清军在抓到了李秀成后，曾国藩在《奏报攻克金陵尽歼全股悍贼并生俘逆酋李秀成洪仁达折》中这样写道：“至伪忠王李秀成一犯，城破受伤，匿于山内民房。十五夜，提折萧孚泗亲自搜出，并搜擒王次兄洪仁达07月20日，曾国荃亲讯，供认不讳。应否槛送京师，抑或即在金陵正法，咨请定夺。”
29日，朝廷在给曾国藩的上谕中说：“其逆首李秀成、洪仁达等，均系内地乱民，不必献俘；第该逆等罪恶贯盈，自应槛送京师，审明后尽法惩治，以泄神人之愤。著曾国藩遴派妥员，将李秀成、洪仁达押解来京，并咨明沿途督抚，饬地方文武多派兵役小心护送，毋稍大意。”
从朝廷给曾国藩的回复中，我们可以很清楚地看到：清廷要求曾国藩将李秀成、洪仁达押送京师，沿途要小心护送。然而，曾国藩为了掩饰自己在天京城的事情，却给朝廷玩了一个小小的把戏，即在朝廷的谕旨下达前就处死了李秀成攫领战功愧故人
一将功成万骨枯。这是唐代曹松《己亥岁》中的诗句。描写的是安史之乱后的战争战乱殃及江汉流域，兵荒马乱、生灵涂炭的现实。其实，每一次战争，每一个将军的成名，无不上演着这种历史剧。湘军对太平天国的镇压也是如此，借助无数中国人民的生命，那些湘军将领们实现了升官发财的美梦。7月23日，湖广总督官文、陕甘总督杨岳斌、兵部侍郎彭玉麟。江苏巡抚李鸿章、浙江巡抚曾国荃等会衔，一起向朝廷奏请了攻克天京之事。这一爆炸性消息，使清廷内外都感到欣喜异常。捷报发出后才刚刚有六天时间，即7月29日，曾国藩便收到了朝廷赏他的太子少保衔，封一等侯爵，并且是不更替的世袭制；赏给曾国荃太子少保衔，封一等伯爵。此外，主将李鸿章被赐予一等伯爵头衔，李臣典被授予一等子爵头衔，萧孚泗被封一等男爵，彭玉麟、杨岳斌、鲍超、骆秉章等，均由朝廷赏赐一等轻车尉世职，杨、彭二人还加太子少保衔。一共有一百二十多名湘军文武官员都得到加官晋爵。
曾国藩及其湘军将领们个个都得到了晋升，同时他们还得到了太平军留下的无数金银财宝。
曾国藩谋划多年的梦想终于成为现实，朝廷给了他无数的奖赏。抚今思昔，他想起了那些效命疆场的将士们，想起了他的众多幕僚朋友对他尽心尽力的帮助，想起了昔日曾给予他帮助的人。而他初创湘军时的合作者，如左宗棠、李鸿章均已高官厚禄，彭玉麟、曾国荃也都坐到了一省行政首脑的职位，而李元度则因为自己的阻碍一直都没有加官晋爵。在这种情况下，他于同治三年（1864年）给朝廷上了一道密折，希望朝廷批准他对李元度重新任用。
李元度，湖南平江县人。字次青，又字笏庭，自号天岳山樵，晚年更号超然老人。清朝大臣，学者。生于道光元年（1821年）。四岁丧父。十八岁中秀才。二十三岁以举人官黔阳县教谕。
咸丰二年（1852年），曾国藩在湖南办团练，李元度应召入幕。后随军陷武昌、汉阳。咸丰五年，曾国藩于湖口、九江战败，退守南昌，他返湘募平江勇一军赴援。咸丰八年（1858年）七月，领兵七百人防守江西玉山，与太平军激战获胜，加按察使衔。
咸丰十年（1860年）八月，李元度受命防守徽州（今安徽歙县），为太平军侍王李世贤攻克，因被革职拿问。旋以浙江巡抚王有龄疏调，又回籍募勇八千援浙，号“安越军”，由平江、通城追击忠王李秀成军至瑞州（今江西高安），起复原官，加布政使衔。次年九月领兵入浙，与左宗棠败李世贤部于江山、常山，授浙江盐运使，升按察使。不久，曾国藩以其前有徽州失守获咎、不候审讯等情加以弹劾，奉旨发往军台效力。后经左宗棠、沈葆桢、李鸿章等联名奏保，得免遣戍，放归乡里。
同治初，贵州苗民、教军与号军举旗反清，李元度重被起用。同治五年（1866年）三月，率新募平江兵勇二千人，随各路进入贵州。两年之间，攻陷苗、号军村寨九百余座。事平，授云南按察使。旋开缺回籍。
