尼基塔·赫鲁晓夫是否知道托尔亚的遭遇，我们不得而知。如果他知道了，他是否会帮助他，这一点就更不好说了。
在希特勒发起进攻后不久，苏联所遭受灾难的严重程度已经一目了然，斯大林的神经都快要崩溃了。“列宁给我们留下了伟大的遗产，而我们，他的继承者，已经将它挥霍殆尽了。”他对莫洛托夫和贝利亚咆哮道。一连几天，斯大林独自一人呆在他的乡间别墅里。当他的同事们6月29日到他的别墅，希望说服他重返职位时，他的表情看起来好像认为自己可能会被逮捕似的。7月底，赫鲁晓夫在基洛夫地铁车站很深的地下最高指挥部里见到了斯大林：“那个人坐在那里，精神已经完全垮掉了，一句话也说不出来，甚至连一句我需要的鼓励的话也没有。……我面前看到的是一个士气全无的领导人。他坐在睡椅上，脸上毫无表情……他已经完全不知所措，不知道该干什么了。”[13]
在斯大林努力重新建立他的自信心时，赫鲁晓夫和他的同事们正在为保卫基辅而战斗。基辅防御的失败与最终陷落以及随之而来苏联所遭受的重大损失构成了赫鲁晓夫在第二次世界大战期间的第一次重大危机。
7月29日，总参谋长朱可夫在斯大林宽大的用木板镶嵌的克里姆林宫办公室长长的由绿布覆盖的桌子上铺开了地图。朱可夫向斯大林建议说，德国人有可能会推迟他们对莫斯科的进攻，首次攻击中部和西南部前线的“最薄弱与最危险的地带”。朱可夫很紧张地继续说道，如果出现这种情况，那么他的建议是“放弃基辅”。
“你怎么能想到将基辅拱手让给敌人？”斯大林发火了。
“如果您认为总参谋长除了纯粹的废话外什么也不能说的话，”朱可夫说他回击道：“那么他在这儿就没有什么必要了。”斯大林于是将他打发走了，并下令坚守基辅。9月10日，德国人庞大的坦克楔形编队深入到了西南集团军的腹地，瓦西里·图皮洛夫（Vasily Tupilov）中将认为：“如果我们再延迟撤退的速度，一场灾难就难以避免了。”但是斯大林禁止部队后撤。图皮洛夫提醒说“在两三天内”“就会有一场灾难”。但是他所有的努力换来的只是他是一个“胆小鬼”的指控和斯大林下令处决他的命令。
9月15日，铁木辛哥对局势很担心，于是在没有得到斯大林的批准的情况下，征求赫鲁晓夫的同意，就下达了口头命令。但是当西南集团军司令米哈伊尔·基尔波诺斯（Mikhail Kirponos）由于不敢采取行动而再次请求斯大林时，他得到了一个自相矛盾的命令：“放弃基辅，但在任何情况下都不能从敌人的包围中撤出。”
24小时后，基辅陷落了。基尔波诺斯、图皮洛夫和赫鲁晓夫的前乌克兰党委副书记米哈伊尔·布尔密斯坦科（Mikhail Burmistenko），当时是他们的主要政治军官，都被打死了。德国人吹嘘他们抓获了65.5万名俘虏，根据俄国人的说法，在677085人中，只有150541人突围逃脱。在赫鲁晓夫的司令部没有别的选择，只好撤离基辅时，他收到了斯大林的一封电报，电报“不公正地指责我的胆小行径，并威胁要对我采取行动。他指控我意图拱手让出基辅。这是恶毒的谎言”。但是斯大林并没有逮捕赫鲁晓夫，而是在他下一次去莫斯科时对他置之不理，让他的政府副首脑尼古拉·沃兹涅先斯基（Nikolai Voznesensky）将赫鲁晓夫痛斥了一顿。
这次经历在赫鲁晓夫的记忆里打上了很深的烙印。不过在朱可夫看来，赫鲁晓夫很可能是错怪了斯大林。当朱可夫8月份试图说服斯大林应该撤退时，斯大林“告诉我他刚刚再次与赫鲁晓夫协商过，赫鲁晓夫让他相信，基辅无论如何也不应该放弃”。
朱可夫的证词值得怀疑，毕竟赫鲁晓夫在1957年时将他踢出了核心权力集团，并让他蒙羞。不过赫鲁晓夫刚开始确实说过基辅是可以守住的，这种情况也是有可能的，因为他毕竟不想说他的独裁者不愿意听到的话。斯大林手下人的屈从让他难以了解事情的真相，因此导致后来即使他们拼命想说服他改变主意，他也拒绝他们的建议，并指责他们让他无所适从。这也许可以解释为什么赫鲁晓夫没有出来顶撞斯大林，但是事情也不像他后来所否认的那样，他未能抵抗住斯大林的独断专行。
