苏联飞行员与指挥部对话的录音带，对侦察了解这一事件的真实过程提供了最详实的情报资料。
情报委员会和情报本部
早在1992年，为了加强军事情报的搜集能力和分析能力及适应冷战后多变的国际形势，实现由当时的防卫厅防卫局、陆海空自卫队各幕僚监部、幕僚长联席会议获得的情报一元化，日本防卫厅设立了情报委员会。委员长由防卫厅事务次官担任，委员由防卫厅干部组成，下设“情报企划小组委员会”。
防卫厅情报委员会是在这样的一个背景下组建的：防卫厅原是负责军事情报的部门，在防卫局有调查一课、二课；各幕监部有调查部，幕僚长联席会议的第二幕僚室等等，这些情报部门除监听军事通讯联络、分析美军提供的卫星照片外，还利用全国28处雷达基地和反潜机PZC等搜集别国航空和军舰的情报。
然而，上述这些情报活动都各自独立进行，经常有几个部门都分析同一内容的情况，部门间也几乎没有相互的情报交换。因此，防卫厅便设立了情报委员会，以统管防卫厅各个军事情报部门，作为与技术本部和协调实施本部同级的附属独立机构。
1995年8月，日本防卫厅又做出决定，将情报委员会改建为幕僚长联席会议内的“情报本部”，以便使陆、海、空三军自卫队等各自进行的军事形势和战略情报调查分析业务一元化，从而使日本有了一个政治、情报与军事一体化的大规模的国际情报机关。
防卫厅情报本部的建立，就把过去各幕僚监部分散活动和低效率的情报调查业务，统统汇总到幕僚长联席会议议长那里，由防卫厅有关部门统筹指挥和监督，这在一定程度上加强了三军自卫队幕僚长联席会议的职能。
目前，情报本部的年度预算约为80亿日元。以成立防卫厅情报本部为契机，日本已跻身于情报强国之列。
二战时期的日本情报活动空前活跃，其驻外使馆就是日本在各驻在国的情报中心。日本军部多次指挥外交人员搜集驻在国对战争的态度和备战动向。乔装为日本驻檀香山副领事的海军少尉吉川猛夫经过长时间的秘密侦察，终于在1941年11月28日向日本国内发出了一份美军在珍珠港内停泊舰只的详细情报。9天以后，日本海军联合舰队突袭珍珠港，重创美国太平洋舰队。军事史学家此后在评论珍珠港事件时都不得不承认：真正重创了美国太平洋舰队的是这个外表上吃喝玩乐的日本年轻间谍！
战争期间，日军还在阿根廷首都布宜诺斯艾利斯建立了针对拉美和美国的间谍网。这个间谍网由工藤田出在日本驻阿根廷大使馆坐镇指挥。华盛顿反间谍报机构截获和破译的日本密电显示，为间谍网效劳的阿根廷人当中有该国总统的儿子小卡斯蒂略和驻秘鲁大使的儿子科隆布雷斯。东京在1942年为这个间谍网拨活动经费12.24万比索，其中包括宣传、购买报刊和礼品、收买军事文件等费用。日本外务省多次表扬布宜诺斯艾利斯情报站，认为该站提供的情报为“我们采取行动做出了重大贡献”，并要求继续加强工作，刺探关于美国国内情况及其生产能力和商船队运输力量的情报。
据美国联邦调查局局长胡佛1944年签发的一份报告说，这个间谍网进行了几次破坏活动，他们把装有化学物质的圣女塑像作为礼品送给前往美国和英国的海员，这些塑像使几艘船只爆炸起火。另外，在收集盟国船只运输、美国政治和南美政局等情报方面，德国、意大利和日本进行了情报合作。
战后日本作为战败国，被剥夺了独立的军事能力。美军占领当局取缔了日本全部谍报机构，其一部分人员被美国占领军的谍报机关控制利用，直到1952年美国结束对日占领时，日本才在美国中央情报局的扶持下重新成立了自己的谍报机构。
再次走向情报大国
冷战结束后，日本在加速进行防卫战略调整的同时，愈加重视军事情报活动。特别是近年来，日本自卫队情报部门不断派出一批批少壮派军官，通过各种方式亲历如两伊战争、海湾战争、联合国核查伊拉克核生化武器等国际军事现场。在美、法等国的帮助下，日本防卫厅情报本部还建立了庞大的电子影像资料库，收入大量东亚及周边地区的精密军事地图和卫星图片。日本逐渐走向情报大国已成为不争的事实。
1997年8月，当时的日本防卫厅确定了重点搜集亚洲地区军事情报的基本方针。为此，日本一方面极力谋求同中国、韩国、俄罗斯等周边国家的军事合作关系与安全保障对话，企图通过正常的军事交流获取军事情报；另一方面又向驻亚洲各国使馆增派武官，使其成为日本获取军事情报的重要来源。有关“苏-27”战斗机基本性能的数据资料、朝鲜“劳动1号”中程导弹情报等，都是日本通过军事外交获取的。
2002年11月14日，中国外交部发言人孔泉在例行的记者招待会上说，日本驻华使馆武官天野宽雅于10月26日下午在中国浙江省擅自闯入中国军事禁区并进行拍摄，窃取军事情报，被中方有关人员当场发现并且制止。他的行为触犯了中国法律，而且证据确凿，中方已经要求日方召回窃取中方情报的驻华武官。