孙殿英始终是个以个人利益为中心的唯我主义者，信奉有奶就是娘，有枪就有权。根本无所谓革命与反革命的进步与落后的差别，在一定时间、地点、条件下，谁对他有利，就利用谁为他服务。
这时，孙殿英一方面利用戴笠做靠山，谋取头衔，取得军费、弹药的补充，一方面则积极与共产党人接触，保持联系，利用中共党员的革命献身精神与强有力的政治工作为他训练部队，提高战斗力。因此，在孙殿英编成的四个大队中，有不少干部是由共产党员担任，其中有位大队长就是共产党派遣的干部。
孙殿英到石家庄东长寿以后，在车站会见了当时以国民党军委会政治部副部长身份乘专车北上宣传抗日的周恩来，孙当即向周恩来表示，拥护国共合作，坚持抗战立场，并接受了周恩来介绍到孙部工作的共产党人靖任秋。
1939年1月，蒋介石手令何应钦将孙部改编成新编第五军，下辖第三师和第四师，所部调防河南林县，靖任秋调任第四师副师长。新五军处于蒋军晋东南根据地的前沿，所以蒋介石对孙殿英的一举一动非常注意，既防他通共，又防他投降日伪，不断指示戴笠加强对孙部的控制。
戴笠为此除继续派大特务严家诰以新五军高参名义随孙部行动外，又加派大特务徐静远、张振远为“军事委员会平汉路北段爆破总队”正副总队长，成立一千余人的庞大爆破队，军统电台随孙部行动，亦步亦趋对新五军进行监视。另外，又成立军统局晋东南站，派山西人、黄埔五期毕业的大特务乔家才为站长，重点还是加强对孙部的监视控制。
戴笠来到新五军驻地，通过对各方面进行深入考察了解，发现在孙殿英身边确有不少共产党人，但孙殿英是很狡诈精明的，他始终把各级军事主官交给其旧部军人掌握，不让共产党人担任实职。这说明他对共产党也仅限于利用而已。
戴笠据此认为，孙殿英仍是个绝对的个人主义者，处处以个人利害为转移，投共绝非他所愿，投日伪却有可能，但不到无路可走时，当不致出此下策。然而当前要他断然采取反共立场，似乎也不太现实。
因此，戴笠的策略是继续加强对孙殿英的监控，逐步收紧绳索，加大压力，逼迫他采取反共、清共措施，摆脱共产党的影响，确保他为国民党所用。同时，作为控制孙殿英的措施之一，戴笠在这次与孙殿英的会晤中，主动提出与孙拈香拜把，结为兄弟，孙殿英一听，自是喜不自胜。于是孙年长为兄，戴年少为弟。自此以后，戴称孙为“魁元兄”，孙也改口叫戴笠为“雨农老弟”。
“雨农老弟”“校阅”既毕，开始旧事重提，拾起东陵盗宝的话题。“魁元兄”是一点就通之人，马上连叫“请罪”、“请罪”，立即交出已在南京许诺的“龙泉宝剑”，即托戴笠代为转献。
戴笠得剑后细细把玩，果然名不虚传，确是平生未见之稀世珍宝。一时心花怒放，笑逐颜开。他连拍孙殿英的肩头说：“魁元兄，有了此剑，我包你后半生平安无事！”
戴笠对此剑极为看重，但因为还要继续前往中原各部队视察，检查贯彻五届五中全会所定反共方针的情况，生怕带着此剑过于招摇，难保没有闪失。于是亲自交代大特务马汉三，要他视陆路“保险”时将此剑带交何应钦，再由他本人亲自转献于校长。
马汉三原系军统北平区张家口察绥站站长，这次由戴召到林县见面，改调他为军统陕坝工作组组长，专门负责内蒙一带的特工活动，并对率部进入绥西作战的第八战区副司令长官傅作义进行监视控制，以防他通共联共。
