1.赢得“海塞”之争，左帅兵发西北
放眼望去，晚清的大臣，用国人评价就是“内战内行，外战外行”。遍观曾国藩、李鸿章等几个高官权臣，在打压太平军、捻军等农民起义的时候，都算是独当一面的好手，但到了和洋人一争高低的时候，就集体委靡了。曾国藩在同治九年（1870年）的天津教案中避战求和，对外赔银子，还到使馆道歉，引得骂声一片，最终曾国藩郁郁而亡；李鸿章的淮军对内作战时凶猛异常，自己却在国际战场上屡战屡败，很多丧权辱国的条约都是经由他来签订的。而也正是这些个封侯拜相的重臣屡屡在国际战场上马失前蹄，才能反衬出左宗棠在军事上“内外兼修”的卓越才华。
边疆的问题，历朝历代都有，自古道“天高皇帝远”，帝王权力覆盖不到的地方，自然就会有人打这里的算盘。新疆作为远离皇都的边陲之地，自然也常常受到野心家的觊觎。早在西汉时期，新疆就被划入了中国版图，称西域。后来历经大唐盛世，新疆再一次被确立为中国国土。宋元时代，新疆也和“中土”往来密切。明清交替时节，北方游牧民族攻取了新疆，1775年，乾隆皇帝再次收复新疆，并将“西域”改名为“新疆”，即“故土归新”的意思。
这一次新疆危机的原因是多方面的。与新疆毗邻的浩罕国在军事头领阿古柏的带领下，取得了俄国的支持，一举突入新疆，建立了“哲德沙尔”王国。为了换取沙俄的支持，阿古柏向沙皇称臣，哲德沙尔成为了沙俄的附庸国。随后，俄国借口新疆动乱，直接派兵占领了伊犁。英国也在这个时候看上了阿古柏这个代言人，不断向阿古柏示好，并为他输送大量的兵器火药，还利用自己手下的殖民地土耳其与阿古柏共同信奉伊斯兰教大做文章。在土耳其苏丹的拉拢下，阿古柏将土耳其认做“上国”，并且接受了土耳其国王的封号。这样一来，英国也顺理成章地和这个哲德沙尔签订了条约，规定英国可以在哲德沙尔通商、驻使等。
新疆危机闹得沸沸扬扬，传到了京师，慈禧有些犹豫，因为朝臣意见分歧比较大，此时曾国藩已经亡故，朝廷上主事的是李鸿章。李鸿章认为，新疆一带实属不毛之地，人迹罕至，比起东南海岸上缴的赋税，这里对朝廷贡献也并无多大，而且这天高地远的，难以长守且耗费财力。左宗棠认为，新疆是国土的一部分，土地辽阔，而且地下藏有丰富的矿产，实在是聚宝盆。此外，这个时候应当是东南海防、西北塞防一起抓的。
慈禧思之再三，还是觉得，就这么把那么大的一块土地扔出去不管，有失体面，朝廷的脸面不能丢，祖宗的基业也不能毁在她手里，于是同意了左宗棠的建议，出兵新疆。
1875年，朝廷正式任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。命令是下了，但是钱却拿不出来，朝廷连年用兵，国库欠银，只能让各个省出钱“协饷”。这个“协饷”也不是什么高明的办法，就是从各个省的经费中扣钱，补给西征军。另外不足的地方，左宗棠就只能自己解决。还好有胡雪岩在，左宗棠找到胡雪岩，让他出面帮自己借钱。以胡雪岩的千万家产，当个保人借钱是很容易的事。于是，在胡雪岩的帮助下，左宗棠用关税、海关作保，共向外国银行借来五百万两银子的高利贷，这一方面为他解决了兵饷的问题，但另一方面也因为大借高利贷、西征花费太多而颇遭诟病。
待一应钱粮都到齐之后，左宗棠鸣炮出征，率领精心挑选的部众七万余人，浩浩荡荡向西而来。这个时候，左宗棠已经六十四岁了，早已不是初入张亮基幕时候的左师爷，那时的他年轻气盛，因为一点小事就跟人大吵大闹。这个时候的左宗棠深知自己已经到了垂暮之年，做事也谨慎了许多。实际上，早在自己做了巡抚之后，左宗棠的脾气就渐渐小了，用他自己的话来说，就是穷困潦倒之时，不被人欺，飞黄腾达之日，不被人嫉。
