不生灭的真如和生灭的无明妄念和合叫做阿赖耶识，“依如来藏故有生灭心，所谓不生不灭生灭和合，非一非异，名阿赖耶识。”如来藏即真如，如来藏是不生不灭的，无明是有生有灭的，两者和合成阿赖耶识。如来藏是净，是不生不灭，无明是染，是有生有灭，两者混合，成为开展一切现象的源泉。
为什么阿赖耶识能统摄，生起一切现象呢？因为它有二种义，能摄一切法，生一切法。云何为二？一者觉义、二者不觉义。阿赖耶识因为具有不生不灭的如来藏（真如）和有生有灭的妄心两种属性，从而有觉和不觉两种意义。所谓“觉”是觉照、觉明，也就是能照见万事万物的真理，了解真如自体的智慧。所谓“不觉”是迷妄，是不觉悟了解真如自体的无明。不觉即无明。它由细转粗，千变万化，现出一切妄染的境界。这样，迷与悟，染与净，无一不是阿赖耶识所具有。阿赖耶识是一切现象缘起的总体，宇宙万物的根源。
执着虚妄现象的无明生成九相，其中有前后，细粗区别，分为三细，六粗两类。起初无明为因，生三细。因微细难知。故名为细。三细后生六粗。因粗显易知，故名为粗。三细，第一位是业相，真如依不觉无明起动的最初一念，开始形成生灭，但主客未分，状极微细。也叫做“业识”。第二位是能见相，依前一位业识的起动，转成能见之相。妄心既起，转而生成了主观的见照分别一切现象的作用，称为“转识”。第三位是境界相，既然有了主观的见照分别作用，那就能映出种种与之相应的客观境界。所以又称“现识”。三细相属阿赖耶识。六粗，第一位是智相，也称智识。主观对于现识所现的客观境界，不明了是自识所妄现的幻影，误以是心识以外的实有境界，不生起智慧，对境界作染净、善恶、是非、爱憎等种种分别。第二位是相续相，也称相续识。依第一位智相所作种种分别，于喜爱的境界产生快乐的感觉，于不喜爱的境界产生痛苦的感觉，数数起念，相续于前。第三位是执取相，依第二相续相，对于所感受的痛苦快乐的境界，不明了是虚妄不实，深起取著。第四位是计名字相，由于顽固执取苦乐，要在所执取的相上，虚妄计度，立怨亲，美丑、是非、善恶等种种假名。第五位是起业相，依前计名字相，寻怨亲，爱憎、苦乐、是非等名，执著更深，从而生起贪，嗔等烦恼，并有言说行动，造种种业。第六位是业系苦相，既已造种种相，必招来生的苦果，从而在六道中循环，生死长缚。
这六相中，前四相是惑因，第五相是业缘，第六相是苦果。这一切妄染境界的本原。就是根本无明，根本不觉。随缘真如是因，根本无明是缘，这因缘和合便转成阿赖耶识了。同时，根本无明作为一切妄染境界诱发起种种妄念，是生灭的缘，因缘和合，生起一切现象。由此看来，根本无明是阿赖耶识的一个方面，两者不同层次，一切现象的生起，根原于阿赖耶识，而更直接的根源是阿赖耶识中的根本无明。这两个根源是一致的。归根到底，一切现象都是心识的产物。所以说：“三界虚伪，唯心所作，离心则无六尘境界。”又说：“一切法如镜中像，无体可得，唯心虚妄，以心生则种种法生，心灭则种种法灭故。”
众生要通过修持，使本来具有的真如去熏习、影响无明，即以“本觉熏不觉”从而根除妄念烦恼，灭绝无明，不起妄心，也不起妄境。妄境是无明生起一切现象的缘。无明已灭，妄境缘也灭，这样主客观都空；同时，由生灭还归不生灭，“从染入净”，也就返归真如，显现真如的本来面目，证明涅盘。
五、三千世界一念中
1、六凡、四圣
一切有情识生物可分为凡、圣两大类，即六凡、四圣十个层次。六凡即六道，天、人、阿修罗、畜生、饿鬼、地狱，四圣指三乘（声闻、缘觉、菩萨）和佛。每一有情众生主观所见的宇宙各不相同，佛所见不同于人所见，人所见也不同于鬼所见，由此构成六道。六道、四圣构成十种法界。再是十界的地位不是固定不变的，是可以随缘出现或升或沉的。也就是说，它们之间是互相蕴含，互相转化的。如四圣中的最高的佛可以出现在六凡之中，变化为人，为鬼，六道中低级的地狱，饿鬼也可以经过修持向上达到佛的地位。因此，每界都具备其他九界的可能性，都蕴含其余九界在内，这样，十界互具就构成百界。再分析百界的体性，基本上不外乎色、受、想、行、识“五蕴”，称为“五蕴世界”。进而由五蕴构成有情个体、称为“有情世间”。有情个体还有居住的环境即山河大地，称为“器世间”。