其实，曾国藩对自己这样接连不断地打击李元度，也不是没有感到后悔过。他在不同时期的反省程度是不一样的，前期是歉疚中夹着怨恨，到后来则是彻底觉得自己对不起李元度。如在同治元年三月初二日，因为李元度给曾国藩写了一封贺禀，曾国藩想起以前自己和李元度的关系也非同一般，他对自己对李元度的参奏难免有一些后悔之意：“旋与幕客久谈，因李次青来一贺禀，文辞极工，言及前此参折不少留情，寸心怦怦，觉有不安。”
但他只是在偶然间才有了这种想法，其时他还是有些恨李元度的，如他在同年3月28日给曾任自己幕僚的彭申甫的信中，就说他与李元度已经不可能再和好如初了，信是这样写的：“阁下拳拳次青，具征金石不渝之谊。弟于次青结契甚深，初不减于阁下。前岁被参之后，始作《小桃源记》，径自回籍，犹可曲谅。厥后脱卸未清，遽尔赴浙，则乖睽深矣。顷于二月二十二日遵旨复奏，仍参革职。至三月初六日接奉惠书，反复追维，耿耿不安。自问平生不多负人，与次青许与之素，而乃由吾手三次参革，仆固寡恩，渠亦违义。今夙缘已尽，无颜再合。‘渠果发愤为雄，誓洒此耻，或遂切实建立事功，则虽默伤乎私谊，犹将裨益于公家。若更浮沉，不图自立，则非鄙人所敢知也。”
到同治元年五月，曾国藩在第三次向朝廷参劾了李元度之后，他逐渐改变了以前的那种心态，他在5月28日写给彭申甫的信中，已称自己不可能忘了他与李元度之间的友情。
曾国藩与李元度在官场上的恩恩怨怨，清楚地表明了曾国藩做官的一条重要的原则，对于顺应他的下属，他会加以提拔，而对于忤逆他的，他一定会严加惩治。一直以来，他都想着李元度的情谊。庄子曾说过：“生也有涯，知也无涯。”但曾国藩认为，李元度对自己的恩情是“无涯”的，是终生难忘的。他表示，自己的朋友很多，而唯李元度与彭玉麟二人最为知己，交情最厚。但是，这个交情最厚，使自己有“无涯之感”的朋友竞背他而去，教他如何不痛心疾首？
裁撤湘军为避嫌
攻克天京，曾国藩兄弟功勋盖世，为了显示天恩浩荡，天京城内余烬未熄，尸骸尚存，清政府就对这班功臣们颁发了赏赐。曾国藩官封太子太保，授爵一等侯，世袭罔替。曾国荃官封太子少保，一等伯。其他攻城的将领也都有爵尉封赏不等。汉人封侯，清朝仅此一例，兄弟同日封伯侯，可以说是旷古无有的殊荣，曾国藩对清廷感激涕零。
然而就在殊荣背后，清醒冷静，目光深邃的曾国藩还是看到了自己危机四伏。
曾国藩出身贫寒，只是汉族的一个中小地主身份。这在重满轻汉的清朝，其地位是相当低下的。他之所以后来能平步青云，跻身六曹，除了有自身的努力外，主要是靠穆彰阿的举荐和提携。道光皇帝死后，穆彰阿被罢，曾国藩也就失去了靠山，所以在整个咸丰年间，他一直都很不得意。创建湘军之初，就不断受到某些大臣的攻击，在攻克武昌之时，又失巡抚一职，后来一直没有得到他梦想的封疆大权，致使处处碰壁，心灰意冷，几乎愤然不问世事。1860年太平军攻破江南大营之后，清朝绿营武装基本瓦解，不得不转而依靠湘军，任命曾国藩为两江总督，慈禧掌权以后采取了更灵活的政策，让他督办四省军务，身负昔日五位钦差大臣的职权。其目的不外是为了调动他的积极性，事权归一，易于成功。但是自从进军雨花台以来，曾国藩迅速扩军，其嫡系部队由二万速增至五万。各路湘军总数三十万人，曾国藩能够直接指挥的就有十二万之多。三千里长江无一船不挂曾字旗。这就不能不使清政府心生疑惧。卧榻之侧，岂容他人安睡，历代君王都是如此。
