从历史的角度来看，货币重铸工作与《原理》一书相比，只是一件平庸的事情。但尽管如此，这却是牛顿自己的选择。牛顿天生就是一个行政管理人才，由于他的到任，造币厂受益匪浅。货币重铸工作有一方面进展不佳，即建立五个临时地方造币厂，以加速新币在全国的发行。当牛顿到职时，这些地方造币厂的进度大大落后于计划，财政部对它们的压力很大。整顿这些造币厂是牛顿着手的工作之一。当然，对于这些工厂的成功运作，牛顿所发挥作用的程度，恐怕无法精确表述，他发挥作用的证据，主要还是靠时间来表明。实际上，牛顿到职不足三个月，这些工厂就开始正常运行了，当然造币厂的工作人员并非仅牛顿一人。
由于牛顿自身的能力，他终于发现自己所处的地位已经可以多少回报一下哈雷了。每一地方造币厂都需委派全部的官员，这些人被任命为伦敦塔造币厂官员的代表。牛顿做了安排，任命哈雷为切斯特造币厂的副审计员，年薪九十英镑。后来哈雷感到这一工作使人头痛，应值上述薪俸的两倍。伦敦塔造币厂内一片忙乱。伦敦塔总监卢卡斯勋爵每天早上五点打开大门，他认为这够早了，但财政部却命令他早上四点就要开门。工作一直要持续到午夜。霍普顿·海恩斯在他写的关于货币重铸工作的回忆录中记载，在造币厂狭窄的工场内，拥挤在一起干活的工人近三百名，五十匹马驱动着十台压印铸币机运转。九台大压币机在工作；每台压币机都按照牛顿的计算，每分钟撞压五十至五十五次，发出极大的噪声。1696年夏天，造币厂经过艰苦的努力，产量增加到每星期10万英镑。截至当年年底，造币厂已造币二百五十万英镑。此时，危机的巅峰期已经过去，货币短缺现象开始缓解。牛顿弄清了造币厂的实际情况。他接受督办这一职位时，以为督办在造币厂享有最高权力。直到6月，他才知道情形并非如此。牛顿要求财政部给他加薪。他抱怨说，督办的薪俸“与造币厂其他官员的薪俸和津贴相比简直太少了，与督办这一职务所享有的职权不相称”。牛顿对厂长尼尔也做了一番评价，正如他后来所说：“这位绅士负债累累，挥霍无度，依靠不正当的行为，获取了厂长职位……”1697年，议会进行了调查。这时，他们之间的关系已相当紧张。牛顿在写给下院委员会的报告中，试图重申督办的权威，“督办……一职本身就是行政长官，而且是造币厂惟一的行政长官，负责处理造币厂员工中的一切事务……而对这些员工（厂长仅是其中一员）的职责就是熔化并提炼金、银锭，然后铸造硬币”。本来，造币厂员工中并没有常设行政官员。但1666年重组之后，厂长的薪俸高于督办，并明确由厂长收取、分配铸造税收入。这样，厂长有了财权，从而也就获得了对造币厂的控制权。牛顿在报告中呼吁恢复原来的管理模式。力图将自己变成事实上的厂长，尽管名义上并非如此。牛顿照搬了在其他截然不同的事情上所采取的办法。
他系统地研究了造币厂的历史，以及它目前的经营状况，了解和掌握的情况比别人都多。牛顿收集了与造币厂有关的公告与授权证书，这些资料可一直追溯至15世纪爱德华四世时期。牛顿还掌握了有关尼尔的情况，尤其是尼尔对詹姆斯·霍尔的负债情况。詹姆斯·霍尔曾是造币厂的审计员。牛顿通览了旧账，因而对各种服务的支付标准了如指掌。他还详细研究了造币厂每一班次的运转情况，记录产生的各种费用，如熔化锅的成本及其使用次数。他声称：“通过实验，我发现在镀锡过程中，每生产一金衡磅半克朗的硬币，就要损耗三克半。”
尽管牛顿手下可供驱使的抄写人员不少，但他还是自己抄写了1675年关于铸币情况的报告，接着又重新抄了一遍。牛顿对于铸币重量与数量的记录，不管是金是银，逐年抄录，而且全部重新抄写一遍。从某种意义而言，抄写源于他完全依赖自己的信念。牛顿在对地方造币厂官员关于账目的指示中，也提出了忠告，“不要相信职员的计算，也不要相信别人的眼睛，只能相信自己的双眼”。然而，这个问题已不仅仅只是信赖问题。甚至对一封无足轻重的信函，牛顿也要二易其稿，然后还要誊清两次。
