对于已经成为真正皇帝的顺治来说，接下来要做的事是进一步加强皇权，巩固实力。
顺治继承了其父手下亲掌的镶黄、正黄两旗，恢复了被多尔衮打击的两黄旗贵族的地位，提高两红旗的地位，又把原来多尔衮手下实力最雄厚的正白旗收归己属。至此，顺治皇帝独有三旗，实力大大加强。同时，他谕令两黄旗和正白旗合称上三旗，体制高贵，直接为皇帝亲辖；诸王贝勒统辖的其他五旗称为下五旗，改由皇帝任命。八旗中这种等级的区别从此成为定制，它们无论在体制上还是在实力上，都无法像在关外时那样再与朝廷相抗衡了。顺治对八旗的这一改革，为皇权的进一步加强提供了军事上的保障。
另外，为了笼络人心，进一步集中自己手中的权力，顺治一面对八旗大臣普施皇恩，大加赏赐；一面竭力栽培扶植擢升忠于朝廷之臣，扩大议政王大臣会议的成员和权限。
在对八旗内部进行调整的同时，顺治也对内宫宦官制度进行了一番改革。顺治于十年（1653年）六月下谕仿明制设立太监机构十三衙门，首为乾清宫执事官，次为司礼监、御用监、内官监、司设监、尚膳监、尚衣监、尚宝监、御马监、惜薪司、钟鼓司、宣殿局、兵仗局。
巩固皇权的活动在顺治的筹划下，紧锣密鼓地进行着，同时吏治问题也开始纳入顺治的重视范围。八年（1651年）闰二月初七，顺治指出：国家纪纲，首重廉吏，下谕都察院，“治国安民首在严惩贪官”，“欲严惩贪官，必在审实论罪”，“大贪官员问罪至应死者，遇赦不宥”。十二年（1655年），又下谕加重惩处：“内外大小官员，凡受赃至十两以上者，除依律定罪外，不分枉法不枉法，俱籍其家产入官。”十六年，他下令，把“贪官赃至十两者，免其籍没，责四十板流席北。其犯赃罪应杖责者，不准折赎”。从顺治八年到十七年（1660年），短短的十年间，他严惩贪官40余人，分别处以降级、革职、处死等惩治。
针对贪污成习、举荐冒滥的现象，顺治在严惩贪官的同时，亦谕令督抚对属官“严加甄别，有德有才兼通文史者保奏”，那些“不堪为民牧者立行参劾，不得姑留地方害民”。为了及时发现并惩处为祸一方的官员，他加强对内外官员的监督，尤为重视都察院和御史的作用，向各地派出大量御史，作为皇帝的“耳目”以“简任巡方”“察吏安民”。他还下令满汉官员互参，即互相监督，“如汉官玩误，满官据实奏闻；如满官执延，汉官亦据实奏闻”。
顺治非常欣赏与佩服朱元璋诛戮大臣、以重法治世的经验。他惩贪决心坚定，无奈事与愿违，贪官问题屡禁不止，惩贪与澄清吏治的其他问题一样，终顺治一朝，都未能解决好。
在惩治了贪官污吏的同时，他还经常提拔一些好的官员为自己办事。他认为“知府乃吏民之本，若尽得其人，天下何患不治”，而全国百余府中有三十府最为重要。为选好知府，他于十二年正月下令“在京各衙门满汉堂官三品以上及在外督抚，各举才行兼优堪任知府者一人，详开履历事迹具奏，吏部再加察议，奏请定夺，以备前三十处知府之用”。有时，他将自己随时发现的人才越级提升。一日，他微行入翰林院，见庶常胡兆龙独自学习清书（满文），他当即传旨“超升学士三 级为侍读”。
顺治还很重视官员的考核，顺治十年（1653年）正月与十六年（1659年）正月先后以大计考核全国地方官员，根据官员的不同表现给予留任或降职等不同处理。顺治十年的考核，有969名地方官受到革、降、调的处理。
除考核外官外，他又于顺治九年（1652年）五月确定以京察考核京官，六年一次，定为制度。顺治十年四月初五，京察付诸实施。吏部侍郎、学士、詹事等官由顺治帝亲行考核，六部、通政使司、大理寺、太常寺、太仆寺等衙门均参加考核。
为了锻炼官员，他还实行官员内升外转的办法。顺治十年四月他谕吏部说：“国家官员内外互用。在内者习知纪纲法度，则内可外；在外者谙练土俗民情，则外亦可内。内外扬历方见真才。”