这样又都有三种世间。百界各具备三种世间，共有三百之数。十如和三百界相配合，成为“三千如”所谓“十如”：（1）相，呈现容易察的形相。（2）性，内在的不变的本性、本质。（3）体，体质，众生具有的不同色身。（4）力，功能。（5）作，造作。（6）因，业因，招未来果的直接原因。（7）缘，间接的原因。（8）果，结果。从所习的因，得相应的果。（9）报，由前面的因所感的来世的报应。（10）本未究竟，“本”指初相，“未”指第九的报，“究竟”指所归趣处。本未究竟是指从本相到未报，究竟平等，没有差别，也就是一切众生都具十如是法，没有缺减。而“三千如”中的“三千”是形容整体宇宙的名词，不能拘于三千名目的数量。“三千”就是指世界的一切万有，森然罗布，千差成别，无边无量，是现象的总和，和“万法”、“诸法”的意义相同。因为显示一切万有的别（十法界）、总（三世间）、事（十如中前九如）、理（十如中最后一如）的圆融无碍、而称为“三千”。
整个宇宙相貌即“三千”的实相就存在于一念之中，谓之“一念三千”。所谓一念，也称“一心”，指心念活动的短暂时刻。一念三千就是宇宙的相貌念念具备在众生的日常心思中。万有森然具备，无须另有本原。心就是一切现象，一切现象就是心。现前生起的一念，必属于十界中的一界，由此也就具百界，三百界乃至三千界。一念动处，就是宇宙的整体。如见一花开知天下春，睹一叶落知天下秋，所谓六凡、四圣乃至整个宇宙，都不过是介尔一念心的产物。介尔一念心就是一切，没有介尔一念心也就没有一切。
2、一心三观
《中论观四谛品》的“三是偈”说“我说即是空”的“空”是真空，是真谛，“亦为是假名”的“假”是假有，是俗谛，“亦是中道义”的“中”是非空非假，是中道、中谛。三谛里的真谛讲一切现象的总相、共性，俗谛讲各具体现象的自相、个性，中谛讲一切现象各别的全部别相，这样，一心同时从空、假、中三个方面去观察一切现象，成为一心三观。智慧的境界不外是一切现象的真实相状，一心三观就是穷尽一切现象的真实相状，把握真理。宇宙的森罗万象当体就是三千三谛的实相，千差万别的事相都是圆融三谛的体现。“三是偈”含着空、假、中三种实相互相联系的统一精神，不过是分别说成三谛。一切现象和事物都有其在认识上所执著的自性，如物质现象（色）以质碍为自性。但是，一切现象和事物都是由各种因缘和合而产生，既然是由各种条件和合而成，也就没有“生”的自性，没有永恒不变的实体，而成了“空”如色空就是空去这种质碍的自性。同时，一切现象和事物虽然是空，却显现出如幻如化的相貌，历历宛然，这是认识发生的作用，也就成为“假”。“空”和“假”这两种实相都是现象和事物自身的真性如此，不待造作而有的。通过认识发生作用，就可以认识一切现象和事物的本质，这就是“中”。认识空、假、中三者并不是认识上的先后次序，而是于一心中同时存在、相连相印，互不妨碍，这就“圆融三谛”。
空、假、中三层义理在任何境界，任何一件事物上都存在，在任何现象都可以见得到空、假、中三者相互联系，相互包涵的情况。也就是说，任举一事物，既是空，又是假，又是中。如以空为例，说假，说中，都有空的意义。因为空就是从因缘生，缘生就无实体而空，说假也是由于缘生，说中也属于缘生。缘生是空，假和中也是属于缘生，也是空。也就是说，非但空是空假和中也是空，于是一空一切空，按照同样道理，从假来看，空和中都有假的意义，从中来看，空和假都有中的意义。所谓“一念心起，即空、即假、即中。三谛虽三而一，虽一而三，不相妨碍。”讲空、则假、中在其中；说假、则空、中在其中；讲中，则空，假在其中。空离不开假，中，假离不开中，空，中也离不开假、空。三谛圆融，三一无碍，举一即三，全三是一。一空一切空，无假、中而不空。一假一切假、无空、中而不假。一中一切中，无空，假而不中。一三三一，即空即假即中。
圆融三谛去观察世间现象，分析世界，就把握了佛教的绝对真理——诸法实相。圆融三谛是一切现象的实相的基本内涵。三谛，就是真如的三方面，真如就是宇宙万物的实相，千差万别的事物，无一不是真如的显现。一切万有就是真如，任何事物都是实相，真如体现于任何事物之中。