“扬州十日”
清顺治二年（1645年）四月，清兵在多铎的率领下，分兵亳州、徐州两路，向南推进，势如破竹，迅速占领了徐州、亳州、盱眙，并乘势下淮安，夺泗州，渡淮河。四月十九日，明将许定国引多铎师至扬州，扬州被清水陆各军重围。守将史可法统率军民，坚守孤城，同时，向弘光皇帝求援，弘光不应，扬州告急。四月二十一日，明总兵李栖凤、监军副使高岐凤拔营出降，形势更为危急。史可法等坚守城池，率军民浴血而战，历七昼夜。二十五日城破，军民逐巷奋战，大部壮烈牺牲。清军乘机诱降，史可法严词拒绝。清军主帅多铎先后五次亲自致书，史可法都不启封缄。清军纵兵屠戮，烧杀淫掠，无所不至，繁华都市顿成废墟。人民死亡在80万之上。城破时史可法被俘，多铎劝谕归降，史可法说：“城存与存，城亡与亡，我头可断，而志不可屈。”遂英勇就义。史可法的部下在这种情形下，仍率余部继续鏖战，直至流尽最后一滴血。清军占领扬州后，纵兵屠掠，十日封刀，史称“扬州十日”。
嘉定屠城
顺治二年（1645年）六月，清军再下剃发令，命令十天之内，江南人民一律剃头，“留头不留发，留发不留头”。这严重伤害江南百姓的民族感情，于是纷纷起而抗清。其中嘉定人民的抗清尤为顽强激烈。闰六月十三日，剃发令下，群众开始酝酿反抗。清嘉定知县强制剃发，起义顿时爆发。城郊居民一呼而起，打败来剿清军。人民公推黄淳耀、侯峒曾出面领导抗清。降将李成栋率清兵猛攻，城中居民冒雨奋战，坚守不屈。清军用大炮轰城，始得攻入。侯峒曾投河死，黄淳耀自缢，城中无一人投降。清军忿而屠城，杀2万余人后弃城而去。次日朱瑛又率众入城，组织抗清，旋败，再遭清兵屠杀。嘉定大屠杀，嘉定三屠，杀了50多万人。“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼籍”。清兵“悉从屋上奔驰，通行无阻。城内难民因街上砖石阻塞，不得逃生，皆纷纷投河死，水为之不流”。“兵丁每遇一人，辄呼蛮子献宝，其入悉取腰缠奉之，意满方释。遇他兵，勒取如前。所献不多，辄砍三刀。至物尽则杀”。清军围困嘉定城时，在城外，“选美妇室女数十人……悉去衣裙，淫蛊毒虐”。嘉定沦陷后，清军抢掠“大家闺彦及民间妇女有美色者生虏，白昼于街坊当众奸淫……有不从者，用长钉钉其两手于板，仍逼淫之”。“妇女不胜其嬲，毙者七人”。八月十六日，明将吴之藩起兵，反攻嘉定，亦败，嘉定第三次遭屠城。史称“嘉定三屠”。
南明政权的覆灭
南明政权是指自公元1644年李自成农民军攻破北京到后来清朝入主北京，明朝宗室先后在南方建立的抵抗满清政权。实力比较强大的皇室政权包括弘光政权、隆武政权、鲁王监国、绍武政权及永历政权，后来在与李自成的斗争以及抗清斗争中全部覆灭，前后共历18年，南明政权成为历史。
弘光政权是在崇祯十七年（1644年）五月初三建立。由马士英、史可法等奉明福王朱由崧监国于南京。五月十五日即皇帝位，年号弘光。朱由崧，明神宗之孙，老福王朱常洵之子。初封德昌王，进封世子。崇祯十六年（1643年）嗣封福王。次年初，农民军扫荡北方，朱由崧流亡淮上。恰逢南京的明朝残余势力议择君继承大统，然后挥师北上。在此期间，南京内部曾出现拥潞王（朱常淓）与拥福王之争，最后四镇总兵（高杰、黄得功、刘泽清、刘良佐）以军阀势力推举福王朱由崧为帝，马士英见风使舵，逼迫史可法等东林党官员同意。四镇及马士英等以拥戴有功，把持朝政，起用阉党余孽，贪赃枉法，与高弘图等东林余党针锋相对。明弘光元年（1645年）三月，宁南侯左良玉称奉崇祯太子密诏，入诛奸臣马士英以“清君侧”为名，起于武昌，进逼南京。清军迅速南下，连续破徐州，渡淮河，兵临扬州城下。史可法时在扬州虽有督师之名，却实无法调动四镇之兵。一月之中，清军破徐州，渡淮河，兵临扬州城下。四月廿五，扬州城陷，史不屈遇害。随后，清军渡长江，克镇江。弘光帝被迫出奔芜湖。五月十五日大臣赵之龙、王锋、钱谦益等献南京城投降；二十二日朱由崧被获，解北京处死。至此，弘光政权覆灭。