林县分手之后，戴笠在外转了一大圈之后，很久才回到重庆，然而也还未见马汉三将此剑送来。发电催问，马汉三回答说，风云突变，为安全计，古剑仍留孙军长处，容日后再做计议。戴笠再去电问孙殿英，孙则久久没有回电，因此时孙与日本侵略者在暗中洽谈投降事宜，无暇顾及领会戴笠重提讨剑一电的用意，因而将此事搁下。留下一段公案，终至危及戴笠日后生命。
七七事变后，仅一年多时间，中国半壁河山已处在敌蹄的蹂躏之下。随着国民党数百万大军的战败和溃退，军统掌握的公开机关大都随军西撤，军统秘密组织则纷纷进入潜伏状态，继续从事沦陷区的特工活动。
由于蒋介石长期推行“攘外必先安内”的对日绥靖和顽固反共政策，戴笠的特工工作缺乏对日特斗争的思想、组织和业务训练与物质准备，结果匆忙转入真正意义上的地下工作，使得平日里习惯依靠统治阶级的力量，为虎作伥、养尊处优的军统特务，根本适应不了艰难困苦的地下特工生活，结果在日伪特务汉奸的威逼利诱和残酷打击下，纷纷暴露瓦解。最使戴笠心痛的是许多军统特务被日伪逮捕后，又摇身一变，公开落水当起汉奸特务，转过身来更加凶狠地帮助日伪组织向军统进攻。军统南京潜伏区彻底垮台。
接着是军统上海潜伏区受到沉重打击。由于上海租界当局对军统特务暗杀唐绍仪事件不满，先后逮捕了上海潜伏区情报组长和助理书记刘方雄、王方南以及上海区区长周伟龙等人，后经戴笠出钱买通租界探警人员，刘、王、周等人先后获释，调往香港、重庆。
周伟龙调走后，戴笠调华北区区长王天木接任上海区长。1939年夏，上海区人事股长陈明楚被汪伪七十六号逮捕后投敌。经陈明楚出卖，上海区机关遭到极大破坏，区长王天木也被逮捕。因经不住七十六号特务的威胁利诱，也公开落水当起了汉奸。
这个时期同时落水投敌的军统大特务还有忠义救国军淞沪指挥部副总指挥兼第一纵队司令何天风、上海区行动组长林之江等。这些军统特务投敌后都先后在汪伪特工总部（七十六号）出任要职，疯狂地破坏打击军统潜伏组织。
王天木在上海投降日伪后，其在天津的老部下、军统天津站行动组特务裴级三受王的影响，也在当年9月向日伪投降。他把平、津、保定站和唐山、沧县两个组的人和组织一并出卖给日本人，致使华北区受到致命打击，仅有区长陈恭澍一人逃往重庆，区书记曾澈以下若干人员被捕，嗣后有的投敌、有的坐牢、有的被杀、有的潜逃，华北区组织机构从此瘫痪，活动陷于停顿状态。
几乎在这同时，军统外围组织平津抗日锄奸团亦被株连，惨遭打击。大批团员被捕坐牢，不少人被杀害。组长曾澈也未能幸免。
戴笠多年苦心经营起来的南北两大特工中心上海、天津受到严重破坏。震惊之余，戴笠一方面迅速调整人事，指定原上海区行动组长赵理君代理上海区长，原华北区副区长倪中立出任天津站长，重建上海区和天津站；一方面指令赵理君、倪中立制裁王天木、裴级三。
但是，全部出师不利。
赵理君不但未能完成任务，甚至自身在上海也不能立足，戴笠只得将他调往重庆任局本部行动处科长，派陈恭澍到上海任区长，执行制裁王天木的任务；赴天津组建天津站，负责制裁裴级三等汉奸任务的倪中立到津后，立足未稳，即遭日特破坏，倪中立也被杀害。
屋漏偏遇连阴雨。
不久以后，戴笠又续派大特务陈仙洲到天津建立特别站，派张家铨重建天津站，两站再次被日特破坏，仅余张家铨、陈仙洲二人分别逃回河南和重庆，站中许多人被捕。从此以后，天津站一蹶不振，始终未能重建起来，军统在天津的组织只余下一些零星的小组或电台断断续续在活动。
