在《资本论》第二稿，即包括23个笔记本的1861-1863年手稿中，马克思专门研究了第3卷的有关问题。其中笔记本第ⅩⅥ、ⅩⅦ本研究了剩余价值转化为利润和剩余价值率转化为利润率，利润率趋向下降的规律；第ⅩⅤ、ⅩⅦ、ⅩⅧ本研究了商业资本和商业利润；第Ⅹ、ⅩⅢ本研究了地租理论。从1863年8月至1865年底，马克思又创作一部新的手稿，即《资本论》第三稿，其中主要部分就是第3卷的有关内容。
恩格斯虽然经常与马克思讨论有关《资本论》的理论问题，参与《资本论》理论观点的形成；马克思也经常把写作《资本论》的进展情况告诉他；但在马克思生前，他没有看过第3卷的手稿，也不了解这一卷完成的程度。马克思逝世不久，他找到了篇幅达1000页的《资本的流通》和《总过程的各种形成》的手稿，不禁大为惊讶。当倍倍尔问，为什么连他也不知道《资本论》续卷的完成程度时；他回答说：“很简单，要是我知道的话，就会使他日夜不得安生，直到此书写成并印出来为止。这一点，马克思比谁都知道得更清楚，但是他也知道，万不得已时（现在正是这样），手稿会由我根据他的精神出版的，这一点他跟杜西也谈过。”[37]
在整理第2卷过程中，恩格斯就开始阅读第3卷手稿。到1885年初，他已经完全掌握第3卷的内容，认为这是一部在理论上无与伦比的伟大著作。4月14日，他写信告诉倍倍尔，第3卷“是卓越的，出色的，这对整个旧经济学确实是一场闻所未闻的变革。只是由于这一点，我们的理论才具有不可摧毁的基础，我们才能在各条战线上胜利地发动起来。”[38]4月23日，他又对十分关心《资本论》第3卷的俄文译者丹尼尔逊说，第3卷“是圆满完成全著的结束部分，甚至使第1卷相形见绌。……这个第3卷是我所读过的著作中最惊人的著作……最困难的问题这样容易地得到阐明和解决，简直像是做儿童游戏似的，并且整个体系具有一种新的简明的形式。”[39]他认为，这部光彩夺目的著作，是马克思为自己树立的纪念碑，“比别人能为他树立的任何纪念碑都更加宏伟。”[40]
最使恩格斯惊异的是，尽管马克思早在60年代初期已经写出第3卷的重要部分，60年代中期已经完成全部手稿的写作，但由于他极端严肃认真的态度，在自认稿子没有彻底完善以前，决不肯公之于众。恩格斯研读了全部手稿后，十分感慨地说：“一个人有了这么巨大的发现，实行了这么完全和彻底的科学革命，竟会把它们在自己身边搁置二十年之久，这几乎是不可想象的。”[41]
第3卷的编辑工作与第2卷有所不同。虽然这一卷理论上非常精彩，但毕竟是一个未加润色的初稿。因此，整理编辑工作比第2卷还要困难，需要花费的时间和精力还要多。但恩格斯十分喜欢这件工作，他说：“在整理这部书时，我感到好像他（指马克思——引者）还活着跟我在一起似的。”[42]
整理工作从1885年2月下旬开始。辨认笔迹、口授和誊清手稿的工作花了大半年时间。到11月中旬，这项工作才初步完成。接着便进入真正的整理阶段。
在篇幅达70印张的第3卷手稿中，马克思只划分为7章，各章都未分节。这对阅读和研究很不方便。恩格斯以马克思的分章为基础，依据手稿的内容，重新安排篇章结构，把手稿的7章分为7篇52章；有些内容较多，理论上又能分开的，章内再分若干节，并加上章节标题。经过这样重新安排，全书结构谨严、层次清楚，篇、章节的内容重点突出，为阅读和研究这部伟大著作提供了极大方便。
