明亡后，清顺治五年（1648年），王夫之在衡阳举兵抗清，阻击清军南下，战败退到肇庆，任南明桂王政府行人司行人，以反对王化澄，几陷大狱。后来几经磨难，才决心隐遁，起初在深山老林，后来又回到家乡衡阳潜心治学，在石船山下筑草堂而居，人称“湘西草堂”，王夫之就是在这里撰写了许多重要的学术著作。王夫之是一个孤高耿介的人，从33岁就开始隐姓埋名，直至去世。他刻苦研究，勤恳著述，前后共有40年，据说在此期间从没有理发，是中国罕见的精英知识分子。
王夫之学问渊博，对天文 、历法、数学、地理学等均有研究，尤其精于经学、史学、文学。王夫之在哲学上总结并发展了中国传统的唯物主义，他以为“气”是物质实体，而“理”则为客观规律。在历史研究上，王夫之由“道器”关系建立其历史进化论，反对保守退化思想。在教育上，王夫之认为人性随环境习俗而变化，教育要从娃娃抓起。在知行关系上，他强调行是知的基础。政治上，他反对豪强大地主，认为农工商业都能生产财富。
文学方面，王夫之善诗文，工词曲。他的一生都在坚持爱国主义和唯物主义的战斗精神，至死不渝。王夫之的墨迹传世稀少，《大云山歌》书风神清气舒，可谓难得珍品。船山书院是清末最著名的书院。
光绪四年（1878年）张宪和在兵部尚书彭玉麟的支持下，在回雁峰下的王衙坪王氏宗祠创立船山书院雏形。四年后，即光绪八年，湖南提学使朱逌然倡议建立“船山书院”，将王船山出生地衡阳城内王衙坪的“船山祠”创办为“船山书院”。曾国荃将家藏《船山遗书》332卷珍本捐给书院。书院内仍祭祀船山神位，书院旨在学习、研究“船山学说”、传播“船山思想”，这是中国最早以“船山”命名的学堂。光绪十一年改建东洲岛，并由彭玉麟亲聘国学大师王闿运任山长，从此，东洲岛船山书院的名声日渐突出，“海内传经问学者踵相接”，其他书院的学子纷纷前来，一时有“学在船山”之称。后来著名书画家曾熙也曾主讲于船山书院。船山书院培养了大量有真才实学的人。艺术家、教育界前辈、政界俊杰人才辈出。旷代奇才杨度就是其中的佼佼者之一。
清代的思想，是对历代思想的一次大综合。清代学者们对以往思想界指摘弊病，有的很中肯。但他们为时代和知识所限，除掉经籍的考证与训诂一途外，绝少能把历代思想发扬光大。王夫之不但把历代思想发扬光大，而且形成博大精深的体系，但令人遗憾的是王夫之没有传人，他的理论就此终止。
4、乾嘉学派
乾嘉学派是清朝的一个学术流派，它的学术宗旨就是“崇宋学之性道，而以汉儒经义实之”。它采用汉代儒生训诂、考订的治学方法，不同于宋明理学的注重理气心性的抽象议论，文风朴实简洁，重视证据而少个人发挥，因此也被称为“汉学”或者是“朴学”。由于学派在乾隆、嘉庆两朝达到顶盛，故得名。
一般认为乾嘉学派是清代统治阶级残酷镇压和统治臣民的政策的产物，尤其是在雍正、乾隆时期，书籍被大量禁毁，大兴文字狱迫害文人。当时的文人不敢有一丝一毫的疏忽大意，否则就会招致杀身灭族的悲惨下场，因此就只有把精力投向古代典籍的整理考据上，以逃避现实。在乾隆皇帝即位以后，大力倡导经学考据，前文中提到的阮元也大力提倡经学考据。乾嘉学派的兴盛也从侧面折射出古代书院的创新性和时事性正在下降，而特色书院的出现也是对这种情况的挣扎。
实际上，考据本身只是一种做学问的途径或者方式，到了清代初期开始有专业从事经学考据者，把所有的学问都纳入考据的轨道，甚至是把学问与考据之间划等号，这样考据就从一种方法变为禁锢人们思想的工具，然而在真正的学术角度上有一定的贡献，他们刻苦钻研中国传统文化，对于研究、总结、保存传统典籍起到了非常积极的作用。乾嘉学派的学者在梳理古代经典书籍的过程中，证实了很多被人奉为经典的著作是前人的伪作，形成了学术上怀疑古人的风气，他们对古代经典精心整理，为后来的学习者和研究人员奠定了坚实的基础。
