湘军入城后，对天京实行了“烧”、“杀”、“抢”的政策，血洗天京城。首先对天京城进行焚烧。太平军大多依靠巷战，一幢幢房子就成了他们的据点，湘军为对付太平军，干脆把房子也烧掉了，并且把城中财宝劫掠一空。赵烈文曾这样描述湘军在天京城大肆掳掠的情形，“萧孚泗在伪天王府，取出金银不赀，即纵火烧屋以灭迹”。甚至连曾国藩本人也认识到了这一问题的严重性，他说：“至伪天王府一看，规模俱仿宫殿之别，而焚烧无一存者。”大火在天京城一共烧了八天，如若没有6月24日的大雨，大火不知道到何时得以平息。经过这番大火，天京城几乎成了一片废墟。曾国藩的女儿曾纪芬是这样描述的：“九月朔日，全眷赴宁，初十日人督署，亦故英王府也。方师之人城也，搜捕余党，悉焚其巢穴，巨厦多为煨烬，洪秀全所居之天王府更为无沦矣。唯陈玉成以先死，其府独空，遂未被灾，故暂以之为督署。”
湘军入城后大肆屠杀生灵百姓。曾国藩在奏折中这样写道：“三日之内，毙贼十余万人，秦淮河尸首如麻。凡伪王、伪王将、天将及大小酋目约有三千余名，死于敌军之中者居其半，死于城河沟渠及自焚者居其半。”
当然，这里面包含有曾国藩为邀军功而虚报数字的可能性，但也从另一个方面说明了湘军确实杀人如麻。湘军在把天京城攻下五天后，即6月21日，整个金陵城中，“尸骸塞路，臭不可闻”。在23日时，“精壮长毛除抗拒时被斩杀外其余死者寥寥，大半为兵勇扛抬什物出城，或引各勇挖窖，得后即行纵放”。“其老弱本地人民不能担又无窑可挖者，尽情杀死。沿街死尸十之九皆老者，其幼孩未满二三岁亦斫戮以为戏，匍匐道上。妇女四十岁以下一人俱无。老者无不受伤，或十余刀，数十刀，哀号之声达于四远。其乱如此，可为发指”。可见，湘军在天京城杀戮的很多都是平民百姓，并且其中的大部分是老、幼、病、残、孕者，极其惨无人道。
经过一个多月的大烧、大杀、大抢，参加攻城的每个湘军军官和士兵，上至曾国荃，下至无名小卒，全都发了大财。他们不仅将城内的金银财物洗劫一空，甚至连建筑物上的木料也拆下来，从城墙上吊出，用船运回湖南。
顿时，整个长江中，千船百舸，联樯而上，满载从天京抢来的财物、妇女，日夜不停地向湖南行驶。曾国荃更是“老饕”之名满天下。
湘军在天京城还大肆强掳和奸淫妇女，使妇女的身心受到极大破害。
赵烈文曾说：“妇女四十岁以下一人俱无”，可见湘军对待妇女之残忍。许多湘军将领都是好色之徒，总兵李臣典把天京城攻下一个月便一命呜呼，原因是“恃气壮气盛，不谨疾之由”。由此可以看出，曾国藩对于自己一手训练的湘军，是鼓励他们纵火杀人的。那么对于抢劫呢？他则是默许的。
经过一个多月的浴血奋战，天京不复存在了。太平天国也在这场炮火中作了历史性的永诀。六朝金粉，秦淮名胜，在这场血与火的洗礼中加进了更为沉重的历史内涵。不以成败论英雄，天京陷落了，太平天国灭亡了。
擅作主张杀忠王
曾国藩的湘军攻下天京城后，烧、杀、抢、掠，对天京城进行了毁灭性的破坏，对太平军的俘虏尽数杀戮，这在历朝历代的战争中都是罕见的。这其中，曾国藩擅作主张杀害太平天国将领忠王李秀成一事，尤其值得单独列出来记述。
封号为忠王的李秀成出身于一个贫苦农民家庭。他幼年和父母一起“寻食度日”，生活十分艰难。1849年，二十六岁的李秀成加入了拜上帝教。