2.成就显著的“西北建设军团”
西征路上沿途多经过荒漠草滩，动不动就黄沙漫漫，为了给自己日后回乡做个标记，左宗棠让军士沿途插柳，结果柳树的生命力相当惊人，稍微有点水源就可以从一截断枝发育成茁壮的柳树。左宗棠在出发的时候插下的柳枝，后来竟长成了一片茂密的树林，当地百姓便给这林子起了个名，叫“左公柳”。
还有野史演义说，左宗棠在西征的路上，遥见一草屋，屋中坐一七旬老叟，屋上悬匾一块，上题“天下第一棋手”。左宗棠常常自诩棋场“未逢敌手”，于是便要和老叟对弈。结果左宗棠连胜三局。左宗棠哈哈大笑，对老叟说：“你自夸海口，不知深浅，快快把‘天下第一棋手’的招牌取下来吧！”西征结束后，左宗棠再度路过草屋，结果发现“天下第一棋手”的牌子还在，感到很生气，就要让士兵去把牌子砸掉。老叟出来说：“我们再弈三局，看谁胜谁负，如何？”于是两人再次对弈三盘，左宗棠三战皆墨。左宗棠方知遇上了高手，赶紧向老叟请教。老头说：“前次对弈，我知你是率军出征，不愿挫你士气，此番稍显吾能！”这是百姓口头流传的左宗棠西征路上的一个小插曲，但“左公柳”却是真有其事，只是年长日久，当年这些葱茏玉树，到了今天大多已经毁败，所剩无几了。
大军远征新疆，军粮的解决很让左宗棠费心。此前说过，对于左宗棠西征大军的钱财纠纷，朝中本来就很有争议，几百万两银子看似很受用，但要真一打起仗来，还是耗不起的。左宗棠算过，因为没有大河，水运不通，光是军粮运输一项，就要花费一百二十万两银子。要运粮肯定是高消耗低回报的。另外，西北一带沿途几千里都地广人稀，收成少人口也少，况且征粮不当，还会激起民变。因此，在当时看来，比较通用、实惠的办法，就是屯田。
在大军出征的同时，左宗棠派出亲信大将、“嵩武军”统领张曜去哈密屯田，这是第一片西征军开垦的荒地。张曜为人和左宗棠极为相似，都有点倔牛脾气，也是一干活就不要命的那种人，所以很得左宗棠倚重。史上记载说张曜文化不高，在这一点很不受人待见，御史刘毓楠就曾以“目不识丁”弹劾过他，朝廷也正是因为他没学历，尽管军功很大，也把允诺好的官职给撤了，换了一个较小的官。张曜为此事耿耿于怀，发奋读书，还刻了一个“目不识丁”的印随身带着，后来终于在学问方面有所造诣，还成了晚清书法家。
到了哈密之后，张曜身先士卒，带头找水源，烧林开荒，并且发布榜文，告谕当地百姓回田务农，还表示如果有人愿意承包这些军田，还会发给种子、农具，到了收庄稼时，大家五五分成。有地种，还分种子农具，农民们一听开始还不怎么相信，哪里有这么好的事？但是到了后来，大家看到和政府军签合同的人越来越多，于是便都接二连三地承包了这些荒地。短短几天时间里，就有两千多户回民立下了契约，承包了荒地。在光绪元年，嵩武军开荒田一万五千八百余亩，水田三千五百亩，植树十万余株，当年收入粮食千余石，次年更是收获了五千石粮米，极大地缓解了西征军粮食运转不灵的问题。
此后，左宗棠每攻克一个地方，就必然要在当地屯田，自给自足，有了嵩武军的先例，后面再屯田垦荒也就是依样画葫芦，如此这般，顺顺当当就把粮食收来了。三年后，据左宗棠奏报，新疆屯田开荒成果颇丰，北路从本垒河以西，南路从吐鲁番以西，尽成膏腴。
再者，阿古柏的军队背后有俄国人支持，英国、土耳其也在一旁摇旗呐喊，所以他们的枪炮武器装备在当时算是优良的。左宗棠要解决的问题就是缩小清军和“哲德沙尔”之间的武器差距。