1942年5月灾难性的哈尔科夫反击战也属于同一类型。1941年秋天，莫斯科受到了威胁，11月28日，包围莫斯科的德国军队离克里姆林宫只有不到20英里的距离。但是苏联人的反击将他们打退了。“我们不能坐在这儿，束手待毙。”斯大林在1942年3月的国防委员会会议上抱怨说：“我们必须在宽大的前线地区发起几次先发制人的进攻。……”斯大林否决了总参谋长对冬季攻势的反对意见，不过到1942年3月，攻势行动已经拖延下来。朱可夫总参谋长的继任，已经一把年纪的沙皇时期的上校伯里斯·沙波什尼科夫（Boris Shaposhnikov），呼吁在1942年初夏进行“暂时性的战略防御”。但是由铁木辛哥统率的西南战区，伊凡·巴格拉米扬为参谋长，赫鲁晓夫为政治委员，却有着更宏大的计划。
铁木辛哥和赫鲁晓夫想摧毁德国的南部军团，这样苏联军队就可以坚守一条从白俄罗斯的戈梅利经基辅一直到黑海的尼古拉耶夫的战线。他们提议用92个苏联师对抗德国军队64个师，尽管这还远远不足以满足确保胜利所需的决定性优势。巴格拉米扬对此心存疑惑，但由于赫鲁晓夫和铁木辛哥好像确保莫斯科肯定会同意这一建议，因此他也就没有坚持自己的意见。[14]
总参谋长也反对这一提议。但是在铁木辛哥、赫鲁晓夫和巴格拉米扬陈述了他们的观点后，斯大林同意了旨在重新夺取仅仅哈尔科夫一个地区的有限的反攻计划，并邀请他们共进了晚餐。[15]
争论结束后，准备工作的步伐加快了。铁木辛哥指挥着64万人、1200辆坦克、13000门大炮和榴弹炮以及926架飞机。5月初，赫鲁晓夫、巴格拉米扬和他一起视察了前线部队，他们在1919年赫鲁晓夫所在的红军部队打败白军的一个村庄里停了下来。他们中没有人怀疑德国人已经断定哈尔科夫反攻战即将开始，正在准备编织一个巨大的圈套，等待他们往里跳。
苏联人的攻势于5月12日开始。西南战区司令部起初报告，军队已经从哈尔科夫的北面和南面渗透了德国军队的防线。5月15日的另一份报告甚至带来了更加令人乐观的消息。斯大林很高兴，副总参谋长亚历山大·华西列夫斯基写道，他“严厉批评了总参谋部里那些坚持反对意见的人，使他几乎取消了现在进展得如此顺利的攻势行动”。
然而两天后，形势急转直下。铁木辛哥的部队已经在巴尔文科夫（Barvenkovo）造成了一个明显的凸出部，使他们的侧翼暴露出来。5月17日凌晨3点，德国军队在他们的南翼发动了进攻，到中午，他们已经在苏联第九军的防御阵地中突入了10英里。随着其他德国军队从北面以巨大的钳形攻势源源不断地袭来，苏联军队面临着被彻底消灭的危险。
华西列夫斯基呼吁取消攻势行动，但是斯大林在与铁木辛哥商谈后拒绝了这一建议。[16]同一天，铁木辛哥和赫鲁晓夫找时间给斯大林送交了一份两页的报告，报告的名称是“哈尔科夫战区西南方面军的成功攻势行动：我们的战利品”，报告说明了他们在5月12-16日之间缴获的战利品。
5月18日，西南战区司令部已经决定取消进攻行动，但是莫斯科方面反对这一命令。赫鲁晓夫正准备睡觉，突然巴格拉米扬在凌晨3时带来了坏消息。“我恳求你亲自和斯大林同志讲讲，”巴格拉米扬请求道：“我们唯一的希望就是你能说服他，改变他取消我们命令的决策。……”
当赫鲁晓夫和总指挥部通电话时，接电话的是华西列夫斯基。“亚历山大·米哈伊洛维奇，”赫鲁晓夫记得他当时说道：“作为一个军人，你熟悉地图，也了解敌人的战略，你知道的情况比斯大林同志知道的要详细得多。请……向斯大林同志说明如果我们继续这次战役将会发生些什么。”
“斯大林现在在近郊别墅里。”华西列夫斯基说。
“那么就到那里去跟他谈。……带一张地图去，指给他看，为什么我们决定取消这次进攻是我们能做的唯一合理的决定。”
“不，赫鲁晓夫同志。斯大林同志已经下了决心。他已经发出了他的命令。”