其实如今贵为甲侯，权绾两江，声动四海，名重五岳的曾国藩也不是没有想过做中国历史上第二个赵匡胤。但就条件来说，无论是政治条件还是军事条件，他当时都不具备：首先是政治上，他虽然因为镇压了太平天国运动而获得地主阶级人士的一致赞扬。但其威望远没有达到能与清政府分庭抗礼的程度。其次在军事上，虽然眼下湘军兵力在苏、浙、赣、皖南等地，占绝对优势。但官文、冯子材、都兴阿都环伺四周。尤其是僧格林沁的蒙古铁骑虎视眈眈，只要湘军稍有反叛端倪，他们便会四面包围。还有湘军内部的左宗棠、沈葆桢等人，位列督抚，战功显赫，对曾国藩的不满情绪早已暴露，而朝廷又竭力笼络，有意扩大内部裂缝，从而达到分化湘军的目的。李鸿章虽然与曾国藩的关系亲密，但他对曾国藩并非一片愚忠，他只会与其共荣，不能与其同辱。一旦曾国藩起兵，李鸿章只会按兵不动，坐观战局，一有不利，立刻便会倒戈。
对于这些情况，曾国藩看得比谁都清楚。尤其是他也看清了自己的九弟曾国荃，即使起兵能侥幸成功，黄袍加身也难保这个心高气傲，倔强狠恶的曾老九，不会做烛光斧影千古之谜的赵光义。
因此，考虑再三，权衡得失，曾国藩只能走自剪羽翼的道路，以清除清政府的戒心，保住自己功臣之名，侯爵之位，成为一代中兴名臣。
为此，曾国藩采取了一系列措施。首先他裁撤了一部分湘军。其次，又奏请朝廷停解厘金。接着又陈请曾国荃因病开缺，回籍调养。这三项围绕兵权问题，而采取的措施大大消除了清政府的戒备，缓解了他与清政府的矛盾。
这样，曾国藩在占领天京不到一个月的时间内，就将自己嫡系五万人裁撤一半，仅留下二万人驻金陵（天京，今南京）、芜湖、金柱关等地。为了重振封建教化，笼络江南士子，曾国藩又下令修复江南贡院，并于当年举行乡试，得到了江南大部分知识分子的拥护。
历史时势造英雄
德国著名剧作家、诗人歌德曾经说，曾国藩是时代的产儿，如果他早生二十年或晚生二十年，他都将是另一种类型。其实，这话从历史的角度说明了曾国藩所处的时代成就了他。常言道：时势造英雄。其实，英雄也好凡人也罢，都离不开他所生存的社会环境。三国时期善于相人的许子将曾预言曹操是“治世之能臣，乱世之奸雄”，同样是这一个曹操，生逢太平治世或者乱离之世，就成了完全不同的两种人。英雄固然也造就着时势，以他们不同于平凡人的所作所为影响着时代的发展和社会的进步，但这种影响力的大小与强弱，以及能否发挥其影响力，都要首先取决于他们所处的客观环境。
曾国藩如果早生二十年或者晚生二十年将会是一种怎样的类型？这已经不容许也没有必要去假设了。历史将他推到了不早不晚的这样一个时代，使他的中晚年（也就是最有作为的时期）碰上了大清王朝最动荡不安、内忧外患最为严重的时代，更重要的是——把他推到了与太平天国殊死斗争的前台。
毫无疑问，从咸丰二年（1852年）墨绖（die）出山，以一介书生练兵征战是曾国藩一生当中最为重要的转折点。是风起云涌的太平天国运动影响了他，造就了湘军，不然他的人生真的会是“另一种类型”。
曾国藩是时势造就的英雄，湘军是时代的产物。团练虽然早就已经存在了，但真正走向前台，成为一支举足轻重的战略力量，却是在太平天国运动时期。曾国藩和湘军之前的团练武装，仅限于在各个地区清查户口、维系治安，不过是保甲制度在功能上的延伸，从来没有大规模招募和正规化训练的先例，更不用说独当一面、出省作战（哪怕是越出本府本县的防区）了。
传统的团练对付以前的农民起义甚至川楚白莲教起义，都是小菜一碟，他们可以有效地协助绿营兵作战，但对太平军则无能为力。曾国藩早就指出，传统的团练是对付“流寇”的，而太平军不同于传统意义上的“流寇”，而是“窃号之贼”，它具有组织严密、作战勇敢的庞大军事力量；有牢固的固定的控制区域；有可以和北京中央政权相抗衡的天国政权，这些都是以前的“流寇”所不能相比的。在太平军面前，清政府的经制兵——八旗和绿营已经不堪使用也不敷使用，旗绿诸将畏敌如虎，或者望风而逃，或者临敌即溃。太平军从永安突围一路打到南京，都没有遇到像模像样的攻击。倒是江忠源率领为数不多的楚勇在蓑衣渡一战让太平军吃了一个大亏，并迫其改道而进。