1698年夏，重铸货币工作已经完成，此时，牛顿对造币厂经营活动的控制已到相当程度，实际上他已在行使厂长职权。王室代表要牛顿负责草拟地方造币厂的决算报告，本来这些报告通常都是由尼尔草拟。牛顿还取代尼尔撰写有关重铸货币工作的最后报告。的确，尼尔可谓信誉扫地，直至1699年底他逝世时，都没有结清账目。这也成了牛顿的额外任务，而且说明了尼尔生前造币厂的真实情形。
根据牛顿的记载，从1696年初至1698年夏，造币厂（含地方造币厂）铸造了六百八十万英镑的硬币。按硬币数量计算，这几乎是前三十年铸币总量的两倍。但这一切纯属徒劳，当然这并非牛顿的过错。当时的经济已被战争逼近崩溃的边缘，尽管政府想要对经济采取突然紧缩通货的措施，而且甘冒因分配不公引起社会动乱的风险，政府在改变银币的根本性贬值方面却毫无作为。这些新币从造币厂发行的速度很快，接着几乎又以同样快的速度回到了金匠的熔化炉中。
在牛顿后来的铸币生涯中，造币厂只是在政府通过特别法运来银锭时铸造银币，而且产量微乎其微。在长达二十年的时间内，造币厂只是试验生产金币，以小面额来缓解短缺现象。约翰·康迪特是牛顿的外甥女婿，也是牛顿在造币厂的接班人，他写了一篇关于1730年硬币情况的“观察报告”，报告声称流通的银币数量甚微。
1699年12月23日，造币厂厂长尼尔去世。牛顿没用太久就认识到，他已无须再费劲将厂长的实权转移到督办手中。
正像牛顿在货币重铸方面所观察到的，名义上的职位与实权之间肯定有天壤之别，更不要说酬金方面的差别。虽然牛顿在重铸货币方面责任重大，但他同样只能领取四百英镑的年俸。假如他像前任督办一样什么事不做，年俸也一分不少。
尼尔几乎没做什么事，全都让他的助手托马斯·霍尔和牛顿去做。尼尔不仅每年领取五百英镑的薪俸，而且按照合同规定，他还根据金衡磅铸币获取固定利润。除了薪俸之外，尼尔在货币铸造期间赚的钱超过两万英镑。牛顿对此看在眼里，记在心上。他刻意训练自己，掌握了厂长所应知道的管理方法，牛顿在等待。因为尼尔已是行将就木的病人。
尼尔从重铸货币中获取了丰厚利润，说明厂长一职是保护人争夺的对象。虽然蒙塔古已经下台，但还是让牛顿得到了此职，并且没用多少时间。12月26日，也就是尼尔去世三天之后，牛顿博士从造币厂督办升为厂长。约翰·斯坦利爵士继牛顿博士之后成为督办，年薪五百英镑。
从督办升任为厂长在造币厂可以说是空前绝后。不过，牛顿仍是剑桥大学的研究员、教授。实际上，三年半的时间足以将牛顿改变成一名地道的公务员。牛顿不但根本不想重返剑桥，而且还企图谋取地位更高的厂长职位，达到其继续留在伦敦的目的。1701年，牛顿终于辞去剑桥大学的教授和研究员职务。这一年，铸币的工作量很大，牛顿作为厂长的收入几乎达到三千五百英镑，相比之下，剑桥大学的收入实在微不足道。在伦敦生活的三年半时间也足以让牛顿弄明白官场的实际情况。尽管他的保护人已经离职，但他仍然能够成功地谋取梦寐以求的厂长职位。
根据厂长与王室的正式合同与牛顿的年度决算，可以确定牛顿作为厂长的收入情况。在他担任厂长的二十七年间，他从金、银币铸造方面所获的年均收入为九百九十四英镑。从1703年开始，至少一直到1717年，也许时间更久，他储存和贩卖锡的年收入为一百五十英镑。从1718年至1724年的七年间，因铸造半便士和四分之一便士的铜币，他又获得约一百英镑的收入。此外，牛顿的年薪为五百英镑。我们知道他还收取礼物，毫无疑问他收取的一些礼物我们并不清楚。
我们甚至无法估计这些礼物的价值。根据牛顿1713年的陈述，他每年有大约一百八十英镑的支出是必不可少也无法避免的。作为厂长，牛顿的年均收入约为一千六百五十英镑。
年份不同，差别也较大。1703年，他的年收入为六百六十三英镑，而这一年他的红利只有十三英镑。1715年，他的收入为四千二百五十英镑，红利则高达三千六百零六英镑。平均数容易产生误导，因为在牛顿出任厂长的二十七年间，有十一年恰逢西班牙继承权战争，这场战争抑制了货币铸造。而在其余的十六年间，牛顿作为厂长的平均收入约为二千一百五十英镑，在铜币铸造年间约为二千二百五十英镑。相比之下，在查理二世期间，财政大臣每年的薪俸是八千英镑，不过后来略有减少。其他官员的年俸不及财政大臣的一半。大多数官员的为官之道可疑，他们总要采用各种不轨行为增加自己的实际收入，就像蒙塔古那样聚敛家财。不过，造币厂厂长采用此类手段的机会要少一些。即便有这样的机会，牛顿也会不屑一顾。