要开发先进的枪炮就得有技术，左宗棠早先在1872年就于甘肃开办了“兰州制造局”，当时他从汇丰银行借了四百万两银子，从德国买来车床、手摇钻等工具，又从浙江、福建等地抽调了一百多名熟练的工人在这里做工。胡雪岩也帮助他在国外聘请了一些工程技术人员，所以兰州制造局无论从技术还是生产力上而言都是比较成熟的。比如兰州制造局顺利仿造出了德国的螺丝炮和后膛七响枪，改造了中国的劈山炮和广东无壳抬枪，这一点令很多外国来的参观者也颇为惊叹。而这次清军西征新疆，兰州制造局就主要负责前线的军火生产配置。
当饷银、粮草、军火这些问题都逐一解决之后，1876年2月，左宗棠坐镇甘肃肃州，就近指挥战局，他制定了“先北后南”、“缓进速战”的作战方针。左宗棠这次来新疆作战，林则徐当年亲手交给他的新疆资料贡献不小，虽说已经是三十年前的东西了，但仍然具有很高的参考价值。在诸多有利条件下，左宗棠决意先攻阿古柏北部的巢穴，继而南下攻打吐鲁番及沿途重镇，以开南疆门户，随后一路直下，克复南疆，攻占新疆全境。
3.西征大军收复北疆
战略计划拟订好后，1876年夏，西征大军陆续开向阿古柏的“哲德沙尔”王国。自肃州到哈密之间，有一道绵延千里的大沙漠，流沙滚滚，行军十分困难，路上又很缺水，大部队在这上面行走是很危险的，唯有将部队分成小批，一批一批地行进比较保险。于是左宗棠就将部下两万余人分成两路，由刘锦堂、金顺为统领，以千人为单位分编，隔一日发一队，最后到哈密会师。
阿古柏听到清军西进的消息后，令马人得、马明、白彦虎等人分别把守乌鲁木齐等处阻击清军，自己则率大军在托克逊督战。
当时，乌鲁木齐是新疆北部重要的军事据点和风向标，乌鲁木齐一旦攻克，整个北疆也就成了囊中之物了。距离乌鲁木齐不远，另有一个军事据点古牧地，由白彦虎、马明带兵把守。古牧地相当于乌鲁木齐的外卫，于是刘锦堂和金顺便商议如何攻取古牧地。当时的情况是，从清军驻地开往古牧地有两条路可走，大路满是戈壁荒滩，没有水源，小路虽然水源充足，但是早已由白彦虎等人设卡把守了。
刘锦堂和金顺经过一番商议之后，决定以声东击西之计智取古牧地。刘锦堂在大路边上掘井筑垒，装出一副要从大路进军的样子，马明、白彦虎果然上当，把主要精力都放在了大路上，因此小路守备便十分疲弱；与此同时，金顺瞅准敌军把精力放在大路的空当，率部衔枚疾走，改从小路突袭过来。驻扎在这里的守军以为神兵天降，一阵惊呼，散去了大半，其余残部稍作抵抗之后也都作鸟兽散了，于是清军顺利抵达古牧地。由刘锦堂驻城东南角，金顺驻城西北角，广造炮台、箭塔，同时用火药疯狂地轰炸城墙，昼夜不断。
光绪二年八月十七日黎明，古牧地南面城墙被轰开了一道大口子，刘锦堂一马当先，直透敌阵，势不可当，接着清军蜂拥而入，气势如虹。城内守军人如潮退，纷纷溃败。白彦虎先一步逃走，败奔乌鲁木齐，清军歼敌六千余人，古牧地被顺利拿下。
打下古牧地之后，乌鲁木齐就在眼前，刘、金二人马不停蹄，乘胜追击，挟大胜之威尾随白彦虎直奔乌鲁木齐。白彦虎惊魂未定，不敢迎战，城内大小将士也都士气涣散，清军在城外刚刚鸣了几炮，城中就乱成一锅粥，一哄而散了。就这样，到八月十八日，清军几乎兵不血刃地进驻了乌鲁木齐。当刘锦堂的捷报传到左宗棠那里时，如此轻易地攻下了乌鲁木齐，甚至使左宗棠有些意外。