1851年9月参加太平军。由于李秀成作战机智勇敢，他从一名普通的士兵很快晋升为青年将领。1853年太平天国定都天京后，杨秀清亲自提拔他为右四军帅。不久，又升为后四监军。同年10月，李秀成随石达开赴安庆抚民，因其“逢轻重苦难不辞”，“修营作寨，无不尽心”。所以，在1854年春，再提拔为二十指挥，派往庐州镇守。李秀成是太平天国后期的重要军事将领。
1855年秋，天京地区形势日趋紧张。清将吉尔阿和总兵张国梁，率兵围困镇江，威胁天京。1856年2月，李秀成和秦日纲、陈玉成等去救咽喉之地镇江。进兵至汤头时，为清兵张国梁所拒。李秀成巧出奇兵，带三千人乘黑夜越过汤头岔河，与陈玉成、吴如孝内外夹攻，重创清军，遂解镇江之围。太平军乘胜渡江至瓜州，连破清营一百二十余座，占领扬州。
1856年6月，李秀成又配合石达开参加破袭江南大营的战斗。李秀成等进驻天京城外东北燕子矶观音门。石达开部进占黄马群，把湘军切成两半。
20日，太平军与清军统帅向荣发生激战，攻破孝陵卫满、汉营寨二十余处。
杨秀清亲自派人从城内策应。最后向荣败走丹阳，自缢而死，江南大营土崩瓦解。
发生于1856年9月的天京变乱，使太平天国的革命事业遭到了严重的挫折。在“朝无佐政之将”的情况下，洪秀全重新建立了领导核心。李秀成于1857年10月被升为副掌率，提兵符令，进入了领导核心。但这时的洪秀全不肯信“外臣”而“专信同姓”。李秀成极力劝告洪秀全，要“择才而用，定制恤民，申严法令，肃正朝纲，明正赏罚……”李秀成的犯颜直谏惹恼了洪秀全，洪秀全将李秀成一度罢官，经过李秀成和在朝文武的据理力争，才又恢复了李秀成的职务。
1858年，洪秀全恢复前期五军主将制，李秀成为后军主将。同年，清军进逼天京，洪秀全任命李秀成主持天京解围的战斗08月，他约集太平军各地守将在安徽枞阳召开军事联席会议，共同研究解除天京之围的作战方案。会后，陈玉成东进破庐州、克滁州。李秀成在滁州东南乌衣与陈玉成合兵击败清军主力德兴阿、胜保部，紧接着奔袭浦口，摧毁江北大营。清军都统德兴阿部被歼一万多人。
正当陈玉成和李秀成乘胜扫荡苏北战场时，曾国藩率领湘军在安徽发动大规模进攻。李秀成配合除玉成取得三河大捷，歼敌李续宾部六千人，沉重打击了湘军的气焰，稳住了长江上游的局势。
三河大捷后，李秀成与陈玉成又合兵解六合之围，拔清军营盘六十余座。在李秀成、陈玉成和清军拼死奋战，不断为太平天国事业立下显赫战功的时候，洪秀全却封从香港回到天京还不到一个月、尚无尺寸之功的族弟洪仁开为干王，总理朝政。接着封陈玉成为英王。清廷利用这一时机，指使叛将李昭寿寄书给李秀成劝降，此信被天京卫戍部队查获。洪秀全得知此事十分震惊，立即采取了严厉的防范措施，将李秀成的母妻押当，并下令封江，不准李秀成回天京。此时，困守浦口的李秀成内无军饷支兵，外无援兵相救，但仍坚持与清军进行艰苦的战斗。李秀成的勇敢作战和忠贞不渝的表现，解除了洪秀全的疑虑。洪秀全亲书“万古忠义”四字送给李秀成，并晋封为忠王，以表彰他对太平天国革命事业的忠诚和卓越贡献。
1860年初，太平军采用“围魏救赵”的战略围歼江南大营。李秀成奉命率精兵从浦口出发奇袭杭州。他对部下说：“官军精锐，悉萃金陵，其饷源在苏、杭。今金陵城外长壕已成，官军内围外御，……攻之难得志，不如轻兵从间道疾捣杭州，杭州危，苏州亦必震动，金陵大营惧我绝其饷源，必分师奔命以救之。我瞷（jian）大营虚弱，还军急击，踏破大营，则苏杭皆我有也。”李秀成在进军杭州，攻占安吉、长兴后，突然兵临杭州城下，吓得杭州官绅惊慌失措，守城无策。