对一些年轻气盛的大特务，戴笠不但予以责骂训示，而且故意降级使用，以磨其锋芒。军统大特务毛万里曾任军统北平区站长、区长，1939年调重庆中央高级干部训练班受训后回到军统等待分配。戴知其恃才傲慢，好高骛远，就将他分配在重庆卫戍司令部稽查处当一名上校秘书。毛万里内心不服，大闹情绪，又遭戴笠一顿痛骂，说：“万字头上两只角，我是磨角人。”毛万里知道跳不出戴笠的手心，只得收敛锋芒，老老实实在稽查处干了几年，才得到调升外放，成为独挡一面的大特务。
骂人之外，戴笠惩处特务的方法是撤职查办。在军统内部，大特务们受到撤职可以说是家常便饭。赵世瑞被骂过之后，因恶习难改，坚持要讨小老婆，被戴笠一纸手令，免去缉私总处副处长的本兼各职，解甲归田。受到过撤职或免职处分的还有不少将级大特务，有的还被关押过。
至于中、小特务因失职或违反团体纪律被撤职、关押的更是不计其数。戴笠在西安一个会上，就曾经当场宣布将私自结婚的姜维世和陈友桂一对军统夫妇给以关押五年的处分，以维护戴笠宣布的军统特务抗战期间不准结婚的禁令，自此以后，特务们均采取秘密结婚的办法，或谎称是从故乡来的父母包办婚姻，在沦陷区的特务则申请结为“工作夫妻”。
关押军统特务，是戴笠处置违纪特工的最严厉的一着，其关押的地方，也根据其罪行等级有所区别。罪行较轻的关在望龙门看守所，特务们称之为“小学”；稍进一步则关押到白公馆看守所，谓之“中学”；罪行很大的则关到息烽集中营，谓之“大学”。
对于息烽集中营，军统特务沈醉在1941年5月8日的日记中曾有过一段记述：“明选等纵谈息烽在押之人犯种种惨事，闻之使人抱无限同情，尤使人惊心胆小。对今后一切更不能不立稳脚跟，那儿真不是开玩笑的，越听越使人恐慌。人世间之惨举，一幕幕如摆在眼前。诸事留心，不自由的生活真太惨！”
在1942年3月6日的日记中，沈醉又写道：“睡前谈杨（阳）朗坝之惨事太多，神经方面不无影响。为人莫犯法，犯法身无主，思之每为悚然。”
“管”不住，戴笠的手法就是加木为“棺”。抗战初期，戴笠为了整肃内部，表示军统的廉洁，即使是对一些罪不至死的特务，也动辄判处死刑。贵阳邮检所一个女特务因贪污了几十元汇款，由戴笠亲自审问后处决。当时这名女特务正怀孕，挺着个大肚子，向戴笠哀求能让她把孩子生下来再去死，戴笠也未答应。
戴笠对军统中、小特务有生死予夺之权，可以不经过蒋介石批准而处死。但有时为了沽名钓誉，在蒋介石心目中取得一个“治理严格”的名声，有意把一些具有宣传效果的案件报请蒋批准。
1940年春，戴笠的随身警卫员王春泉负债与财政部女职员李琼私自结婚，后为还债，借用军统局车队名义，私收重庆商行的运货定金。事发后，被戴笠以诈骗罪处以死刑，向蒋报告后，公开执行枪决。
同年冬天，戴笠的汽车驾驶员马福玉受命去浙江给局本部运一批贵重药品回重庆，因受局本部汽车队长黄四钦之托，顺便帮他夹带一箱走私的文具到重庆贩卖，被宪兵团查获。戴笠闻讯，认为马福玉丢了军统的面子，污了军统的名声，立即下令将马福玉扣押，送交军法处。经审讯后由戴笠亲自判处死罪，报蒋介石批准。
马福玉为戴笠安全开车十年，忠心耿耿，很得戴笠赏识，现在竟因受人之托带一箱走私文具而成死罪，毛人凤、张冠夫不免可惜，于是向戴笠求情，免其一死。戴笠回答说，我报批马福玉的死刑，是为了促批王世和外甥那个案件。结果，王世和外甥没有扳得倒，马福玉却被蒋介石批示枪决，在重庆西区公园执行。马福玉终为王世和外甥而枉送一命。