为了把第3卷编成既是以手稿为依据，又是有条理的和尽可能完善的著作，恩格斯认真研究了全部手稿，按照正文的理论内容和叙述问题的逻辑顺序，修改了一些篇的标题，调整了一些章节的次序。例如手稿的第1章标题是《剩余价值转化为利润》；恩格斯改为《剩余价值转化为利润和剩余价值率转化为利润率》，这个标题更准确地反映正文的内容。手稿的这一部分开头全是关于剩余价值率和利润率的关系的数学计算；但是为了与前两卷相联系，也为了从理论上阐明剩余价值怎样转化为利润，剩余价值率怎样转化为利润率，则必须先研究资本主义的成本价格和利润。为此，恩格斯把分散在手稿各部分中有关成本价格和利润的论述集中起来，插入一些段落和文句，进行必要的加工，编成第1篇第1章，而把主要手稿的开头部分，以及马克思在70年代写的一个笔记本中的有关计算公式编成第3章。由于第3章是用数学方法说明剩余价值率与利润率的关系，恩格斯特请英国数学家、《资本论》英译者穆尔对笔记本的材料进行整理，作出摘要，根据摘要和主要手稿进行改写。经过这样的调整和改动，全书逻辑论证更加严密，叙述更有条理。
第3卷手稿中，有些章只有一个标题，未写具体内容，但问题又极为重要，因此，恩格斯只好亲自执笔加以补写。第4章《周转对利润率的影响》就是如此。马克思在标题下注明“这个因素，我们暂且放在一旁，因为它对利润率的影响，在后面的某一章中将专门予以研究。”显然，马克思是准备在修订手稿时补写的。后来这个计划未能实现，只好由恩格斯来完成。恩格斯根据《资本论》第2卷关于资本周转对剩余价值的影响的原理，指出“在资本百分比构成相等，剩余价值率相等，工作日相等的时候，两个资本的利润率和它们的周转时间成反比。”[43]资本周转的时间越长，利润率就越低；资本周转的时间越短，利润率就越高。这是因为，资本周转时间缩短，一定量可变资本在一年时间内周转次数增加，榨取的剩余价值量也增加；利润率是剩余价值与预付总资本的比率，剩余价值量增加，利润率也必然提高。由此可见，“周转时间的缩短对剩余价值的生产，从而对利润的生产的直接影响，在于使可变资本部分由此提高效率。”[44]经过恩格斯的补充，全书内容更加丰富，论述更加全面，理论上更加光彩夺目。
恩格斯说，第五篇的整理工作遇到真正的困难。这篇探讨了本卷理论上最复杂的“利润分为利息和企业主收入（生息资本）”的问题。马克思在写作这一篇手稿时，旧病复发并加重了，“因此，这一篇不但没有现成的草稿，甚至没有可以提供轮廓、以便加以充实的纲要，只不过是开了一个头，不少地方只是一堆未经整理的笔记、评述和摘录的资料。”[45]他曾经尝试按照整理第一篇的方法，把空白补足，把只有提示的片断进行加工；但后来觉得这条路行不通。因为这样做，需要补写和加工的内容太多，最后搞成的东西，与马克思手稿的差别太大。这不符合整理《资本论》的原则。因此，他决定尽可能限于整理现有的材料，只作一些必不可少的补充。这样做的工作量仍然很大。例如这一部分手稿中，有一篇题为《混乱》的东西，摘录了英国议会关于1848年和1857年危机的报告，汇集了23个企业主和经济学家关于货币和资本、贵金属的流动、过度投机等等的证词，有些地方加了简短的评注。恩格斯把这些材料加以挪动、删节和加工，一部分用于第31章，其余部分编成第33-35章。采用这种方法，成功地把马克思所有同这个问题有关的论述都收进正文。经过这番细心的整理和编辑，大量的摘录资料成了论述信用制度与货币流通、银行在资本集中的作用、国际汇兑和汇兑率以及批判资产阶级通货学派的材料。恩格斯补写的介绍李嘉图货币数量论的内容，对于更好地理解第34章正文，批判通货学派的理论，都有很大的意义。
研究地租理论的第六篇，手稿写得比较完整，但也有一些内容只有标题，还未成文；一些表格设计不妥或计算错误。恩格斯整理这一篇也耗费了大量劳动。例如从第41-43章，依次研究级差地租Ⅱ的三种情况：生产价格不变、生产价格下降、生产价格上涨。前两种情况手稿中已经作了研究；第三种情况手稿中只有一个标题，没有详细的阐述。于是恩格斯按照马克思论述第一、二种情况的思路，补写了第三种情况的内容。此外，他还对级差地租Ⅱ包含的三种主要情况和九种派生情况进行全面研究，作出一般性的结论。为了说明级差地租Ⅱ的各种情况，给研究结果提供数量的基础，恩格斯编制和插入21个表格。他说，手稿中虽然存在某些计算上的错误，但绝对“不会影响这些表所阐明的理论观点”[46]。他所增补和编制的表格，对于我们深入了解和掌握级差地租理论，有着重要的意义。