但是乾嘉学派同样存在着很多严重的缺点：脱离实际、烦琐细碎。嘉庆以后，清朝面临内忧外患，有人从不同的角度对考据学派提出异议和批评，乾嘉考据学也开始由极盛转向衰落，逐渐地淡出历史舞台。顾炎武被公认为是乾嘉学派的开先河者，乾嘉学派的奠基人还有黄宗羲、阎若璩等人。乾嘉学派可以分为“吴派”和“皖派”。吴派极端推崇汉代经学，重视经学训诂典章制度的传统，主要学者有王鸣盛等人。王鸣盛的《十七史商榷》是清代三大史学名著之一。皖派重视《周礼》、《仪礼》、《礼记》这三礼中的制度考证，从音韵学和文字学入手来了解古书的内容和涵义，另外还比较重视思想和理论，皖派的主要学者有戴震，戴震的学生有三位非常出名，即段玉裁和王念孙、王引之父子。
顾炎武（1613年-1682年）是明末清初著名的思想家、史学家、语言学家，原名绛，字忠清，是江苏苏州昆山人。明亡后，因为仰慕文天祥学生王炎午的为人，改名炎武，字宁人，亦自署蒋山佣，学者尊称为亭林先生。顾炎武生于明万历四十一年（1613年），原本是顾同应的儿子，过继给堂伯顾同吉为嗣。
寡母王氏未婚守节 ，独力抚养顾炎武成人，教以岳飞、文天祥、方孝孺忠义的气节。顾炎武14岁考取秀才，即入复社。当时顾炎武个性很特立独行，时人号为“归奇顾怪”。清兵入关后，炎武投入南明朝廷，任兵部司务。清军攻陷南京后，又转投王永祚义军，又与同乡好友归庄联合吴志葵、鲁之屿军队，欲解昆山之围，终至功败垂成。母亲王氏遭清军断去右臂，绝食而亡，遗命炎武终身不得事清。安葬王氏后，炎武弃家远游，曾受隆武帝封授官职，领导义军，屡经失败。1678年，康熙帝开博学鸿儒科，招致明朝遗民，炎武以死坚拒推荐。1679年清廷开明史馆，炎武以“愿以一死谢公，最下则逃之世外”回拒熊赐履。
康熙二十一年（1682年）正月初四，顾炎武在山西曲沃韩姓友人家，上马时不慎失足，呕吐不止，初九丑刻卒，享年七十。
顾炎武知识渊博，与黄宗羲、王夫之被人并称为明末清初三大儒。顾炎武后致力于学术研究，留心于经世致用之学。对宋明所传心性之学深感不满，主张“著书不如抄书”。晚年侧重经学的考证，考订古音，是清代古韵学的开山祖，成果累累；他对切韵学也有贡献，但不如他对古韵学贡献多。顾炎武学术的最大特色，是反对宋明理学的唯心主义的玄学，而强调客观的调查研究，提出以“实学”代替“理学”的主张。开一代之新风，提出“君子为学，以明道也，以救世也。徒以诗文而已，所谓雕虫篆刻，亦何益哉？”顾炎武强调做学问必须先立人格，“礼义廉耻，是谓四维”，提倡“天下兴亡，匹夫有责”。《日知录》卷一三：“保天下者，匹夫之贱，与有责焉。”
5、文字狱
文字狱并不是清朝一种独有的现象，几乎历代都有文 字狱现象，但是清朝时期是文 字狱最为严厉的时期，这直接导致了乾嘉学派的兴起。
（1）康熙时期的文字狱——明史案、南山集案明熹宗天启朝内阁首辅朱国祯受魏忠贤排挤，告病回到老家养老，编了一本《皇明史概》并刊行，还有未刊的稿本——《列朝诸臣传》。
明朝灭亡之后，浙江湖州有个叫庄廷钅龙的富户，他是个盲人，受到“左丘失明，厥有国语”的鼓舞，也想搞一部传世史作。但是庄廷钅龙本人并不通晓历史，于是他出钱从朱国祯后人那儿买了史稿，并招揽江南一带有志于纂修明史的才子，补写崇祯朝和南明的史事。他们在叙及南明史事时，并不承认清朝的正统，尊奉明朝年号，还提到了明末建州女真的事，如直接写努尔哈赤的名字，并且斥骂投降清朝的的尚可喜、耿仲明为“尚贼”、“耿贼”，称呼入关的清军为“夷寇”等等，这些都是清廷非常忌讳的。这部 《明史辑略》刊刻后，起初并没有引起朝廷的注意，但是几年后有几个无耻小人因为想敲诈庄家，才惹出大事。当时庄廷钅龙已去世多年，庄家父仗着有钱买通官府将敲诈者一一顶回 。没料到一个叫吴之荣的小官一怒之下把庄家告到了北京。鳌拜等人对此大感兴趣，准备严究。于是与庄氏《明史》有关连的人都大祸临头。康熙二年（1663年）5月26日，在山水秀丽的杭州城，清军将《明史》案一干“人犯”70余人其中包括为《明史》写序的、校对的，甚至卖书的、买书的、刻字印刷的以及当地官吏，在弼教坊同时或凌迟、或杖毙、或绞死，一时血溅人间天堂。“主犯”庄廷钅龙照大逆律剖棺戮尸，另有数百人受牵连发配充军。