在抗战前期被戴笠关杀最多的，还是因贪赃枉法而犯案的。即使对一些出身权势之门的特务，戴笠也毫不手软。
一次，某中央委员因其子在军统供职时贪污被押，其人访戴笠要求宽大处理。戴笠虽然政治地位远不及中央委员，但权势之大又是中央委员不及的。结果，戴笠当面应允，待这位委员刚回到家，即报其子已被枪决。
还有一次，临训班一名教官调重庆工作后，偷窃同事公款三千元，事发后戴笠下令枪决。行刑时安排得别开生面，先让该教官去篮球场打球，一球在手举起，行刑人员的枪声已响，人即倒下。
事后，戴笠还说这是为了“不使殉法者以精神上的痛苦”，实际是杀鸡儆猴，威慑其他军统特务，使各位都听他的。
抗战期间，戴笠为了整肃内部，到底枪决了多少特务，实无从统计。据说，在军统成立十周年召开的“四一”大会上，戴笠曾将殉职者与殉法者的照片都在会场陈列起来，两种人加在一起，约五百多人。可见所谓殉法者，当不在少数。
戴笠为了笼络人心，对被处决的特务家属，给以与殉职者同样优厚的待遇，对其子女的抚恤也从厚从优，以此表示“团体”的关怀和“家长”的慈悲。
军统安徽站芜湖组组长洪云樵，因“擅自撤退”被戴笠下令枪决，后戴笠电令安徽站贵池组组长汪半樵派特务吴智新到泾县桥河查访洪云樵遗孀遗孤上报，不久即予以抚恤安置。
平时每逢春节，殉法者家属与殉职者家属一样都能领到抚恤金。婚丧以及意外事故都能发给资助金，以激励和宽慰生者与死者。
为了进一步加强内部整肃活动，从1940年开始，戴笠在重庆赣江街八十二号江西会馆万寿宫内秘密开设了监察人员训练班，其任务就是为了加强对特务的秘密活动。不久，戴笠又批准成立视察人员训练班，其任务是对特务进行反贪污活动，班址设在距重庆松林坡戴公馆一百米处，戴笠称他们是特务中的特务。到抗战中、后期，因军统的贪赃枉法、违法乱纪活动愈演愈烈，加之戴笠自身也弄权作势，故眼睁眼闭，不了了之。所谓整肃，也成了整而不，做做样子罢了。
1937年8月13日，沉睡在梦中的大上海忽然被一阵阵枪声惊醒，“八一三”战事爆发，日军大举侵华，中日战争进一步升级。
国民党军队执行片面抗线路线，节节败退。戴笠匆忙逃至武汉，指派原苏浙行动委员会武装特务干部训练班副主任余乐醒和谢力公，到湖南着手准备一个大规模的特务训练班。
1938年1月，余乐醒回到长沙，马上把长沙南门外天鹅塘旭鸣里四号融园一座大洋楼全部腾出，作为筹备处，日夜紧张地从事准备工作。
戴笠有意把特训班办成自己的“小黄埔”，很下了一番功夫，他本人虽不能亲自主持特训班的活动，却在班里设了一个主任办公室，遥遥控制。他亲自选定地点，把常德北面临澧县中学作为班址。
秋季的临澧青山秀水，绰约美丽。几辆汽车向临澧县城疾驶而来。
特工头号人物戴笠戴雨农来视察了！
余乐醒早一天晚上就知道了戴笠要视察的消息，连夜做了一番布置。他派出两个中队担任警戒任务，小小的临澧县城三步一哨，五步一岗，进入了紧张的气氛之中。
戴笠的车队刚驶到县城附近，余乐醒早已率领全体教职员和学生在道旁恭候多时。
“立正——”一声号音发出之后，全城四处响起了立正号音，交通道口武装学生立刻断绝了交通，临澧县城进入戒严状态。
余乐醒急忙跑到车旁，殷勤地打开车门：“戴主任，请。”
一个身材高大、长面孔的人走下车来。他那阔而厚的嘴紧闭着，显出一副深不可测的威严表情。
“欢迎戴主任来特训班视察！”余乐醒沉浸在他精心设计准备的热闹隆重气氛中，却忘了注意今天的主角戴笠的表情。他转过身来，“啪”地一挥手，戏剧性地吼道：“唱！”