1939年底，汪伪七十六号特务在王天木的协助下，又赶赴青岛，将军统青岛站长傅胜兰特以下十余人，连同电台全部拿获，傅胜兰等一批人亦集体投靠了七十六号特务组织。在这期间，军统武汉区也被日本宪兵队破坏，区长李果谌被捕投敌，出任伪皇协军参谋长，后因争权夺利，被伪皇协军司令熊剑东借机诛杀。
面对一连串失败，戴笠十分窝火，他要反击了。
1939年5月6日，汪精卫一行从河内抵达上海，很快与原中统特务头目丁默村、李士群等人先期成立的汉奸特务组织合流。一时，上海的各派蒋系势联合成为蒋介石批准统一指挥的力量，与日汪汉奸特务斗争。但是，统一委员会负责实际工作的CC系特务吴开先指挥不了军统在上海的组织，统一委员会还是“统而不一。”
接着，戴笠给军统上海区区长陈恭澍下令，指示他在上海广泛组织除奸活动，反击汪伪汉奸势力。
陈恭澍奉命后，于这年秋天派军统特务詹森把汪伪七十六号特务组织的后台人物季云卿杀死在上海威海卫路智仁勇中学对面。
反击初战告捷，但也是很艰辛的。
季是上海青帮“通”字辈流氓，七十六号的大头目丁默村、李士群、唐惠民都是季云卿的“徒弟”，七十六号的许多凶狠打手，都是经季云卿介绍的。所以陈恭澍首先选择季云卿作为打击七十六号的目标。但是，不料后来詹森因自泄“天机”而被七十六号逮捕，由汪伪特工委员会主任周佛海批准将詹森枪毙。
之后，军统少将高参萧家驹、军统特派员罗梦芗先后到上海开展除奸活动，均被原先从军统落水的七十六号第四行动大队长万里浪诱降引荐给七十六号特务头目丁默村、李士群，由七十六号分别安置为“和平救国军”的参谋、七十六号的顾问等职。
1939年10月，军统少将特派员王钟麒、李济时被派到上海不久，也被由军统反水到七十六号任第一处处长的林之江出卖抓进七十六号，先后投敌，被聘为七十六号顾问和专员。
这年年底，军统特务李持平、陈家栋也先后被由军统反水过去的特务吴道绅出卖，未经用刑就投降了七十六号，也被分别委任为七十六号专员和电务处电务员。后因发现李、陈二人仍暗中与戴笠保持联系，当即命七十六号第一处处长兼第四行动大队大队长万里浪将二人押赴上海中山北路七十六号刑场一起枪杀。
戴笠屡战屡败，极为震怒。
他总结了这一年多时间里连遭失利的关键是一批军统特务的反水，他们像“多米诺骨牌”效应一样，一个落水，带动一串；一串落水，又带动一片。
为了扭转被动局面，戴笠经过反复研究，认识到汪伪汉奸特务的手法是以“军统”打击军统，自己何不以其人之道，还击其人之身，暗中收买拉拢汪伪汉奸特务打击汪伪汉奸。于是，戴笠急电军统上海区长陈恭澍，指示他或用重金收买，或用既往不咎、将功赎罪等办法，对原先落水的军统特务，进行反收买。然后利用他们开展除奸活动。
陈恭澍接电后依计行事，首先收买到王天木的随身警卫员马河图，许以重金，要他伺机暗杀王天木、何天风、陈明楚等一批汉奸特务。
1939年12月25日的圣诞之夜，马河图利用王天木、陈明楚、何天风等人到沪西北来夜总会去享乐的机会，趁他们舞兴正浓时，拔枪突袭他们，将何天风、陈明楚当场打死。马河图对王天木念在多年的老上司的份上，一时手软，使王天木瞬息之间躲进沙发背后，幸免一死。马河图当即逃离夜总会。由陈恭澍将他转移送到重庆，向戴笠领取十万元奖金。王天木虽死里逃生，但由于涉嫌太多，也被七十六号牢房扣押起来。戴笠一击而中，也出了口恶气。重整势力