赫鲁晓夫挂上了电话，后来决定再打电话给他，再试一试，但是华西列夫斯基还是不肯让步。他现在唯一的希望就是和斯大林本人谈。“这对我是一个非常危险的时刻，”赫鲁晓夫后来说：“我知道斯大林这时已认为他自己是个伟大的军事战略家。”赫鲁晓夫将电话打到斯大林的别墅里，接电话的是马林科夫。“斯大林肯定在那里。”赫鲁晓夫回忆说：“我对别墅的布局很清楚，我很清楚地知道每个人坐在什么地方以及斯大林需要走几步路去接电话。”但是斯大林还是不愿意和他交谈。“斯大林同志知道你没有得到前线指挥官的同意，就做出了停止进攻的命令。”马林科夫向斯大林汇报后对赫鲁晓夫说：“他知道取消这次战役是你的主意，完全是你一个人的主意，他是反对的。”当赫鲁晓夫挂上电话时，巴格拉米扬当时就站在他的旁边，他“突然哭了起来。他的精神崩溃了。他预见到了将要发生的事情。他是为了我们的军队而哭的”。[17]
赫鲁晓夫的描述具有明显的倾向性。不过，事实果真如此吗？根据朱可夫的说法，到5月18日，斯大林也开始担心起来。但是铁木辛哥仍然在使危险进一步发展，而且赫鲁晓夫是“支持铁木辛哥的”。赫鲁晓夫坚持说他提醒过斯大林没有“考虑客观事实”，朱可夫后来写道：“对此，我可以作证，因为当斯大林和赫鲁晓夫通过高频电话通话时，我就在场。”[18]
苏联《军事历史杂志》引用过赫鲁晓夫发送给斯大林的三份电报（两份是他和铁木辛哥分别于5月17日下午5点30分和5月19日上午12点30分发的，还有一份是他于5月19日凌晨2时发的个人电报），这几封电报中没有一封要求停止进攻战役计划。[19]但是赫鲁晓夫坚持说他是打电话而不是发送电报向斯大林请求的（该杂志没有办法接触到电话记录），巴格拉米扬和华西列夫斯基虽然是在赫鲁晓夫已经下台后出版他们的回忆录的，但他们却对赫鲁晓夫的叙述基本上持支持的态度。巴格拉米扬说铁木辛哥催促斯大林继续进攻行动，他还记得赫鲁晓夫试图取消此次战役。华西列夫斯基回忆说赫鲁晓夫曾在18日给他打过电话，报告说斯大林“已经否决了他们立即取消进攻战役的建议，要求我再次向总指挥部表达他们的请求意愿”。华西列夫斯基还对赫鲁晓夫的回忆加以了证实：“与总指挥部的交流是通过G.M.马林科夫来回传达的，此次交流证实了继续实施进攻战役的命令。”
事实是所有的方面都应该为哈尔科夫战役的灾难负责：赫鲁晓夫和他的同事们开始时过分地兜售他们的想法，然后又怪罪于斯大林；斯大林接受了他们的作战计划，后来又拒绝进行修正；而总参谋部则不敢及时地提出反对意见。不管出于什么原因，反正部队付出了惨重的代价：损失了26.7万人，其中包括被俘的20多万人。[20]此外，华西列夫斯基回忆说，正是由于在哈尔科夫战役中的胜利才使得德国军队突破了苏军的防线，得以向斯大林格勒和高加索地区进发。
赫鲁晓夫付出的代价相对较轻，与他的惯常做法一样，斯大林对赫鲁晓夫的惩罚是慢慢的、痛苦的。在解除了巴格拉米扬和铁木辛哥的职务后，他解散了西南战区，并将赫鲁晓夫召回莫斯科。“我的情绪十分低落，”赫鲁晓夫后来指出：“我们损失了数以十万计的士兵。更为严重的是，我们失去了我们一直赖以生存的希望。……更糟糕的是，好像我本人必须为整个事情负责。”因为斯大林“为了逃避承担错误的责任，他是什么事都能做得出来的。当我乘飞机回莫斯科时，我……只好听天由命。我准备面临一切可能的后果，包括被捕”。
在开始的几天里，斯大林好像是在玩猫捉老鼠的游戏似的玩弄着他设想的受害者。德国人已经宣布他们俘虏了20多万人，他们是在说谎吗？“不，斯大林同志。”赫鲁晓夫回答道。斯大林继续说道，在第一次世界大战时期，当俄国军队在东普鲁士陷入德军包围后，指挥部队的将军被处以绞刑。“这件事我记得很清楚，斯大林同志。”赫鲁晓夫回答说。
赫鲁晓夫强作欢颜忍受着在莫斯科难挨的时刻（他和斯大林在此期间一共吃过好几次饭）。斯大林用如何防御顿巴斯这样的现实问题来掩盖他实际的威胁。赫鲁晓夫呆的时间越长，“在等待处理的过程中，我就越感到厌倦与痛苦。我很怀疑斯大林能否原谅此次失败。他肯定还需要找到一个替罪羊。这是他显示铁面无私的一个很好机会。……我完全懂得斯大林会如何策划他的报复计划。他是这类事情的能手。”