全体教职员和学生都齐声高唱起来。
革命的青年，快准备，
智仁勇都健全！
掌握着现阶段的动脉，
站在大时代的前面！
贫贱不能移，威武不能屈，
维护我们领袖的安全，
保护国家领土和主权！
须应当，刚强沉着，
整齐严肃，刻苦耐劳，
齐心奋斗！
国家长城，民族先锋，
是我们！
革命的青年，快准备，
智仁勇都健全！
戴笠一看到街道两边黑压压的欢迎队伍，一听见那震耳欲聋的鞭炮声、鼓乐声，心顿时往下沉，气不打一处来。他看见乐醒带着十几个地方乡绅模样的人迎了上来，真想破口大骂。十多年来，他为了自身的安全和特务工作的需要，总是尽可能不在公开场合露面，想不到余乐醒竟如此不识时务，搞了这么多隆重的欢迎仪式，还邀请地方乡绅！
可是，当着地方乡绅的面，他不便发作，只好下车，勉强含笑地跟来人握手寒暄。可最后，他还是忍不住压低声音，愤愤地对余乐醒说：“撤回去！快撤回去！”
上了汽车，戴笠沉着脸，一言不发。沿途他又看到，从城门口直到特训班所在地奎星楼县立中学的路上，不仅到处张贴着欢迎他的标语，而且身着灰色军装的特训班学员，三步一岗，五步一哨，警戒森严。
戴笠情不自禁地骂道：“余乐醒在搞什么名堂！抗战期间还摆这种威风！”
余乐醒紧紧跟上，他有些莫明其妙：“戴主任，请您给学生训话！”
戴笠猛地转过脸来，单手叉腰，厉声说道：“我有什么话好训？我不是军阀，我是特训班的主任！”
余乐醒没闹明白戴笠火从何来，他尴尬地直立着。
戴笠面向等候已久的教职员和学生，挥起右手，又急速地劈了下去：“是谁发命令全城戒严？我们革命同志，反对的就是这个军阀作风！今天我倒很是威风，但见校长，那还了得？我们校长最反对革命同志摆威风！”
说完，他意味深长地盯了余乐醒一眼：“可今天就有人让我摆威风，这是要把我置于何地呀？”
一道冷汗从余乐醒头上滚落下来。全场寂静无声。许多人都没见过戴笠，被他这个威风凛凛的形象镇住了。”，戴笠向侍卫努努嘴：“带路，去班内视察！”
班里特务们早已经把教室收拾得整整齐齐，总队长陶一珊毕恭毕敬地肃立在门口，等待戴笠的到来。
戴笠上下打量了一下陶一珊：“陶总队长，喜不喜欢打牌呀？”
陶一珊立正答道：“一珊遵照规定，从不打牌！”
“是啊，是啊！”戴笠嘲讽地笑了：“总队长倒是以身作则的楷模。饭后来四圈，是卫生麻将嘛！”
陶一珊一下子呆了，他经常和教官在晚饭后打牌，还自我解嘲地说：“饭后打四圈，是卫生麻将。”没想到戴笠了解得如此清楚！
戴笠环顾四周：“谁叫金民杰？”
一个彪形大汉应声走出教官行列：“到！”
戴笠两眼仰视天花板：“你的功夫不错嘛！”
金民杰有些得意，他虚了一下：“不很好！愿意为主任表演。”说完他拉出一个小勤务兵：“金刚，咱俩表演一下。”
金刚惊恐地睁大了眼睛，金民杰迅速用手腕夹住金刚的咽喉，金刚立刻昏迷，软软地倒了下去。
金民杰扶起金刚，轻轻地在背上拍了一下，金刚缓缓地睁开双眼！
“好！”在场的特务齐声喝彩，连戴笠的侍从也忍不住热烈鼓掌。这手迅速制人昏迷而后救醒的绝活，的确精彩。
戴笠冷冷一笑：“果然好功夫！”他脸色一变，厉声责问：“严燮是不是你打死的？”
金民杰一时不知所措，他求助地望着陶一珊。陶一珊犹豫了一下，还是上前一步：“报告主任，严燮是病死的！”
“混蛋！你当我什么都不知道！严燮被金民杰毒打要害处，伤重致死。你作为总队长知情隐匿，还敢狡辩？”
戴笠劈头—个耳光，命令道：“把金杰民关起来，禁闭一周。陶一珊总队长撤职！”