在随后的时间里，其他政权相继兴起。在南京失陷之后，杭州的潞王朱常淓（1645年）、应天的威宗太子王之明（1645年）、抚州的益王朱慈炲（1645年）、福州的唐王朱聿键（1645—1646年）、绍兴的鲁王朱以海（1645—1653年）、桂林的靖江王朱亨嘉（1645年）等政权先后建立，其中以鲁、唐二王政权较有实力。这时清朝再次宣布剃发令，江南一带掀起了反剃发的抗清斗争，清军后方发生动乱，一时无力继续南进。但南明内部严重的党派斗争与地方势力跋扈自雄，且鲁、唐二王政权不但没有利用这种有利形势发展抗清斗争，反而在自己之间为争正统地位而形同水火，各自为战，所以当1646年清军再度南下时，先后为清军所各个击灭。鲁王在张煌言等保护下逃亡海上，在沿海一带继续抗清；唐王则被清军俘杀。
1646年十一月，唐王弟朱聿（1646年）称帝于广州，改明年为绍武元年；桂王朱由榔（1646—1662年）称帝于肇庆，改元永历。这两个政权也不能团结，甚至大动干戈，互相残杀。绍武政权仅存在40天就被清军消灭。揭阳的益王朱由榛（1647年）、夔州的楚王朱容藩（1649年）称监国与桂王争立。郑成功也在南澳一度立淮王朱常清（1648年）为监国，后废。桂王在清军进逼下逃入广西。
面对这样的灭顶灾难，永历政权内部仍然矛盾重重，各派政治势力互相攻讦，农民军也倍受排挤打击，不能团结对敌，这就给了清军以喘息之机。1649—1650两年间，何腾蛟、瞿式耜先后在湘潭、桂林的战役中被俘杀，清军重新占领湖南、广西；其他刚刚收复的失地也相继丢掉了。不久，李过之子李来亨等农民军将领率部脱离南明政府，转移到巴东荆襄地区组成夔东十三家军，独立抗清。这支部队一直坚持到1664年。
后来的抗清斗争中，南明军与清军作战中，败多胜少，大批南明的军队先后降清。先后丢失了江苏、安徽、浙江、江西、福建、两广、两湖等领地，地盘尽失。直到以孙可望为主的大西军加入，再次改变了整个局势。
然而不久，刘文秀在四川战斗中再次失利，吴三桂却侥幸取胜。即便如此，内部争取拿的斗争一刻也没有停止过，孙可望因妒嫉李定国桂林、衡州大捷之大功，逼走李定国，自己统兵却在宝庆战役中失利。东南沿海的郑成功也在漳州战役中失利。所以明军在四川、湖南、福建三个战场上没能扩大战果，陷入了与清军相持的局面。之后李定国与郑成功联络，于1653年、1654年率军两次进军广东，约定与郑会师广州。郑成功部队并没有闲着，1656年，郑军取得泉州大捷，1657年又取得护国岭大捷。明昭宗（1623—1662年）朱由榔，汉族，是南明的最后一个皇帝。朱由榔是明神宗的孙子，明崇祯的堂弟，父桂端王朱常瀛。在隆武被俘后，于当年十月初十日（一说十四日）称监国于肇庆。于清顺治三年（1646年）在肇庆正式即位，年号永历，史称永历帝。永历帝倚仗张献忠建立的农民政权大西之余部李定国、孙可望等在西南一带抵抗清朝，因此维持时间较长，一度甚至收复湖南等地。
永历十年（1656年），孙可望秘谋篡位，引发了南明内部一场内讧，李定国拥桂王至云南，次年大败孙可望，孙可望势穷降清。孙可望降清后，西南军事情报尽供清廷，云贵虚实尽为清军所知。永历十二年（1658年）四月，清军主力从湖南、四川、广西三路进攻贵州。年底吴三桂攻入云南，次年正月，下昆明，进入云南，桂王狼狈西奔，进入缅甸。李定国率全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭敌人追兵，结果因内奸泄密导致未能大获全胜，南明军精锐损失殆尽，此即磨盘山血战。这时郑成功趁清军主力大举攻击西南之际，率领十余万大军北伐，一度兵临南京城下，然而郑军中了清军缓兵之计，最终失败，撤回厦门。清军派大军围攻厦门，企图一举歼灭郑成功，但郑成功沉着应战，取得厦门大捷的胜利，稳定了东南沿海局势。
后永历帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽达收留。后吴三桂攻入缅甸，莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄后继位。永历十五年（1661年），吴三桂率清军入缅，索求桂王，十二月缅甸国王将桂王交于清军。永历十六年（1662年，康熙元年）1月，永历帝在昆明遭绞死，终年39岁。死后庙号昭宗，谥号应天推道敏毅恭俭经文纬武礼仁克孝匡皇帝。
台湾郑成功政权继续奉永历为正朔，领导抗清斗争，这时郑成功实则已经掌握了大权，明朝皇室只是傀儡。1683年，清军占领台湾，朱术桂自杀殉国，至此，南明政权宣告退出历史舞台。