攻克乌鲁木齐，北疆就等于去了一大半。阿古柏这时候已经急得如同热锅上的蚂蚁一样了，他一面抢修托克逊、吐鲁番、达坂的工事，一面纠合此前被清军击散的败军，缩入城中固守。此时，留守北疆的顽固驻军主要集中在玛纳斯南城，大将金顺领兵攻打一月有余，也没能将其拿下。刘锦堂、荣全先后驰援，到了同年十一月六日，终于打破了玛纳斯南城。至此，北疆全部收复。
在清军大举攻打阿古柏的时候，英、俄有些坐不住了，于是俄国在这个时候提出了进行边疆交涉。慈禧听到消息后有些疑虑，就派人去问左宗棠。左宗棠的回复是，现在先将沙俄撂到一边，待新疆全境收复之后再说。慈禧看看也没有其他的好主意，也就这样应了。而英国那边更为嚣张，英国公使竟然明目张胆地跑到总理衙门去给阿古柏求情，还暗中示意说，清军这样攻打阿古柏，俄国迟早是要插手的，假如这个时候罢兵言和，阿古柏就对大清称臣，只是不纳贡。
有了前军屡战屡胜的底子，总理衙门的回话也硬气了许多，总理衙门说，阿古柏是窃取南疆的入侵者，如果要降，必须交出元凶；投降一事，请阿古柏自己去和左宗棠交涉吧！英国人碰了钉子，心中气恼，但却只能恨阿古柏成不了大事，左宗棠太不开窍。他们一面禁止上海英商卖给西征军枪械弹药，一面利用报纸制造西征军兵败的假消息，以此来动摇清政府的决心。然而这样的把戏，终究没有挽回阿古柏的败局。
4.南疆克复，敲山震虎索伊犁
失了北疆之后，阿古柏令自己的二儿子海古拉守托克逊，马人得守吐鲁番，自己则退守距离托克逊八百里外的喀喇沙尔，随时准备逃跑。在托克逊、吐鲁番、达坂这三个要塞之中，数达坂最为坚固，阿古柏在这里也囤积了重兵。
由于在玛纳斯南城拖延了两个月，秋去冬来，新疆地区也是大雪封山，江淮弟子不比当地的土著士兵，都耐不住寒冷，加之这一时间粮草比较缺乏，朝廷新派的金运昌部五千援兵也还没有到。于是左宗棠下令军队休整，待来年春暖花开、冰雪消融之后再打。就这样，经过了一冬的休整，光绪三年四月十四日，左宗棠下令清军出击。刘锦堂率部出乌城攻打达坂，张曜率部出哈密攻打七克腾木关隘。
两天后，刘锦堂的部队抵达达坂城外，此时天还没有亮，城内守军由于清军长期休整，疏于防范，只有城外壕沟里不深不浅卧着的一潭死水算是个障碍。刘锦堂见沟里水不深，但淤泥足以淹没马腿，只能让士兵裹了马嘴，过泥淖，直抵城下。
待到天色大亮，城中士兵突然看到城外满是清军大旗，无不骇然，都奔走相告，军心变得委靡不振。双方很快就展开了火枪排射，互有伤亡。到了中午，刘锦堂骑马绕城观察敌情，被城内守军认出，开枪射击，枪弹打中了刘锦堂的战马和卫兵，刘锦堂却丝毫不惧，换了一匹马继续观察。
四月十八日，敌军有小股援兵赶到，结果都被清军剿灭。这天下午，城中溜出的百姓通风报信，说是城内守军见援兵不至，想要突围逃走。刘锦堂下令各营点起火把，防止敌人走脱。十九日，清军在城外筑起了炮台，对准达坂城一阵猛轰，其中一颗炮弹命中了城内军火库，引起了连环爆炸，一时之间达坂城变成了一片火海，守城官兵打开城门，混在百姓之中逃窜，清军严守四门，结果总管爱伊德尔呼里等一百多名敌军将领悉数被捉住。这一仗击杀敌军两千多人，俘获一千三百人，枪炮利器更不在少数。
达坂城告破，使得清军军心大振，刘锦堂快马加鞭更进一步，兵分两路，袭取吐鲁番和托克逊。托克逊守将海古拉自知不是对手，便下令点起一把火，烧城逃跑。清军可以说是不战而胜，轻松进驻托克逊。