1701年是造币厂收入颇丰的一年，加上红利二千九百五十九英镑，牛顿的红利几乎达到三千五百英镑。那年年初，也就是牛顿离开剑桥将近五年之后，他指定威廉·惠斯顿作为他的代表担任卢卡斯讲座教授，享有教授职位的全部收入。12月10日，牛顿正式辞去教授职位，惠斯顿继任。几乎是与此同时，他又辞去了三一学院的研究员职务。按资历来讲，牛顿当时排第十一位。后来不久，他肯定为他放弃剑桥大学的收入而后悔，因为他在造币厂的红利大幅度减少，几乎是零。从1703年至1707年的五年间，牛顿在造币厂的红利不到一百英镑。随着和平时期的到来，牛顿的收入才恢复到原来谋求该职所期盼的水平。当时，对于单身汉而言，每年一千二百英镑的收入不仅是生活宽裕，真可谓极为富足。而牛顿作为厂长的收入更是数额可观，那场战争结束之后，这笔收入足以保证他一生生活无忧无虑，即使是在物价较为昂贵的伦敦。在造币厂任职期间，也正是英国的文官制度萌芽时期。财政部是文官制产生之地，造币厂的决算每年上交财政部，此外还有其他报表。牛顿被公认为文官制萌芽时期的杰出公务员，他是当之无愧的。毫无疑问，牛顿并没有彻底改变造币厂，但他却使得造币厂的效率大大提高。这种高效率对造币厂来说史无前例，在后来的一个世纪中也不曾有过。造币厂厂长还有另一义务，即在下院出任议员。这样，牛顿就可以在下院中支持政府，也可以说是支持哈利法克斯。1698年正值选举年，牛顿来到剑桥大学，不过他没有参加议员竞选。1701年，牛顿竞选议员并获得成功，自12月20日起担任议员职务。就像在以前的国会会议中一样，牛顿在各方面都不突出。1702年5月，威廉三世驾崩，议会休会，随即被解散。当年牛顿并没有正式参加竞选，因为在上次竞选中，他遇到了一些令人不快的事情。竞选失败的候选人安东尼·哈蒙德撰写了一本小册子，题为“论当选议员竞选的腐败行为”。尽管这本小册子没有明确提到剑桥大学，但却对新东印度公司指责了一番，称该公司在选举活动中大肆行贿，目的是让政府的政策向其利益倾斜。哈利法克斯与新东印度公司有牵联，他曾于1698年为该公司的合并提出一项法案。牛顿以及公众从哈蒙德的小册子中不难看出，它是在指责哈利法克斯只要有钱，就甘当走狗。此外，这本小册子还暗示，一些激进的宗教团体企图以同样的手段颠覆英国圣公会。1702年夏，牛顿给他的一位朋友写了一封信，信中指出，他拒绝返回剑桥公开参加新的一轮竞选。他为什么不公开参加竞选呢？安娜女王在上届议会休会致词时，曾指出在选举中要强化遵奉国教的观念，也许这对牛顿做出上述决定起了一定作用。关于1702年的选举，激进的詹姆斯·德雷克也写了本小册子，明确提到剑桥和哈利法克斯，称他是剑桥选举中强有力的保护人，并在突出的地位提到伪君子问题，作者认为这些伪君子自称为真正的新教徒，其实是在毁灭圣公会。德雷克的小册子比哈蒙德的小册子更加使人不得安宁。只要看到类似的言论就溜之大吉，这也是出于他的本能。哈利法克斯的命运全靠下院支持。此时他采取了更为咄咄逼人的姿态，他让牛顿做好准备进行下一轮竞选。1705年，新的一轮竞选开始，牛顿听从了哈利法克斯的意见，参加竞选。4月16日，女王访问剑桥时，牛顿也在那里。在女王最后一次访问剑桥大学时，牛顿也是引人注目的人物。当时还是在校生的斯图克利后来回忆说：“女王从埃曼纽尔学院进城。从该学院直到诸公学的道路两旁，全校师生列队夹道欢迎女王。女王陛下在三一学院用餐，并在这里授予伊萨克·牛顿爵士称号。然后，女王参加了国王学院教堂的晚祷告仪式……教堂教长向女王陛下致词，并献上一本装饰精美的《圣经》。接着，在学者与市民的欢呼声中，女王返回。”女王对牛顿竞选的“巨大支持”就是授予他爵士称号。牛顿获此殊荣既不是因为他对科学事业的贡献，也不是因为他在造币厂任职期间的突出表现，而是因为1705年选举中党派政治的需要。此次女王访问剑桥，完全是哈利法克斯一手安排的，并将这次访问演变成一次政治集会。