3月19日，李秀成攻占杭州。江南大营统帅和春果然中计，忙派总兵张玉良统兵一万三千余人援救杭州。清军于23日赶到杭州城下，第二天，太平军迅速回师，各路大军分进合击江南大营。天京城内太平军也分头出击，连抛火罐，清军营“火药轰处，人声鼎沸，登时大乱。”在太平军内外夹击下，连破清营五十余座，数万清兵全部溃散。和春等清营大员“不及衣履，仓皇奔镇江”，“京围立解”。第二次攻破江南大营之后，洪秀全于1860年5月，在天京召开了高级将领会议。在李秀成的积极支持下，会议采纳了洪仁开提出的东下苏杭，先夺取江南富庶地区，尔后西上奔袭武汉的战略计划。担任东征主将的李秀成率兵攻丹阳，占常州，进无锡，克苏州。太平军在苏常战场取得节节胜利的时候，湘军乘机掘了三道长壕加紧围攻安庆。
1860年9月，洪秀全调集各路将领组织第二次西征，会攻武汉，援救安庆。陈玉成部走长江北岸由安徽入湖北，攻武昌北面。李秀成部走长江南岸，经江西入湖北，攻武昌西南。两军约定在1861年4月会师武汉。陈玉成在3月进抵距武汉一百六十里的黄州，因英国出面阻挠和南路军未能按时赶到，便率主力折回安庆。而李秀成原本不想参加西征，主张守住东南新地盘，只是在洪秀全的严诏督责下，才不得已于10月下旬留下主力，自己带部分兵力进入皖南。12月，大军逼近祁门。曾国藩惊恐万状，“军中皇皇，莫知为计”，忙写下遗嘱，准备后事。可惜，李秀成没有探明敌情，误认为祁门驻有重兵，所以就放过祁门绕道江西，这才使曾国藩虚惊一场，死里逢生。
1861年6月15日，李秀成攻下武昌县，逼近武汉。因得知陈玉成部在集贤关等处作战失利，他径自撤军，退出湖北。由于李秀成对西征的消极态度，因而造成了会剿失约，武汉会师的计划落空了。在安庆形势十分紧张，太平军广大战士艰苦地进行浴血奋战的危急关头，李秀成又率军从安庆附近撤回江浙，而不回军去协力援救。他这种不顾大局的行动，引起太平天国将领们的不满和指责。洪仁玕在给他的信中指出，他对长江上游“弃而不顾，徒以苏杭繁华之地，一经挫折，必不能久远。”后来，安庆的失陷，李秀成是应负一定责任的。
1861年9月，李秀成回师江西，进入浙江，12月攻克杭州。在李秀成经营苏杭地区期间，任用了不少清朝的官僚、豪绅、团练头目在太平军中当官。
一些地方原有的地主政权甚至照旧执政，不仅允许地主收租，而且还设局催租，保护地主的封建剥削。这不仅说明李秀成缺乏必要的阶级警惕，甚至是敌我不分，认敌为友。
1860年，李秀成在占领苏常地区之后，率军直指上海。盘踞在上海的英法侵略者勾结地方官绅，出资雇用美国人华尔组织的洋枪队，抵抗太平军的进攻。李秀成在青浦一战大破洋枪队，“杀死鬼兵六七百人”，华尔身中五枪，狼狈逃回上海。1862年，太平军再次进攻上海。李秀成发出布告警告侵略者，要他们“各宜自爱，两不相扰”，“倘不遵我王化而转助逆为恶，相与我师抗敌，则是飞蛾扑火，自取灭亡。”太平军在重创英法干涉军和洋枪队之后，主动转移。5月中旬，在太仓破清营三十余座，乘胜收复嘉兴。8月，在浙江慈溪战斗中，太平军打死了“常胜军”头子华尔。由于中外势力的联合进攻和李秀成率主力回援天京，致使苏浙战场转入防御，根据地日渐缩小。
1863年12月苏州失陷，第二年3月，太平军从杭州突围北撤。