看着陶一珊和金杰民被拖出去，在场的人都战战栗栗，大气不敢出。余乐醒十分清楚，戴笠这是杀鸡儆猴，冲他来的，这个班一直由余乐醒直接控制，戴笠很少过问。
余乐醒对特务工作做得很多，重要的课程如特工常识、化装、毒物、化学、通讯等，都是由他主讲。此外，他经常向学生做精神讲话，生活上又与学生打成一片，很受学生拥戴。
他就犯了戴笠的大忌。戴笠曾在一次汇报会上不满地说：“临澧特训班只有余乐醒，没有戴笠。”并提升陶一珊为副主任，取代余乐醒。但陶一珊对于特务工作并不熟悉，生活上花天酒地，不久就又被降为总队长。这次戴笠之行，恐怕是来者不善。
接着，戴笠立即召集特训班骨干训话：“你们把我当成什么人啦？为什么要这样大张旗鼓地欢迎我？我以前一再强调，要做无名英雄，不论到什么地方，除了自己的同志，尽量不要让外人知道。可是你们……”戴笠越说越气，把在场的人骂得各个蔫头耷脑，满面通红。
余乐醒更是坐立不安，心里十五个吊桶打水，上不是，下不是，他实在是想搞个盛大的欢迎仪式来博得戴笠的欢心，但是他也怕卖好不得乖。为了办这个特训班，戴笠颇费心机，那些学员都是从各地挖来的，由筹备处招收来的人并不多。由于戴笠忙，许多学生只知道余乐醒而不知道还有上司戴笠。可是戴笠把特训班的学生当成了宝贝，不容任何人插足。为此，他特意修了个为学生休息散步，嬉戏垂钓盼长堤，命名为“雨农堤”。
这次，戴笠第一次来视察。他颇费苦心地安排了这一场欢迎场面，为的就是让戴笠的形象和影响能深入学员们的心中，免得戴笠派在特训班的亲信打小报告，说他有野心。可弄巧成拙，惹得戴笠发这么大的脾气。可是他哪里知道，他与戴笠的矛盾是很难避免的。在特训班工作的一些特务，他们已经向戴笠打过不少小报告，说他野心大，笼络学生。
戴笠到特训班冷眼旁观，只见学生一看到余乐醒，就都围过去跟他说说笑笑，而对自己只是客气地敬个礼或点头笑笑。他明显地感觉到，自己在学生心目中的地位远远不如余乐醒，便满肚子的不高兴。他当下就暗自决定，以这不适宜的欢迎场面为借口，撤销余乐醒的副主任职务，他要让学生们明白，在这个团体中，真正主宰他们命运的到底是谁。
第二年，特训班第一期学生毕业，戴笠第二次来到临醴。
老蒋对特训班第一期毕业生也非常重视，戴笠等人刚到临澧，就接到了老蒋发来的贺电及对该班的训词。
戴笠在毕业典礼上宣读了老蒋的训词，又大讲特讲了一番“秉承领袖意旨，体谅领袖苦心”的大道理，同时，把是年内沦陷区的潜伏特务们翦除汉奸的情况大大地炫耀了一番。因为该期毕业的学员，大部分将分赴各沦陷区进行情报收集或锄奸工作，戴笠想以此来勉励学员，让他们向那些“无名英雄”学习……
最后，戴笠把矛头对准了余乐醒。
“饭桶！你手下这帮人全是一群废物！王百刚今天在不在？”
余乐醒低头回答：“已经关起来了。”
“枪毙！枪毙！明天就执行，这种人，留他做什么！”
余乐醒心中一凉，他有些替王百刚冤枉。
原来，临澧特训班的课程非常之多。余乐醒还特意从狱中找一些惯偷，来传授偷盗知识，培养了一大批“鸡鸣狗盗”之徒。王百刚对这手偷盗绝活尤其感兴趣，还经常在班里做公开表演。但最后一次表演他得到的不是掌声和喝彩，而是一粒子弹！
当时，叶剑英在湖南南岳游击干部班讲授游击战术，戴笠知道国民党军队吃过中共游击战术的不少苦头，就命令王百刚去游干班学习游击战术，以将来对付中共。不想王百刚进入游干班不久就技痒难熬，不久就运作特务的“偷盗技术”窃了游干班一笔巨款，被人揭发出来，人赃俱获，使戴笠大丢脸面。命令余乐醒把王百刚长期关押。