另一边，在老湘营攻打达坂的时候，张曜的部队也对敌军发起了猛攻，七克腾木关隘不日而克，四月二十六日，西征军兵锋已经触及到了距离吐鲁番十多里的外垒，城中守军一拥而出，希望趁清军立足未稳之时，打对方一个措手不及，未料刘锦堂连战连捷之后，对吐鲁番方向派来了援军，两军会合一处，前后夹击，敌军腹背受敌，又不知清军到底有多少，很快就土崩瓦解，全军溃散。这样，吐鲁番也被清军掌控，整个南疆门户大开。
阿古柏见自己兵败如山倒，惶惶不可终日，终于在五月二十九日于库尔勒服毒自杀。此前弃城而走的海古拉听到父亲自杀的消息后，将自己劫掠而来的财宝全数交给了白彦虎，让他留守库尔勒。而自己用牛皮裹住父亲的尸体，载上车子，往南逃奔。谁想当他经过克孜勒苏河时，遇上了兄长伯克胡里，被伯克胡里杀死，阿古柏的尸体也被伯克胡里抢走，运往喀什噶尔城。
就在西征大军连连告捷的时候，英国使者又一次来到中国，试图说服清政府停止进军，就让阿古柏后人在那里建立一个小王国，而且权臣李鸿章素来不愿意在新疆这片“化外之地”花太多钱，朝中大臣也对西征多有异议。驻英使臣郭嵩焘认为，现在如果能在一个月内收复新疆，那是最好，英国人也就没有什么好说的了，如果长时间打不下来，那就不如罢兵议和。慈禧把这份折子交给左宗棠看，左宗棠稍稍一看，便嗤之以鼻，劈头盖脸就是一阵痛批。在他看来，这些人端坐朝堂，远在千里之外，对自己这里的情况都是捕风捉影，一知半解，却还要局外论事，评头论足。他给朝廷的回答是：“兵不可停！”态度坚决而果断，毫无商量的余地。
九月，西征军继续进攻，留守库尔勒的白彦虎此时毫无战心，弃城逃向库车城。刘锦堂狂追不舍，一路上多有被胁迫出走的百姓掉队，伏路而哭，哀声遍野。十月十八日，清军与敌人在库车城外发生了一场遭遇战，刘锦堂趁双方激战正酣之时，以骑兵突袭敌军背后，敌军主将马由布被杀，手下军士四散逃亡，库车告破。二十四日，刘锦堂率军抵达阿克苏城下，此时城中守军早已逃跑，老百姓开城门迎接清军入城，阿克苏被成功收复。二十六日，清军在乌什城外再一次大败白彦虎，斩杀其部将十六人，白彦虎逃走，清军开进乌什，南疆东四城全部收复。清军连连逼近，使得困守叶尔羌、英吉沙尔、和阗、喀什噶尔四城的敌军草木皆兵，原本投降阿古柏的清军将领何步云率先起来反抗。何步云在阿古柏占领新疆的时候，曾被迫投降了他，还不得已把自己正值花季的女儿嫁给了老头子阿古柏做了小妾，自然对他是心中痛恨，伺机起事。
原本喀什噶尔分满、汉两个城，何步云守汉城。当时他见到清军势大，白彦虎、伯克胡里等人被追得抱头鼠窜，便和部将一同起事，在汉城据守，只等清军到来。伯克胡里听说何步云反了，顿时怒火中烧，下令杀死了英吉沙尔城内的所有汉人，并且伙同白彦虎等人，兵分三路攻打何步云的汉城。由于敌军势大，何步云渐渐不支，眼看城池将破，城内生灵又要遭到涂炭，而此时刘锦堂的军队及时赶到，从背后猛击敌人，城内守军眼见绝处逢生，欢呼雀跃，一拥而出，接应清军。刚刚还在城外摇旗呐喊、耀武扬威的敌军腹背受敌，惊慌失措，人马践踏，刀枪相撞，死伤不计其数。白彦虎等人拼死逃走，直奔喀什满城扼守。但这些人还立足未稳，清军追兵又到，城内军民纷纷开门投降，阻拦不住。白、伯等人情知不守，便留下一部分亲信在城中缠住清军，自己则携珠宝逃走。