第3卷的手稿，写于19世纪60年代。当恩格斯二十多年后整理这份手稿时，资本主义经济状况已经发生很大变化。这段时期，正是自由竞争的资本主义向垄断资本主义过渡的时期。恩格斯十分敏锐地看到资本主义出现的新情况。他在第3卷中写的60多处附注、插入语和编者注中，除了对正文的说明和使叙述更加完整、连贯以外，还简要地分析资本主义经济发展的新情况和新问题。例如，他指出，自从1867年以来，资本主义国家已经发生巨大的变化，经济危机的周期缩短了，“周期过程的急性形成和向来十年一次的周期，看来让位给比较短暂的稍微的营业好转和比较持久的不振这样一种在不同的工业国在不同的时间发生的比较慢性的延缓的交替。但这里也许只是周期持续时间的延长”。由于资本主义矛盾的尖锐化，摆脱危机更加困难。从60年代以来，资本主义国家工业迅速发展，世界市场的竞争大大加剧，“迅速而巨大地膨胀起来的现代生产力，一天比一天厉害地超出了它们应当在其中运动的资本主义商品交换规律的范围；”[47]竞争逐渐为垄断所代替。由整个大生产部门的工厂主组成的卡特尔、托拉斯等垄断组织已经出现，并在经济生活中发挥巨大作用，其目的是调节生产，从而调节利润，实际上是使小资本家比以前更快地被大资本家吃掉。虽然卡特尔和托拉斯的出现限制国内市场和国外市场的竞争，但却不能消灭竞争，各国实行的保护关税，不过是最后的、全面的、决定世界市场霸权的工业战争的准备。他明确指出，资本主义制度决不能解决竞争和生产无政府状态。以调节生产为目的的卡特尔和托拉斯，在风暴到来时就会垮台。恩格斯这些论述多么深刻！一百年来，资本主义世界的历史发展再次证明，垄断资产阶级及其政府，不能克服周期重演的经济危机。只有消灭资本主义生产资料私有制，建立生产资料社会主义公有制，才能对社会生产进行有计划的调节。
《资本论》第3卷整理和编辑工作完成后，恩格斯写了一篇内容丰富、论述精辟的《序言》，除了说明整理第3卷的情况外，集中批判了资产阶级经济学者在平均利润率和价值规律问题上的种种错误观点。我们知道，恩格斯在《〈资本论〉第2卷序言》中曾经指出，李嘉图学派由于解决不了相等的平均利润率怎样能够并且必须不仅不违反价值规律，而且要以价值规律为基础来形成而碰了壁。李嘉图学派解决不了的问题，其他资产阶级经济学者也不可能解决。马克思在第3卷中已经把这个问题彻底解决了。第2卷出版后，一些资产阶级经济学者著文评论马克思经济学说，攻击劳动价值论，认为平均利润率与价值规律无法统一等等。恩格斯在第3卷序言中，评论和批判了勒克西斯、施米特、法尔曼、沃尔夫、斯蒂贝林等人的错误论点，特别严厉地批判了大名鼎鼎的意大利人洛里亚，指出“全部研究的结果是，甚至在这个问题上，也只有马克思学派才取得了一些成就”[48]。
整理出版第3卷，花去恩格斯将近10年的时间。这件工作，一直是他的一个沉重的负担。他希望能够摆脱其他事务，专心致志地尽快把这一卷编完；他一再表示，“简直不允许、坚决不允许再有任何中断”[49]。但是，许多无法克服的客观原因，使本书付排工作一再拖延。
首先，整理工作的困难。为了整理手稿的需要，恩格斯翻阅了大量同第3卷有关的经济文献，有些著作和资料甚至必须全文通读，而且还要进行深入研究。例如在整理第五篇时，需要对图克、富拉顿的观点作一些注释性的说明，为此就必须翻阅有关的著作。为了补写一些章节，对一些章节补充新的内容，就必须大量收集资料，进行深入研究。所有这些，都要花去大量时间。