1862年10月，李秀成进攻天京城外雨花台湘军大营。太平军把湘军打得晕头转向。李秀成部开掘地道，炸毁湘军围墙，太平军冲入湘军阵地展开肉搏战。后来由于太平军云集天京，棉衣、粮食供应都遇到困难，李秀成才决定撤军。接着，洪秀全又命他执行“进北攻南”的计划，希图把战火引入湘军后方，伺机消灭他们以解京围。但由于天京告急又回师援救。经过这次南北奔波，使李秀成损兵折将，锐气大伤，失去太平军将士数万人。
李秀成两次援解京围的失败，使天京的保卫战更加艰苦。李秀成向洪秀全提出：“京城不能守，曾帅兵困甚严，壕深垒固，内少粮草，外救不来，让城别走”的建议。又说：“不如舍天京，尽弃苏浙两省地，御驾亲征，直趋北方，据齐、豫、秦、晋上游之势以控东南。其地为妖兵水师所不能至，洋鬼势力所不能及，然后中原可图，天下可定也。”但此时的洪秀全断然拒绝了这一正确建议。
1864年6月1日，洪秀全病逝。6日，十六岁的幼主洪天贵即位。7月19日，湘军挖地道用火药炸塌城墙，冲人城内。太平军一万多人与湘军展开肉搏战，一部分战死，其余在混乱中突围。李秀成将他的好马让与幼主掩护其突围，结果他自己因“马不能行”，在天京城外东南的方山被清军擒获。
李秀成同陈玉成一样是广西滕县人，因为他非常重信义而远近闻名，并擅长用兵，军中无人不佩服他。李秀成被捕后，被曾国荃审问，李秀成回答说：“别再白费力气了，给我纸笔，我写出来就是。”他坐在囚笼中，每天写七千多字，一共写了十天的时间。据说，曾国藩曾承诺，若李秀成投降就不杀他，而且，李秀成在他的供状中也已经表示愿意投降，答应只要饶他不死，他可让太平军停止战斗：“蒙九帅（曾国荃）恩给饭食，中堂驾由皖来，当承讯问，我心悔已迟，是以将国中一切供呈。我为姓洪之将，外众将兵俱是我辖，我愿将部下两岸陆续收全投降，而酬高厚，以对大清皇上，以赎旧日之罪。在我主在邦，我为此事，是我不忠，今主死国亡，我兵数十万众在外，我不能卫天国，又听我兵害民，皆我之罪也。若我有此本事，收降我之部将，再有反复变心，仍正国法，如办不成，亦正国法。若中堂不信我有此本事，仍镇在禁，容我写信劝去。我在皖省居中，好办两岸之事，请示中堂，意下如何。”虽然李秀成写下了这样的悔过书，但曾国藩并没有答应他的要求，也没有兑现当初的承诺。最终，李秀成被凌迟处死。
李秀成为什么没有逃过劫难，曾国藩为什么出尔反尔？归结起来，大概有以下理由：李秀成的名望是首因。洪秀全死后，李秀成实际上已经代替了洪秀全的地位。如果不把他杀了，一旦让他脱逃掉，他依然会领导几十万仍在各地战斗的太平军，这对朝廷是不利的。而且，对于这位太平天国的重要领袖，曾国藩也不可能掌握对他生杀予夺的大权，而只有朝廷才有做出决定的权力。
其次，是由于太平军将士对李秀成的拥戴。《太平天国战纪》中曾经有这样的记载：“松王陈得风已降国荃，见秀成在虏，向之拜。国荃叱之，得风日：‘吾为母而降，事泄当死，蒙王不杀，今无以为报，故拜耳。’秀成被杀，年四十。”李秀成虽然已经落入了湘军手中，其手下将士仍然非常敬重他，由此我们可以看出李秀成对将士的影响力。
第三个原因，就是李秀成对天京之战的一切都了解得很详细，而曾国藩的奏折大都偏离事实，在诸如天京城守兵、财富、湘军的烧杀掳掠等问题上，李秀成都了解得非常清楚。一旦他将这些事实泄露给朝廷，曾国藩将不可避免地面临灾难。这是曾国藩杀李秀成最重要的原因。虽然李秀成写了十天的供词，每天写七千多字，但是最终保留下来的才有两万多字。那么，另外那部分供词到哪里去了呢？很明显，那堂内容被曾国藩删节了。