刘锦堂打破城池之后，发现再度逃走了白彦虎、伯克胡里，恼怒异常，当即调来部将余虎恩、黄万鹏，吩咐二人道：“贼首不除，不足以平民愤，你二人快马加鞭再进一步，速速追去，务必将贼首拿下！”此刻连战连胜，清军将士也都不觉得疲惫了，于是余、黄二将带兵出城，在降兵的指引下，以风雷之势分头追袭敌军残部。余虎恩向西追伯克胡里，黄万鹏则向西北追白彦虎。两支军队马不停蹄，一直追了一天一夜，先是余虎恩赶上了伯克胡里，双方大战一场，伯克胡里军无战心，大败而逃，清军斩首一千五百余，还俘获了贼酋家属四百多人，只是伯克胡里混在乱军之中逃脱，还是没能抓住。黄万鹏则是在岌岌槽赶上了白彦虎，白彦虎回头奋战，清军奋勇，全歼了白彦虎部。白彦虎一马飞奔，死命往北逃走，黄万鹏舍命追赶，再过一天一夜，到了恰哈玛那，眼看白彦虎就在前方不远，而且是人困马乏，跑不动了，但因为是中俄边界，当地的俄属布鲁特人不让清军过境，黄万鹏只能眼睁睁看着奄奄一息的白彦虎钻进了一片大树林，消失在自己的视线当中。
就在余、黄二将穷追不舍的时候，刘锦堂率领部队直指叶儿羌、英吉沙尔。城中守军早已听说伯克胡里、白彦虎在乱军中走失，下落不明，于是未敢迎战，开门投降。清军如入无人之境，不战而捷，叶儿羌、英吉沙尔收复。很快，和阗也被清军攻破，南疆四城全部光复。
至此，除了被俄国占据的伊犁外，被外敌霸占十三年之久的新疆全部收回到了大中华版图下。这一次西征，左宗棠虽未亲临战场到第一线冲锋杀敌，但他的部署策划起到了决定性的作用。首先就是他虎口夺食，硬是从“海防派”手里抢回了几百万两的军费，是为西征大军开启的第一步；自古千里行军，师不宿饱，左宗棠每攻克一地，就在当处开荒屯田，解决了军粮运转不济的问题；先北后南、缓进急攻的战术更是以风雷之势完破敌军，除去大军休整、屯田的时间，清军在新疆的实际作战时间加起来只有九个月，可谓神速。
当时左宗棠收复新疆的消息传到国外，西方报纸对于这一次用兵给予了高度评价，说：“左钦帅急先军食，谋定而往，老成持重之略，绝非西人所能料。”由于当时中国对外作战屡屡失手，西方人也就很自然地认为中国人不会打仗，而左宗棠这一次远征新疆，静若处子，动如脱兔，挟风雷之势以短短九个月的时间克复千里新疆，着实给洋人们上了一课，也极大地鼓舞了国人的士气。
5.抬棺出战，左宗棠名垂青史
左宗棠打了胜仗，阿古柏、白彦虎等人或死或藏，这样一来，伊犁就成了大家目光聚焦的敏感区域。这年年底，清政府派出崇厚与俄国交涉伊犁一事。原本俄国进占伊犁，就是趁着中国内乱不息，打着“协助代管”的旗号来的，当时沙皇做出一副很友好的样子说：“等你们战乱平定了，我就把伊犁还给你们，这个时候你们家到处打仗，伊犁眼看都要给乱党占领了。”崇厚这一次和俄国人谈判，就是冲着这句“仗打完就还给你们”去的。可惜的是，崇厚这个人，没有什么胆略，到了谈判桌上一坐，身材高大的俄国人瞪瞪眼，就把这个清朝大臣吓坏了。1879年10月，他诚惶诚恐地在《里瓦几亚条约》上签了字。条约中规定，俄国将伊犁归还中国，中国为此需要将伊犁以南、以西的大片领土割让给俄国，并且付给俄国军费500万卢布。此外俄国还获得了在新疆和蒙古进行交易时免贸易税，新增两条陆路通商路线，在乌鲁木齐、嘉峪关等多处设立领事馆等特权。总共十八则条约，除了首条“俄国归还伊犁”外，全部都是偏向俄国的约定。事情传到紫禁城，朝野议论纷纷，慈禧也感觉崇厚是丢了老祖宗的脸，下令将他投入刑部大牢，判了个死罪，然后又让曾国藩的儿子曾纪泽出面，重新谈判。当然后来俄国方面施压，李鸿章、恭亲王等人劝谏力保，使得崇厚在交了30万两银子之后赎罪获释。
在这一期间，左宗棠毫无疑问是主战的。他在给慈禧的折子中这样说道：“如此对待这些外来侵略者就像是喂狗，单单给他们喂骨头是满足不了他们的，等有一天朝廷手中的骨头送光了，他们也不会停下来。”求战之心溢于言表。很快，左宗棠密奏慈禧，希望以武力为后盾，作为和俄国争斗的方针，慈禧下旨：“准奏。”接下来，左宗棠一生之中最让人津津乐道、最为闪光耀眼的一刻到来了。