抗战初期，一方面，军统在沦陷区的各级潜伏组织出现了一股反叛、分化、瓦解之潮；一方面，军统在国统区或大后方的各级组织利用手中的特权，大肆弄权作势，贪赃枉法，胡作非为，使军统恶名远扬。这使戴笠感到一种危机，多行不义必自毙，忧虑如此下去，军统组织将有垮台的危险。
1940年12月30日，戴笠在重庆军统局本部孙总理纪念周上发表《发扬正气》的讲话时指出：“当然，就我们的政治环境来讲，有的人是很讨厌我们的。但抗战好几年过去了，人家都不能排斥我们，并且不能离开我们，为什么？这就是今天的基础和力量。这就是今天对时代的需要，所以今天我们的问题，不在于我们的工作是否重要，而在于我们的房子很大，柱头很小。我们本身的声望超过了我们的力量，我们怕的是自己实不足以副名，就我们现在所掌握的公开机关的业务性质来说，在交通方面有运输监察；在经济方面有缉私；在治安方面有警卫、稽查和特检；在内政方面有全国警政；经济、治安、交通、内政、军事，今天都已掌握在我们的手里。”
权力越大，越容易产生腐化现象。为此，戴笠开始在军统内部进行整肃工作。
根据抗战初期军统各地潜伏组织纷纷反叛、瓦解的教训，戴笠首先注意在吸收军统成员时严格把关。
早在1938年5月4日，戴笠就致电广州的军统组织，指出：“非常时期之工作，不可用流氓。因流氓行动招摇，不切实际，用之未有不败也。”
1939年7月3日，戴笠再次给军统各外勤组织指示：“发展工作需能结纳同志，深入群众。”
以后，戴笠进一步提出军统工作的十六字方针：“主义领导，理智运用，感情结纳，纪律维系。”
按照这个方针，戴笠十分强调军统组织的发展必须注重政治上绝对可靠忠诚，一方面要加强感情培养，一方面要用严明的纪律来维系团体的存在。对此，戴笠曾经在军统局本部纪念周会上，对军统大特务们大讲他的“官”、“管”、“棺”的三字经，即对特务统治的手法：先是给“官”做，但如果特务们贪赃枉法、不负责任，则加竹为“管”，如还不能达到目的，则添木为“棺”。
戴笠对“管”有很多手法，运用得最多的、惩罚最轻的一种，是在军统局本部纪念周大会上痛骂一番。戴笠骂人的特点是异常冷酷严厉，且越是人多的场合，越是在有来宾的场合，甚至越是在夫人小姐出场的场合，戴笠骂人的劲头就越足。
因此每到纪念周或每年的“四一”大会、圣诞节、招待会、集会等重要场合，大小特务们无不战战兢兢，提心吊胆，担心由此要吃到一顿“大菜”，即使是亲信大特务也不能例外。军统大特务赵世瑞，黄埔四期毕业，曾任军统局重庆卫戍总司令部稽查处处长、局本部缉私总处副处长，是戴笠身边的头牌宠信人物，但因为乱搞女人，与军统五原办事处副主任史泓一起，被戴笠在局本部纪念周大会上骂得一塌糊涂。
由于戴笠骂人言词尖刻，态度粗暴，有的大特务甚至因受不了戴笠的痛骂而自杀。曾任重庆卫戍总司令部稽查处副处长的王克全，因参与暗杀杨杏佛、史量才而受到戴笠的赏识。但在一次日机对重庆的空袭轰炸中，他保管的100支刚从香港购进的左轮手枪被炸毁。戴笠是爱枪如命的，闻之大为光火，当即在电话中对王克全一阵痛骂，声嘶力竭地挖苦训斥：“你不好好保管这批手枪，是不是怕拿去对付你过去的老祖宗（指共产党）！”王闻之羞愧无以自容，精神崩溃竟不能自已，接完电话后，关上稽查处处长办公室的房门就开枪自杀了。
军统兰州特训班教官宋良，因忍受不了戴笠的痛骂，竟出家当和尚去了。