雍正元年（1723年）夏天，统治青海的罗卜藏丹津胁迫青海诸台吉（明末清初玉树地区各部头人为青海蒙古和硕特部，赠爵为诸台吉）会盟察罕托罗海，“令各仍故号，不得复称王、贝勒、公等爵”，自称达赖浑台吉，公开发动了武装叛乱。
针对罗卜藏丹津的叛乱，雍正帝作了两手布置。一方面派驻在西宁的侍郎常寿去罗卜藏丹津驻地沙拉图，宣布谕旨，令其“罢兵和睦”，“不从则惩治之”；另一方面，命川陕总督年羹尧办理平叛军务，准备用兵。
侍郎常寿至沙拉图，宣布了雍正帝旨意，说明若诸台吉不悬崖勒马，将举大兵来讨伐。可是罗卜藏丹津早已认定了此刻是失不再来的良机，复兴乃祖事业的欲望和初战的胜利早已冲昏了他的头脑，他表面上声称听从劝告，骗取常寿信任，将他诱至察罕托罗海，囚禁为质。后又勾结西宁附近塔尔寺大喇嘛察罕诺门汗等宗教领袖参与叛乱，叛军一时势力大增，随后西藏、青海、四川、甘肃的藏人也跟着暴乱。
雍正元年（1723年）十月初，雍正命川陕总督年羹尧为抚远大将军统兵进剿，以四川提督岳钟琪为奋威将军，参赞军务。
年羹尧为人聪敏，豁达，娴辞令，善墨翰，办事能力亦极强。后受到雍亲王的重用，各皇储争夺皇位时，他利用自己的精明才干，时时向主子出谋献策，奔波游说，深受青睐，更使主子高兴的是，年氏将自己的亲妹妹献给了他，以示忠诚，那时，主仆二人曾发誓，死生不相背负，从此交情更加深厚。君有情，臣有意，再加上年氏的才能，官阶越升越高，不到十年即升为四川巡抚，接着，又升为川陕总督，独掌军政大权，成为雍正心腹。
年羹尧一面指挥当地清军在西宁外围与叛军作战，一面加紧进行平叛部署，令大将驻守察木多（今西藏昌都）、吐鲁番、噶斯等地，以防叛军与外部首领勾结。布置就绪后，下令进攻西宁周边的镇南、申中、南川、西川和北川归德等地。雍正帝谕令年羹尧，表示坚持武力平叛，不许叛逆请和，罗卜藏丹津只好一路后退。
十二月，蒙古原持观望态度的诸贝勒、贝子、公、台吉等率胁从叛众投降了清朝。
雍正二年（1724年）二月，岳钟琪率军进击罗卜藏丹津，追奔一昼夜，迅速抵达叛军的老巢。罗卜藏丹津尚在睡梦中，听闻清廷兵从天降，仓皇惊起败逃。罗卜藏丹津衣着女装，逃往准噶尔。岳钟琪率兵穷追不舍，直至桑洛海，俘获了罗卜藏丹津的母亲和妹妹，以及阿拉克诺木齐、阿尔布坦温布和藏巴札布等叛乱头目。
三月初一，清军凯旋。雍正帝论功行赏，封年、岳为公爵，批准年羹尧提出的处理善后13条事宜。
雍正帝向青海派驻办事大臣，处理蒙藏民事务，把西宁卫改为西宁府，下置西宁县、碾伯县、大通卫，使青海这一重要地区直接隶属于中央政府，又把藏人活动地区的甘肃凉州卫改为凉州府，增设武威县，改镇番卫、永昌卫、古浪所为县。这一措施有利于稳定青海及其附近地区的少数民族。