光绪六年（1880年）四月十八日，68岁的左宗棠抱定誓死之心，出征前，先置黑漆棺材一口，令麾下八名健儿抬举随行。鸣炮祭旗之后，左宗棠遥见身后队伍如滚地长龙，绵延百里，一眼望去，浩浩荡荡，不能看尽；麾下将士个个擂鼓呐喊，气势如虹，戈壁滩上的阳光映着刀枪，到处都是白花花的一片。左宗棠翻身跨上白马，振臂一呼，挥师西进。左宗棠这一次“抬棺出战”，抱以必死之势和誓要同俄人一决生死的决心，实在是光耀千古，令无数后来者顶礼膜拜。而他本人，也因为这一个棺材的出现，正式完成从战斗英雄向图腾的转化，继而名留青史，享受万年香火。
左宗棠率大军奔赴哈密，驻军城西凤凰台，就近指挥军事。当下派出的探报回来说，俄军在伊犁的军事非常薄弱，总计只有一千人，大炮也只有十门，没有什么攻击力。此时，俄国的意图很明显了，他们只想防守，并无攻击的意思。左宗棠把大军开到这里，给了俄国人很大的压力。
六月二十六日，朝廷派出使臣曾纪泽重新和俄国人展开谈判，要求重写条约。双方僵持不下，一开始俄国公使以全权使臣崇厚已经签字画押为由，对中方提议不予理睬，并且以武力相要挟，曾纪泽据理力争，坚决要求重新谈判。这个时候俄国自己也是内忧不断，自1861年俄国搞改革，此后一直处在变化的阵痛期内，如果真要打起来，谁都占不到便宜。更何况左宗棠又屯兵凤凰城，使得这一切都开始转为对清政府有利了。于是双方坐下来，重新展开谈判，迈开了修改条约的第一步。
到了这个时候，清政府软弱无能的一面又暴露了出来：八月十一日，朝廷颁下一道圣旨，召左宗棠回京面圣，新疆事务交由部将打理。很明显，朝廷只希望能稍微将《里瓦几亚条约》改得不那么苛刻就可以了，不到万不得已，这仗还是不想打的。左宗棠作为主战派的带头人，无可奈何之下，只好上奏推荐刘锦堂督办新疆军务，张曜帮办，杨昌浚任陕甘总督，自己一路风尘仆仆，赶回京城。
俄方代表率先知道了左宗棠被调回紫禁城的消息，然而他们是知其一不知其二，慈禧等人想要求和，所以把左宗棠叫了回去，这帮俄国人却有些慌神，他们以为真的要开战了。所以这些俄方代表几乎每次见面都要旁敲侧击一番，借此打探左宗棠和大清的动向。曾纪泽却不知道左宗棠已经离开新疆回北京了，当俄国代表小心翼翼地问他说：“听说左宗棠回北京去了？”曾纪泽眼皮也不抬，直接说了一句：“谣言。”这一下把俄方代表格尔斯吓着了，他以为左宗棠回京是机密事情，于是连忙说：“中俄交好已经二百来年了，如果真的为了一点小事打起来，真的不值得。”
就这样，在左宗棠武力的协助下，曾纪泽同格尔斯重写了中俄条约，是为《伊犁条约》，在清政府疲弱的情况下，曾纪泽追回了伊犁以西、以南两万多平方公里的土地，虽然赔付的军费从500万卢布上升到900万卢布（合509万两白银），但是关于通商关税、驻领事馆等方面的条件都得到了相关缓解，总体而言这依然是一个不平等条约，但是比起崇厚签的那份，《伊犁条约》还是很进步的。在避免了战争的情况下，左宗棠对这个条约还算勉强满意，因为经历这么多年的军旅生涯，他早就知道，仗不是那么好打的，国家没钱，政府软弱，尽量避免开战之心也是可以理解的，对于曾纪泽，他的评价也是“差强人意”。俄军从伊犁撤退之后，金顺作为伊犁将军进驻伊犁。从1871年俄国“代管”到1882年交回，伊犁被俄国占据11年的历史宣告结束，整个新疆也重新回到了祖国的怀抱中来。