这样，明史案就开了以“逆书”索赂的恶劣先河。一些恶棍就效法吴之荣，专门去挑别人书文中的纰漏，牵强附会，指为“逆书”，漫天敲诈。
再说说南山集案方孝标曾到云南做吴三桂的官，后来因为及早投降清朝免死，著有《滇黔纪闻》等书。戴名世见其书，在所著《南山集 》中加以引用，结果被人告发，认为其著作中有“大逆”语。其实著作中并无真正抵毁清朝的“大逆”之语，只是方孝标的书说到南明永历政权未称为伪朝，戴书提到南明弘光帝及其年号，犯了清朝的大忌。
结果此案也波及数百人，吏部原定将戴名世斩首，处死家族中16岁以上男子，而将女眷等没收为奴婢。不过后来康熙下令只杀戴名世一人，其余原定处死的百余人改为流放宁古塔。
（2）雍正时期的文字狱——年羹尧案、隆科多案雍正朝的文字狱始自年羹尧案，年羹尧是古装电视剧中赫赫有名的历史人物。年羹尧是汉军镶黄旗人，进士出身而有用兵之才，在川藏一带平叛屡建功勋，康熙末年年羹尧被任命为定西将军、兼理川陕总督，年羹尧当时一心依附于当时还是雍亲王的胤禛。胤禛继位后，年羹尧备受宠信，累授川陕总督、太保、抚远大将军，爵封一等公。年羹尧又因妹妹是雍正的妃子，就开始居功自傲，而雍正帝也早就想杀一儆百，只是苦于没有借口。雍正三年（1724年）二月，出现“日月合璧，五星联珠”的天文奇观，臣僚上表称贺，胤禛特别注意年羹尧的奏表，并找到了“毛病”，一是字体潦草，二是将成语“朝乾夕惕”写成了“夕惕朝乾”，此语的意思就是终日勤慎，就算是写倒了意思也不变。
但正所谓“欲加之罪何患无辞”，雍正就是认为年羹尧居功藐上，心怀不轨，那些对年羹尧有怨怼的人见皇上带了头，便群起而攻之，于是年羹尧被劾成92条大罪。雍正令年羹尧自裁，亲族、同党或被斩首或遭到流放或被贬谪，凡是与年羹尧有一丝牵连的人统统受到处罚。
年羹尧死后7天，浙江杭州人汪景祺又被斩首示众，即汪景祺西征随笔案。雍正初年，汪景祺的朋友胡期恒任陕西布政使，是其上司年羹尧的心腹。汪景祺前往探访，乘机投书拜见年羹尧，并做了年羹尧的临时幕客。汪景祺这次西游著有《读书堂西征随笔》两卷 ，献年羹尧收藏，大约是随笔提及“狡兔死，走狗烹”，本是提醒年羹尧。年羹尧被定罪抄家，《西征随笔》被缴进宫中。雍正读后，咬牙切齿地在首页题字云：“悖谬狂乱，至于此极！惜见此之晚，留以待他日，弗使此种得漏网也。”胤禛因此愤恨，但是同时他又找到一个冠冕堂皇的理由：一方面可以表现自己的孝道，另一方面处罚汪景祺，降罪谕旨只称汪景祺“作诗讥讪圣祖仁皇帝，大逆不道”。于是汪景祺被定处斩，枭首示众，其头骨在北京菜市口枭示了10年。妻子儿女、兄弟叔侄辈都受到牵连，甚至疏远亲族凡在官的都遭到革职，交原籍地方官管束。由于牵累的人多，汪景祺侨居的平湖县城甚至传出“屠城”的谣言，居民惊惶逃窜。
与年羹尧有牵连的还有钱名世名教罪人案。钱名世是江苏武进人，大概是因为当年与年羹尧是同年乡试同年而有了交谊。雍正二年（1724年），权势赫赫的年羹尧进京觐见，钱名世赠诗谀颂，有“分陕旌旗周召伯，从天鼓角汉将军”、“钟鼎名勒山河誓，番藏宜刊第二碑”等诗句。年羹尧受诛之后，钱名世当然也在劫难逃。雍正给他加的罪名是“曲尽谄媚，颂扬奸恶”。
但是雍正没有杀他，只是把他革职逐回原籍，却又御书“名教罪人”四字，命钱名世原籍地方官制成匾额，挂在钱家中堂上。当钱名世离京时，雍正又命京官自大学士、九卿以下都作讽刺诗为钱名世“赠行”，结果共有385人奉诏作诗。雍正一一过目后，交付钱名世辑成专集，题为《名教罪人诗》，刊印后颁发全国学校，让天下士子人人知晓。
讽刺诗作得够味的给予表扬，不够味的给予处分。正詹事陈万策诗中有句：“名世已同名世罪，亮工不异亮工奸”（指南山集 案的戴名世，而年羹尧也字亮工），措意尖刻，造句新巧，得到雍正夸奖。而翰林侍读吴孝登则因诗句“谬妄”，被发配宁古塔给披甲人为奴。作诗的人当中，有叫查嗣庭的，他批判钱名世“百年遗臭辱簪缨”；有叫谢济世的，他批判钱名世“自古奸谀终败露”；但是不久，他们就跟着遭殃了。“名教罪人”四个字不但对钱名世来说是奇耻大辱，而且使他的子子孙孙都抬不起头。